FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1055, 1580 aa 1>>>pF1KE1055 1580 - 1580 aa - 1580 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.0125+/-0.000483; mu= -7.1148+/- 0.030 mean_var=504.0016+/-110.267, 0's: 0 Z-trim(120.7): 1232 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.057129 statistics sampled from 34646 (36269) to 34646 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.425), width: 16 Scan time: 17.100 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000159 (OMIM: 146510,165240,174200,174700,17570 (1580) 10745 902.2 0 XP_016867486 (OMIM: 146510,165240,174200,174700,17 (1579) 10505 882.4 0 XP_011513576 (OMIM: 146510,165240,174200,174700,17 (1521) 10383 872.4 0 XP_016859307 (OMIM: 165230,610829,615849) PREDICTE (1653) 3274 286.5 1.3e-75 XP_006712485 (OMIM: 165230,610829,615849) PREDICTE (1569) 3272 286.3 1.4e-75 XP_011509276 (OMIM: 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XP_016 NPRLPSPGLHGQRRMVAADSNVGPSAPML-GGCQLGFGAPSSLNKNNMPVQWNEVSSGTV 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KE1 DLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVHPQNPLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLM : .:..: : : :: ....: :.: : ::. : ...: :: . . XP_016 DALASQVK--P-PPFPQ-------GNLAVVQQKPAF-GQYPGYSPQGLQASP-GGLDSTQ 1230 1240 1250 1260 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE1 LHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNRQPVA----PGALDG----ACGAGIQASKLK : .: ::. . : .: . : ::::: :: :: . .. .:. XP_016 PHLQPRSGAPS-----QGIPRVNYMQQL-RQPVAGSQCPGMTTTMSPHACYGQVHP-QLS 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1290 1300 1310 1320 1330 pF1KE1 STPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMVNGMQNQ---DPVGQGYLAHQLLG--DSM----- . ..:. .:. . : . : . . .:.. ::. .: :. :: :: XP_016 PSTISGALNQFPQSCSNMPAKP-GHLGHPQQTEVAPDPTTMGN-RHRELGVPDSALAGVP 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE1 -QHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPESCLPGAHG---------MGSQPSSLAVVRG :: . : :: .. :. . .: : : ::. . :: .....:. 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XP_011 ELGVPDSALAGVPPPHPVQSYP-QQSHHLAASMSQEGYHQVP-SLLPARQPGFMEPQTGP 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KE1 MGSQPSSLAVVRGYQPC--ASFGGSR--RQAMPRDSLALQSGQ----LSDTSQTCRV--N :: .....:. : . : : : .. . . : .:. . ....: .. . XP_011 MGVATAGFGLVQPRPPLEPSPTGRHRGVRAVQQQLAYARATGHAMAAMPSSQETAEAVPK 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KE1 GIKMEMKG---QPHPL-CSNLQNYSGQFYDQTVGFSQQD---TKAGSFSI------SDAS : .: . :: : .. ..: .: . . .:: . :: .. . . XP_011 GAMGNMGSVPPQPPPQDAGGAPDHSMLYYYGQIHMYEQDGGLENLGSCQVMRSQPPQPQA 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KE1 CLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTVDSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPS : : . . : :::.:::.:::: :. ::. :::::::.::::::::.::::::: XP_011 C---QDSIQPQPLPSPGVNQVSSTVD---SQLLEAPQIDFDAIMDDGDHSSLFSGALSPS 1450 1460 1470 1480 1490 1530 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KE1 IIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALSMSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKFLAVMQ ....::..:::::::: :: .:.. . .:::.:::: XP_011 LLHSLSQNSSRLTTPRNSLTLPSIPAGISNMAVGDMSSMLTSLAEESKFLNMMT 1500 1510 1520 1530 1540 1550 >>XP_011509275 (OMIM: 165230,610829,615849) PREDICTED: z (1461 aa) initn: 3122 init1: 1220 opt: 2499 Z-score: 1134.0 bits: 222.5 E(85289): 2e-56 Smith-Waterman score: 3789; 47.6% identity (68.2% similar) in 1487 aa overlap (203-1563:4-1444) 180 190 200 210 220 pF1KE1 FIRISPHRNPAAASESPFSPPHPYINPYMDYIRSLHSSPSLSMISATRGLSPTDA----- :.::.::::.::::::.:::::.:. 