Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0960
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0960, 499 aa
1>>>pF1KE0960 499 - 499 aa - 499 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2925+/-0.00139; mu= -22.5525+/- 0.080
mean_var=418.2337+/-95.148, 0's: 0 Z-trim(107.8): 149 B-trim: 409 in 1/52
Lambda= 0.062714
statistics sampled from 9704 (9828) to 9704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16
Scan time: 2.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 499) 3431 325.5 8.5e-89
CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 498) 3412 323.8 2.8e-88
CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 490) 2020 197.8 2.3e-50
CCDS45304.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 638) 2020 197.9 2.8e-50
CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 ( 481) 1889 186.0 8.2e-47
CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 484) 1828 180.4 3.8e-45
CCDS54427.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 526) 1828 180.5 4.1e-45
>>CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (499 aa)
initn: 3431 init1: 3431 opt: 3431 Z-score: 1707.7 bits: 325.5 E(32554): 8.5e-89
Smith-Waterman score: 3431; 100.0% identity (100.0% similar) in 499 aa overlap (1-499:1-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
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CCDS72 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 RRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 RRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 VDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHMC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWSQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRLD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 WDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 WDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFFA
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE0 RLRAEPPNKLWDSSRDISR
:::::::::::::::::::
CCDS72 RLRAEPPNKLWDSSRDISR
490
>>CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 2577 init1: 2577 opt: 3412 Z-score: 1698.4 bits: 323.8 E(32554): 2.8e-88
Smith-Waterman score: 3412; 99.8% identity (99.8% similar) in 499 aa overlap (1-499:1-498)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 RRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQC
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RRRRSRTFSRSSS-HSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQC
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 VDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHMC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFVN
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWSQ
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRLD
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 WDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFFA
420 430 440 450 460 470
490
pF1KE0 RLRAEPPNKLWDSSRDISR
:::::::::::::::::::
CCDS11 RLRAEPPNKLWDSSRDISR
480 490
>>CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 (490 aa)
initn: 2124 init1: 1970 opt: 2020 Z-score: 1017.8 bits: 197.8 E(32554): 2.3e-50
Smith-Waterman score: 2020; 60.0% identity (79.6% similar) in 500 aa overlap (1-499:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
: : .::.: : ::: ::::: : : : :.. ::::
CCDS10 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRW-------KRRRSYS-REHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DR-SSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHR
:: .:: .:: .:: .. : . :. :: . . . .:: . ::... ... :.
CCDS10 DRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQ
:: : . : :.: :.: ..::::: ::::. ..:::::::::::..:::::::.::.
CCDS10 RRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYEIVGNLGEGTFGKVVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 CVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHM
:.:: :: ..::::::.:: ::.::::::::::.::.::: .:: ::: : :::..::::
CCDS10 CLDHARGKSQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 CISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFV
::.::::: .::.:::.::. :::. .:::::.:::.:..:::.:.::::::::::::::
CCDS10 CIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWS
::..: :: .:. .:.:::.:..::.::::::::::::.:::.::::: :::::::::.
CCDS10 NSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 QPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRL
:::::::::::.:::: ::::::::.:::::.:::.:::::::.::..::::::::.: :
CCDS10 QPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 DWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFF
::::.: ::::.::::::. :. ... :: :::::.. :::..::.:.::.::: ::::
CCDS10 VWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFF
420 430 440 450 460 470
480 490
pF1KE0 ARLRAEPPNKLWDSSRDISR
: : : .. . .::. ::
CCDS10 AGLT--PEERSFHTSRNPSR
480 490
>>CCDS45304.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 (638 aa)
initn: 2124 init1: 1970 opt: 2020 Z-score: 1016.1 bits: 197.9 E(32554): 2.8e-50
Smith-Waterman score: 2020; 60.0% identity (79.6% similar) in 500 aa overlap (1-499:149-638)
10 20 30
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRR
: : .::.: : ::: :::
CCDS45 GLPRAEVAAGSGRGARSGEWGLAAAGAWETMHHCKRYRSPEPDPYLSYRW-------KRR
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80
pF1KE0 RSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYDDR-SSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDA
:: : : : :.. :::: :: .:: .:: .:: .. : . :.
