FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1056, 1270 aa 1>>>pF1KE1056 1270 - 1270 aa - 1270 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1019+/-0.000477; mu= 16.0299+/- 0.030 mean_var=192.0101+/-39.275, 0's: 0 Z-trim(115.6): 266 B-trim: 661 in 1/53 Lambda= 0.092558 statistics sampled from 25846 (26141) to 25846 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16 Scan time: 13.460 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001348 (OMIM: 603115) ATP-dependent RNA helicas (1270) 8558 1157.0 0 NP_001107869 (OMIM: 612767) ATP-dependent RNA heli ( 994) 1542 220.0 6.3e-56 NP_065916 (OMIM: 612767) ATP-dependent RNA helicas (1008) 1072 157.3 4.9e-37 XP_016865224 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT ( 971) 892 133.2 8.3e-30 NP_001332905 (OMIM: 616530) probable ATP-dependent (1130) 892 133.3 9.2e-30 XP_016865222 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1139) 892 133.3 9.2e-30 XP_011541888 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1162) 892 133.3 9.3e-30 NP_001332904 (OMIM: 616530) probable ATP-dependent (1268) 892 133.4 9.9e-30 XP_016865220 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1277) 892 133.4 9.9e-30 XP_011541884 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1406) 892 133.4 1.1e-29 NP_073739 (OMIM: 616530) probable ATP-dependent RN (1430) 892 133.4 1.1e-29 XP_016865219 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1430) 892 133.4 1.1e-29 XP_011541883 (OMIM: 616530) PREDICTED: probable AT (1439) 892 133.4 1.1e-29 NP_001332894 (OMIM: 612720) ATP-dependent RNA heli ( 733) 772 117.1 4.6e-25 NP_001332893 (OMIM: 612720) ATP-dependent RNA heli (1318) 772 117.3 6.8e-25 NP_061903 (OMIM: 612720) ATP-dependent RNA helicas (1369) 772 117.4 6.9e-25 XP_016861406 (OMIM: 616423) PREDICTED: putative AT (1155) 732 111.9 2.5e-23 NP_055781 (OMIM: 616423) putative ATP-dependent RN (1155) 732 111.9 2.5e-23 XP_016861405 (OMIM: 616423) 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putative AT (1265) 732 112.0 2.7e-23 XP_011531794 (OMIM: 616423) PREDICTED: putative AT (1265) 732 112.0 2.7e-23 XP_005259500 (OMIM: 615475) PREDICTED: probable AT (1143) 629 98.2 3.4e-19 NP_055496 (OMIM: 615475) probable ATP-dependent RN (1143) 629 98.2 3.4e-19 XP_011525852 (OMIM: 615475) PREDICTED: probable AT (1143) 629 98.2 3.4e-19 XP_011525853 (OMIM: 615475) PREDICTED: probable AT (1143) 629 98.2 3.4e-19 XP_016879402 (OMIM: 605584) PREDICTED: pre-mRNA-sp (1192) 568 90.1 1e-16 XP_005256326 (OMIM: 605584) PREDICTED: pre-mRNA-sp (1192) 568 90.1 1e-16 XP_011521786 (OMIM: 605584) PREDICTED: pre-mRNA-sp (1227) 568 90.1 1e-16 XP_011521787 (OMIM: 605584) PREDICTED: pre-mRNA-sp (1227) 568 