Result of FASTA (ccds) for
pF1KE1246
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1246, 482 aa
1>>>pF1KE1246 482 - 482 aa - 482 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3928+/-0.000839; mu= 17.3665+/- 0.051
mean_var=64.7667+/-13.191, 0's: 0 Z-trim(106.9): 78 B-trim: 81 in 1/48
Lambda= 0.159367
statistics sampled from 9202 (9280) to 9202 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 2.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 3237 753.1 1.5e-217
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 2578 601.5 6e-172
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1164 276.4 4.6e-74
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1164 276.5 4.8e-74
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 1165 276.7 4.9e-74
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 1127 267.9 1.7e-71
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 1117 265.6 8.4e-71
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 1113 264.7 1.7e-70
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 1110 264.0 2.6e-70
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 1106 263.1 4.5e-70
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 1032 246.1 6.1e-65
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 976 233.2 4.9e-61
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 964 230.5 3.3e-60
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 871 209.1 8.2e-54
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 845 203.1 5.7e-52
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 845 203.1 6e-52
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 835 200.8 2.7e-51
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 692 167.9 1.9e-41
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 559 137.3 3.3e-32
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 559 137.3 3.4e-32
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 534 131.6 1.9e-30
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 534 131.6 2e-30
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 532 131.1 2.6e-30
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 521 128.6 1.6e-29
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 509 125.8 7e-29
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 471 117.1 4.5e-26
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 421 105.6 1.1e-22
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 421 105.6 1.2e-22
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 416 104.5 2.6e-22
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 416 104.5 2.7e-22
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 402 101.2 2.4e-21
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 379 95.9 9.1e-20
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 354 90.2 5.4e-18
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 334 85.6 1.3e-16
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 253 66.9 4.1e-11
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 253 67.0 4.9e-11
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 253 67.0 4.9e-11
>>CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (482 aa)
initn: 3237 init1: 3237 opt: 3237 Z-score: 4019.0 bits: 753.1 E(32554): 1.5e-217
Smith-Waterman score: 3237; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-482)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGLQLIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGLQLIQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 INVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNLKWNPDDYGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 INVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNLKWNPDDYGGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 PFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 FIDTIPNIMFFSTMKRPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FIDTIPNIMFFSTMKRPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 IEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQ
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 QG
::
CCDS33 QG
>>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa)
initn: 2567 init1: 2567 opt: 2578 Z-score: 3200.5 bits: 601.5 E(32554): 6e-172
Smith-Waterman score: 3000; 94.8% identity (94.8% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGLQLIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGLQLIQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 INVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNLKWNPDDYGGV
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS22 INVDEVNQIVTTNVRLKQ-------------------------QWVDYNLKWNPDDYGGV
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHF
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 PFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 PFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPD
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTV
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 FLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 FIDTIPNIMFFSTMKRPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 FIDTIPNIMFFSTMKRPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSA
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 IEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 IEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQ
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 QG
::
CCDS22 QG
>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa)
initn: 1394 init1: 583 opt: 1164 Z-score: 1443.1 bits: 276.4 E(32554): 4.6e-74
Smith-Waterman score: 1290; 44.7% identity (68.3% similar) in 479 aa overlap (1-437:12-461)
10 20 30 40
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVV
. : ::::. : .. .:: : :: .::.::. ..::: . . :
CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 EVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYN
. ... ::..:::::::. ::. ::: : ::.
CCDS53 IIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQ-------------------------IWNDYK
70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 LKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIF
:::::.::::.. ...:..:::.::.:::::: ::: . ::.::.:::..:: :::::
CCDS53 LKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIF
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 KSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGW
:: :.: ::.:::: :::.::.:.:.:: . . . ... .:... :::::.: .. :.
CCDS53 KSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGY
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 KHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMT
::.. :.:: . : :::: . ..::::.. .:.::::::.:::: ::::::.: :::.:
CCDS53 KHDIKYNCCEEI-YPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVT
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 LSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPS
: ::::::::::::::.: ::::: ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:.:.:.
