Result of FASTA (omim) for
pF1KE0790
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0790, 462 aa
1>>>pF1KE0790 462 - 462 aa - 462 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5364+/-0.000738; mu= 20.2617+/- 0.046
mean_var=335.7272+/-68.484, 0's: 0 Z-trim(111.3): 2003 B-trim: 116 in 1/53
Lambda= 0.069997
statistics sampled from 17559 (19879) to 17559 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 8.850
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011524767 (OMIM: 613910) PREDICTED: zinc finger ( 535) 2045 221.8 3.6e-57
NP_653285 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 i ( 535) 2045 221.8 3.6e-57
NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [ ( 628) 2000 217.4 8.9e-56
XP_016882851 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1960 213.3 1.5e-54
XP_016882853 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1960 213.3 1.5e-54
XP_016882852 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1960 213.3 1.5e-54
NP_001284554 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 458) 1650 181.8 3.4e-45
XP_005259380 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 566) 1546 171.5 5.4e-42
XP_011525696 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 566) 1546 171.5 5.4e-42
XP_016882854 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 566) 1546 171.5 5.4e-42
XP_016882850 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 702) 1546 171.7 5.9e-42
XP_016882849 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 702) 1546 171.7 5.9e-42
XP_011525694 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 712) 1546 171.7 5.9e-42
XP_006723481 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 712) 1546 171.7 5.9e-42
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 1508 167.5 7.3e-41
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1247 141.2 6.4e-33
XP_016869365 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1241 140.6 9.6e-33
XP_011515622 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1241 140.6 9.6e-33
NP_001273699 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 520) 1241 140.6 9.8e-33
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1213 137.7 6.8e-32
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1208 137.2 9.5e-32
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1208 137.2 9.5e-32
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1208 137.2 9.5e-32
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1208 137.2 9.5e-32
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1206 137.0 1.1e-31
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1206 137.0 1.1e-31
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1204 137.2 1.5e-31
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1204 137.2 1.5e-31
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1204 137.2 1.5e-31
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1204 137.3 1.6e-31
>>XP_011524767 (OMIM: 613910) PREDICTED: zinc finger pro (535 aa)
initn: 5735 init1: 1205 opt: 2045 Z-score: 1147.4 bits: 221.8 E(85289): 3.6e-57
Smith-Waterman score: 2045; 66.3% identity (82.0% similar) in 460 aa overlap (1-457:1-456)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLCDEEAQKR---KAKESGMALPQGRLTFMDVAIEFSQEEWKSLDPGQRALYRDVMLENY
:::::.:::: ::::::::::::.::: :::::::: ::: :::.:::::.:::::::
XP_011 MLCDEKAQKRRKRKAKESGMALPQGHLTFRDVAIEFSQAEWKCLDPAQRALYKDVMLENY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 RNLVFLGICLPDLSIISMLKQRREPLILQSQVKIVKNTDGRECVRSVNTGRSCVLGSNAE
:::: ::: ::::.: :::.::::: .:.:::.::.:::::...:::: : .::::::
XP_011 RNLVSLGISLPDLNINSMLEQRREPWSGESEVKIAKNSDGRECIKGVNTGSSYALGSNAE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NKPIKNQLGLTLESHLSELQLFQAGRKIYRSNQVEKFTNHRSSVSPLQKISSSFTTHIFN
.::::.:::.... :::::.:: : : ::::.: :: :::: ::..::: : :::
XP_011 DKPIKKQLGVSFHLHLSELELFPDERVINGCNQVENFINHSSSVSCLQEMSSSVKTPIFN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 KYRNDLIDFPLLPQEEKAYIRGKSYEYECSEDGEVFRVPASLTNHQVIHTAEKPYKCTEC
:::. : .::::.:...: : : ::.: ..:::: .:::.::::::.::::::. :
XP_011 --RNDFDDSSFLPQEQKVHLREKPY--ECNEHSKVFRVSSSLTKHQVIHTVEKPYKCNSC
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GKVFSRNSHLVEHWRIHTGQKPYKCSECDKVFNRNSNLARHQRIHTGEKPHKCNECGKAF
::::::::::.:: :::::.:::::. : :::. :::.:::::::: :::..::::::.:
XP_011 GKVFSRNSHLAEHCRIHTGEKPYKCNVCGKVFSYNSNFARHQRIHTREKPYECNECGKVF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RECSGLTTHLVIHTGEKPYKCNECGKNFRHKFSLTNHQRSHTAEKPYKCNECGKVFSLLS
. : :. : ::. :::::::::::.: :: ::.:: : .:.::::::.::::.: ..