90.1 1e-16 NP_054722 (OMIM: 605584) pre-mRNA-splicing factor (1227) 568 90.1 1e-16 NP_001309145 (OMIM: 600396) ATP-dependent RNA heli ( 945) 530 84.9 2.9e-15 NP_001309146 (OMIM: 600396) ATP-dependent RNA heli (1129) 530 85.0 3.3e-15 NP_001309149 (OMIM: 600396) ATP-dependent RNA heli (1152) 530 85.0 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AARDFVNYLVRINEIKSEEVPAFGVASPPPLTDTPDTTANAEGDLPTTMGGPLPPHLALK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 AENNSEVGASGYGVPGPTWDRGANLKDYYSRKEEQEVQATLESEEVDLNAGLHGNWTLEN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AENNSEVGASGYGVPGPTWDRGANLKDYYSRKEEQEVQATLESEEVDLNAGLHGNWTLEN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 AKARLNQYFQKEKIQGEYKYTQVGPDHNRSFIAEMTIYIKQLGRRIFAREHGSNKKLAAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AKARLNQYFQKEKIQGEYKYTQVGPDHNRSFIAEMTIYIKQLGRRIFAREHGSNKKLAAQ 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 SCALSLVRQLYHLGVVEAYSGLTKKKEGETVEPYKVNLSQDLEHQLQNIIQELNLEILPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SCALSLVRQLYHLGVVEAYSGLTKKKEGETVEPYKVNLSQDLEHQLQNIIQELNLEILPP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 PEDPSVPVALNIGKLAQFEPSQRQNQVGVVPWSPPQSNWNPWTSSNIDEGPLAFATPEQI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PEDPSVPVALNIGKLAQFEPSQRQNQVGVVPWSPPQSNWNPWTSSNIDEGPLAFATPEQI 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 SMDLKNELMYQLEQDHDLQAILQERELLPVKKFESEILEAISQNSVVIIRGATGCGKTTQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SMDLKNELMYQLEQDHDLQAILQERELLPVKKFESEILEAISQNSVVIIRGATGCGKTTQ 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 VPQFILDDFIQNDRAAECNIVVTQPRRISAVSVAERVAFERGEEPGKSCGYSVRFESILP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VPQFILDDFIQNDRAAECNIVVTQPRRISAVSVAERVAFERGEEPGKSCGYSVRFESILP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 RPHASIMFCTVGVLLRKLEAGIRGISHVIVDEIHERDINTDFLLVVLRDVVQAYPEVRIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RPHASIMFCTVGVLLRKLEAGIRGISHVIVDEIHERDINTDFLLVVLRDVVQAYPEVRIV 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 LMSATIDTSMFCEYFFNCPIIEVYGRTYPVQEYFLEDCIQMTHFVPPPKDKKKKDKDDDG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LMSATIDTSMFCEYFFNCPIIEVYGRTYPVQEYFLEDCIQMTHFVPPPKDKKKKDKDDDG 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE1 GEDDDANCNLICGDEYGPETRLSMSQLNEKETPFELIEALLKYIETLNVPGAVLVFLPGW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GEDDDANCNLICGDEYGPETRLSMSQLNEKETPFELIEALLKYIETLNVPGAVLVFLPGW 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 NLIYTMQKHLEMNPHFGSHRYQILPLHSQIPREEQRKVFDPVPVGVTKVILSTNIAETSI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 NLIYTMQKHLEMNPHFGSHRYQILPLHSQIPREEQRKVFDPVPVGVTKVILSTNIAETSI 