FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1399, 1849 aa 1>>>pF1KE1399 1849 - 1849 aa - 1849 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.0855+/-0.00114; mu= -4.8984+/- 0.069 mean_var=424.6942+/-85.694, 0's: 0 Z-trim(113.8): 87 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.062235 statistics sampled from 14365 (14440) to 14365 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.444), width: 16 Scan time: 6.350 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS76448.1 SHANK2 gene_id:22941|Hs108|chr11 (1261) 8161 748.6 3.4e-215 CCDS12799.1 SHANK1 gene_id:50944|Hs108|chr19 (2161) 1904 187.0 6.6e-46 >>CCDS76448.1 SHANK2 gene_id:22941|Hs108|chr11 (1261 aa) initn: 8161 init1: 8161 opt: 8161 Z-score: 3976.9 bits: 748.6 E(32554): 3.4e-215 Smith-Waterman score: 8161; 100.0% identity (100.0% similar) in 1232 aa overlap (618-1849:30-1261) 590 600 610 620 630 640 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