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XP_011 YTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKKQRNDVHLRTPLLKENGDSEAGTEPGGP------EST 450 460 470 480 490 500 680 690 700 710 720 730 pF1KE1 DLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSN--SGLELPLTDG . :.:.. :.::.:...:.:. : :::.::::::. ::... : ::.:.: : XP_011 EASSTSQAVEDCLHVRAIKTESSGLCQSSPGAQSSCSSEPSPLGSAPNNDSGVEMPGTGP 510 520 530 540 550 560 740 750 760 770 780 790 pF1KE1 GSIGDLSAIDETPI-MDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMFPRLN ::.:::.:.:.:: :.. .: .: .:: :.. . . .:..: :.::... . XP_011 GSLGDLTALDDTPPGADTSALAAPSAGGLQLRKHMTTMHRFEQLKKEKLKSLKDSCSWAG 570 580 590 600 610 620 800 810 820 830 840 pF1KE1 PILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGG--PMTLLPGR--SDLSGVDVTMLNMLN-RRDS : . . :: :.:. .: . :: : :::. :.::. .::::..:. :::: XP_011 PTPHTRNTKLPPLPGSGSILENFSGSGGGGPAGLLPNPRLSELSASEVTMLSQLQERRDS 630 640 650 660 670 680 850 860 870 880 890 900 pF1KE1 SASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQ-AEGRPQNVSVADSYDPISTDASRRSSE :.::.:::: ::::::::: :::::::::: . :::.:.: ::::::::::::::::: XP_011 STSTVSSAYTVSRRSSGISPYFSSRRSSEASPLGAGRPHNASSADSYDPISTDASRRSSE 690 700 710 720 730 740 910 920 930 940 950 960 pF1KE1 ASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGGPPPTPLPNMERMSLKTRLALLGDALEPGV ::: .: .::.::::::: :.::::::::::::::::..:::::.:::::: :: : XP_011 ASQCSGGSGLLNLTPAQQYSLRAKYAAATGGPPPTPLPGLERMSLRTRLALL-DA--PER 750 760 770 780 790 800 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE1 ALP-----PVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQP---HDAPGHGVRRASDPVRTGSEGLALPR .:: :. .::: ::: ..:.:. : :.::: :.:::::::: ..:.::: XP_011 TLPAGCPRPL-GPRRGSDGPTYGHGHAGAAPAFPHEAPGGGARRASDPVRR-PDALSLPR 810 820 830 840 850 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KE1 VPRFSSLSSCNPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNFHSSPCPPSITENVTLESLTM : :: : . :: . :..:.: ::.. .:: .:. .: : ::::.:::..:... XP_011 VQRFHSTHNVNPGPLPPCADRRGLRLQSHPSTDGGLARGAYS-PRPPSISENVAMEAVAA 860 870 880 890 900 910 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KE1 -------DADANLNDEDF-LPDDVVQYLNSQNQAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGDFDAP .:: .: ..:. ::::::::.... ... .. .. : .: . .: XP_011 GVDGAGPEADLGLPEDDLVLPDDVVQYIKAHASGALDEGTGQVYPTESTGFSDNPRLPSP 920 930 940 950 960 970 1140 1150 1160 1170 pF1KE1 GL--------PDSHAGQQFHALEQPCPEG-------SKTDLPIQWNEVSSGSADLSSSKL :: ::..: . : : : .:...:.::::::::..: .:.. XP_011 GLHGQRRMVAADSNVGPSAPML-GGCQLGFGAPSSLNKNNMPVQWNEVSSGTVDALASQV 980 990 1000 1010 1020 1030 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KE1 KCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVHPQNPLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLMLHNSPGS : : : :: ....: :.: : ::. : ...: :: . . : .: : XP_011 K--P-PPFPQ-------GNLAVVQQKPAF-GQYPGYSPQGLQASP-GGLDSTQPHLQPRS 1040 1050 1060 1070 1080 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE1 GTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNRQPVA----PGALDG----ACGAGIQASKLKSTPMQGS :. . : .: . : ::::: :: :: . .. .:. . ..:. XP_011 GAPS-----QGIPRVNYMQQL-RQPVAGSQCPGMTTTMSPHACYGQVHP-QLSPSTISGA 1090 1100 1110 1120 1130 1290 1300 1310 1320 1330 pF1KE1 GGQLNFGLPVAPNESAGSMVNGMQNQ---DPVGQGYLAHQLLG--DSM------QHPGAG .:. . : . : . . .:.. ::. .: :. :: :: :: . XP_011 