FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2259, 502 aa 1>>>pF1KE2259 502 - 502 aa - 502 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2828+/-0.00077; mu= 18.1131+/- 0.046 mean_var=67.3920+/-13.085, 0's: 0 Z-trim(108.3): 76 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.156232 statistics sampled from 10178 (10254) to 10178 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16 Scan time: 1.520 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15 ( 502) 3488 795.2 0 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15 ( 531) 3360 766.3 0 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15 ( 412) 2685 614.1 9.3e-176 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15 ( 321) 2206 506.1 2.4e-143 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8 ( 529) 1232 286.7 4.4e-77 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15 ( 505) 1220 284.0 2.8e-76 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8 ( 514) 1132 264.1 2.6e-70 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15 ( 489) 1131 263.9 2.9e-70 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs109|chr20 ( 627) 1118 261.0 2.8e-69 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs109|chr11 ( 450) 1074 251.0 2e-66 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs109|chr4 ( 479) 1070 250.2 4e-66 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs109|chr15 ( 498) 1052 246.1 6.9e-65 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs109|chr8 ( 494) 1049 245.4 1.1e-64 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs109|chr1 ( 502) 1019 238.7 1.2e-62 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs109|chr2 ( 457) 991 232.3 8.8e-61 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs109|chr8 ( 458) 949 222.9 6.2e-58 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs109|chr15 ( 468) 946 222.2 1e-57 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs109|chr8 ( 479) 870 205.1 1.5e-52 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs109|chr2 ( 482) 845 199.4 7.4e-51 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11 ( 463) 714 169.9 5.5e-42 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11 ( 484) 714 169.9 5.8e-42 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11 ( 516) 607 145.8 1.1e-34 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs109|chr11 ( 441) 584 140.6 3.5e-33 CCDS86249.1 HTR3B gene_id:9177|Hs109|chr11 ( 430) 581 139.9 5.5e-33 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3 ( 456) 565 136.3 7e-32 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3 ( 471) 565 136.3 7.2e-32 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs109|chr3 ( 447) 533 129.1 1e-29 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs109|chr2 ( 517) 497 121.0 3.2e-27 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs109|chr17 ( 501) 469 114.7 2.5e-25 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs109|chr2 ( 502) 467 114.3 3.4e-25 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs109|chr2 ( 517) 459 112.5 1.2e-24 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3 ( 441) 440 108.1 2.1e-23 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3 ( 456) 440 108.1 2.1e-23 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs109|chr17 ( 493) 428 105.5 1.5e-22 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3 ( 482) 369 92.2 1.5e-18 CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs109|chr15 ( 160) 340 85.3 5.5e-17 CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs109|chr15 ( 231) 303 77.1 2.4e-14 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs109|chr5 ( 467) 286 73.4 6.1e-13 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs109|chr5 ( 475) 286 73.4 6.2e-13 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs109|chr4 ( 465) 283 72.8 9.8e-13 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs109|chr5 ( 440) 274 70.7 3.8e-12 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs109|chr4 ( 497) 271 70.1 6.7e-12 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs109|chr1 ( 452) 261 67.8 3e-11 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs109|chrX ( 417) 259 67.3 3.8e-11 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs109|chr5 ( 449) 258 67.1 4.7e-11 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs109|chrX ( 452) 258 67.1 4.7e-11 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs109|chr5 ( 457) 258 67.1 4.8e-11 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs109|chrX ( 452) 256 66.7 6.5e-11 >>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15 (502 aa) initn: 3488 init1: 3488 opt: 3488 Z-score: 4246.0 bits: 795.2 E(33420): 0 Smith-Waterman score: 3488; 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100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (182-502:1-321) 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE 10 20 30 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS 40 50 60 70 80 90 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT 100 110 120 130 140 150 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG 160 170 180 190 200 210 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD 220 230 240 250 260 270 460 470 480 490 500 pF1KE2 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 280 290 300 310 320 >>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8 (529 aa) initn: 571 init1: 571 opt: 1232 Z-score: 1497.5 bits: 286.7 E(33420): 4.4e-77 Smith-Waterman score: 1233; 42.2% identity (69.8% similar) in 483 aa overlap (24-494:57-525) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTV : . .:.:.: ..:: ::: : :. . : CCDS60 EEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSDVVIV 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 YFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDIL :.::. :..:::::::..:::.::.. :.:. :.:: ... .. ..: :. .:: :::. CCDS60 RFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIV 90 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 LYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSY :::.:: .: .: :.. . :.: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: CCDS60 LYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTY 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GGWSLDL-QM-QEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTL ..:: :: : .:.. : .::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: : CCDS60 DKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPL 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 YYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVP .: .::.:::.::: :..::: ::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .: CCDS60 FYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIP 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 pF1KE2 LIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPG ::..:. :::.: ::.:.::.::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: CCDS60 LIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP 330 340 350 360 370 380 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGV : . : ...: :: .. . . : :. .:. :. CCDS60 -----PPVEL----CHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGT 390 400 410 420 430 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 VC--GRM--ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWK .: :.. . : . : ::. :. .: . : :: :.:::...: .: . .: .:: CCDS60 LCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWK 440 450 460 470 480 490 470 480 490 500 pF1KE2 FAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA ..: :.::. : : . .. :::... : :. CCDS60 YVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFL--PPFLAGMI 500 510 520 >>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15 (505 aa) initn: 1221 init1: 580 opt: 1220 Z-score: 1483.2 bits: 284.0 E(33420): 2.8e-76 Smith-Waterman score: 1220; 38.3% identity (69.0% similar) in 493 aa overlap (4-488:13-496) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPL :: . : : ::: :. .: ...:...: ..:: . ::::: :.:. CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 TVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPD ..: .:. :.. ::: ::.. ::.::.. :.:. :.:: :.: :.. .: : .::::: CCDS10 IIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 ILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSW :.:::.: :.. .:..:.. .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::: CCDS10 IVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSW 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KE2 SYGGWSLDLQM--QEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRR :: ..:: . . ... : .::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: CCDS10 SYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRL 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 TLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDS :.: .::.:::.::: :..::: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: CCDS10 PLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLV 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 VPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG .:::..:. :::.: ::.:.::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: CCDS10 IPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPT 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDS .. . :. : ..:.: . .... :. ::. .: . . CCDS10 SNE-----GNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNF 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 GVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFA .. : . : . : : .. :: . . .. :.:::. .. :.:.. . ..::.. CCDS10 SANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYV 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 pF1KE2 ACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA : :.::. : .:.. :. : :... CCDS10 AMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA 480 490 500 >>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8 (514 aa) initn: 627 init1: 571 opt: 1132 Z-score: 1375.9 bits: 264.1 E(33420): 2.6e-70 Smith-Waterman score: 1163; 41.2% identity (67.5% similar) in 483 aa overlap (24-494:57-510) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTV : . .:.:.: ..:: ::: : : CCDS64 EEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTS----- 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 YFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDIL :::::::..:::.::.. :.:. :.:: ... .. ..: :. .:: :::. CCDS64 ----------DVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIV 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 LYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSY :::.:: .: .: :.. . :.: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: CCDS64 LYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTY 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GGWSLDL-QM-QEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTL ..:: :: : .:.. : .::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: : CCDS64 DKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPL 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 YYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVP .: .::.:::.::: :..::: ::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .: CCDS64 FYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIP 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 pF1KE2 LIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPG ::..:. :::.: ::.:.::.::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: CCDS64 LIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGV : . : ...: :: .. . . : :. .:. :. CCDS64 -----PPVEL----CHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGT 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 VC--GRM--ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWK .: :.. . : . : ::. :. .: . : :: :.:::...: .: . .: .:: CCDS64 LCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWK 430 440 450 460 470 470 480 490 500 pF1KE2 FAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA ..: :.::. : : . .. :::... : :. CCDS64 YVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFL--PPFLAGMI 480 490 500 510 >>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15 (489 aa) initn: 1110 init1: 580 opt: 1131 Z-score: 1375.0 bits: 263.9 E(33420): 2.9e-70 Smith-Waterman score: 1131; 38.8% identity (68.6% similar) in 459 aa overlap (4-454:13-462) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPL :: . : : ::: :. .: ...:...: ..:: . ::::: :.:. CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 TVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPD ..: .:. :.. ::: ::.. ::.::.. :.:. :.:: :.: :.. .: : .::::: CCDS53 IIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 ILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSW :.:::.: :.. .:..:.. .