Result of FASTA (ccds) for
pF1KE1019
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1019, 663 aa
1>>>pF1KE1019 663 - 663 aa - 663 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0253+/-0.00116; mu= 11.4859+/- 0.070
mean_var=109.9906+/-21.818, 0's: 0 Z-trim(105.1): 124 B-trim: 63 in 1/48
Lambda= 0.122292
statistics sampled from 8131 (8261) to 8131 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34535.1 ARHGAP18 gene_id:93663|Hs108|chr6 ( 663) 4251 761.5 0
CCDS32785.1 ARHGAP28 gene_id:79822|Hs108|chr18 ( 570) 1112 207.6 3.8e-53
CCDS9350.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 ( 995) 347 72.8 2.6e-12
CCDS9349.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 (1105) 347 72.8 2.9e-12
CCDS9348.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 (1113) 347 72.8 2.9e-12
CCDS55201.1 DLC1 gene_id:10395|Hs108|chr8 (1017) 338 71.2 8.1e-12
CCDS5990.1 DLC1 gene_id:10395|Hs108|chr8 (1091) 338 71.2 8.6e-12
CCDS83253.1 DLC1 gene_id:10395|Hs108|chr8 (1125) 338 71.2 8.8e-12
CCDS5989.1 DLC1 gene_id:10395|Hs108|chr8 (1528) 338 71.3 1.1e-11
>>CCDS34535.1 ARHGAP18 gene_id:93663|Hs108|chr6 (663 aa)
initn: 4251 init1: 4251 opt: 4251 Z-score: 4059.6 bits: 761.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4251; 99.8% identity (100.0% similar) in 663 aa overlap (1-663:1-663)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWLSSSQGVVLTAYHPSGKDQAVGNSHAKAGEEATSSRRYGQYTMNQESTTIKVMEKPP
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CCDS34 MSWLSSSQGVVLTAYHPSGKDQTVGNSHAKAGEEATSSRRYGQYTMNQESTTIKVMEKPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 FDRSISQDSLDELSMEDYWIELENIKKSSENSQEDQEVVVVKEPDEGELEEEWLKEAGLS
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CCDS34 FDRSISQDSLDELSMEDYWIELENIKKSSENSQEDQEVVVVKEPDEGELEEEWLKEAGLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 NLFGESAGDPQESIVFLSTLTRTQAAAVQKRVETVSQTLRKKNKQYQIPDVRDIFAQQRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NLFGESAGDPQESIVFLSTLTRTQAAAVQKRVETVSQTLRKKNKQYQIPDVRDIFAQQRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 SKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVSFAEQA
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CCDS34 SKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVSFAEQA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LNQKESSKEKIQKSKGDDATLPSFRLPKDKTGTTRIGDLAPQDMKKVCHLALIELTALYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LNQKESSKEKIQKSKGDDATLPSFRLPKDKTGTTRIGDLAPQDMKKVCHLALIELTALYD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 VLGIELKQQKAVKIKTKDSGLFCVPLTALLEQDQRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VLGIELKQQKAVKIKTKDSGLFCVPLTALLEQDQRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLET
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 EGLLRIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWESVKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EGLLRIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWESVKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 KAFQAVQNLPTKKQQLQALNLLVILLPDANRDTLKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KAFQAVQNLPTKKQQLQALNLLVILLPDANRDTLKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 VMAPNLFMCHALGLKSSEQREFVMAAGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTEN
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CCDS34 VMAPNLFMCHALGLKSSEQREFVMAAGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTEN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 HKKDKRAMKKLLKKMAYDREKYEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HKKDKRAMKKLLKKMAYDREKYEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 ASDVLARFLSQESGVAQTLKKGEVFLYEIGGNIGERCLDDDTYMKDLYQLNPNAEWVIKS
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CCDS34 ASDVLARFLSQESGVAQTLKKGEVFLYEIGGNIGERCLDDDTYMKDLYQLNPNAEWVIKS
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 KPL
:::
CCDS34 KPL
>>CCDS32785.1 ARHGAP28 gene_id:79822|Hs108|chr18 (570 aa)
initn: 1238 init1: 555 opt: 1112 Z-score: 1067.5 bits: 207.6 E(32554): 3.8e-53
Smith-Waterman score: 1291; 44.7% identity (76.5% similar) in 459 aa overlap (215-661:117-567)
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 APGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVSFAEQALNQK
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CCDS32 ETIPVLPVHSNGSPEPGQPVQNAISDDDFLEKNIPPE---AEE--LSFEVSYSEMVTEAL
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ESSKEKIQKSKGDDATLPSFRLPKDKTGTTRIGDLAPQDMKKVCHLALIELTALYDVLGI
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CCDS32 KRNKLKKSEIKKEDYVLTKFNVQKTRFGLTEAGDLSAEDMKKIRHLSLIELTAFFDAFGI
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ELKQQKAVKIKTKDSGLFCVPLTALLEQDQRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLETEGLL
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CCDS32 QLKRNKTEKVKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESEGIF
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWESVKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYLKAFQ
:. : . ..:. .::.::: :.:... ...:: .:: :.:::: :. :::. ::
CCDS32 RLSGCTAKVKQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIPAFI
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 AVQNL-PTKKQQLQALNLLVILLPDANRDTLKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAMVMA
.... : : :.:::.:.:. :::::::. .::. :...:: :. ::.:.. :.. :::
CCDS32 SLMERGPHVKVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNISTVMA
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 PNLFMCHALGLKSSEQREFVMAAGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTENH--
::::. .. : :. .:...: .:. ..:..::::.:: .:.:...:::..: .
