FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1013, 285 aa 1>>>pF1KE1013 285 - 285 aa - 285 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8384+/-0.000607; mu= 13.9997+/- 0.037 mean_var=85.3585+/-17.122, 0's: 0 Z-trim(113.5): 14 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.138820 statistics sampled from 14114 (14127) to 14114 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16 Scan time: 2.840 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11252.2 CORO6 gene_id:84940|Hs108|chr17 ( 472) 1482 305.9 3.7e-83 CCDS9120.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 ( 474) 1022 213.8 2e-55 CCDS61236.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 ( 527) 1022 213.8 2.2e-55 CCDS8164.1 CORO1B gene_id:57175|Hs108|chr11 ( 489) 965 202.3 5.6e-52 CCDS10673.1 CORO1A gene_id:11151|Hs108|chr16 ( 461) 925 194.3 1.4e-49 CCDS6735.1 CORO2A gene_id:7464|Hs108|chr9 ( 525) 585 126.3 4.8e-29 CCDS53952.1 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 ( 475) 576 124.4 1.5e-28 CCDS10229.2 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 ( 480) 576 124.4 1.5e-28 CCDS55982.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 840) 299 69.1 1.2e-11 CCDS58417.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 907) 299 69.1 1.3e-11 CCDS10513.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 ( 925) 299 69.1 1.3e-11 CCDS58418.1 PAM16 gene_id:100529144|Hs108|chr16 (1048) 299 69.2 1.5e-11 >>CCDS11252.2 CORO6 gene_id:84940|Hs108|chr17 (472 aa) initn: 1279 init1: 1254 opt: 1482 Z-score: 1606.5 bits: 305.9 E(32554): 3.7e-83 Smith-Waterman score: 1482; 99.5% identity (99.5% similar) in 221 aa overlap (66-285:252-472) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 KARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIV :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 PMRAVFTRQGHIFTTGFTRMSQRELGLWDPNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIV 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 YLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 YLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHE 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 RKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 RKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHR 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 ELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQ-HTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALE ::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 ELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALE 410 420 430 440 450 460 280 pF1KE1 NMLCELVDGTD ::::::::::: CCDS11 NMLCELVDGTD 470 >>CCDS9120.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 (474 aa) initn: 1030 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1108.6 bits: 213.8 E(32554): 2e-55 Smith-Waterman score: 1022; 64.4% identity (87.8% similar) in 222 aa overlap (67-280:252-472) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY :..::.::.::::::::::::::::.::.: CCDS91 MRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLALWNPKNMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIY 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER ::::::::::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::: CCDS91 LCGKGDSSIRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHER 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE :::::::::::::::::::::::: ::: ::::.::. :..:.:.::::. ::.: :.:. 