Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0782
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0782, 453 aa
1>>>pF1KE0782 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5927+/- 0.001; mu= 18.6324+/- 0.061
mean_var=145.4626+/-26.729, 0's: 0 Z-trim(110.7): 49 B-trim: 68 in 1/50
Lambda= 0.106340
statistics sampled from 11800 (11843) to 11800 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.364), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3400.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 ( 453) 3035 477.5 1.3e-134
CCDS75105.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 ( 357) 2367 374.8 7.7e-104
CCDS7630.1 HTRA1 gene_id:5654|Hs108|chr10 ( 480) 1547 249.2 6.8e-66
CCDS6110.1 HTRA4 gene_id:203100|Hs108|chr8 ( 476) 1468 237.1 3e-62
CCDS1951.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 ( 458) 1133 185.7 8.7e-47
CCDS1952.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 ( 361) 377 69.5 6.2e-12
>>CCDS3400.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 (453 aa)
initn: 3035 init1: 3035 opt: 3035 Z-score: 2530.5 bits: 477.5 E(32554): 1.3e-134
Smith-Waterman score: 3035; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGYVPDLCNCCLVCAASEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGYVPDLCNCCLVCAASEGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 PCGGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PCGGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAII
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 NYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEFQDKQIKDWKKRFIGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEFQDKQIKDWKKRFIGIR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 MRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQEVAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQEVAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE0 ELQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSIAPEVVM
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ELQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSIAPEVVM
430 440 450
>>CCDS75105.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 (357 aa)
initn: 2367 init1: 2367 opt: 2367 Z-score: 1977.7 bits: 374.8 E(32554): 7.7e-104
Smith-Waterman score: 2367; 100.0% identity (100.0% similar) in 350 aa overlap (1-350:1-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGYVPDLCNCCLVCAASEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGYVPDLCNCCLVCAASEGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 PCGGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PCGGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAII
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 NYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEFQDKQIKDWKKRFIGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEFQDKQIKAPSLAVH
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 MRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQEVAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSS
>>CCDS7630.1 HTRA1 gene_id:5654|Hs108|chr10 (480 aa)
initn: 1739 init1: 753 opt: 1547 Z-score: 1296.5 bits: 249.2 E(32554): 6.8e-66
Smith-Waterman score: 1716; 57.4% identity (78.0% similar) in 472 aa overlap (6-452:14-478)
10 20 30 40
pF1KE0 MQARALLLAALAALALARE----PPAAPCPARCDVSRCP-SPR-CPGGYVPD
::::: :. :.: : :: :: ::. .::: .:. : :: . :
CCDS76 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHCEGGRARD
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE0 LCNCCLVCAASEGEPCGGPLDSPCGESLECV----------------RGLCRCRWSHAVC
:.:: ::.: :: :: ..::::.:.:: ::: : :. ::
CCDS76 ACGCCEVCGAPEGAACGLQ-EGPCGEGLQCVVPFGVPASATVRRRAQAGLCVCASSEPVC
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 GTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQLQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKI
:.:..::::.: :.:::::. .: :: ::.::: : .. .: :.:.::::::::::
CCDS76 GSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKI
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 APAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQ
:::::::::: . :. :.::..::::::.:: :::.::::::.. ....::.:.
CCDS76 APAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTN------KHRVKVELK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 NGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVT
:: .::: :::.:.:.::: ::: . ::::::::.:..::::::::::::::.::::::
CCDS76 NGATYEAKIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 TGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
::::::.:: :.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TGIVSTTQRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KE0 AIPSDRITRFLTEFQDKQIKDW---KKRFIGIRMRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIY
:::::.: .:::: .:.: : ::..::::: ..: : . ::: . :::.: :: :
CCDS76 AIPSDKIKKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAY
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 VQEVAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSSELQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSI
. :: :..:.. ::....:.:...::. .:......... :: : . :::::.:.....
CCDS76 IIEVIPDTPAEAGGLKENDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGNEDIMITV
420 430 440 450 460 470
450
pF1KE0 APEVVM
:: .