CCDS32 PNLFFSRS---KHSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLL
390 400 410 420 430
550 560 570 580 590
pF1KE1 KKDKRAMKKLLKKMAYDREK--------YEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAI
::. ...:::.. . .:: .:. .. .:::.:::::.:: ::::::::
CCDS32 KKQLPSVRKLLRRKTLERETASPKTSKVLQKSPSARRMSDVPEGVIRVHAPLLSKVSMAI
440 450 460 470 480 490
600 610 620 630 640 650
pF1KE1 QLTEELKASDVLARFLSQES-GVAQTLKKGEVFLYEIGGNIGERCLDDDTYMKDLYQLNP
::... ::.:.::.: ..: : .. .: . ::::::::::.::: :.:. :.:..::
CCDS32 QLNNQTKAKDILAKFQYENSHGSSECIKIQNQRLYEIGGNIGEHCLDPDAYILDVYRINP
500 510 520 530 540 550
660
pF1KE1 NAEWVIKSKPL
.:::::: .
CCDS32 QAEWVIKPQQSS
560 570
>>CCDS9350.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 (995 aa)
initn: 300 init1: 266 opt: 347 Z-score: 334.4 bits: 72.8 E(32554): 2.6e-12
Smith-Waterman score: 366; 26.2% identity (60.8% similar) in 370 aa overlap (206-539:417-766)
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 AQQRESKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVS
: .: :.: . : .:.. .:.
CCDS93 KDVLPELQTHDTLVGEPGLSTFPSPNQITLDFEGNSVSEGRTTP--------SDVERDVT
390 400 410 420 430
240 250 260 270 280
pF1KE1 FAEQALNQKESSKEKIQKSKGDDATL--PSFRL----------PKDKTGTTRIGDLAPQD
.::..: . ....: :.: :. :: :. .. .:.. . ..
CCDS93 ----SLNESEPPGVRDRRDSGVGASLTRPNRRLRWNSFQLSHQPRPAPASPHISSQTASQ
440 450 460 470 480 490
290 300 310 320 330
pF1KE1 MKKVCHLALIELTALYDVLGIELKQ---------QKAVKIKT-KDSGLFCVPLTALLEQD
.. . ...:..:::... .. :. .: .:. ::...: ::: . .
CCDS93 LSLLQRFSLLRLTAIMEKHSMSNKHGWTWSVPKFMKRMKVPDYKDKAVFGVPLIVHV---
500 510 520 530 540 550
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 QRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLETEGLLRIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWES
:: :. .: .:. . .. :. ::.: :. ::. : .... .: :.. :.:.
CCDS93 QR--TGQPLPQSIQQALRYLRSNCLDQVGLFRKSGVKSRIHAL-RQMNENFPENV-NYED
560 570 580 590 600
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 VKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYLKAFQAVQNLPTKKQQLQALNLLVILLPDANRDT
. .:.:...: :.:.::.::.. . ..: . . .:.:.:::.. ..:: : ::..
