FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1086, 2644 aa 1>>>pF1KE1086 2644 - 2644 aa - 2644 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2438+/-0.00146; mu= 20.9439+/- 0.087 mean_var=73.1617+/-14.494, 0's: 0 Z-trim(97.6): 38 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.149945 statistics sampled from 5156 (5175) to 5156 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.469), E-opt: 0.2 (0.155), width: 16 Scan time: 4.030 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS3124.1 ATR gene_id:545|Hs109|chr3 (2644) 17465 3789.2 0 CCDS31669.1 ATM gene_id:472|Hs109|chr11 (3056) 739 171.0 9.2e-41 CCDS127.1 MTOR gene_id:2475|Hs109|chr1 (2549) 625 146.3 2.1e-33 CCDS45430.1 SMG1 gene_id:23049|Hs109|chr16 (3661) 485 116.0 3.8e-24 CCDS75735.1 PRKDC gene_id:5591|Hs109|chr8 (4128) 306 77.3 1.9e-12 >>CCDS3124.1 ATR gene_id:545|Hs109|chr3 (2644 aa) initn: 17465 init1: 17465 opt: 17465 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CCDS31 NHHQVRMLAAESINRLFQDTKGDSSRLLKALPLKLQQTAFENAYLKAQEGMRE------- 1090 1100 1110 1120 1130 880 890 900 910 920 930 pF1KE1 DIGRAAKGDLVPFALLHLLHCLLSKSASV-SGAAYTEIRALVA-AKSVKLQSFFSQYKKP ....:.. . . . ::. : : : . : .:: : :::: ... . : CCDS31 -MSHSAENPETLDEIYNRKSVLLTLIAVVLSCSPICEKQALFALCKSVKENGLEPHLVKK 1140 1150 1160 1170 1180 1190 940 950 960 970 980 990 pF1KE1 ICQFLVESLHSSQMTALPNTPCQNADVRKQDVAHQREMALNTLSEIANVFDFPDLNRFLT . . . :.. .. . . . .. .. .. :. :... : .... ... : CCDS31 VLEKVSETFGYRRLEDFMASHLDYLVLEWLNL-QDTEYNLSSFPFI--LLNYTNIEDFYR 1200 1210 1220 1230 1240 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE1 RTLQVLLPDLAAKASPAASALIRTLGKQLNVNRREILINNFKYIFSHLV----------- .::.: :. .. ......:.. . . .: . : :. ... CCDS31 SCYKVLIPHLVIRSHFDE---VKSIANQIQEDWKSLLTDCFPKILVNILPYFAYEGTRDS 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1050 1060 1070 1080 1090 pF1KE1 -CSCSKDELERALHYLKNETEI--ELGSLLRQDFQGLHNELLLRIGEHYQQVFNGLSILA . ... .. .::.:. . .. :. ... . :::. . : .. . . : CCDS31 GMAQQRETATKVYDMLKSENLLGKQIDHLFISNLPEIVVELLMTLHEPANSSASQSTDLC 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE1 SFASSDDPYQGPRDIISPELMADYL------QPKLLGILAFFNMQLLSSS---VGIEDKK .:... :: .: . : . : . . :: .:: ... . : . ..: .. CCDS31 DFSGDLDPAPNPPHFPSHVIKATFAYISNCHKTKLKSILEILSKSPDSYQKILLAICEQA 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1150 1160 1170 1180 1190 pF1KE1 MALNSLMSLMKLMGPKHV-SSVRVKMMTT---------LR----TGLRFKDDFPE----- :.... ... :. :. .: . . :: : ... .. : CCDS31 AETNNVYKKHRILKIYHLFVSLLLKDIKSGLGGAWAFVLRDVIYTLIHYINQRPSCIMDV 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1200 1210 1220 1230 pF1KE1 ------LCCRAWDCFVRCLDHACLGSLLSH--VIVA-LLPLIHIQ---PKETAAIFHYLI ::: . . : .: .: :::. :.::.. : :.. ...::. CCDS31 SLRSFSLCCDLLSQVCQTAVTYCKDALENHLHVIVGTLIPLVYEQVEVQKQVLDLLKYLV 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1240 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE1 IENRDAVQDFLHEIYFL---PDHPELKKIKAVLQEYRKETSESTDLQTTLQLSMKAIQHE :.:.: ... : .: ::: .: .. . :. . . . :. .. .. CCDS31 IDNKDN-ENLYITIKLLDPFPDHVVFKDLRITQQKIKYSRGPFSLLEEINHFLSVSVYDA 