FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1029, 1273 aa 1>>>pF1KE1029 1273 - 1273 aa - 1273 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2733+/-0.0014; mu= -17.2150+/- 0.085 mean_var=512.3583+/-102.997, 0's: 0 Z-trim(112.8): 13 B-trim: 43 in 1/51 Lambda= 0.056661 statistics sampled from 13542 (13547) to 13542 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.416), width: 16 Scan time: 4.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10279.1 SIN3A gene_id:25942|Hs108|chr15 (1273) 8502 710.8 5.7e-204 CCDS74308.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 (1130) 1885 169.8 3.5e-41 CCDS77254.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 ( 720) 1377 128.2 7.6e-29 CCDS32946.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 (1162) 1377 128.3 1.1e-28 >>CCDS10279.1 SIN3A gene_id:25942|Hs108|chr15 (1273 aa) initn: 8502 init1: 8502 opt: 8502 Z-score: 3775.4 bits: 710.8 E(32554): 5.7e-204 Smith-Waterman score: 8502; 99.9% identity (100.0% similar) in 1273 aa overlap (1-1273:1-1273) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MKRRLDDQESPVYAAQQRRIPGSTEAFPHQHRVLAPAPPVYEAVSETMQSATGIQYSVTP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 MKRRLDDQESPVYAAQQRRIPGSTEAFPHQHRVLAPAPPVYEAVSETMQSATGIQYSVTP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 SYQVSAMPQSSGSHGPAIAAVHSSHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQR ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::: CCDS10 SYQVSAMPQSSGSHGPAIAAVHSSHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPVAPVQGQQQFQR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQVYNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 LKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQVYNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIM 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 GFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVTTPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 EQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHE 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE1 RVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSIN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 RVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSIN 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 pF1KE1 KYRVKYGTVFKAP ::::::::::::: CCDS10 KYRVKYGTVFKAP 1270 >>CCDS74308.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 (1130 aa) initn: 3914 init1: 1503 opt: 1885 Z-score: 852.9 bits: 169.8 E(32554): 3.5e-41 Smith-Waterman score: 3872; 52.5% identity (75.9% similar) in 1174 aa overlap (114-1273:33-1130) 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 SHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQRLKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQV :.... ..:::::.::::::..:::.: . CCDS74 HAGGGSGGSGAGGPAGRGLSGARWGRSGSAGHEKLP-VHVEDALTYLDQVKIRFGSDPAT 10 20 30 40 50 60 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 YNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIMGFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVT :: ::.:::::::::::::::: ::::::. :::::.:::.::: ::.:.. : .:. CCDS74 YNGFLEIMKEFKSQSIDTPGVIRRVSQLFHEHPDLIVGFNAFLPLGYRIDIPKNGKLNIQ 70 80 90 100 110 120 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 TPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQPAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPAS .: :: .... :. : : : .:: CCDS74 SP--------------------LTSQENSHNHGDGAEDFKQQVPYKEDKP---------- 130 140 150 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 QQTPPLPPYASPRSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQPVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPD :.: :.... ::::.::.::::::.:: .:. CCDS74 -QVP----------------------------LESDS-VEFNNAISYVNKIKTRFLDHPE 160 170 180 330 340 350 360 370 380 pF1KE1 IYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYAQVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDA ::..:::::::::::: :.. : ...:.::...:: ::..:::::::::::::.: CCDS74 IYRSFLEILHTYQKEQLNTR---GRPFRGMSEEEVFTEVANLFRGQEDLLSEFGQFLPEA 190 200 210 220 230 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 NSSVLLSKTTAEKVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRPSQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPK . :.. .. : . .:.: : :. . : .::: .: :. . :.::: : CCDS74 KRSLFTGNGPCEMHSVQKNEHD---KTPEHSRKRSRPS----LLR--PV--SAPAKKKMK 240 250 260 270 280 450 460 470 480 490 500 pF1KE1 LLNLKDSSMADASKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAYENFLRCLVIFNQEVISRAELVQL : . :: :.: ..:.: : ::::::..:.: :.:::::::...::::..: .::.:: CCDS74 LRGTKDLSIAAVGKYGTLQEFSFFDKVRRVLKSQEVYENFLRCIALFNQELVSGSELLQL 290 300 310 320 330 340 510 520 530 540 550 560 pF1KE1 VSPFLGKFPELFNWFKNFLGYKESVHLETYPKERATEGIAMEIDYASCKRLGSSYRALPK :::::::::::: ::.::: :: . . ..:. .::. :::::::::.::::::::: CCDS74 VSPFLGKFPELFAQFKSFLGVKE-LSFAPPMSDRSGDGISREIDYASCKRIGSSYRALPK 350 360 370 380 390 400 570 580 590 600 610 620 pF1KE1 SYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTQYEEHIYRCEDERFELDVVL .::::::.::: .::::::::::::::::::::::::::: :::...::::::::::::: CCDS74 TYQQPKCSGRTAICKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTPYEEQLHRCEDERFELDVVL 410 420 430 440 450 460 630 640 650 660 670 680 pF1KE1 ETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGTSEVIHRKALQRIYADKAADIIDG :::::::::::..::::::.. :.: :::::..::::::::.:.:. :::.::: .::.. CCDS74 ETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKFRLDDSLGGTSEVIQRRAIYRIYGDKAPEIIES 470 480 490 500 510 520 690 700 710 720 730 740 pF1KE1 LRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQNEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKV :.::: :::.:::::: :::::::::.::::.:::: :: ::::::::..::::::::. CCDS74 LKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYEKAYLKSLDHQAVNFKQNDTKA 530 540 550 560 570 580 750 760 770 780 790 800 pF1KE1 LRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLAYEDKQILEDAAALIIHHVKRQTG ::::::::::::.:::.::: .: .. ::: ..:::.:::::::::: ..:::: . CCDS74 LRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYEDRQILEDAAALISYYVKRQPA 590 600 610 620 630 640 810 820 830 840 850 pF1KE1 IQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEEEMDVDEA--TGAVKKHNGVGG-- :::::. :.:..:.:.:.:.:.:. ::. :: .:. : .. : .... . : CCDS74 IQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDRDSPQGQTTDPSERKKPAPGPH 650 660 670 680 690 700 860 870 880 890 900 pF1KE1 -SPPKSKLLFSNTAAQKL---------RGMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQILCLRLLRI :::. : :... : . . .:.::.::..:::::.:.:::: :: :::.: CCDS74 SSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFANNNWYFFLRLHQTLCSRLLKI 710 720 730 740 750 760 910 920 930 940 950 960 pF1KE1 CSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYPAFLDMVRSL ::..:. : :.: :. . .:.:...::..::::.: .:..:.:::::::::::: CCDS74 YRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLKQPSEVELEEYYPAFLDMVRSL 770 780 790 800 810 820 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE1 LDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQVTDLYLAENN :.:.:: .::::.::::::::::..::::::.:.:.:::.:.:::..:..:..::: :.. CCDS74 LEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQLHHLVSDDVCLKVVELYLNEKK 830 840 850 860 870 880 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KE1 NGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMFIQSQGQVQLTIELLDTEEENS ::.::.:... :. :..:: :::. :.::::::.::.: .::: .::::::::: .. CCDS74 RGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMFLQRKGQVIMTIELLDTEEAQT 890 900 910 920 930 940 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE1 DDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPRNLRRIRKCQRGREQQEKEGKE .::::... . :::.:.... .: : . ::::: :::...:. .... . .:. CCDS74 EDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQRNLKKFRRRWQSEQARALRGEA 950 960 970 980 990 1000 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE1 GNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHERVSKRLHQR .: : . .:.: ..:::::...:::....:::::::: .: ::.: . : : ::. CCDS74 RSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYRRGTLCRAKQVQPLVLLRHHQH 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE1 FQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSINKYRVKYGTV :. : ..: ...: : :. .. ::::: : .::: : :.: .: . ...:::.:. CCDS74 FEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTLCETVHVHGLPVTRYRVQYSRR 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1270 pF1KE1 FKAP .: CCDS74 PASP 1130 >>CCDS77254.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 (720 aa) initn: 2604 init1: 1360 opt: 1377 Z-score: 631.3 bits: 128.2 E(32554): 7.6e-29 Smith-Waterman score: 2622; 55.1% identity (80.6% similar) in 715 aa overlap (573-1273:6-720) 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 AMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKK : : .::::::::::::::::::::::: CCDS77 MQRHSRHFLLVQVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKK 10 20 30 610 620 630 640 650 660 pF1KE1 TQYEEHIYRCEDERFELDVVLETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGTSE : :::...::::::::::::::::::::::::..::::::.. :.: :::::..:::::: CCDS77 TPYEEQLHRCEDERFELDVVLETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKFRLDDSLGGTSE 40 50 60 70 80 90 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 VIHRKALQRIYADKAADIIDGLRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQNE ::.:.:. :::.::: .::..:.::: :::.:::::: :::::::::.::::.:::: : CCDS77 VIQRRAIYRIYGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYE 100 110 120 130 140 150 730 740 750 760 770 780 pF1KE1 KYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLAYE : ::::::::..::::::::.::::::::::::.:::.::: .: .. ::: ..:: CCDS77 KAYLKSLDHQAVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYE 160 170 180 190 200 210 790 800 810 820 830 840 pF1KE1 DKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEEEM :.:::::::::: ..:::: .:::::. :.:..:.:.:.:.:.:. ::. :: .:. CCDS77 DRQILEDAAALISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDR 220 230 240 250 260 270 850 860 870 880 pF1KE1 DVDEA--TGAVKKHNGVGG---SPPKSKLLFSNTAAQKL---------RGMDEVYNLFYV : .. : .... . : :::. : :... : . . .:.::.::.. CCDS77 DSPQGQTTDPSERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFA 280 290 300 310 320 330 890 900 910 920 930 940 pF1KE1 NNNWYIFMRLHQILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLK :::::.:.:::: :: :::.: ::..:. : :.: :. . .:.:...::..:::: CCDS77 NNNWYFFLRLHQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLK 340 350 360 370 380 390 950 960 970 980 990 1000 pF1KE1 EPMDVDVEDYYPAFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQL .: .:..:.:::::::::::::.:.:: .::::.::::::::::..::::::.:.:.::: CCDS77 QPSEVELEEYYPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQL 400 410 420 430 440 450 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE1 QHIVSDEICVQVTDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMF .:.:::..:..:..::: :.. ::.::.:... :. :..:: :::. :.::::::.:: CCDS77 HHLVSDDVCLKVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMF 460 470 480 490 500 510 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE1 IQSQGQVQLTIELLDTEEENSDDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPR .: .::: .::::::::: ...::::... . :::.:.... .: : . ::::: : CCDS77 LQRKGQVIMTIELLDTEEAQTEDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQR 520 530 540 550 560 570 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE1 NLRRIRKCQRGREQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYR ::...:. .... . .:. .: : . .:.: ..:::::...:::....::::::: CCDS77 NLKKFRRRWQSEQARALRGEARSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYR 580 590 600 610 620 630 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE1 RTALLRAHQSHERVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTT : .: ::.: . : : ::.:. : ..: ...: : :. .. ::::: : .::: : CCDS77 RGTLCRAKQVQPLVLLRHHQHFEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTL 640 650 660 670 680 690 1250 1260 1270 pF1KE1 CDTETLHFVSINKYRVKYGTVFKAP :.: .: . ...:::.:. .: CCDS77 CETVHVHGLPVTRYRVQYSRRPASP 700 710 720 >>CCDS32946.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19 (1162 aa) initn: 3891 init1: 1360 opt: 1377 Z-score: 628.3 bits: 128.3 E(32554): 1.1e-28 Smith-Waterman score: 3798; 51.1% identity (73.9% similar) in 1206 aa overlap (114-1273:33-1162) 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 SHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQRLKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQV :.... ..:::::.::::::..:::.: . 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CCDS32 RLDDSLGGTSEVIQRRAIYRIYGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQ 530 540 550 560 570 580 720 730 740 750 760 770 pF1KE1 GFNKVWREQNEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGV ::::.:::: :: ::::::::..::::::::.::::::::::::.:::.::: .: .. CCDS32 GFNKIWREQYEKAYLKSLDHQAVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAP 590 600 610 620 630 640 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 PVGPHLSLAYEDKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDL ::: ..:::.:::::::::: ..:::: .:::::. :.:..:.:.:.:.:.:. :: CCDS32 SSEPHLIFVYEDRQILEDAAALISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDL 650 660 670 680 690 700 840 850 860 870 pF1KE1 SDVEEEEEEEMDVDEA--TGAVKKHNGVGG---SPPKSKLLFSNTAAQKL---------R . :: .:. : .. : .... . : :::. : :... : . . CCDS32 GASEESADEDRDSPQGQTTDPSERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHK 710 720 730 740 750 760 880 890 900 910 920 930 pF1KE1 GMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDK .:.::.::..:::::.:.:::: :: :::.: ::..:. : :.: :. . .:.: CCDS32 PLDDVYSLFFANNNWYFFLRLHQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREK 770 780 790 800 810 820 940 950 960 970 980 990 pF1KE1 SDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYPAFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTM ...::..::::.: .:..:.:::::::::::::.:.:: .::::.::::::::::..::: CCDS32 GSDPAMELRLKQPSEVELEEYYPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTM 830 840 850 860 870 880 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE1 DKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQVTDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQL :::.:.:.:::.:.:::..:..:..::: :.. ::.::.:... :. :..:: :::. 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