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CCDS91 RISKLEQQMAKIAA 470 >>CCDS61236.1 CORO1C gene_id:23603|Hs108|chr12 (527 aa) initn: 1030 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1107.9 bits: 213.8 E(32554): 2.2e-55 Smith-Waterman score: 1022; 64.4% identity (87.8% similar) in 222 aa overlap (67-280:305-525) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY :..::.::.::::::::::::::::.::.: CCDS61 MRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLALWNPKNMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIY 280 290 300 310 320 330 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER ::::::::::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::: CCDS61 LCGKGDSSIRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHER 340 350 360 370 380 390 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE :::::::::::::::::::::::: ::: ::::.::. :..:.:.::::. ::.: :.:. CCDS61 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWFEGKNADPILISLKHGYIPGKNRD 400 410 420 430 440 450 220 230 240 250 260 pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSG--------PRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQ :.:.:.:::: .: .. :... ..... .. :. .:.:::.... . :.. CCDS61 LKVVKKNILDSKPTANKKCDLISIPKKTTDTASVQ-NEAKLDEILKEIKSIKDTICNQDE 460 470 480 490 500 510 270 280 pF1KE1 RITALENMLCELVDGTD ::. ::... .. CCDS61 RISKLEQQMAKIAA 520 >>CCDS8164.1 CORO1B gene_id:57175|Hs108|chr11 (489 aa) initn: 1029 init1: 934 opt: 965 Z-score: 1046.7 bits: 202.3 E(32554): 5.6e-52 Smith-Waterman score: 1014; 54.5% identity (74.2% similar) in 299 aa overlap (6-283:208-487) 10 20 30 pF1KE1 MCRGGGAMCAGEEERCAQG----RGLQLWSLEVWG :.. : :.:. .: :.. : . .:. CCDS81 LIYNVSWNHNGSLFCSACKDKSVRIIDPRRGTLVA-EREKAHEGARPMRAIFLADGKVFT 180 190 200 210 220 230 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 IGFGKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPD ::.. .:. : :: :.:::.::::.:.:::.:::::::: CCDS81 TGFSRMSERQLALWDPE------------------NLEEPMALQELDSSNGALLPFYDPD 240 250 260 270 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 SSIVYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFY .:.::.::::::::::::::.:::..:.::::.::::::::: ::::::.:::::::::: CCDS81 TSVVYVCGKGDSSIRYFEITEEPPYIHFLNTFTSKEPQRGMGSMPKRGLEVSKCEIARFY 280 290 300 310 320 330 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KLHERKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVP ::::::::::.:::::::::::::::::: ::: ::::.::.::.::.:.:::::..::: CCDS81 KLHERKCEPIVMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWVSGRDADPILISLREAYVP 340 350 360 370 380 390 220 230 240 250 pF1KE1 PKHRELRVTKRNIL-DVRPPSGPRRSQ--------SASDAPLSQHT--------LETLLE :.:.:....::.: : :: .: :. .:.:: : :: ... CCDS81 SKQRDLKISRRNVLSDSRPAMAPGSSHLGAPASTTTAADATPSGSLARAGEAGKLEEVMQ 400 410 420 430 440 450 260 270 280 pF1KE1 EIKALRERVQAQEQRITALENMLCELVDGTD :..::: :. : .:: ::..: .. .: CCDS81 ELRALRALVKEQGDRICRLEEQLGRMENGDA 460 470 480 >>CCDS10673.1 CORO1A gene_id:11151|Hs108|chr16 (461 aa) initn: 955 init1: 877 opt: 925 Z-score: 1003.8 bits: 194.3 E(32554): 1.4e-49 Smith-Waterman score: 925; 65.4% identity (84.1% similar) in 208 aa overlap (67-274:254-455) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY ..:::..:::.:::.::::::.:::..::: CCDS10 VRAVFVSEGKILTTGFSRMSERQVALWDTKHLEEPLSLQELDTSSGVLLPFFDPDTNIVY 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER :::::::::::::::.: ::.:::. ::::: :::::.::::::.:.::::::::::::: CCDS10 LCGKGDSSIRYFEITSEAPFLHYLSMFSSKESQRGMGYMPKRGLEVNKCEIARFYKLHER 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE .:::: :::::::::::.:::: : ::.::: :.:::.:.:: :.::::.::::::: :: CCDS10 RCEPIAMTVPRKSDLFQEDLYPPTAGPDPALTAEEWLGGRDAGPLLISLKDGYVPPKSRE 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALENM :::.. :: .: ::. ... :. .. : ::.. :. :: ..:. :: CCDS10 LRVNRG--LD----TGRRRAAPEASGTPSSDAVSRLEEEMRKLQATVQELQKRLDRLEET 410 420 430 440 450 280 pF1KE1 LCELVDGTD CCDS10 VQAK 460 >>CCDS6735.1 CORO2A gene_id:7464|Hs108|chr9 (525 aa) initn: 614 init1: 363 opt: 585 Z-score: 635.0 bits: 126.3 E(32554): 4.8e-29 Smith-Waterman score: 585; 44.2% identity (68.8% similar) in 224 aa overlap (65-285:255-470) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI :.:. :. ...: :.:::.:::: :.:. CCDS67 ASKVLFLGNLKKLMSTGTSRWNNRQVALWDQDNLSVPLMEEDLDGSSGVLFPFYDADTSM 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH .:. ::::..:::.:.. . : . ::. . : .::.:.: :::::::::.::: ::::: CCDS67 LYVVGKGDGNIRYYEVSADKPHLSYLTEYRSYNPQKGIGVMPKRGLDVSSCEIFRFYKLI 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 ERKC--EPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPP : ::: : :::.:. .:.:.:: : : .:.: :.:::::.. .:.:.::: : CCDS67 TTKSLIEPISMIVPRRSESYQEDIYPPTAGAQPSLTAQEWLSGMNRDPILVSLRPGSELL 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 KHRELRVTKRNILDVRPPSGPRR-SQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRIT . . : . .: :.. :..:: .:. . : . .:::: : : : :.: CCDS67 RPHPLPA-ERPIFNSMAPASPRLLNQTEKLAAEDGWRSSSLLEE-KMPR---WAAEHR-- 410 420 430 440 450 280 pF1KE1 ALENMLCELVDGTD ::. :..: : CCDS67 -LEEKKTWLTNGFDVFECPPPKTENELLQMFYRQQEEIRRLRELLTQREVQAKQLELEIK 460 470 480 490 500 510 >>CCDS53952.1 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 (475 aa) initn: 546 init1: 324 opt: 576 Z-score: 625.9 bits: 124.4 E(32554): 1.5e-28 Smith-Waterman score: 581; 42.7% identity (65.2% similar) in 227 aa overlap (65-280:250-468) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI :... :. .:.: .:.:.:::: :. . CCDS53 VNRVVFLGNMKRLLTTGVSRWNTRQIALWDQEDLSMPLIEEEIDGLSGLLFPFYDADTHM 220 230 240 250 260 270 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH .:: ::::..:::.::. : :.. :: : : ::.:.: :::.::::: ::. ::::: CCDS53 LYLAGKGDGNIRYYEISTEKPYLSYLMEFRSPAPQKGLGVMPKHGLDVSACEVFRFYKLV 280 290 300 310 320 330 160 170 180 190 200 pF1KE1 ERK--CEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGY--- : ::: : :::.:: .:.:.:: ::: :::: ::::.: . .:::.::..:: CCDS53 TLKGLIEPISMIVPRRSDSYQEDIYPMTPGTEPALTPDEWLGGINRDPVLMSLKEGYKKS 340 350 360 370 380 390 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 ------VPPKHRELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERV .: :... :. : .:. :: . . :. .::. :.:.. CCDS53 SKMVFKAPIKEKKSVVV--NGIDLLENVPPRTENELLRMFFRQQ------DEIRRLKEEL 400 410 420 430 440 450 270 280 pF1KE1 QAQEQRITALENMLCELVDGTD .. :: :. : .: CCDS53 AQKDIRIRQLQLELKNLRNSPKNC 460 470 >>CCDS10229.2 CORO2B gene_id:10391|Hs108|chr15 (480 aa) initn: 546 init1: 324 opt: 576 Z-score: 625.8 bits: 124.4 E(32554): 1.5e-28 Smith-Waterman score: 581; 42.7% identity (65.2% similar) in 227 aa overlap (65-280:255-473) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 GKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSI :... :. .:.: .:.:.:::: :. . CCDS10 VNRVVFLGNMKRLLTTGVSRWNTRQIALWDQEDLSMPLIEEEIDGLSGLLFPFYDADTHM 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 VYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLH .:: ::::..:::.::. : :.. :: : : ::.:.: :::.::::: ::. ::::: CCDS10 LYLAGKGDGNIRYYEISTEKPYLSYLMEFRSPAPQKGLGVMPKHGLDVSACEVFRFYKLV 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 pF1KE1 ERK--CEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGY--- : ::: : :::.:: .:.:.:: ::: :::: ::::.: . .:::.::..:: CCDS10 TLKGLIEPISMIVPRRSDSYQEDIYPMTPGTEPALTPDEWLGGINRDPVLMSLKEGYKKS 350 360 370 380 390 400 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 ------VPPKHRELRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERV .: :... :. : .:. :: . . :. .::. :.:.. CCDS10 SKMVFKAPIKEKKSVVV--NGIDLLENVPPRTENELLRMFFRQQ------DEIRRLKEEL 410 420 430 440 450 270 280 pF1KE1 QAQEQRITALENMLCELVDGTD .. :: :. : .: CCDS10 AQKDIRIRQLQLELKNLRNSPKNC 460 470 480 >>CCDS55982.1 CORO7 gene_id:79585|Hs108|chr16 (840 aa) initn: 327 init1: 294 opt: 299 Z-score: 322.4 bits: 69.1 E(32554): 1.2e-11 Smith-Waterman score: 410; 33.5% identity (65.4% similar) in 188 aa overlap (71-256:636-819) 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 KGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVYLCGK :.:. .:.. ..::: ::::...: : :: CCDS55 CDGRCLLVSGFDSQSERQLLLYEAEALAGGPLAVLGLDVAPSTLLPSYDPDTGLVLLTGK 610 620 630 640 650 660 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 GDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHERKCEP ::. . .:. : :: :.:.: .:..:. ..:: :: . :. : .:.. . :: CCDS55 GDTRVFLYELLPESPFFLECNSFTSPDPHKGLVLLPKTECDVREVELMRCLRLRQSSLEP 670 680 690 700 710 720 170 180 190 200 210 pF1KE1 IIMTVPR-KSDLFQDDLYPDTPGP-EPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRELR . . .:: ....::::..::: ::.: :. ::.: ...: :.::. :: . 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