Result of FASTA (omim) for
pF1KE2267
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2267, 948 aa
1>>>pF1KE2267 948 - 948 aa - 948 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64369986 residues in 92320 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3811+/-0.000505; mu= 16.5984+/- 0.031
mean_var=162.9711+/-35.437, 0's: 0 Z-trim(111.9): 390 B-trim: 183 in 1/50
Lambda= 0.100466
statistics sampled from 21045 (21523) to 21045 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 6.130
The best scores are: opt bits E(92320)
NP_001138244 (OMIM: 603043) protein FAN isoform 2 ( 948) 6429 945.8 0
NP_003571 (OMIM: 603043) protein FAN isoform 1 [Ho ( 917) 6064 892.9 0
XP_016864363 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar ( 756) 982 156.2 6.4e-37
XP_016864362 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar ( 758) 982 156.2 6.4e-37
NP_001186211 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2851) 982 156.9 1.5e-36
NP_001351834 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2852) 982 156.9 1.5e-36
NP_001354479 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2857) 982 156.9 1.5e-36
XP_005263431 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2857) 982 156.9 1.5e-36
NP_006717 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide (2863) 982 156.9 1.5e-36
XP_011530736 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2863) 982 156.9 1.5e-36
XP_005263429 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2868) 982 156.9 1.5e-36
XP_005263430 (OMIM: 606453,614700) lipopolysacchar (2868) 982 156.9 1.5e-36
XP_016863398 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (2866) 979 156.4 2e-36
XP_011530067 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3509) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530066 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3516) 979 156.5 2.3e-36
NP_055806 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and FYVE (3526) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530065 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3526) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530064 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3527) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530063 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3529) 979 156.5 2.3e-36
XP_005262915 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530059 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_016863397 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530061 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_016863396 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_011530062 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
XP_016863395 (OMIM: 617485,617520) WD repeat and F (3544) 979 156.5 2.3e-36
NP_001191126 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform 2 ( 739) 965 153.7 3.5e-36
XP_006719868 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform X (2938) 965 154.4 8.4e-36
XP_016876034 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform X (2940) 965 154.4 8.4e-36
XP_005266403 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform X (2941) 965 154.4 8.4e-36
XP_006719869 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform X (2943) 965 154.4 8.4e-36
NP_056493 (OMIM: 604889) neurobeachin isoform 1 [H (2946) 965 154.4 8.4e-36
XP_016861506 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (1606) 955 152.7 1.6e-35
XP_016861505 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2602) 955 152.9 2.1e-35
XP_016861504 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2659) 955 152.9 2.2e-35
NP_001352045 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2720) 955 152.9 2.2e-35
XP_006713135 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2727) 955 152.9 2.2e-35
XP_016861503 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2748) 955 152.9 2.2e-35
NP_055990 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-like (2754) 955 152.9 2.2e-35
XP_016861501 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2755) 955 152.9 2.2e-35
XP_016861500 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2775) 955 152.9 2.2e-35
XP_016861499 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2782) 955 152.9 2.2e-35
XP_011531835 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2724) 953 152.6 2.7e-35
XP_016861502 (OMIM: 139090,614169) neurobeachin-li (2752) 953 152.6 2.7e-35
XP_016860218 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (1547) 945 151.2 4.2e-35
XP_005246845 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (1624) 945 151.2 4.3e-35
XP_011509964 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (2387) 945 151.4 5.5e-35
XP_011509962 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (2598) 945 151.5 5.8e-35
NP_001107604 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (2694) 945 151.5 5.9e-35
XP_005246844 (OMIM: 609816) neurobeachin-like prot (2707) 945 151.5 6e-35
>>NP_001138244 (OMIM: 603043) protein FAN isoform 2 [Hom (948 aa)
initn: 6429 init1: 6429 opt: 6429 Z-score: 5050.1 bits: 945.8 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 6429; 100.0% identity (100.0% similar) in 948 aa overlap (1-948:1-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTGQARFHRGAEACRAIRQCRSRRPRAAHPEGRAGSGRGSRHASPGVRRGGFSLLLLNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTGQARFHRGAEACRAIRQCRSRRPRAAHPEGRAGSGRGSRHASPGVRRGGFSLLLLNLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 EYYFEQHRANHILHKGSHHERKIRGSLKICSKSVIFEPDSISQPIIKIPLRDCIKIGKHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EYYFEQHRANHILHKGSHHERKIRGSLKICSKSVIFEPDSISQPIIKIPLRDCIKIGKHG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ENGANRHFTKAKSGGISLIFSQVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENGANRHFTKAKSGGISLIFSQVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVET
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LLQLHRASCLDKLGDQTAMITAILQSRLARTSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLQLHRASCLDKLGDQTAMITAILQSRLARTSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PGHVCITDTNLYFQPLNGYPKPVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGHVCITDTNLYFQPLNGYPKPVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LKFYEPQDRDDLYFYIATYLEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLADRSCND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKFYEPQDRDDLYFYIATYLEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLADRSCND
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPEPKFMYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPEPKFMYG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 SHYSSPGYVLFYLVRIAPEYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDGATDFKELIPEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SHYSSPGYVLFYLVRIAPEYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDGATDFKELIPEF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 YGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALESNYVSEHLHEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALESNYVSEHLHEW
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 IDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQILEFGQTPKQLFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQILEFGQTPKQLFV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 TPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 KEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSKESKMLQRSISFSNMALSSCLLLPGDATVIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSKESKMLQRSISFSNMALSSCLLLPGDATVIT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 SSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAVSKICWHDNRLYSASWDSTVKVWSGVPAEMPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAVSKICWHDNRLYSASWDSTVKVWSGVPAEMPGT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 KRHHFDLLAELEHDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRHHFDLLAELEHDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 DTAFSPDSRHVLSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRCFVWDGNSVLSGSQSGELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DTAFSPDSRHVLSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRCFVWDGNSVLSGSQSGELL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KE2 VWDLLGAKISERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VWDLLGAKISERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
910 920 930 940
>>NP_003571 (OMIM: 603043) protein FAN isoform 1 [Homo s (917 aa)
initn: 6064 init1: 6064 opt: 6064 Z-score: 4764.4 bits: 892.9 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 6064; 100.0% identity (100.0% similar) in 897 aa overlap (52-948:21-917)
30 40 50 60 70 80
pF1KE2 SRRPRAAHPEGRAGSGRGSRHASPGVRRGGFSLLLLNLEEYYFEQHRANHILHKGSHHER
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAFIRKKQQEQQLQLYSKERFSLLLLNLEEYYFEQHRANHILHKGSHHER
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 KIRGSLKICSKSVIFEPDSISQPIIKIPLRDCIKIGKHGENGANRHFTKAKSGGISLIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIRGSLKICSKSVIFEPDSISQPIIKIPLRDCIKIGKHGENGANRHFTKAKSGGISLIFS
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 QVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMIT
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 AILQSRLARTSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AILQSRLARTSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 PVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDRDDLYFYIATYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDRDDLYFYIATYLE
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 HHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDL
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 SNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPEPKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAPEYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPEPKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAPEYM
360 370 380 390 400 410
450 460 470 480 490 500
pF1KE2 LCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQG
420 430 440 450 460 470
510 520 530 540 550 560
pF1KE2 GQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVF
480 490 500 510 520 530
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 HPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYN
540 550 560 570 580 590
630 640 650 660 670 680
pF1KE2 ASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQ
600 610 620 630 640 650
690 700 710 720 730 740
pF1KE2 DSTLKMFSKESKMLQRSISFSNMALSSCLLLPGDATVITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DSTLKMFSKESKMLQRSISFSNMALSSCLLLPGDATVITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTL
660 670 680 690 700 710
750 760 770 780 790 800
pF1KE2 MGHDDAVSKICWHDNRLYSASWDSTVKVWSGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVSVDTIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MGHDDAVSKICWHDNRLYSASWDSTVKVWSGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVSVDTIS
720 730 740 750 760 770
810 820 830 840 850 860
pF1KE2 LNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSRHVLSTGTDGCLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSRHVLSTGTDGCLN
780 790 800 810 820 830
870 880 890 900 910 920
pF1KE2 VIDVQTGMLISSMTSDEPQRCFVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERIQGHTGAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VIDVQTGMLISSMTSDEPQRCFVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERIQGHTGAVT
840 850 860 870 880 890
930 940
pF1KE2 CIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
:::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
900 910
>>XP_016864363 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (756 aa)
initn: 1074 init1: 441 opt: 982 Z-score: 784.5 bits: 156.2 E(92320): 6.4e-37
Smith-Waterman score: 1080; 31.6% identity (60.5% similar) in 731 aa overlap (270-944:25-741)
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NPGHVCITDTNLYFQPLNGYPKPVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDI
..: :..::. :. .::.: .. .