CCDS45 RSYS-REHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSHDRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGED
180 190 200 210 220 230
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 YYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHRRRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEG
:: . . . .:: . ::... ... :.:: : . : :.: :.: ..::::: ::
CCDS45 YYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEG
240 250 260 270 280 290
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 HLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQCVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEI
::. ..:::::::::::..:::::::.::.:.:: :: ..::::::.:: ::.:::::::
CCDS45 HLVCRIGDWLQERYEIVGNLGEGTFGKVVECLDHARGKSQVALKIIRNVGKYREAARLEI
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 NVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHMCISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRH
:::.::.::: .:: ::: : :::..::::::.::::: .::.:::.::. :::. .:::
CCDS45 NVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRH
360 370 380 390 400 410
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 MAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFVNSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFG
::.:::.:..:::.:.::::::::::::::::..: :: .:. .:.:::.:..::.:::
CCDS45 MAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFVNSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFG
420 430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 SATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWSQPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREH
:::::::::.:::.::::: :::::::::.:::::::::::.:::: ::::::::.::::
CCDS45 SATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWAQPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREH
480 490 500 510 520 530
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 LAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRLDWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEH
:.:::.:::::::.::..::::::::.: : ::::.: ::::.::::::. :. ... ::
CCDS45 LVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGLVWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEH
540 550 560 570 580 590
450 460 470 480 490
pF1KE0 HQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFFARLRAEPPNKLWDSSRDISR
:::::.. :::..::.:.::.::: ::::: : : .. . .::. ::
CCDS45 VQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFFAGLT--PEERSFHTSRNPSR
600 610 620 630
>>CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 (481 aa)
initn: 1724 init1: 1724 opt: 1889 Z-score: 953.9 bits: 186.0 E(32554): 8.2e-47
Smith-Waterman score: 1889; 57.9% identity (81.6% similar) in 485 aa overlap (1-483:1-479)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSY-REHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSY
: : .: : . :: :. .: ::. .:::.: :: ::....:. . . ... .
CCDS44 MRHSKRTHCPDWDSRESWGHESYRG-SHKRKR-RS-HSSTQENRHCKPHHQFKESDCHYL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 DDRSSDRRVY-DRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKH
. :: ..: : :::: :: ::: . .: : . .:. . .:: ::.::: ...
CCDS44 EARSLNERDYRDRRYVDEYR-NDYCEGYVPRHYHRDIESGYRIHCSKSSVRSRRSSPKRK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RRRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVV
: :. :. :::.: : .:..:.::: ::::: . :: :. :::::.:::::.::.::
CCDS44 RNRHCSSHQ-SRSKS-HRRKRSRSIEDDEEGHLICQSGDVLRARYEIVDTLGEGAFGKVV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 QCVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGH
.:.:: : .::.::.::: .:.:::: ::.:::..: ::.. ::::..:::.:::
CCDS44 ECIDHGMDGMHVAVKIVKNVGRYREAARSEIQVLEHLNSTDPNSVFRCVQMLEWFDHHGH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 MCISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILF
.:: ::::::::.::.:.:..::. : ..:.::.:.::...::: :::::::::::::::
CCDS44 VCIVFELLGLSTYDFIKENSFLPFQIDHIRQMAYQICQSINFLHHNKLTHTDLKPENILF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 VNSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGW
:.::: . :: . :::::..:.: ..::::::::.: :::::.::::::::::::: :::
CCDS44 VKSDYVVKYNSKMKRDERTLKNTDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 SQPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGR
::::::::::::..:::.:::.:::::..::::::::::::::..::.::::.:::....
CCDS44 SQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFQTHDSKEHLAMMERILGPIPQHMIQKTRKRKYFHHNQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 LDWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPF
:::::..:::::::. ::::.... . :::..::::.. ::::.:..:.:: :::::::
CCDS44 LDWDEHSSAGRYVRRRCKPLKEFMLCHDEEHEKLFDLVRRMLEYDPTQRITLDEALQHPF
420 430 440 450 460 470
480 490
pF1KE0 FARLRAEPPNKLWDSSRDISR
: :.
CCDS44 FDLLKKK
480
>>CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 (484 aa)
initn: 1754 init1: 1754 opt: 1828 Z-score: 924.0 bits: 180.4 E(32554): 3.8e-45
Smith-Waterman score: 1828; 55.3% identity (80.5% similar) in 488 aa overlap (1-483:1-481)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRRE----DSYHVRSR
: : .: . . .. ..:: . ..::.:: ::... : . . ::....::
CCDS23 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SSYDDRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRR
: ... ..::: :: :::.. .. . :.. :. . .:: :: ::: .
CCDS23 SI-----NEKDYHSRRYIDEYR-NDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 -KHRRRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFG
::: .. :. :...: : .:..::::: ::::: . :: :. :::::.:::::.::
CCDS23 SKHRIHHSTSHRRSHGKS-HRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RVVQCVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDY
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