CCDS93 QSAYDVADMVKQFFRDLPEPLFTNKLSETFLHIYQYVSKEQRLQAVQAAILLLADENREV
610 620 630 640 650 660
460 470 480 490 500
pF1KE1 LKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAMVMAPNLFMCHALGLKSSE---QREFVMA-----
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CCDS93 LQTLLCFLNDVVNLVEENQMTPMNLAVCLAPSLFHLNLLKKESSPRVIQKKYATGKPDQK
670 680 690 700 710 720
510 520 530 540 550
pF1KE1 ------AGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTENHKKDKRAMKKLLKKMAYDR
:.. . :.... ..:. .:. .: : :.. .:
CCDS93 DLNENLAAAQGLAHMIMECDRLF-EVPHELVAQSRNSYVEAEIHVPTLEELGTQLEESGA
730 740 750 760 770 780
560 570 580 590 600 610
pF1KE1 EKYEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELKASDVLARFLSQESGVAQTL
CCDS93 TFHTYLNHLIQGLQKEAKEKFKGWVTCSSTDNTDLAFKKVGDGNPLKLWKASVEVEAPPS
790 800 810 820 830 840
>>CCDS9349.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 (1105 aa)
initn: 266 init1: 266 opt: 347 Z-score: 333.7 bits: 72.8 E(32554): 2.9e-12
Smith-Waterman score: 366; 26.2% identity (60.8% similar) in 370 aa overlap (206-539:527-876)
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 AQQRESKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVS
: .: :.: . : .:.. .:.
CCDS93 KDVLPELQTHDTLVGEPGLSTFPSPNQITLDFEGNSVSEGRTTP--------SDVERDVT
500 510 520 530 540
240 250 260 270 280
pF1KE1 FAEQALNQKESSKEKIQKSKGDDATL--PSFRL----------PKDKTGTTRIGDLAPQD
.::..: . ....: :.: :. :: :. .. .:.. . ..
CCDS93 ----SLNESEPPGVRDRRDSGVGASLTRPNRRLRWNSFQLSHQPRPAPASPHISSQTASQ
550 560 570 580 590 600
290 300 310 320 330
pF1KE1 MKKVCHLALIELTALYDVLGIELKQ---------QKAVKIKT-KDSGLFCVPLTALLEQD
.. . ...:..:::... .. :. .: .:. ::...: ::: . .
CCDS93 LSLLQRFSLLRLTAIMEKHSMSNKHGWTWSVPKFMKRMKVPDYKDKAVFGVPLIVHV---
610 620 630 640 650 660
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 QRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLETEGLLRIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWES
:: :. .: .:. . .. :. ::.: :. ::. : .... .: :.. :.:.
CCDS93 QR--TGQPLPQSIQQALRYLRSNCLDQVGLFRKSGVKSRIHAL-RQMNENFPENV-NYED
670 680 690 700 710
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 VKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYLKAFQAVQNLPTKKQQLQALNLLVILLPDANRDT
. .:.:...: :.:.::.::.. . ..: . . .:.:.:::.. ..:: : ::..
CCDS93 QSAYDVADMVKQFFRDLPEPLFTNKLSETFLHIYQYVSKEQRLQAVQAAILLLADENREV
720 730 740 750 760 770
460 470 480 490 500
pF1KE1 LKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAMVMAPNLFMCHALGLKSSE---QREFVMA-----
:..:: ::. :.. :.:.:: ::.:. .::.:: . : .:: :.... .
CCDS93 LQTLLCFLNDVVNLVEENQMTPMNLAVCLAPSLFHLNLLKKESSPRVIQKKYATGKPDQK
780 790 800 810 820 830
510 520 530 540 550
pF1KE1 ------AGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTENHKKDKRAMKKLLKKMAYDR
:.. . :.... ..:. .:. .: : :.. .:
CCDS93 DLNENLAAAQGLAHMIMECDRLF-EVPHELVAQSRNSYVEAEIHVPTLEELGTQLEESGA
840 850 860 870 880 890
560 570 580 590 600 610
pF1KE1 EKYEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELKASDVLARFLSQESGVAQTL
CCDS93 TFHTYLNHLIQGLQKEAKEKFKGWVTCSSTDNTDLAFKKVGDGNPLKLWKASVEVEAPPS
900 910 920 930 940 950
>>CCDS9348.1 STARD13 gene_id:90627|Hs108|chr13 (1113 aa)
initn: 266 init1: 266 opt: 347 Z-score: 333.6 bits: 72.8 E(32554): 2.9e-12
Smith-Waterman score: 366; 26.2% identity (60.8% similar) in 370 aa overlap (206-539:535-884)
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 AQQRESKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRDDEASNLVGEEKLIPPEETPAPETDINLEVS
: .: :.: . : .:.. .:.