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE1 TINDVVYVIDSCKQKVKLFTAHNNMTNYATVWASKTNLEQRKGRAGRVRPGFCFHLCSRA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TINDVVYVIDSCKQKVKLFTAHNNMTNYATVWASKTNLEQRKGRAGRVRPGFCFHLCSRA 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KE1 RFERLETHMTPEMFRTPLHEIALSIKLLRLGGIGQFLAKAIEPPPLDAVIEAEHTLRELD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RFERLETHMTPEMFRTPLHEIALSIKLLRLGGIGQFLAKAIEPPPLDAVIEAEHTLRELD 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 pF1KE1 ALDANDELTPLGRILAKLPIEPRFGKMMIMGCIFYVGDAICTIAAATCFPEPFINEGKRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ALDANDELTPLGRILAKLPIEPRFGKMMIMGCIFYVGDAICTIAAATCFPEPFINEGKRL 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 pF1KE1 GYIHRNFAGNRFSDHVALLSVFQAWDDARMGGEEAEIRFCEHKRLNMATLRMTWEAKVQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GYIHRNFAGNRFSDHVALLSVFQAWDDARMGGEEAEIRFCEHKRLNMATLRMTWEAKVQL 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE1 KEILINSGFPEDCLLTQVFTNTGPDNNLDVVISLLAFGVYPNVCYHKEKRKILTTEGRNA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KEILINSGFPEDCLLTQVFTNTGPDNNLDVVISLLAFGVYPNVCYHKEKRKILTTEGRNA 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KE1 LIHKSSVNCPFSSQDMKYPSPFFVFGEKIRTRAISAKGMTLVTPLQLLLFASKKVQSDGQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LIHKSSVNCPFSSQDMKYPSPFFVFGEKIRTRAISAKGMTLVTPLQLLLFASKKVQSDGQ 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE1 IVLVDDWIKLQISHEAAACITGLRAAMEALVVEVTKQPAIISQLDPVNERMLNMIRQISR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IVLVDDWIKLQISHEAAACITGLRAAMEALVVEVTKQPAIISQLDPVNERMLNMIRQISR 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE1 PSAAGINLMIGSTRYGDGPRPPKMARYDNGSGYRRGGSSYSGGGYGGGYSSGGYGSGGYG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PSAAGINLMIGSTRYGDGPRPPKMARYDNGSGYRRGGSSYSGGGYGGGYSSGGYGSGGYG 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE1 GSANSFRAGYGAGVGGGYRGVSRGGFRGNSGGDYRGPSGGYRGSGGFQRGGGRGAYGTGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GSANSFRAGYGAGVGGGYRGVSRGGFRGNSGGDYRGPSGGYRGSGGFQRGGGRGAYGTGY 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 pF1KE1 FGQGRGGGGY :::::::::: NP_001 FGQGRGGGGY 1270 >>NP_001107869 (OMIM: 612767) ATP-dependent RNA helicase (994 aa) initn: 1348 init1: 673 opt: 1542 Z-score: 1125.1 bits: 220.0 E(85289): 6.3e-56 Smith-Waterman score: 1648; 37.2% identity (67.1% similar) in 817 aa overlap (345-1125:161-957) 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 LAQFEPSQRQNQVGVVPWSPPQSNWNPWTSSNIDEGPLAFATPEQISMDLKNELMYQLEQ : ::. . .. . : ..:. .:.. NP_001 KNTPCSENKLDIQEKKLINQEKKMFRIRNRSYIDRDSEYLLQENEPDGTLDQKLLEDLQK 140 150 160 170 180 190 