CCDS53 LCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPT
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390
pF1KE1 THVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMKRPSRE----KQDKKIFTEDI-DISDIS-------
::.::.::. ::.. .: .:: : ::. . .. . .. .. ... .:
CCDS53 THTMPSWVKTVFLNLLPRVMF---MTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGC
340 350 360 370 380 390
400 410 420
pF1KE1 --GKPGPPPM-GF-HSPLIK--------------------------HPEVKSAIEGIKYI
: : : :. : :: ::.: ::...:::
CCDS53 KEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYI
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 AETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
::.::...:.
CCDS53 AENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRKEKSTETSDQEPGL
460 470 480
>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa)
initn: 1523 init1: 583 opt: 1164 Z-score: 1442.9 bits: 276.5 E(32554): 4.8e-74
Smith-Waterman score: 1419; 45.4% identity (69.2% similar) in 513 aa overlap (1-471:12-495)
10 20 30 40
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVV
. : ::::. : .. .:: : :: .::.::. ..::: . . :
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 EVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYN
. ... ::..:::::::. ::. ::: : ::.
CCDS10 IIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQ-------------------------IWNDYK
70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 LKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIF
:::::.::::.. ...:..:::.::.:::::: ::: . ::.::.:::..:: :::::
CCDS10 LKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIF
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 KSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGW
:: :.: ::.:::: :::.::.:.:.:: . . . ... .:... :::::.: .. :.
CCDS10 KSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGY
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 KHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMT
::.. :.:: . : :::: . ..::::.. .:.::::::.:::: ::::::.: :::.:
CCDS10 KHDIKYNCCEEI-YPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVT
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 LSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPS
: ::::::::::::::.: ::::: ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:.:.:.
CCDS10 LCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPT
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390
pF1KE1 THVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMKRPSRE----KQDKKIFTEDI-DISDIS-------
::.::.::. ::.. .: .:: : ::. . .. . .. .. ... .:
CCDS10 THTMPSWVKTVFLNLLPRVMF---MTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGC
340 350 360 370 380 390
400 410 420
pF1KE1 --GKPGPPPM-GF-HSPLIK--------------------------HPEVKSAIEGIKYI
: : : :. : :: ::.: ::...:::
CCDS10 KEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYI
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 AETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
::.::...:... .:::::::.:.:.: :: ::::.:: ..:
CCDS10 AENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
460 470 480 490 500
>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa)
initn: 1283 init1: 587 opt: 1165 Z-score: 1442.7 bits: 276.7 E(32554): 4.9e-74
Smith-Waterman score: 1283; 50.4% identity (71.6% similar) in 409 aa overlap (5-406:14-390)
10 20 30 40
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEH-------ETRLVAKLFKDYSSVVRPVED
:::::. ..::. .: : : ::. :::. :.. ::: .
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLL---GTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVAN
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 HRQVVEVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQ
.:: : ::.. :::.::: ::..:::: .:: .
CCDS13 ISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQ-------------------------E
60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 WVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWT
: ::.:.:.: :: .: .:.:::: :::::.:::::::::::....::. : . :.. ::
CCDS13 WHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWT
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 PPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIK
::::.:: : : :: ::::.:::.::.:.:::: . . . .. : .: :::::::
CCDS13 PPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIV
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 ESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDS
.. : .. : :: . : :::: ::..::::.. .:.::::::.: :: ::::::..
CCDS13 DAVGTYNTRKYECCAEI-YPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSEC
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 GEKMTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTH
:::.:: ::::::::::::.:.:.::::: ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:
CCDS13 GEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVH
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 HRSPSTHVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMKRPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPP
:::: ::.::.:::.::.: .: ... ::::: :.. . . :.. . . : :
CCDS13 HRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLL---MKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEP
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 MGFHSPLIKHPEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCI
:
CCDS13 EGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGP
390 400 410 420 430 440
>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (479 aa)
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Smith-Waterman score: 1267; 45.3% identity (74.3% similar) in 413 aa overlap (87-471:58-468)
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNLKWNPDD
: : . : . ..: : : ::.:.:.: .