CCDS93 KDVLPELQTHDTLVGEPGLSTFPSPNQITLDFEGNSVSEGRTTP--------SDVERDVT
510 520 530 540 550
240 250 260 270 280
pF1KE1 FAEQALNQKESSKEKIQKSKGDDATL--PSFRL----------PKDKTGTTRIGDLAPQD
.::..: . ....: :.: :. :: :. .. .:.. . ..
CCDS93 ----SLNESEPPGVRDRRDSGVGASLTRPNRRLRWNSFQLSHQPRPAPASPHISSQTASQ
560 570 580 590 600 610
290 300 310 320 330
pF1KE1 MKKVCHLALIELTALYDVLGIELKQ---------QKAVKIKT-KDSGLFCVPLTALLEQD
.. . ...:..:::... .. :. .: .:. ::...: ::: . .
CCDS93 LSLLQRFSLLRLTAIMEKHSMSNKHGWTWSVPKFMKRMKVPDYKDKAVFGVPLIVHV---
620 630 640 650 660
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 QRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLETEGLLRIPGAAIRIKNLCQELEAKFYEGTFNWES
:: :. .: .:. . .. :. ::.: :. ::. : .... .: :.. :.:.
CCDS93 QR--TGQPLPQSIQQALRYLRSNCLDQVGLFRKSGVKSRIHAL-RQMNENFPENV-NYED
670 680 690 700 710 720
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 VKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYLKAFQAVQNLPTKKQQLQALNLLVILLPDANRDT
. .:.:...: :.:.::.::.. . ..: . . .:.:.:::.. ..:: : ::..
CCDS93 QSAYDVADMVKQFFRDLPEPLFTNKLSETFLHIYQYVSKEQRLQAVQAAILLLADENREV
730 740 750 760 770 780
460 470 480 490 500
pF1KE1 LKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAMVMAPNLFMCHALGLKSSE---QREFVMA-----
:..:: ::. :.. :.:.:: ::.:. .::.:: . : .:: :.... .
CCDS93 LQTLLCFLNDVVNLVEENQMTPMNLAVCLAPSLFHLNLLKKESSPRVIQKKYATGKPDQK
790 800 810 820 830 840
510 520 530 540 550
pF1KE1 ------AGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTENHKKDKRAMKKLLKKMAYDR
:.. . :.... ..:. .:. .: : :.. .:
CCDS93 DLNENLAAAQGLAHMIMECDRLF-EVPHELVAQSRNSYVEAEIHVPTLEELGTQLEESGA
850 860 870 880 890 900
560 570 580 590 600 610
pF1KE1 EKYEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELKASDVLARFLSQESGVAQTL
CCDS93 TFHTYLNHLIQGLQKEAKEKFKGWVTCSSTDNTDLAFKKVGDGNPLKLWKASVEVEAPPS
910 920 930 940 950 960
>>CCDS55201.1 DLC1 gene_id:10395|Hs108|chr8 (1017 aa)
initn: 299 init1: 261 opt: 338 Z-score: 325.6 bits: 71.2 E(32554): 8.1e-12
Smith-Waterman score: 345; 28.7% identity (60.7% similar) in 328 aa overlap (180-500:427-736)
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 KRVETVSQTLRKKNKQYQIPDVRDIFAQQRESKETAPGGTESQSLRTNENKYQGRD-DEA
.: :.. .. : ..... : : .
CCDS55 DILYHVKGMQRIVNQWSEKFSDEGDSDSALDSVSPCPSSPKQIHLDVDNDRTTPSDLDST
400 410 420 430 440 450
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 SNLVGEEKLIPPEETPAPET-DINLEVSFAEQALNQKESSKEKIQKSKGDDATLPSFRLP
.: ..: : : . :: : .. .:.... :... ...:.:. .: : :
CCDS55 GNSLNE----PEEPSEIPERRDSGVGASLTRS--NRHRLRWHSFQSSH--RPSLNSVSLQ
460 470 480 490 500
270 280 290 300 310 320
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