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 D-HDLQAI-LQE-RELLPVKKFESEILEAISQNSVVIIRGATGCGKTTQVPQFILDDFIQ .::. : .:. :: :: ...:... :....:..: : ::::::::: :::::..:. NP_001 KKNDLRYIEMQHFREKLPSYGMQKELVNLIDNHQVTVISGETGCGKTTQVTQFILDNYIE 200 210 220 230 240 250 440 450 460 470 480 pF1KE1 NDRAAECNIVVTQPRRISAVSVAERVAFERGEE--PGKSCGYSVRFESILPRPHASIMFC ... : :: ::::::::.::::::: ::.: :.: ::..:..: ::: ..::..: NP_001 RGKGSACRIVCTQPRRISAISVAERVAAERAESCGSGNSTGYQIRLQSRLPRKQGSILYC 260 270 280 290 300 310 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 TVGVLLRKLEAG--IRGISHVIVDEIHERDINTDFLLVVLRDVVQAYPEVRIVLMSATID :.:..:. :.. . ..::...::::::....: :..:..:... .....:::::.. NP_001 TTGIILQWLQSDPYLSSVSHIVLDEIHERNLQSDVLMTVVKDLLNFRSDLKVILMSATLN 320 330 340 350 360 370 550 560 570 580 590 pF1KE1 TSMFCEYFFNCPIIEVYGRTYPVQEYFLEDCIQMTHFVPPPKDKKKKDK--------DDD . : ::: :::.:.. : :.:: ::.::: :. ..:: :..... : . . NP_001 AEKFSEYFGNCPMIHIPGFTFPVVEYLLEDVIEKIRYVPEQKEHRSQFKRGFMQGHVNRQ 380 390 400 410 420 430 600 610 620 630 640 650 pF1KE1 GGEDDDANCNLICGD-------EYGPETRLSMSQLNEKETPFELIEALLKYIETLNVPGA :. .: . : .:. : . .... .. ..:: ::..:: . :: NP_001 EKEEKEAIYKERWPDYVRELRRRYSASTVDVIEMMEDDKVDLNLIVALIRYIVLEEEDGA 440 450 460 470 480 490 660 670 680 690 700 710 pF1KE1 VLVFLPGWNLIYTMQKHLEMNPHFGSHRYQILPLHSQIPREEQRKVFDPVPVGVTKVILS .:::::::. : :.. : . : : .: .:: .: :: :.... NP_001 ILVFLPGWDNISTLHDLLMSQVMFKS--------------VNQTQVFKRTPPGVRKIVIA 500 510 520 530 720 730 740 750 760 770 pF1KE1 TNIAETSITINDVVYVIDSCKQKVKLFTAHNNMTNYATVWASKTNLEQRKGRAGRVRPGF ::::::::::.:::::::. : : : ..::...... :.::.: .:::::::::.:: NP_001 TNIAETSITIDDVVYVIDGGKIKETHFDTQNNISTMSAEWVSKANAKQRKGRAGRVQPGH 540 550 560 570 580 590 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 CFHLCSRARFERLETHMTPEMFRTPLHEIALSIKLLRLGGIGQFLAKAIEPPPLDAVIEA :.:: . : :. .. ::..::::.:. :.::.::::::. ::.. ..:: .::. . NP_001 CYHLYNGLRASLLDDYQLPEILRTPLEELCLQIKILRLGGIAYFLSRLMDPPSNEAVLLS 600 610 620 630 640 650 840 850 860 870 880 890 pF1KE1 EHTLRELDALDANDELTPLGRILAKLPIEPRFGKMMIMGCIFYVGDAICTIAAATCFPEP . : ::.::: ..:::::: ::.::.::..:::...: .: : . ::::. : .: NP_001 IRHLMELNALDKQEELTPLGVHLARLPVEPHIGKMILFGALFCCLDPVLTIAASLSFKDP 660 670 680 690 700 710 900 910 920 930 940 pF1KE1 FINE-GK-RLGYIHRN-FAGNRFSDHVALLSVFQAWDDARMGGEEAEIRFCEHKRLNMAT :. :: ... .:. .: . :::......:..:..:: : . : .: . :. : NP_001 FVIPLGKEKIADARRKELAKDTRSDHLTVVNAFEGWEEARRRGFRYEKDYCWEYFLSSNT 720 730 740 750 760 770 950 960 970 980 990 1000 pF1KE1 LRMTWEAKVQLKEILINSGFPEDCLLTQVFTNTGPDNNLDVVISLLAFGVYPNVCYHK-- :.: . : :. : :...:: . . .: . ::. .. ... :.::.: . 