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE1 NVDVRIHALTSLKETL--YKNQEKLIKYATDSETVEPIISQLVTVLLKGCQDA---NSQA .:...: .:.. : .:.: : :.... . :. .::. ::. . : ... CCDS31 LPLTRLEGLKDLRRQLELHKDQMVDIMRASQDNPQDGIMVKLVVNLLQLSKMAINHTGEK 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KE1 RLL--CGECLGELGAIDPGRLDFSTTETQ-GKDFTFVTGV---EDSSFAYGLLMELTRAY ..: : ::::.: :: ::: : .:: ... .. ::. . . ..: CCDS31 EVLEAVGSCLGEVGPID-----FSTIAIQHSKDASYTKALKLFEDKELQWTFIM------ 1670 1680 1690 1700 1710 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KE1 LAYADNSRAQDSAAYAIQELLSIYDC-REMETNGPGHQLWRRFP---EHVREILEPHLNT :.: .:. ..: .. . : ... .. ::..:. . . . :.: .. CCDS31 LTYLNNTLVEDC----VKVRSAAVTCLKNILATKTGHSFWEIYKMTTDPMLAYLQPFRTS 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1470 1480 1490 1500 1510 pF1KE1 RYKSSQ-----KSTDWSGVKKPIYLSKLGSNFAEWSASWAGYLITK--VRHDLASKIFTC : : . : . . :. :. : : . . .. . .. .. . . CCDS31 RKKFLEVPRFDKENPFEGLDDINLWIPLSENHDIWIKTLTCAFLDSGGTKCEILQLLKPM 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE1 CSIMMKHDFKVTIYLLPHILVYVLLGCNQEDQQE-----VYAEIMAVLKHDDQHTINTQD : . : :: :. ::... .:: ..:. .. : . . . :.: .: . .: CCDS31 CEV--KTDFCQTV--LPYLIHDILLQDTNESWRNLLSTHVQGFFTSCLRHFSQTSRSTTP 1840 1850 1860 1870 1880 1570 1580 1590 1600 1610 1620 pF1KE1 IASDLCQLSTQTVFSMLDHLTQWARHKF-QALKAEKCPHSKSNRNKVDSMVSTVDYEDYQ ..: . : . ::. .: . . .. .: : : . : :.. ..: . 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CCDS31 -RQAGIIQALQNLGLCHILSVYLKGLDYENKDWCPELEELHYQAAWRNMQWDHCTS-VSK 2060 2070 2080 2090 2100 2110 1800 1810 1820 1830 1840 1850 pF1KE1 DGKSTTWSVRLGQLLLSAKKRDITAFYDSLKLVRAEQIVPLSAASFERGSYQRGYEYIVR . ..:.. : . : : . :....::.::: .:.... . :.: : : . : CCDS31 EVEGTSYHESLYNALQSLRDREFSTFYESLKYARVKEVEEMCKRSLE--SVYSLYPTLSR 2120 2130 2140 2150 2160 2170 1860 1870 1880 1890 1900 1910 pF1KE1 LHMLCELEHSIKPLFQHSPGDSS-QEDSLNWVARLEMTQNS-YRAKEPILALRRALLSLN :. . ::: :: ::..: . .: ..: . .. ..: . .:::.::: ..: . 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CCDS31 ICTYKVVPLSQRSGVLEWCTGTVPIGEFLVN--NEDGAHKRYRPNDFSAFQCQKKMMEVQ 2760 2770 2780 2790 2800 2420 2430 2440 2450 2460 2470 pF1KE1 SAALSEKLKVFREFLLPRHPPIFHEWFLRTFPDPTSWYSSRSAYCRSTAVMSMVGYILGL . .. :: .:: . . :.:. . .. : ::. :. .: :: ::.:. :.::::::: CCDS31 KKSFEEKYEVFMD-VCQNFQPVFRYFCMEKFLDPAIWFEKRLAYTRSVATSSIVGYILGL 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2480 2490 2500 2510 2520 2530 pF1KE1 GDRHGENILFDSLTGECVHVDFNCLFNKGETFEVPEIVPFRLTHNMVNGMGPMGTEGLFR :::: .:::.. ..: ::.:.. :..:. . .:: ::::::...:.::: :.::.:: CCDS31 GDRHVQNILINEQSAELVHIDLGVAFEQGKILPTPETVPFRLTRDIVDGMGITGVEGVFR 2870 2880 2890 2900 2910 2920 2540 2550 2560 2570 2580 pF1KE1 RACEVTMRLMRDQREPLMSVLKTFLHDPLVEWS-KPVKG-------HSKAPLNETGEVVN : :: ::..::...: :.......:.::: .:. .:.:. .... :. : .. . CCDS31 RCCEKTMEVMRNSQETLLTIVEVLLYDPLFDWTMNPLKALYLQQRPEDETELHPTLNADD 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2590 2600 2610 2620 2630 pF1KE1 EKAKTHVLDIEQRLQGV-----IKTRNRVTGLP----LSIEGHVHYLIQEATDENLLCQM .. : .. ::.: .. : .. .... :. ::. :.:. :::.: : . : .. 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