CCDS76 IPEEIDP
480
>>CCDS6110.1 HTRA4 gene_id:203100|Hs108|chr8 (476 aa)
initn: 1374 init1: 674 opt: 1468 Z-score: 1231.0 bits: 237.1 E(32554): 3e-62
Smith-Waterman score: 1468; 50.3% identity (75.4% similar) in 463 aa overlap (6-452:20-475)
10 20 30 40
pF1KE0 MQARALLLAALAALALAREPPAAP-CPARCDVSRCPS-PRCPGGYV
::: . . : :.. . : ::: :. .:::. : : : .
CCDS61 MIRPQLRTAGLGRCLLPGLLLLLVPVLWAGAEKLHTQPSCPAVCQPTRCPALPTCALGTT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE0 P--DLCNCCLVCAASEGEPCGGPLDSPCGESLECVRGL-------CRC-RWSHAVCGTDG
: ::: :: :: :.: : ::: .::. .:.:.. : : : . ::::.:
CCDS61 PVFDLCRCCRVCPAAEREVCGGAQGQPCAPGLQCLQPLRPGFPSTCGCPTLGGAVCGSDR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 HTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQLQKGAC-PLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPA
.:: ..:::.: .: : .:. .:. .: : : : .. . : ..:::: ::::.::.
CCDS61 RTYPSMCALRAENRAARRLGKVPAVPVQWGNCGDTGTRSAGPLRRNYNFIAAVVEKVAPS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 VVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGD
:::..:. : .: ::. ::::::.:: :::::::::: . .: ..: ::::
CCDS61 VVHVQLWGRLLHGSRLVPVYSGSGFIVSEDGLIITNAHVVRN------QQWIEVVLQNGA
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 SYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGI
:::..:::: : :.:.:::. . .::::.::.:.::: ::::::.::::.::::.:.::
CCDS61 RYEAVVKDIDLKLDLAVIKIESNAELPVLMLGRSSDLRAGEFVVALGSPFSLQNTATAGI
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 VSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIP
::: :: :.:::..::::::.: :: :::::::::::::::.:::.:.:.:: :::::::
CCDS61 VSTKQRGGKELGMKDSDMDYVQIDATINYGNSGGPLVNLDGDVIGVNSLRVTDGISFAIP
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SDRITRFLTEFQDKQIKDW---KKRFIGIRMRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQE
:::. .::.:....:.: .:...:..: ..: : .::: ::::.::::.:: .
CCDS61 SDRVRQFLAEYHEHQMKGKAFSNKKYLGLQMLSLTVPLSEELKMHYPDFPDVSSGVYVCK
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 VAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSSELQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSIAPE
:. .. .: .:..: :.::..::.:.. .... .:. ..: : . : ::.:.::... ::
CCDS61 VVEGTAAQSSGLRDHDVIVNINGKPITTTTDVVKALDSDS-LSMAVLRGKDNLLLTVIPE
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 VVM
..
CCDS61 TIN
>>CCDS1951.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 (458 aa)
initn: 885 init1: 634 opt: 1133 Z-score: 953.4 bits: 185.7 E(32554): 8.7e-47
Smith-Waterman score: 1138; 45.2% identity (71.6% similar) in 454 aa overlap (10-451:19-456)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGY-VPDLCNC
::... .:.: .: .: .:: : .:.:
CCDS19 MAAPRAGRGAGWSLRAWRALGGIRWGRRPRLTPDLRALLTSGTSDPRARVTYGTPSL-WA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE0 CLVCAASEGEPC---GGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAAS
: ...: . : : : .: .. : : : : . :: .... : :: :..
