FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1398, 1102 aa 1>>>pF1KE1398 1102 - 1102 aa - 1102 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5020+/-0.00102; mu= 16.0656+/- 0.061 mean_var=91.9199+/-18.184, 0's: 0 Z-trim(104.5): 85 B-trim: 75 in 1/52 Lambda= 0.133773 statistics sampled from 7942 (8029) to 7942 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16 Scan time: 2.050 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS32385.1 USP7 gene_id:7874|Hs109|chr16 (1102) 7533 1465.0 0 CCDS66941.1 USP7 gene_id:7874|Hs109|chr16 (1086) 7364 1432.4 0 CCDS41619.1 USP47 gene_id:55031|Hs109|chr11 (1287) 618 130.5 2.4e-29 CCDS60725.1 USP47 gene_id:55031|Hs109|chr11 (1355) 618 130.5 2.6e-29 CCDS81554.1 USP47 gene_id:55031|Hs109|chr11 (1375) 618 130.5 2.6e-29 CCDS46547.1 USP40 gene_id:55230|Hs109|chr2 (1247) 451 98.3 1.2e-19 CCDS42686.1 USP34 gene_id:9736|Hs109|chr2 (3546) 373 83.4 1e-14 CCDS59462.1 USP17L21 gene_id:100287478|Hs109|chr4 ( 530) 333 75.3 4.1e-13 CCDS59456.1 USP17L12 gene_id:100287205|Hs109|chr4 ( 530) 333 75.3 4.1e-13 CCDS77901.1 USP17L15 gene_id:100288520|Hs109|chr4 ( 559) 333 75.4 4.3e-13 CCDS59460.1 USP17L19 gene_id:100287404|Hs109|chr4 ( 530) 332 75.1 4.7e-13 CCDS59459.1 USP17L18 gene_id:100287364|Hs109|chr4 ( 530) 332 75.1 4.7e-13 CCDS59455.1 USP17L11 gene_id:100287178|Hs109|chr4 ( 530) 332 75.1 4.7e-13 CCDS43713.1 USP17L2 gene_id:377630|Hs109|chr8 ( 530) 329 74.6 7e-13 CCDS59457.1 USP17L13 gene_id:100287238|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59461.1 USP17L20 gene_id:100287441|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59470.1 USP17L29 gene_id:728405|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59466.1 USP17L26 gene_id:728379|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59464.1 USP17L24 gene_id:728369|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59471.1 USP17L30 gene_id:728419|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59468.1 USP17L27 gene_id:728393|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59469.1 USP17L28 gene_id:728400|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59463.1 USP17L22 gene_id:100287513|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59458.1 USP17L17 gene_id:100287327|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59465.1 USP17L25 gene_id:728373|Hs109|chr4 ( 530) 326 74.0 1e-12 CCDS59454.1 USP17L10 gene_id:100287144|Hs109|chr4 ( 530) 325 73.8 1.2e-12 CCDS78301.1 USP17L3 gene_id:645836|Hs109|chr8 ( 530) 324 73.6 1.4e-12 CCDS59467.1 USP17L5 gene_id:728386|Hs109|chr4 ( 530) 321 73.0 2e-12 CCDS78300.1 USP17L8 gene_id:392188|Hs109|chr8 ( 530) 321 73.0 2e-12 CCDS44154.2 USP24 gene_id:23358|Hs109|chr1 (2620) 327 74.5 3.7e-12 CCDS78298.1 USP17L1 