CCDS56 CVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHFEVAI-TQLANVIWNDYKLRWDPME
30 40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 YGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEII
: :.. ...:..:::.::.:::::: ::: . ::.::.:.: ::::::::::: : .
CCDS56 YDGIETLRVPADKIWKPDIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMD
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYS
.: ::::.::::.:.:.:::: . . . ... :...: :..:: : .. :.::.. :.
CCDS56 ITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYN
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 CCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLL
:: . : :::: : ..:::... .:.:::::..:::: ::::::.: :::.:: :::::
CCDS56 CCEEI-YTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLL
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNW
:::::::::.: ::::: .:::.:.:.::::.:: ::..::.:.: :.:.:.::.:: :
CCDS56 SLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRW
270 280 290 300 310 320
360 370 380
pF1KE1 VRKVFIDTIPNIMFF-----------------STMKRPSREK--------QDKKIFT--E
:. ::. .:..... . .::.. : . :. : .
CCDS56 VKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHK
330 340 350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 DIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKH-PEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVA
. ... . . . :. . .: :::...:.....:::.::: .:.... .:::::
CCDS56 SNELATSKRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVA
390 400 410 420 430 440
450 460 470 480
pF1KE1 MVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
::.:...: ::..::..:: ..:
CCDS56 MVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
450 460 470
>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa)
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Smith-Waterman score: 1356; 43.3% identity (69.6% similar) in 496 aa overlap (4-471:17-483)
10 20 30 40
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQ
: : .:. : : : : :: :::. :.. .::::. .
CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLW--LCVFTPFFKGCV-GCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSD
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 VVEVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVD
: : . . :: ::::::::. ::. :. :. : :
CCDS61 PVTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLR---------------------HI----WND
60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 YNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPA
:.:.:.: .: :.. ...:..:::.::.:::::: ::: . ::.::.:.: :::::::
CCDS61 YKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPA
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 IFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESR
:::: : . .: ::::.::::.:.:.:::: . . . ... :...: :..:: : ..
CCDS61 IFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDAS
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 GWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEK
:.::.. :.:: . : :::: : ..:::... .:.:::::..:::: ::::::.: :::
CCDS61 GYKHDIKYNCCEEI-YTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEK
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 MTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRS
.:: ::::::::::::::.: ::::: .:::.:.:.::::.:: ::..::.:.: :.:.
CCDS61 VTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRT
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380
pF1KE1 PSTHVMPNWVRKVFIDTIPNIMFF-----------------STMKRPSREK--------Q
:.::.:: ::. ::. .:..... . .::.. : .
CCDS61 PTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRH
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KE1 DKKIFT--EDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKH-PEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESNN
:. : .. ... . . . :. . .: :::...:.....:::.::: .:...
CCDS61 LKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKE
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470 480
pF1KE1 AAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
. .:::::::.:...: ::..::..:: ..:
CCDS61 VEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
460 470 480 490
>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa)
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Smith-Waterman score: 1352; 44.0% identity (69.9% similar) in 491 aa overlap (21-471:56-520)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVE
.: : :: .::. :. .::: . .::
CCDS60 GEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSDVVI
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNL
: ::.. :::.::: ::..:::: ::: .: ::.:
CCDS60 VRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQ-------------------------EWSDYKL
90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFK
.::: :.:.. ....::: :: ::.::::::::.::....::. : :: . :.::::.:
CCDS60 RWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 SYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWK
: : : :: ::::.:::.::.:.:::: . . .. . ::... :::::.: .. :
CCDS60 SSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 HSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTL
.: :.:: . : :.:: ::..::::.. .:.::::::.: :: ::::::.: :::.::
CCDS60 NSKKYDCCAEI-YPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPST
::::::::::::.:.:.::::: ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:::::::
CCDS60 CISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE1 HVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFST------MKRPSREK--------------QDKKIFTED
:.::.::: ... .: .... . .: : : ..... .:.