XP_016 MARPATLPRILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAV
10 20 30 40 50
300 310 320 330 340
pF1KE2 YLKFYEPQDRDDLYFY-----IATYL----EHHVAEHTAE-----SYMLQ-WQRGHLSNY
...: .: . : ..: . .... . . : : : ::. ..::.
XP_016 MFNFPDPATVKKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNF
60 70 80 90 100 110
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 QYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLER
.::. ::..: :: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .:
XP_016 EYLMFLNTIAGRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAF
120 130 140 150 160 170
410 420 430 440 450
pF1KE2 LLTRYQEMPE---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSI
. ::. . ::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::
XP_016 FAERYESWEDDQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSI
180 190 200 210 220 230
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 AETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPED
...:.: ..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.
XP_016 SRAWRNSQRDTSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEE
240 250 260 270 280 290
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 FLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPD
:.. .. ::::..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: ::
XP_016 FVHINRLALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPV
300 310 320 330 340 350
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 EKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEE
. :. .:: :::::.::.. ::: :. .... .. . . ... .:.
XP_016 LREAVEAQIRSFGQTPSQLLIEPHP----PRGSAMQVYLLLQSPLMFT--DKAQQDVIMV
360 370 380 390 400
640 650 660 670 680
pF1KE2 SKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSR--------NGSSVFTTSQDSTLKM----
: . . .:.. . . . :: .:..: : . . ::. ..
XP_016 LKFPSNSPVTHVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAVQDQPYQLPVEI
410 420 430 440 450 460
690 700 710 720 730
pF1KE2 ---FSKESKMLQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQ
..... : .:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: ::
XP_016 DPLIASNTGMHRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLI
470 480 490 500 510 520
740 750 760 770 780
pF1KE2 DTLMGHDDAVSKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFD
....:: :.:. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::..
XP_016 QVVFGHWDVVTCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPR
530 540 550 560 570 580
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 LLAELEHDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSP
. :: : .. : :..::..:: : ... . :.. . . . ..
XP_016 AILT-GHDYEVTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQA
590 600 610 620 630 640
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 DSR-HVLSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWD
. . : . .: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .
XP_016 SREGHCVIFYENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQ
650 660 670 680 690 700
910 920 930 940
pF1KE2 LLGAKISERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
. : : ... . .. . ::.: . .:...
XP_016 VSDLKQLFAYPGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
710 720 730 740 750
>>XP_016864362 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (758 aa)
initn: 1074 init1: 441 opt: 982 Z-score: 784.4 bits: 156.2 E(92320): 6.4e-37
Smith-Waterman score: 1080; 31.6% identity (60.5% similar) in 731 aa overlap (270-944:27-743)
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NPGHVCITDTNLYFQPLNGYPKPVVQITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDI
..: :..::. :. .::.: .. .
XP_016 MCTSEGWSGYKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAV
10 20 30 40 50
300 310 320 330 340
pF1KE2 YLKFYEPQDRDDLYFY-----IATYL----EHHVAEHTAE-----SYMLQ-WQRGHLSNY
...: .: . : ..: . .... . . : : : ::. ..::.
XP_016 MFNFPDPATVKKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNF
60 70 80 90 100 110
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 QYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLER
.::. ::..: :: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .:
XP_016 EYLMFLNTIAGRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAF
120 130 140 150 160 170
410 420 430 440 450
pF1KE2 LLTRYQEMPE---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSI
. ::. . ::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::
XP_016 FAERYESWEDDQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSI
180 190 200 210 220 230
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 AETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPED
...:.: ..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.
XP_016 SRAWRNSQRDTSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEE
240 250 260 270 280 290
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 FLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPD
:.. .. ::::..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: ::
XP_016 FVHINRLALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPV
300 310 320 330 340 350
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 EKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEE
. :. .:: :::::.::.. ::: :. .... .. . . ... .:.
XP_016 LREAVEAQIRSFGQTPSQLLIEPHP----PRGSAMQVYLLLQSPLMFT--DKAQQDVIMV
360 370 380 390 400
640 650 660 670 680
pF1KE2 SKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSR--------NGSSVFTTSQDSTLKM----
: . . .:.. . . . :: .:..: : . . ::. ..
XP_016 LKFPSNSPVTHVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAVQDQPYQLPVEI
410 420 430 440 450 460
690 700 710 720 730
pF1KE2 ---FSKESKMLQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQ
..... : .:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: ::
XP_016 DPLIASNTGMHRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLI
470 480 490 500 510 520
740 750 760 770 780
pF1KE2 DTLMGHDDAVSKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFD
....:: :.:. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::..