gene_id:401447|Hs109|chr8 ( 530) 316 72.1 4e-12 CCDS78299.1 USP17L4 gene_id:645402|Hs109|chr8 ( 530) 315 71.9 4.5e-12 CCDS31952.1 USP12 gene_id:219333|Hs109|chr13 ( 370) 291 67.2 8.2e-11 >>CCDS32385.1 USP7 gene_id:7874|Hs109|chr16 (1102 aa) initn: 7533 init1: 7533 opt: 7533 Z-score: 7854.0 bits: 1465.0 E(33420): 0 Smith-Waterman score: 7533; 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CCDS41 AKFLEV------DEYPEHIKNLVQKERELEEQEKRQREIERNTCKIKL-----FCLHPTK 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 DMYDEEKVKYTVFKVLKNS-SLAEFVQSLSQTMGFPQDQIRLWPMQARSNGTKRPAMLDN ... :.:.. :.::.. .: ...: ... : : :: CCDS41 QVMMENKLEVHKDKTLKEAVEMAYKMMDLEEVI--PLDCCRLVKYDEFHDYLERSYEGEE 540 550 560 570 580 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 EADGNKTMIELSDNENPWTIFLETVDPELAASGATLPKFDKDHDVMLFLKMYDPKTRSLN CCDS41 DTPMGLLLGGVKSTYMFDLLLETRKPDQVFQSYKPGEVMVKVHVVDLKAESVAAPITVRA 590 600 610 620 630 640 >>CCDS60725.1 USP47 gene_id:55031|Hs109|chr11 (1355 aa) initn: 675 init1: 229 opt: 618 Z-score: 640.0 bits: 130.5 E(33420): 2.6e-29 Smith-Waterman score: 726; 32.7% identity (57.9% similar) in 492 aa overlap (207-622:161-638) 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 TDPEKGFIDDDKVTFEVFVQADAPHGVAWDSKKHTGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLFFTN .:..:::::: ::. :::.::::::::.: CCDS60 DRFIGPLPREGSGGSTSDYVSQSYSYSSILNKSETGYVGLVNQAMTCYLNSLLQTLFMTP 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 QLRKAVYMMPTEG--DDSSKSVPLALQRVFYELQHSDK-PVGTKKLTKSFGWETLDSFMQ ..:.:.: : .: :.: :::.: :: : : . : .:.::::.. ....: CCDS60 EFRNALYKWEFEESEEDPVTSIPYQLQRLFVLLQTSKKRAIETTDVTRSFGWDSSEAWQQ 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 HDVQELCRVLLDNVENKMKGTCVEGTIPKLFRGKMVSYIQCKEVDYRSDRREDYYDIQLS :::::::::..: .:.: : : : .:..::. .:..: : :.. : . : :: : CCDS60 HDVQELCRVMFDALEQKWKQTEQADLINELYQGKLKDYVRCLECGYEGWRIDTYLDIPLV 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 pF1KE1 IK--GKKNIFESFVD----YVAVEQLDGDNKYDAGEHGLQ-EAEKGVKFLTLPPVLHLQL :. :... : : . .. : ::: :.: . . .:.::..:: .: .: ::: CCDS60 IRPYGSSQAFASVEEALHAFIQPEILDGPNQYFCERCKKKCDARKGLRFLHFPYLLTLQL 320 330 340 350 360 370 410 420 430 440 pF1KE1 MRFMYDPQTDQNIKINDRFEFPEQLPLDEFLQKTDPKDPAN------------------- :: .: : . ::.:::. :::.: .. :.. : :.: . 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CCDS81 KRFDFDYTTMHRIKLNDRMTFPEELDMSTFIDVEDEKSPQTESCTDSGAENEGSCHSDQM 400 410 420 430 440 450 450 460 470 pF1KE1 ------------------------------------YILHAVLVHSGDNHGGHYVVYLNP : : .:.::::. :::: . .. CCDS81 SNDFSNDDGVDEGICLETNSGTEKISKSGLEKNSLIYELFSVMVHSGSAAGGHYYACIKS 460 470 480 490 500 510 480 490 500 510 520 pF1KE1 KGDGKWCKFDDDVVSRCTKEEAIEHNYGGHDDDLSVRHC-----TNAYMLVY-----IRE .: .: .:.:. ::: :.:. :....:: . . . ::::::.: :. CCDS81 