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NP_065 AEKFSEYFGNCPMIHIPGFTFPVVEYLLEDVIEKIRYVPEQKEHRSQFKRGFMQGHVNRQ 380 390 400 410 420 430 600 610 620 630 640 650 pF1KE1 GGEDDDANCNLICGD-------EYGPETRLSMSQLNEKETPFELIEALLKYIETLNVPGA :. .: . : .:. : . .... .. ..:: ::..:: . :: NP_065 EKEEKEAIYKERWPDYVRELRRRYSASTVDVIEMMEDDKVDLNLIVALIRYIVLEEEDGA 440 450 460 470 480 490 660 670 680 690 700 710 pF1KE1 VLVFLPGWNLIYTMQKHLEMNPHFGSHRYQILPLHSQIPREEQRKVFDPVPVGVTKVILS .:::::::. : :.. : . : : .. :.:::: .: .: .:: .: :: :.... NP_065 ILVFLPGWDNISTLHDLLMSQVMFKSDKFLIIPLHSLMPTVNQTQVFKRTPPGVRKIVIA 500 510 520 530 540 550 720 730 740 750 760 770 pF1KE1 TNIAETSITINDVVYVIDSCKQKVKLFTAHNNMTNYATVWASKTNLEQRKGRAGRVRPGF ::::::::::.:::::::. : : : ..::...... :.::.: .:::::::::.:: NP_065 TNIAETSITIDDVVYVIDGGKIKETHFDTQNNISTMSAEWVSKANAKQRKGRAGRVQPGH 560 570 580 590 600 610 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 CFHLCSRARFERLETHMTPEMFRTPLHEIALSIKLLRLGGIGQFLAKAIEPPPLDAVIEA :.:: . : :. .. ::..::::.:. :.::.::::::. ::.. ..:: .::. . 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XP_011 GPKEKKVRFHPASVLSQPQYKKIPPANGQAAAIKALPTDWLIYDEMTRAHRIANIRCCSA 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE1 VTPLQLLLFASKKVQSDGQIVLVDDWIKLQISHEAAACITGLRAAMEALVVEVTKQPAII :::. .:.: XP_011 VTPVTILVFCGPARLASNALQEPSSFRVDGIPNDSSDSEMEDKTTANLAALKLDEWLHFT 1060 1070 1080 1090 1100 1110 >>NP_001332904 (OMIM: 616530) probable ATP-dependent RNA (1268 aa) initn: 1251 init1: 468 opt: 892 Z-score: 654.8 bits: 133.4 E(85289): 9.9e-30 Smith-Waterman score: 1313; 31.9% identity (53.6% similar) in 1021 aa overlap (385-1181:28-1039) 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 ATPEQISMDLKNELMYQLEQDHDLQAILQERELLPVKKFESEILEAISQNSVVIIRGATG :. ::: . . ::.. :..:.::.: : :: NP_001 MSKTSGRLNNGIPQIPVKRGESEFDSFRQSLPVFEKQEEIVKIIKENKVVLIVGETG 10 20 30 40 50 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 CGKTTQVPQFILDDFIQNDRAAECNIVVTQPRRISAVSVAERVAFERGEEPGKSCGYSVR :::::.:::.::: ..: . : : :::::..:..:::::: :: :. :.. ::..: NP_001 SGKTTQIPQFLLDDCFKN--GIPCRIFCTQPRRLAAIAVAERVAAERRERIGQTIGYQIR 60 70 80 90 100 110 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 FESILPRPHASIMFCTVGVLLRKLEAG---IRGISHVIVDEIHERDINTDFLLVVLRDVV .:: . :.. . ::: ::::: : :: . ..::::::.:::: .::::. :::.. 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NP_001 GPKEKKVRFHPASVLSQPQYKKIPPANGQAAAIKALPTDWLIYDEMTRAHRIANIRCCSA 840 850 860 870 880 890 1070 1080 1090 pF1KE1 VTPLQLLLF------ASKKVQ--------------SDGQI----------VLVDDWIKLQ :::. .:.: ::. .: ::... . .:.:... NP_001 VTPVTILVFCGPARLASNALQEPSSFRVDGIPNDSSDSEMEDKTTANLAALKLDEWLHFT 900 910 920 930 940 950 1100 1110 1120 1130 1140 1150 pF1KE1 ISHEAAACITGLRAAMEALVVEVTKQPAII-SQLDPVNERMLNMIRQISRPSAAGINLMI . :::. . :: ..: .. . :. ::.: .. : . . . . :: :.. 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