FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1598, 1432 aa 1>>>pF1KE1598 1432 - 1432 aa - 1432 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9756+/-0.00137; mu= 9.4173+/- 0.082 mean_var=108.9022+/-21.121, 0's: 0 Z-trim(102.3): 63 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.122901 statistics sampled from 6829 (6887) to 6829 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.547), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16 Scan time: 4.020 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6082.1 WRN gene_id:7486|Hs108|chr8 (1432) 9451 1687.8 0 CCDS31756.1 RECQL gene_id:5965|Hs108|chr12 ( 649) 841 161.2 9.1e-39 CCDS10363.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1417) 653 127.9 2.1e-28 CCDS73782.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1286) 640 125.6 9.5e-28 CCDS42380.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 ( 991) 567 112.6 5.8e-24 CCDS45777.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 ( 410) 547 109.0 2.8e-23 CCDS32735.1 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CCDS31 VEIQIQELTERQQELIQKKKVLTKKIKQCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSGKVK 30 40 50 60 70 80 540 550 560 570 580 590 pF1KE1 EQVTCLKMYFGHSSFKPVQWKVIHSVLEERRDNVAVMATGYGKSLCFQYPPVYVGKIGLV . :. : .:.:.: ..:. : .. :: :: :::::.: : . . :: CCDS31 D---ILQNVFKLEKFRPLQLETIN-VTMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLV 90 100 110 120 130 600 610 620 630 640 pF1KE1 ISPLISLMEDQVLQLKMSNIPACFLGSAQSEN----VLTDI--KLGKYRIVYVTPEYCSG : :::::::::.. ::. .: : .:....:.. : ... : .. ...::::: . CCDS31 ICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAK 140 150 160 170 180 190 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 NMGLLQQLEADIG---ITLIAVDEAHCISEWGHDFRDSFRKLGSLKTALPMVPIVALTAT . ....:: .: :::::.:: :.:::::: ... :: :: .: . ...:::: CCDS31 SKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTAT 200 210 220 230 240 250 710 720 730 740 750 760 pF1KE1 ASSSIREDIVRCLNLRNPQITCTGFDRPNLYLEVRRKTGNILQDLQPFLVKTSSHWEFEG :.. . : . : ... ..:.::::: :::.: .: .:. .:: . ...: CCDS31 ATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNT-EDFIEDIVKLING-RYKG 260 270 280 290 300 310 770 780 790 800 810 820 pF1KE1 PT-IIYCPSRKMTQQVTGELRKLNLSCGTYHAGMSFSTRKDIHHRFVRDEIQCVIATIAF . :::: :.: ..::: :..:.. :.:::.. . .:... .::: :.::.:: CCDS31 QSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKWSANEIQVVVATVAF 320 330 340 350 360 370 830 840 850 860 870 880 pF1KE1 GMGINKADIRQVIHYGAPKDMESYYQEIGRAGRDGLQSSCHVLWAPADINLNRHLLTEIR ::::.: :.: :::.. :.::.:::: :::::: ....: . .. .:: .. . . CCDS31 GMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDI---FRISSMVV 380 390 400 410 420 430 890 900 910 920 930 940 pF1KE1 NEKFRLYKLKMMAKMEKYLHSSRCRRQIILSHFEDKQVQKASLGIMGTEKCCDNCRSRLD :. :: :... . . :.::: .. .::.. ..: .: :::: . : CCDS31 