FSDEQWYSFNDQHVSRITQED-IKKTHGGSSGSRGYYSSAFASSTNAYMLIYRLKDPARN 520 530 540 550 560 530 540 550 560 570 580 pF1KE1 SKLSEVLQAVTDHDIPQQLVERLQEEKRIEAQKRKERQEAHLYMQVQIVAEDQFCGHQGN .:. :: . :... . .:.:...: :....:. . .... :: : . CCDS81 AKFLEV------DEYPEHIKNLVQKERELEEQEKRQREIERNTCKIKL-----FCLHPTK 570 580 590 600 610 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 DMYDEEKVKYTVFKVLKNS-SLAEFVQSLSQTMGFPQDQIRLWPMQARSNGTKRPAMLDN ... :.:.. :.::.. .: ...: ... : : :: CCDS81 QVMMENKLEVHKDKTLKEAVEMAYKMMDLEEVI--PLDCCRLVKYDEFHDYLERSYEGEE 620 630 640 650 660 670 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 EADGNKTMIELSDNENPWTIFLETVDPELAASGATLPKFDKDHDVMLFLKMYDPKTRSLN CCDS81 DTPMGLLLGGVKSTYMFDLLLETRKPDQVFQSYKPGEVMVKVHVVDLKAESVAAPITVRA 680 690 700 710 720 730 >>CCDS46547.1 USP40 gene_id:55230|Hs109|chr2 (1247 aa) initn: 428 init1: 217 opt: 451 Z-score: 466.4 bits: 98.3 E(33420): 1.2e-19 Smith-Waterman score: 577; 29.3% identity (59.9% similar) in 444 aa overlap (208-628:47-474) 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DPEKGFIDDDKVTFEVFVQADAPHGVAWDSKKHTGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLFFTNQ .. :. :..:::.:::.::::::: :: . CCDS46 LFEEEYSTVSNNQYGKGKKLKTKALEPPAPREFTNLSGIRNQGGTCYLNSLLQTLHFTPE 20 30 40 50 60 70 240 250 260 270 280 pF1KE1 LRKAVYMM-PTE-G--DDSSKS------VPLALQRVFYELQHSDKPVG-TKKLTKSFGWE .:.:.. . : : : .:..: .:: :::.: .: :. .. : :: :::: CCDS46 FREALFSLGPEELGLFEDKDKPDAKVRIIPLQLQRLFAQLLLLDQEAASTADLTDSFGWT 80 90 100 110 120 130 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 TLDSFMQHDVQELCRVLLDNVENKMKGTCVEGTIPKLFRGKMVSYIQCKEVDYRSDRRED . . . ::::::: :.:.. .:... :: . : .:..: .:. : ::: :.:.:: CCDS46 SNEEMRQHDVQELNRILFSALETSLVGTSGHDLIYRLYHGTIVNQIVCKECKNVSERQED 140 150 160 170 180 190 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 YYDIQLSIKGKKNIFESFVD-YVAVEQLDGDNKYDAGEHG-LQEAEKGVKFLTLPPVLHL . :. ...:. ... ... . :: : .: :: : : : .: :..:. ::: : . CCDS46 FLDLTVAVKNVSGLEDALWNMYVEEEVFDCDNLYHCGTCDRLVKAAKSAKLRKLPPFLTV 200 210 220 230 240 250 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 QLMRFMYDPQTDQNIKINDRFEFPEQLPLDEFLQKTDPKDPANYI--LHAVLVHSGDNHG .:.:: .: . : .. . :: .. : : .... : .:: : .:..:.: .: CCDS46 SLLRFNFDFVKCERYKETSCYTFPLRINLKPFCEQSE-LDDLEYIYDLFSVIIHKGGCYG 260 270 280 290 300 310 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 GHYVVYLNPKGD-GKWCKFDDDVVSRCTKEEAIEHNYGGHDDDLSVRHCTNAYMLVYIRE ::: ::.. :.: .:... .: .. : ... . : . ..: CCDS46 GHYHVYIKDVDHLGNW-QFQEE----KSKPDV---NLKDLQSEEEIDHPLMILKAILLEE 320 330 340 350 360 530 540 550 560 570 pF1KE1 SKLSEVLQAVTDHDIPQQLVERL--QEEKRIEAQKRKERQEAHLYMQVQIVAEDQFCGH- ..: : : . :.:.... . .:. . :. :. .:. :. ... :. . CCDS46 NNLIPVDQ------LGQKLLKKIGISWNKKYRKQHGPLRKFLQLHSQIFLLSSDESTVRL 370 380 390 400 410 