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::: CCDS53 IVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSW 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KE2 SYGGWSLDLQM--QEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRR :: ..:: . . ... : .::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: CCDS53 SYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRL 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 TLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDS :.: .::.:::.::: :..::: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: CCDS53 PLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLV 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 VPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG .:::..:. :::.: ::.:.::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: CCDS53 IPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPT 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDS .. . :. : ..:.: . .... :. ::. .: . . CCDS53 SNE-----GNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNF 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 GVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFA .. : . : . : : .. :: . . .. :.:::. .. :.:.. CCDS53 SANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQ 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 pF1KE2 ACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA CCDS53 QLKRKEKSTETSDQEPGL 480 >>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs109|chr20 (627 aa) initn: 1199 init1: 554 opt: 1118 Z-score: 1357.6 bits: 261.0 E(33420): 2.8e-69 Smith-Waterman score: 1118; 42.3% identity (69.2% similar) in 428 aa overlap (7-430:20-438) 10 20 30 40 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVAND :. : :.: :: ... ...: :.: ..:: ::::: CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASS--HVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANI 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 SQPLTVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQI :. . : :.::. :..:::::::..:::.:... : :. :.:. ..: .: ..:.:. : CCDS13 SDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 WKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLK :.:::.:::.:: : .: :.. . .:. :. ::.:.:::: ::: .:::: :.: .: CCDS13 WRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMK 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 FGSWSYGGWSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVT ::::.: ..:: . ...: . .::: .: : . : :::: : :::.:.. . CCDS13 FGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 MRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPA .:: :.: .::.:::.::: :..::: ::.. ::::.: :.::::::::.::..::.:. CCDS13 IRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPS 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 TSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRM :: .:::..:. :::.: ::.:.::.::. ::..: :: :.: ..:. .: : CCDS13 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLM 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 KRPG--EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDS :::. .:. : . .. : . :::..:. ... . ::: : CCDS13 KRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQ---SLHPPSPSFCVPL-DV 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 GVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFA . : .:. :. : :: :.. CCDS13 PAEPGP-SCKSPSDQ--LPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHM 420 430 440 450 460 470 >>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs109|chr11 (450 aa) initn: 758 init1: 536 opt: 1074 Z-score: 1306.1 bits: 251.0 E(33420): 2e-66 Smith-Waterman score: 1093; 39.7% identity (65.4% similar) in 471 aa overlap (22-490:26-449) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYFS .:.. ::...: ::. ::::. .: :.: . CCDS77 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 LSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYN ..: ::.:.::.::::: .:... ::: ::.:. . : :. ..:.:.. .:.:::.::: CCDS77 VTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYN 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 SADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGW .:: . .. :::.. .: .. :.: .::: .:: ::::.::: : ::::..:: CCDS77 KADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGH 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 SLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYG .::.. . :... .. : :: ..:.:..: : ::.:::::::::. .:::. : CCDS77 QLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYV 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 LNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIA :::.:::::: :: :.: ::::::::.:::.::::.::::.::.:: :: ..:::::. CCDS77 CNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP-AESVPLIG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 QYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVR .:. .:: .: .:...:..... :. :. .: :.:..::. : : ... :: CCDS77 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGE---- 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 PACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSP : : . :.: : : : .: : : .: : . : CCDS77 PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP--------EGGAG------PPAGP-CHEPRCL- 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 THDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMA ..: ::: .: ::: :: . .. .:: : :.::. : CCDS77 CRQEALLH----------------HVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAI 390 400 410 420 430 480 490 500 pF1KE2 FSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA : .... .. .:..: CCDS77 FFSMALVMSLLVLVQAL 440 450 502 residues in 1 query sequences 18921897 residues in 33420 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Oct 2 18:31:42 2018 done: Tue Oct 2 18:31:43 2018 Total Scan time: 1.520 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]