XP_011 SNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFSHKSSLANHWRIYTGEKPYKCDECGKAFYRIA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 YLARHQIIHSTEKPYKCNECGRAFHKRPGLMAHLLIHTGEKPYKCNECDKVFGRKLYLTN
:.::: ::. ::::::::::..: . : : ::::::::::::: :::.. :.
XP_011 LLVRHQKIHTGEKPYKCNECGKVFIQNSHLAQHWRIHTGEKPYKCNECGKVFNQLSNLAR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE0 HQRIHTGERPYKCNACGKVFNQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
:.::::::.::::: :::.:.. :: : ::.::. .
XP_011 HRRIHTGEKPYKCNECGKAFSEYSGLSAHLVIHTGEKPYKCSECGKAFRHKLSLTNHQRI
420 430 440 450 460 470
XP_011 HTGERPYKCNECGKVFNRIAHLARHRKIHTGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
480 490 500 510 520 530
>--
initn: 1368 init1: 389 opt: 403 Z-score: 251.3 bits: 56.0 E(85289): 3e-07
Smith-Waterman score: 403; 67.1% identity (82.3% similar) in 79 aa overlap (318-396:457-535)
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 HKCNECGKAFRECSGLTTHLVIHTGEKPYKCNECGKNFRHKFSLTNHQRSHTAEKPYKCN
:.:::: ::::.::::::: ::.:.:::::
XP_011 YKCNECGKAFSEYSGLSAHLVIHTGEKPYKCSECGKAFRHKLSLTNHQRIHTGERPYKCN
430 440 450 460 470 480
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 ECGKVFSLLSYLARHQIIHSTEKPYKCNECGRAFHKRPGLMAHLLIHTGEKPYKCNECDK
::::::. ...::::. ::. ::::::::::.:: . : : :: :
XP_011 ECGKVFNRIAHLARHRKIHTGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
490 500 510 520 530
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 VFGRKLYLTNHQRIHTGERPYKCNACGKVFNQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
>>NP_653285 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 isofo (535 aa)
initn: 5735 init1: 1205 opt: 2045 Z-score: 1147.4 bits: 221.8 E(85289): 3.6e-57
Smith-Waterman score: 2045; 66.3% identity (82.0% similar) in 460 aa overlap (1-457:1-456)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLCDEEAQKR---KAKESGMALPQGRLTFMDVAIEFSQEEWKSLDPGQRALYRDVMLENY
:::::.:::: ::::::::::::.::: :::::::: ::: :::.:::::.:::::::
NP_653 MLCDEKAQKRRKRKAKESGMALPQGHLTFRDVAIEFSQAEWKCLDPAQRALYKDVMLENY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 RNLVFLGICLPDLSIISMLKQRREPLILQSQVKIVKNTDGRECVRSVNTGRSCVLGSNAE
:::: ::: ::::.: :::.::::: .:.:::.::.:::::...:::: : .::::::
NP_653 RNLVSLGISLPDLNINSMLEQRREPWSGESEVKIAKNSDGRECIKGVNTGSSYALGSNAE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NKPIKNQLGLTLESHLSELQLFQAGRKIYRSNQVEKFTNHRSSVSPLQKISSSFTTHIFN
.::::.:::.... :::::.:: : : ::::.: :: :::: ::..::: : :::
NP_653 DKPIKKQLGVSFHLHLSELELFPDERVINGCNQVENFINHSSSVSCLQEMSSSVKTPIFN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 KYRNDLIDFPLLPQEEKAYIRGKSYEYECSEDGEVFRVPASLTNHQVIHTAEKPYKCTEC
:::. : .::::.:...: : : ::.: ..:::: .:::.::::::.::::::. :
NP_653 --RNDFDDSSFLPQEQKVHLREKPY--ECNEHSKVFRVSSSLTKHQVIHTVEKPYKCNSC
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GKVFSRNSHLVEHWRIHTGQKPYKCSECDKVFNRNSNLARHQRIHTGEKPHKCNECGKAF
::::::::::.:: :::::.:::::. : :::. :::.:::::::: :::..::::::.:
NP_653 GKVFSRNSHLAEHCRIHTGEKPYKCNVCGKVFSYNSNFARHQRIHTREKPYECNECGKVF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RECSGLTTHLVIHTGEKPYKCNECGKNFRHKFSLTNHQRSHTAEKPYKCNECGKVFSLLS
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NP_653 SNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFSHKSSLANHWRIYTGEKPYKCDECGKAFYRIA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 YLARHQIIHSTEKPYKCNECGRAFHKRPGLMAHLLIHTGEKPYKCNECDKVFGRKLYLTN
:.::: ::. ::::::::::..: . : : ::::::::::::: :::.. :.
NP_653 LLVRHQKIHTGEKPYKCNECGKVFIQNSHLAQHWRIHTGEKPYKCNECGKVFNQLSNLAR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE0 HQRIHTGERPYKCNACGKVFNQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
:.::::::.::::: :::.:.. :: : ::.::. .
NP_653 HRRIHTGEKPYKCNECGKAFSEYSGLSAHLVIHTGEKPYKCSECGKAFRHKLSLTNHQRI
420 430 440 450 460 470
NP_653 HTGERPYKCNECGKVFNRIAHLARHRKIHTGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
480 490 500 510 520 530
>--
initn: 1368 init1: 389 opt: 403 Z-score: 251.3 bits: 56.0 E(85289): 3e-07
Smith-Waterman score: 403; 67.1% identity (82.3% similar) in 79 aa overlap (318-396:457-535)
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 HKCNECGKAFRECSGLTTHLVIHTGEKPYKCNECGKNFRHKFSLTNHQRSHTAEKPYKCN
:.:::: ::::.::::::: ::.:.:::::
NP_653 YKCNECGKAFSEYSGLSAHLVIHTGEKPYKCSECGKAFRHKLSLTNHQRIHTGERPYKCN
430 440 450 460 470 480
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 ECGKVFSLLSYLARHQIIHSTEKPYKCNECGRAFHKRPGLMAHLLIHTGEKPYKCNECDK
::::::. ...::::. ::. ::::::::::.:: . : : :: :
NP_653 ECGKVFNRIAHLARHRKIHTGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
490 500 510 520 530
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 VFGRKLYLTNHQRIHTGERPYKCNACGKVFNQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
>>NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [Homo (628 aa)
initn: 7908 init1: 1138 opt: 2000 Z-score: 1122.4 bits: 217.4 E(85289): 8.9e-56
Smith-Waterman score: 2000; 65.8% identity (83.0% similar) in 441 aa overlap (17-457:1-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLCDEEAQKRKAKESGMALPQGRLTFMDVAIEFSQEEWKSLDPGQRALYRDVMLENYRNL
::: :: : :::::::::::::: :::.::.:::::::::::::
NP_115 MALTQGPLKFMDVAIEFSQEEWKCLDPAQRTLYRDVMLENYRNL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VFLGICLPDLSIISMLKQRREPLILQSQVKIVKNTDGRECVRSVNTGRSCVLGSNAENKP
: :::::::::. :::.:.:.: :::. ::... :::::...::: :: ::::: :::
NP_115 VSLGICLPDLSVTSMLEQKRDPWTLQSEEKIANDPDGRECIKGVNTERSSKLGSNAGNKP
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 IKNQLGLTLESHLSELQLFQAGRKIYRSNQVEKFTNHRSSVSPLQKISSSFTTHIFNKYR
:::::.:.. :::.:::::: ::: .. :: .. ::::::.::::: .:..::::
NP_115 CKNQLGFTFQLHLSDLQLFQAERKISGCKHFEKPVSDNSSVSPLEKISSSVKSHLLNKYR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NDLIDFPLLPQEEKAYIRGKSYEYECSEDGEVFRVPASLTNHQVIHTAEKPYKCTECGKV
:.. ::::::.::.:: :.: .:.: :.:::. ::::: ::::.:..::::.:::::