LNQFPQSCSNMPAKP-GHLGHPQQTEVAPDPTTMGN-RHRELGVPDSALAGVPPPHPVQS 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE1 RPGQQMLGQISATSHINIYQGPESCLPGAHG---------MGSQPSSLAVVRGYQPCA-S : :: .. :. . .: : : ::. . :: .....:. : : XP_011 YP-QQSHHLAASMSQEGYHQVP-SLLPARQPGFMEPQTGPMGVATAGFGLVQPRPPLEPS 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1390 1400 1410 1420 1430 pF1KE1 FGGSRRQ--------AMPRDS----LALQSGQLSDTSQTCRVNGIKMEMKGQPHPL-CSN : .: :. : . :. :.: . . . : . :: : .. XP_011 PTGRHRGVRAVQQQLAYARATGHAMAAMPSSQETAEAVPKGAMGNMGSVPPQPPPQDAGG 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KE1 LQNYSGQFYDQTVGFSQQD---TKAGSFSI------SDASCLLQGTSAKNSELLSPGANQ ..: .: . . .:: . :: .. . .: : . . : :::.:: XP_011 APDHSMLYYYGQIHMYEQDGGLENLGSCQVMRSQPPQPQACQ---DSIQPQPLPSPGVNQ 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KE1 VTSTVDSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLTTPRASLP :.:::: :. ::. :::::::.::::::::.:::::::....::..:::::::: :: XP_011 VSSTVD---SQLLEAPQIDFDAIMDDGDHSSLFSGALSPSLLHSLSQNSSRLTTPRNSLT 1380 1390 1400 1410 1420 1550 1560 1570 1580 pF1KE1 FPALSMSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKFLAVMQ .:.. . .:::.:::: XP_011 LPSIPAGISNMAVGDMSSMLTSLAEESKFLNMMT 1430 1440 1450 1460 >>XP_011509273 (OMIM: 165230,610829,615849) PREDICTED: z (1521 aa) initn: 3251 init1: 1220 opt: 2499 Z-score: 1133.8 bits: 222.6 E(85289): 2.1e-56 Smith-Waterman score: 4034; 47.8% identity (69.0% similar) in 1551 aa overlap (140-1563:2-1504) 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 AMDPRNGYMEPHYHPPHLFPAFHPPVPIDARHHEGRYHYDPSPIPPLHMTSALSSSPTYP ::.::::::.: . .: :::.::. 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XP_011 GHLSAGALSPAFTFPHPINPVA---YQQILSQQRGLGSAFGHTPPLIQPSPTFLAQQPMA 210 220 230 240 250 260 400 410 420 430 440 pF1KE1 GIPTVLNPVQVSSGP---SESSQNKPTSESAVSSTGDPMH-NKRSKIK--PDEDLP-SPG .:.:.::. :...::: .:::::::: .:. .::::.: :. : :: XP_011 LTSINATPTQLSSSSNCLSDTNQNKQSSESAVSSTVNPVAIHKRSKVKTEPEGLRPASPL 270 280 290 300 310 320 450 460 470 480 490 pF1KE1 ARGQ-QEQPEGT------------TLVKEEGDKDESKQEPEV-IYETNCHWEGCAREFDT : : : . .:. . .::. :.:. ::: :: ::::::::: :..:.:: XP_011 ALTQGQVSGHGSCGCALPLSQEQLADLKEDLDRDDCKQEAEVVIYETNCHWEDCTKEYDT 330 340 350 360 370 380 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 QEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGC ::::::::::.::::::::::::: :.:::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 QEQLVHHINNEHIHGEKKEFVCRWQACTREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGC 390 400 410 420 430 440 560 570 580 590 600 610 pF1KE1 TKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPG .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: XP_011 SKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKIPG 450 460 470 480 490 500 620 630 640 650 660 670 pF1KE1 CTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQGAL :::::::::::::::::::::.::::::::.:.: : : ...:. . :: : XP_011 CTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKKQRNDVHLRTPLLKENGDSEAGTEPGGP----- 510 520 530 540 550 560 680 690 700 710 720 730 pF1KE1 GEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSN--SGLELP :. . :.:.. :.::.:...:.:. : :::.::::::. ::... : ::.:.: XP_011 -ESTEASSTSQAVEDCLHVRAIKTESSGLCQSSPGAQSSCSSEPSPLGSAPNNDSGVEMP 570 580 590 600 610 740 750 760 770 780 790 pF1KE1 LTDGGSIGDLSAIDETPI-MDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMF : ::.:::.:.:.:: :.. .: .: .:: :.. . . .:..: :.::... 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