420 580 590 600 610 620 630 pF1KE1 -QGNDMY---DEEKVKYTVFKVLKNSSLAEFVQSLSQTMGFPQDQIRLWPMQARSNGTKR ..... : .. .::.: : . .:.: : .. .. :.. . CCDS46 LKNSSLQAESDFQRNDQQIFKMLPPES-PGLNNSISCPHWFDINDSKVQPIREKDIEQQF 430 440 450 460 470 480 640 650 660 670 680 690 pF1KE1 PAMLDNEADGNKTMIELSDNENPWTIFLETVDPELAASGATLPKFDKDHDVMLFLKMYDP CCDS46 QGKESAYMLFYRKSQLQRPPEARANPRYGVPCHLLNEMDAANIELQTKRAECDSANNTFE 490 500 510 520 530 540 >>CCDS42686.1 USP34 gene_id:9736|Hs109|chr2 (3546 aa) initn: 317 init1: 138 opt: 373 Z-score: 378.0 bits: 83.4 E(33420): 1e-14 Smith-Waterman score: 452; 26.1% identity (53.4% similar) in 498 aa overlap (195-645:1871-2354) 170 180 190 200 210 pF1KE1 WGFSNFMAWSEVTDPEKGFIDDDKVTFEVFVQADAPHGVAWDSKKHTG------YVGLKN .:. ::. :: : .::: : CCDS42 RAAAYDLLVEMVKGSVENYRLIHNWVMAQHMQSHAPY--KWDYWPHEDVRAECRFVGLTN 1850 1860 1870 1880 1890 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 QGATCYMNSLLQTLFFTNQLRKAVYMMPTEGDDSSKSVPLALQRVFYELQHSD-KPVGTK :::::. : .: :.. . :.::. : . :.. : ::..: :..:. : . . CCDS42 LGATCYLASTIQQLYMIPEARQAVFTAKYSEDMKHKTTLLELQKMFTYLMESECKAYNPR 1900 1910 1920 1930 1940 1950 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 KLTKSFGWET--LDSFMQHDVQELCRVLLDNVENKMKGTCVEGTIPKLFRGKMVSYIQCK . :.. . :.. :.:. :. :. ..: .:. ...:. .:: : ... . CCDS42 PFCKTYTMDKQPLNTGEQKDMTEFFTDLITKIE-EMSPE-LKNTVKSLFGGVITNNVVSL 1960 1970 1980 1990 2000 2010 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 EVDYRSDRREDYYDIQLSIKGKKNIFESFVDYVAVEQLDGDNKYDAGEHGLQ-EAEKGVK . .. :. :..: .. .. :::.::. . . . :.::: : .. : . .::: . CCDS42 DCEHVSQTAEEFYTVRCQVADMKNIYESLDEVTIKDTLEGDNMYTCSHCGKKVRAEKRAC 2020 2030 2040 2050 2060 2070 400 410 420 430 440 pF1KE1 FLTLPPVLHLQLMRFMYDPQTDQNIKINDRFEFPEQLPL----DEFLQ-KTD-------- : :: .: .. ::. .. : .. :.: .: :: .: . ..::. :.. CCDS42 FKKLPRILSFNTMRYTFNMVTMMKEKVNTHFSFPLRLDMTPYTEDFLMGKSERKEGFKEV 2080 2090 2100 2110 2120 2130 450 460 470 480 pF1KE1 ---PKDPANYI--LHAVLVHSGDNHGGHYVVYL----NPKG--DGKWCKFDD-------- :: .: : .: ::.: :::: .. ::.. ..:: :.: CCDS42 SDHSKDSESYEYDLIGVTVHTGTADGGHYYSFIRDIVNPHAYKNNKWYLFNDAEVKPFDS 2140 2150 2160 2170 2180 2190 490 500 510 520 530 pF1KE1 -DVVSRCTKEEAIEHNYGGHDD---DLSVRHCTNAYMLVYIRESKLSEVLQAVTDHDIPQ ...:.: : ..: . : :.: .. .:::: : : : . :. . CCDS42 AQLASECFGGEMTTKTYDSVTDKFMDFSFEKTHSAYMLFYKRMEPEEENGREYK-FDVSS 2200 2210 2220 2230 2240 2250 540 550 560 570 580 590 pF1KE1 QLVERLQEEKRIEAQKRKERQEAHLYMQVQIVAEDQFCGHQGNDMYDEEKVKYTVFKVLK .:.: . ... : .. . : :. . :.:. . . : . :. . :. CCDS42 ELLEWIWHDNMQFLQDKNIFE--HTYFGFMW----QLCSCIPSTLPDPKAVSLMTAKLST 2260 2270 2280 2290 2300 600 610 620 630 640 650 pF1KE1 NSSLAEFVQSLSQ-TMGFPQDQIRLWPMQARSNGTKRPAMLDNEADGNKTMIELSDNENP . : :..: . :: . :.: : .. . .:: :: . 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