CCDS60 HTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEE
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE1 ID-----------ISDI-------SGKPGPPPMGF--HSPLIKHPEVKSAIEGIKYIAET
: .. . :: :: .. .. :. :....:.::..:::.
CCDS60 EDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADH
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480
pF1KE1 MKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
..:.. .... .:::::::.:.:.: .:..::..::...:
CCDS60 LRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
480 490 500 510 520
>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa)
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Smith-Waterman score: 1272; 42.4% identity (67.6% similar) in 491 aa overlap (21-471:56-505)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVE
.: : :: .::. :. .::: .
CCDS64 GEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTS----
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNL
.::: ::..:::: ::: .: ::.:
CCDS64 -----------DVDEKNQMMTTNVWLKQ-------------------------EWSDYKL
90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFK
.::: :.:.. ....::: :: ::.::::::::.::....::. : :: . :.::::.:
CCDS64 RWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYK
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 SYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWK
: : : :: ::::.:::.::.:.:::: . . .. . ::... :::::.: .. :
CCDS64 SSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 HSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTL
.: :.:: . : :.:: ::..::::.. .:.::::::.: :: ::::::.: :::.::
CCDS64 NSKKYDCCAEI-YPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPST
::::::::::::.:.:.::::: ..::::.:.::::.:: ::.:::.:.:.:::::::
CCDS64 CISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE1 HVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFST------MKRPSREK--------------QDKKIFTED
:.::.::: ... .: .... . .: : : ..... .:.
CCDS64 HTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEE
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430
pF1KE1 ID-----------ISDI-------SGKPGPPPMGF--HSPLIKHPEVKSAIEGIKYIAET
: .. . :: :: .. .. :. :....:.::..:::.
CCDS64 EDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADH
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KE1 MKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
..:.. .... .:::::::.:.:.: .:..::..::...:
CCDS64 LRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
470 480 490 500 510
>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 (458 aa)
initn: 1093 init1: 512 opt: 1106 Z-score: 1371.4 bits: 263.1 E(32554): 4.5e-70
Smith-Waterman score: 1205; 41.5% identity (71.5% similar) in 467 aa overlap (11-475:16-450)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGL
: ..:. .:.: :. .::. :.. :::: ....: ::
CCDS61 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 QLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQGDMVDLPRPSCVTLGVPLFSHLQNEQWVDYNLKWNPD
.. ::..::: ::..:::: ::: .:.:..:.::::
CCDS61 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQ-------------------------EWTDHKLRWNPD
70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEI
::::...:..:::..: ::.::..:::: : .:::... .: ..::::: .:: : .
CCDS61 DYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTM
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 IVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTY
:: ::::.::::::.:.:::::..: . ... : ..:...::: : ...: : .
CCDS61 DVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGN-RR
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 SCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVL
. . :. ::: ::..::::.. . .::::: .:::: ::::::.: :::..:: :::
CCDS61 DGVYSYPF--ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 LSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPST-HVMP
.::::::::: :.:::.:...::::.:.:: :.:: :::.::.:::.:::: :: : :
CCDS61 VSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMA
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 NWVRKVFIDTIPNIMFFSTMK-RPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIK
::...:.. .:... :: . .: .. .: .. . . . : .. . .
CCDS61 PWVKRLFLQKLPKLL---CMKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLS-DGEKVL
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 HPEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAG
...: ..:.::.. .:... .... .::.::.:.:.:.: .:..: . :.. .:.
CCDS61 VAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTP
390 400 410 420 430 440
480
pF1KE1 RLIELNQQG
:
CCDS61 ALKMWLHSYH
450
482 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 18:11:48 2016 done: Sun Nov 6 18:11:48 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]