CCDS19 RLSVGVTEPRACLTSGTP--GPRAQ-LTAVTPDTRTREASENSGTRSRAWLAV-ALGAGG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 RRALQLSGT---PVRQLQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHP
: : : : : : .::: ..::::::::: :::::.::.. :::
CCDS19 AVLLLLWGGGRGPPAVLAAVPSP----PPASPRSQYNFIADVVEKTAPAVVYIEILDRHP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDK
..::.::.:.::::... :::.::::::.. :....:.: .::.:::.. .:
CCDS19 FLGREVPISNGSGFVVAADGLIVTNAHVVAD------RRRVRVRLLSGDTYEAVVTAVDP
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGREL
.::::..:. :. ::.: ::.:::.: ::::::.:::::::::.:.::::.::: .:.:
CCDS19 VADIATLRIQTKEPLPTLPLGRSADVRQGEFVVAMGSPFALQNTITSGIVSSAQRPARDL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 GLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEF
:: .....:::::: :..::::::::::::::::.::.::::::::::::::. .:: .
CCDS19 GLPQTNVEYIQTDAAIDFGNSGGPLVNLDGEVIGVNTMKVTAGISFAIPSDRLREFLHRG
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 QDKQ----IKDWKKRFIGIRMRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQEVAPNSPSQRG
. :. :. ..:.::. : :..::.. ::. .:.::.:. :. ...: .::..:.
CCDS19 EKKNSSSGISGSQRRYIGVMMLTLSPSILAELQLREPSFPDVQHGVLIHKVILGSPAHRA
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KE0 GIQDGDIIVKVNGRPLVDSSE-LQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSIAPEVVM
:.. ::.:. . :. .:...: . ::: :.: : ...::: . : . ..:::
CCDS19 GLRPGDVILAI-GEQMVQNAEDVYEAVRTQSQLAVQIRRGRETLTLYVTPEVTE
410 420 430 440 450
>>CCDS1952.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 (361 aa)
initn: 711 init1: 282 opt: 377 Z-score: 327.7 bits: 69.5 E(32554): 6.2e-12
Smith-Waterman score: 558; 33.3% identity (53.1% similar) in 454 aa overlap (10-451:19-359)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MQARALLLAALAALALAREPPAAPCPARCDVSRCPSPRCPGGY-VPDLCNC
::... .:.: .: .: .:: : .:.:
CCDS19 MAAPRAGRGAGWSLRAWRALGGIRWGRRPRLTPDLRALLTSGTSDPRARVTYGTPSL-WA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE0 CLVCAASEGEPC---GGPLDSPCGESLECVRGLCRCRWSHAVCGTDGHTYANVCALQAAS
: ...: . : : : .: .. : : : : . :: .... : :: :..
CCDS19 RLSVGVTEPRACLTSGTP--GPRAQ-LTAVTPDTRTREASENSGTRSRAWLAV-ALGAGG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 RRALQLSGT---PVRQLQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKIAPAVVHIELFLRHP
: : : : : : .::: ..::::::::: :::::.::.. :::
CCDS19 AVLLLLWGGGRGPPAVLAAVPSP----PPASPRSQYNFIADVVEKTAPAVVYIEILDRHP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQNGDSYEATIKDIDK
..::.::.:.::::... :::.::::::.. :....:.: .::.:::.. .:
CCDS19 FLGREVPISNGSGFVVAADGLIVTNAHVVAD------RRRVRVRLLSGDTYEAVVTAVDP
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVTTGIVSTAQREGREL
.::::..:. :
CCDS19 VADIATLRIQTK------------------------------------------------
230
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 GLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDRITRFLTEF
.::::::::::::::::.::.::::::::::::::. .:: .
CCDS19 -----------------FGNSGGPLVNLDGEVIGVNTMKVTAGISFAIPSDRLREFLHRG
240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 QDKQ----IKDWKKRFIGIRMRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIYVQEVAPNSPSQRG
. :. :. ..:.::. : :..: :.
CCDS19 EKKNSSSGISGSQRRYIGVMMLTLSP--------------------------------RA
290 300
410 420 430 440 450
pF1KE0 GIQDGDIIVKVNGRPLVDSSE-LQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSIAPEVVM
:.. ::.:. . :. .:...: . ::: :.: : ...::: . : . ..:::
CCDS19 GLRPGDVILAI-GEQMVQNAEDVYEAVRTQSQLAVQIRRGRETLTLYVTPEVTE
310 320 330 340 350 360
453 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 03:08:15 2016 done: Sat Nov 5 03:08:16 2016
Total Scan time: 3.310 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]