FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1013, 285 aa 1>>>pF1KE1013 285 - 285 aa - 285 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6592+/-0.000269; mu= 15.1078+/- 0.017 mean_var=86.0342+/-17.464, 0's: 0 Z-trim(120.5): 27 B-trim: 1937 in 1/56 Lambda= 0.138273 statistics sampled from 35815 (35843) to 35815 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.42), width: 16 Scan time: 8.150 The best scores are: opt bits E(85289) XP_011536427 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C ( 286) 1022 212.9 5.8e-55 NP_001263400 (OMIM: 605269) coronin-1C isoform b [ ( 474) 1022 213.0 8.6e-55 XP_016874612 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C ( 474) 1022 213.0 8.6e-55 XP_016874611 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C ( 474) 1022 213.0 8.6e-55 NP_055140 (OMIM: 605269) coronin-1C isoform b [Hom ( 474) 1022 213.0 8.6e-55 NP_001098707 (OMIM: 605269) coronin-1C isoform a [ ( 527) 1022 213.1 9.3e-55 XP_016874610 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C ( 527) 1022 213.1 9.3e-55 NP_001018080 (OMIM: 609849) coronin-1B [Homo sapie ( 489) 965 201.7 2.3e-51 NP_065174 (OMIM: 609849) coronin-1B [Homo sapiens] ( 489) 965 201.7 2.3e-51 XP_011544016 (OMIM: 605000,615401) PREDICTED: coro ( 461) 925 193.7 5.6e-49 NP_009005 (OMIM: 605000,615401) coronin-1A [Homo s ( 461) 925 193.7 5.6e-49 NP_001180262 (OMIM: 605000,615401) coronin-1A [Hom ( 461) 925 193.7 5.6e-49 XP_016878374 (OMIM: 605000,615401) PREDICTED: coro ( 463) 884 185.5 1.6e-46 XP_016878375 (OMIM: 605000,615401) PREDICTED: coro ( 463) 884 185.5 1.6e-46 XP_011517288 (OMIM: 602159) PREDICTED: coronin-2A ( 525) 585 125.9 1.6e-28 NP_003380 (OMIM: 602159) coronin-2A [Homo sapiens] ( 525) 585 125.9 1.6e-28 NP_438171 (OMIM: 602159) coronin-2A [Homo sapiens] ( 525) 585 125.9 1.6e-28 NP_001310944 (OMIM: 605002) coronin-2B isoform 2 [ ( 475) 576 124.1 5.2e-28 NP_001177386 (OMIM: 605002) coronin-2B isoform 2 [ ( 475) 576 124.1 5.2e-28 NP_001177385 (OMIM: 605002) coronin-2B isoform 2 [ ( 475) 576 124.1 5.2e-28 NP_001310943 (OMIM: 605002) coronin-2B isoform 2 [ ( 475) 576 124.1 5.2e-28 NP_006082 (OMIM: 605002) coronin-2B isoform 1 [Hom ( 480) 576 124.1 5.2e-28 NP_001188402 (OMIM: 611668) coronin-7 isoform 3 [H ( 840) 299 69.0 3.5e-11 NP_001188401 (OMIM: 611668) coronin-7 isoform 2 [H ( 907) 299 69.0 3.7e-11 NP_078811 (OMIM: 611668) coronin-7 isoform 1 [Homo ( 925) 299 69.0 3.8e-11 >>XP_011536427 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C isof (286 aa) initn: 1026 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1107.8 bits: 212.9 E(85289): 5.8e-55 Smith-Waterman score: 1023; 53.8% identity (76.7% similar) in 292 aa overlap (1-280:13-284) 10 20 30 40 pF1KE1 MCRGGGAMCAGEEERCAQG----RGLQLWSLEVWGIGFGKARKRKGAS :: : . :.:. .: :.. : . .:. ::.. .:. : XP_011 MVNTDLPPTPSLMC-GMCLFALQEKEKAHEGARPMRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLAL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 GGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVYLCGKGDSS .:. :..::.::.::::::::::::::::.::.::::::::: XP_011 WNPK------------------NMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIYLCGKGDSS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 IRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHERKCEPIIMT ::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::::::::::: XP_011 IRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHERKCEPIIMT 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 VPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRELRVTKRNI :::::::::::::::: ::: ::::.::. :..:.:.::::. ::.: :.:.:.:.:.:: XP_011 VPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWFEGKNADPILISLKHGYIPGKNRDLKVVKKNI 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 LDVRPPSG--------PRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALENM :: .: .. :... ..... .. :. .:.:::.... . :..::. ::.. 