NP_115 NNFDHAPLLPQEQKAHIREKAY--KCNEHGQVFRASASLTN-QVIHNADNPYKCSECGKV
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 FSRNSHLVEHWRIHTGQKPYKCSECDKVFNRNSNLARHQRIHTGEKPHKCNECGKAFREC
:: .:.:: : :.:::.::::: :: :.:. ::::..::::::::::.::.:: :.::
NP_115 FSCSSKLVIHRRMHTGEKPYKCHECGKLFSSNSNLSQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSS
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SGLTTHLVIHTGEKPYKCNECGKNFRHKFSLTNHQRSHTAEKPYKCNECGKVFSLLSYLA
: :. : ::::::::::.:: : : . :. ::. ::.::::.::.:::::: ::::
NP_115 SKLAQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFNQIAHLVRHQKIHTGEKPYSCNKCGKVFSRHSYLA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 RHQIIHSTEKPYKCNECGRAFHKRPGLMAHLLIHTGEKPYKCNECDKVFGRKLYLTNHQR
.:: .:. ::::::.:::.:: : .:..: :::::.:::::.::::::::: .::.:::
NP_115 EHQTVHTGEKPYKCEECGKAFSVRSSLITHQLIHTGRKPYKCKECDKVFGRKCFLTSHQR
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460
pF1KE0 IHTGERPYKCNACGKVFNQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
::: :::: :. :::.:.:. : :::: :. :. .
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::: : .::::::.::::.:::.... :::::.:: : : ::::.: :: :::: :
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:::.::::::. :::::::::::.:: :::::.:::::. : :::. :::.::::::::
NP_001 IHTVEKPYKCNSCGKVFSRNSHLAEHCRIHTGEKPYKCNVCGKVFSYNSNFARHQRIHTR
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:::..::::::.: . : :. : ::. :::::::::::.: :: ::.:: : .:.::::
NP_001 EKPYECNECGKVFSNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFSHKSSLANHWRIYTGEKPY
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::.::::.: .. :.::: ::. ::::::::::..: . : : ::::::::::::
NP_001 KCDECGKAFYRIALLVRHQKIHTGEKPYKCNECGKVFIQNSHLAQHWRIHTGEKPYKCNE
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350 360 370 380 390 400
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XP_016 MHHLSSLCFLHCQHDTHNTLILLPMSESERSSKLGSNAGNKPCKNQLGFTFQLHLSDLQ
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XP_016 LFQAERKISGCKHFEKPVSDNSSVSPLEKISSSVKSHLLNKYRNNFDHAPLLPQEQKAHI
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XP_016 KPYKCHECGKLFSSNSNLSQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSSSKLAQHQRIHTGEKPYK
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pF1KE0 NQNPHLSRHRKIHAGENSLRTLQME
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XP_016 SQKSDLIRHRKTHTDEKPYKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKS
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XP_016 VFNQASYLTRHQIIHTGERPYRCSKCGKAFRGCSGLTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQ
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XP_016 KSSLTNHHRIHIGEKPYKCTLCSKVFSHNSDLAQHQRVHS
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462 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 03:10:11 2016 done: Sat Nov 5 03:10:13 2016
Total Scan time: 8.850 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]