MENVGQQKLYEMVSYCQNI--SKCRRVLMAQHFDEVWNSEAC------NKMCDNCCK--D 440 450 460 470 480 950 960 970 980 990 1000 pF1KE1 HCYSMDDSEDTSWDFGPQAFKLLSAVDILGEKFGIGLPILFLRGSNSQRLADQYRRHSLF . . . :. .:.:. .. :.::. CCDS31 SAFERKNITEYCRDL----IKILKQAEELNEKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTL 490 500 510 520 530 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE1 GTGKDQTESWWKAFSRQLITEGFLVEVSRYNKFMKICALTKKGRNWLHKANTESQSLILQ CCDS31 PREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKIGPKANLLNNEAHAITMQVTKSTQNS 540 550 560 570 580 590 >>CCDS10363.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1417 aa) initn: 720 init1: 251 opt: 653 Z-score: 623.4 bits: 127.9 E(32554): 2.1e-28 Smith-Waterman score: 824; 29.5% identity (61.5% similar) in 650 aa overlap (414-1030:525-1157) 390 400 410 420 430 pF1KE1 KENMERACLMSLDITEHELQILEQQSQEEYLSDIAYKS-TEHL-SPNDNENDT--SYVIE :.. : :. ..: : :: : .: :: :. CCDS10 HLQKSFVSSNWAETPRLGKKNESSYFPGNVLTSTAVKDQNKHTASINDLERETQPSYDID 500 510 520 530 540 550 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 S------DEDLEMEMLKHLSPNDNENDTSYVIESDEDLEMEMLKSL-ENLNSGTVE--PT . :.: . : . : .. . ..: . : . .::. : :.:. .. :. CCDS10 NFDIDDFDDDDDWEDIMHNLAASKSSTAAY----QPIKEGRPIKSVSERLSSAKTDCLPV 560 570 580 590 600 610 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 HSKCLKMERNLGLPTKEEEEDDENEANEGEEDDDKDFLWPAPNEEQVTCLKMYFGHSSFK : ... . .. . .. . .: :... . . . : ..:.. .. :: .:. CCDS10 SSTAQNINFSESIQNYTDK-SAQNLASRNLKHERFQSLSFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFR 620 630 640 650 660 560 570 580 590 600 610 pF1KE1 PVQWKVIHSVLEERRDNVAVMATGYGKSLCFQYPPVYVGKIGLVISPLISLMEDQVLQLK : ..:...: . : .: :: :::::.: : . .::::: ::. ::: .: CCDS10 TNQLEAINAALLGE-DCFILMPTGGGKSLCYQLPACVSPGVTVVISPLRSLIVDQVQKLT 670 680 690 700 710 720 620 630 640 650 660 pF1KE1 MSNIPACFLGSAQSENVLTDI--KLGK----YRIVYVTPE-YCSGN--MGLLQQLEADIG .::: .: . .... :.: .:.: ...::::: :..: .. :..: CCDS10 SLDIPATYLTGDKTDSEATNIYLQLSKKDPIIKLLYVTPEKICASNRLISTLENLYERKL 730 740 750 760 770 780 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 ITLIAVDEAHCISEWGHDFRDSFRKLGSLKTALPMVPIVALTATASSSIREDIVRCLNLR .. ...:::::.:.::::::....... :. .: ::..::::::. ...::. :.. CCDS10 LARFVIDEAHCVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTATANPRVQKDILTQLKIL 790 800 810 820 830 840 730 740 750 760 770 780 pF1KE1 NPQITCTGFDRPNL-YLEVRRKTGNILQDLQPFLVKTSSHWEFEGPTIIYCPSRKMTQQV ::. .:.: :: : . .: .. : .. : : ... :::: ::. . . CCDS10 RPQVFSMSFNRHNLKYYVLPKKPKKVAFDCLEWIRK---HHPYDSG-IIYCLSRRECDTM 850 860 870 880 890 900 790 800 810 820 830 pF1KE1 TGELRKLNLSCGTYHAGMSFSTRKDIHHRFV-RDEIQCVIATIAFGMGINKADIRQVIHY . :.. .:. .::::.: :.: ....... .: : . :::::::::.: :.: ::: CCDS10 ADTLQRDGLAALAYHAGLSDSARDEVQQKWINQDGCQVICATIAFGMGIDKPDVRFVIHA 910 920 930 940 950 960 840 850 860 870 880 890 pF1KE1 GAPKDMESYYQEIGRAGRDGLQSSCHVLWAPADIN-LNRHLLTEIR-NEKFRLYKLKMMA . ::..:.:::: ::::::: : : .... :.. :.: .. : :.. : ... . CCDS10 SLPKSVEGYYQESGRAGRDGEISHCLLFYTYHDVTRLKRLIMMEKDGNHHTRETHFNNLY 970 980 990 1000 1010 1020 900 910 920 930 940 950 pF1KE1 KMEKYLHS-SRCRRQIILSHFEDKQVQKASLGIMGTEKCCDNCRSRLDH-CYSMDDSEDT .: .: .. ..::: .:..: .. . .. . :::: . :. .. :. . CCDS10 SMVHYCENITECRRIQLLAYFGENGFNP-DFCKKHPDVSCDNCCKTKDYKTRDVTDDVKS 1030 1040 1050 1060 1070 1080 960 970 980 990 1000 1010 pF1KE1 SWDF-----GPQAFKLLSAVDILGEKFGIGLPILFLRGSNSQRLADQYRRHSLFGTGKDQ : . :... .. : : .: ... . .. ::.: .. . ..:: :. CCDS10 IVRFVQEHSSSQGMRNIKHVGPSG-RFTMNMLVDIFLGSKSAKI-----QSGIFGKGSAY 1090 1100 1110 1120 1130 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KE1 TESWWKAFSRQLITEGFLVEVSRYNKFMKICALTKKGRNWLHKANTESQSLILQANEELC .. . . ..:: . .: : CCDS10 SRHNAERLFKKLILDKILDEDLYINANDQAIAYVMLGNKAQTVLNGNLKVDFMETENSSS 1140 1150 1160 1170 1180 1190 >>CCDS73782.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1286 aa) initn: 720 init1: 251 opt: 640 Z-score: 611.7 bits: 125.6 E(32554): 9.5e-28 Smith-Waterman score: 811; 31.5% identity (62.5% similar) in 568 aa overlap (414-954:525-1079) 390 400 410 420 430 pF1KE1 KENMERACLMSLDITEHELQILEQQSQEEYLSDIAYKS-TEHL-SPNDNENDT--SYVIE :.. : :. ..: : :: : .: :: :. CCDS73 HLQKSFVSSNWAETPRLGKKNESSYFPGNVLTSTAVKDQNKHTASINDLERETQPSYDID 500 510 520 530 540 550 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 S------DEDLEMEMLKHLSPNDNENDTSYVIESDEDLEMEMLKSL-ENLNSGTVE--PT . :.: . : . : .. . ..: . : . .::. : :.:. .. :. CCDS73 NFDIDDFDDDDDWEDIMHNLAASKSSTAAY----QPIKEGRPIKSVSERLSSAKTDCLPV 560 570 580 590 600 610 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 HSKCLKMERNLGLPTKEEEEDDENEANEGEEDDDKDFLWPAPNEEQVTCLKMYFGHSSFK : ... . .. . .. . .: :... . . . : ..:.. .. :: .:. CCDS73 SSTAQNINFSESIQNYTDK-SAQNLASRNLKHERFQSLSFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFR 620 630 640 650 660 560 570 580 590 600 610 pF1KE1 PVQWKVIHSVLEERRDNVAVMATGYGKSLCFQYPPVYVGKIGLVISPLISLMEDQVLQLK : ..:...: . : .: :: :::::.: : . .::::: ::. ::: .: CCDS73 TNQLEAINAALLGE-DCFILMPTGGGKSLCYQLPACVSPGVTVVISPLRSLIVDQVQKLT 670 680 690 700 710 720 620 630 640 650 660 pF1KE1 MSNIPACFLGSAQSENVLTDI--KLGK----YRIVYVTPE-YCSGN--MGLLQQLEADIG .::: .: . .... :.: .:.: ...::::: :..: .. :..: CCDS73 SLDIPATYLTGDKTDSEATNIYLQLSKKDPIIKLLYVTPEKICASNRLISTLENLYERKL 730 740 750 760 770 780 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 ITLIAVDEAHCISEWGHDFRDSFRKLGSLKTALPMVPIVALTATASSSIREDIVRCLNLR .. ...:::::.:.::::::....... :. .: ::..::::::. ...::. :.. CCDS73 LARFVIDEAHCVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTATANPRVQKDILTQLKIL 790 800 810 820 830 840 730 740 750 760 770 780 pF1KE1 NPQITCTGFDRPNL-YLEVRRKTGNILQDLQPFLVKTSSHWEFEGPTIIYCPSRKMTQQV ::. .:.: :: : . .: .. : .. : : ... :::: ::. . . 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