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NP_001 RISKLEQQMAKIAA 520 >>XP_016874610 (OMIM: 605269) PREDICTED: coronin-1C isof (527 aa) initn: 1030 init1: 958 opt: 1022 Z-score: 1104.1 bits: 213.1 E(85289): 9.3e-55 Smith-Waterman score: 1022; 64.4% identity (87.8% similar) in 222 aa overlap (67-280:305-525) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY :..::.::.::::::::::::::::.::.: XP_016 MRAIFLADGNVFTTGFSRMSERQLALWNPKNMQEPIALHEMDTSNGVLLPFYDPDTSIIY 280 290 300 310 320 330 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER ::::::::::::::::: :.:::::::::::::::::.::::::::.:::::::.::::: XP_016 LCGKGDSSIRYFEITDESPYVHYLNTFSSKEPQRGMGYMPKRGLDVNKCEIARFFKLHER 340 350 360 370 380 390 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE :::::::::::::::::::::::: ::: ::::.::. :..:.:.::::. ::.: :.:. 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NP_065 LIYNVSWNHNGSLFCSACKDKSVRIIDPRRGTLVA-EREKAHEGARPMRAIFLADGKVFT 180 190 200 210 220 230 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 IGFGKARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPD ::.. .:. : :: :.:::.::::.:.:::.:::::::: NP_065 TGFSRMSERQLALWDPE------------------NLEEPMALQELDSSNGALLPFYDPD 240 250 260 270 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 SSIVYLCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFY .:.::.::::::::::::::.:::..:.::::.::::::::: ::::::.:::::::::: NP_065 TSVVYVCGKGDSSIRYFEITEEPPYIHFLNTFTSKEPQRGMGSMPKRGLEVSKCEIARFY 280 290 300 310 320 330 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KLHERKCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVP ::::::::::.:::::::::::::::::: ::: ::::.::.::.::.:.:::::..::: NP_065 KLHERKCEPIVMTVPRKSDLFQDDLYPDTAGPEAALEAEEWVSGRDADPILISLREAYVP 340 350 360 370 380 390 220 230 240 250 pF1KE1 PKHRELRVTKRNIL-DVRPPSGPRRSQ--------SASDAPLSQHT--------LETLLE :.:.:....::.: : :: .: :. .:.:: : :: ... NP_065 SKQRDLKISRRNVLSDSRPAMAPGSSHLGAPASTTTAADATPSGSLARAGEAGKLEEVMQ 400 410 420 430 440 450 260 270 280 pF1KE1 EIKALRERVQAQEQRITALENMLCELVDGTD :..::: :. : .:: ::..: .. .: NP_065 ELRALRALVKEQGDRICRLEEQLGRMENGDA 460 470 480 >>XP_011544016 (OMIM: 605000,615401) PREDICTED: coronin- (461 aa) initn: 955 init1: 877 opt: 925 Z-score: 1000.3 bits: 193.7 E(85289): 5.6e-49 Smith-Waterman score: 925; 65.4% identity (84.1% similar) in 208 aa overlap (67-274:254-455) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 ARKRKGASGGPEVAREGGAGLVTPPVLGQNNFEEPVALQEMDTSNGVLLPFYDPDSSIVY ..:::..:::.:::.::::::.:::..::: XP_011 VRAVFVSEGKILTTGFSRMSERQVALWDTKHLEEPLSLQELDTSSGVLLPFFDPDTNIVY 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 LCGKGDSSIRYFEITDEPPFVHYLNTFSSKEPQRGMGFMPKRGLDVSKCEIARFYKLHER :::::::::::::::.: ::.:::. ::::: :::::.::::::.:.::::::::::::: XP_011 LCGKGDSSIRYFEITSEAPFLHYLSMFSSKESQRGMGYMPKRGLEVNKCEIARFYKLHER 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 KCEPIIMTVPRKSDLFQDDLYPDTPGPEPALEADEWLSGQDAEPVLISLRDGYVPPKHRE .:::: :::::::::::.:::: : ::.::: :.:::.:.:: :.::::.::::::: :: XP_011 RCEPIAMTVPRKSDLFQEDLYPPTAGPDPALTAEEWLGGRDAGPLLISLKDGYVPPKSRE 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 LRVTKRNILDVRPPSGPRRSQSASDAPLSQHTLETLLEEIKALRERVQAQEQRITALENM :::.. :: .: ::. ... :. .. : ::.. :. :: ..:. :: XP_011 LRVNRG--LD----TGRRRAAPEASGTPSSDAVSRLEEEMRKLQATVQELQKRLDRLEET 410 420 430 440 450 280 pF1KE1 LCELVDGTD XP_011 VQAK 460 285 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 13:24:00 2016 done: Sat Nov 5 13:24:01 2016 Total Scan time: 8.150 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]