XP_016 QVVFGHWDVVTCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPR
530 540 550 560 570 580
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 LLAELEHDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSP
. :: : .. : :..::..:: : ... . :.. . . . ..
XP_016 AILT-GHDYEVTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQA
590 600 610 620 630 640
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 DSR-HVLSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWD
. . : . .: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .
XP_016 SREGHCVIFYENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQ
650 660 670 680 690 700
910 920 930 940
pF1KE2 LLGAKISERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
. : : ... . .. . ::.: . .:...
XP_016 VSDLKQLFAYPGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
710 720 730 740 750
>>NP_001186211 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (2851 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1134; 30.6% identity (58.2% similar) in 834 aa overlap (175-944:2019-2836)
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 FIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMITAIL
::.. : :.. ::.:.. .:
NP_001 LRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHATDEDILAKGKQSIRSQA---LGNQNSENEILL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 QSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK--
.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...:::. . :.
NP_001 EGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELYFEVDEEDPNFK
2050 2060 2070 2080 2090 2100
270 280 290 300
pF1KE2 ---PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDR
: . . . ..: :..::. :. .::.: .. ....: .:
NP_001 KIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAVMFNFPDPATV
2110 2120 2130 2140 2150 2160
310 320 330 340 350
pF1KE2 DDLYFYIATY---------------LEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLA
. :. : : .. .::. ..::..::. ::..:
NP_001 KKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNFEYLMFLNTIA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 DRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPE
:: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .: . ::. .
NP_001 GRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAFFAERYESWED
2230 2240 2250 2260 2270 2280
420 430 440 450 460
pF1KE2 ---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDG
::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::...:.:
NP_001 DQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSISRAWRNSQRD
2290 2300 2310 2320 2330 2340
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 ATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALE
..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.:.. .. :::
NP_001 TSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEEFVHINRLALE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 SNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQIL
:..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: :: . :. .::
NP_001 SEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPVLREAVEAQIR
2410 2420 2430 2440 2450 2460
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 EFGQTPKQLFVTPHPRR-----ITP-KFKSLSQTSSYNASM--ADSPGEESFEDLTEESK
:::::.::.. ::: : ..: : . .: . . ..:: . .
NP_001 SFGQTPSQLLIEPHPPRGSAMQVSPLMFTDKAQQDVIMVLKFPSNSPVTHVAANTQPGLA
2470 2480 2490 2500 2510 2520
650 660 670 680 690 700
pF1KE2 TLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSKESKMLQRSIS-
: : ..: .: : :. . .: .. . . : ...... : .:.:.
NP_001 TPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAV-QDQPYQLPVEID---PLIASNTGMHRRQITD
2530 2540 2550 2560 2570
710 720 730 740 750
pF1KE2 ---FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAVSKICWHD
: .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....:: :.:. . .
NP_001 LLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGHWDVVTCLARSE
2580 2590 2600 2610 2620 2630
760 770 780 790 800
pF1KE2 NRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVSVDTISLN
. . :.: :.:. .: ::. .. :: .:. :: : ..
NP_001 SYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGETAAPRAILTG--HDYEVTCAAVC
2640 2650 2660 2670 2680 2690
810 820 830 840 850 860
pF1KE2 AASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HVLSTGTDGCLNV
: :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . : . .: . .
NP_001 AELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHCVIFYENGLFCT
2700 2710 2720 2730 2740 2750
870 880 890 900 910 920
pF1KE2 IDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERIQGHTGAV
..:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. : : ...
NP_001 FSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQLFAYPGCDAGI
2760 2770 2780 2790 2800 2810
930 940
pF1KE2 TCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
. .. . ::.: . .:...
NP_001 RAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850
>>NP_001351834 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (2852 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1131; 30.5% identity (58.2% similar) in 834 aa overlap (175-944:2019-2837)
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 FIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMITAIL
::.. : :.. ::.:.. .:
NP_001 LRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHATDEDILAKGKQSIRSQA---LGNQNSENEILL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 QSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK--
.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...:::. . :.
NP_001 EGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELYFEVDEEDPNFK
2050 2060 2070 2080 2090 2100
270 280 290 300
pF1KE2 ---PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDR
: . . . ..: :..::. :. .::.: .. ....: .:
NP_001 KIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAVMFNFPDPATV
2110 2120 2130 2140 2150 2160
310 320 330 340 350
pF1KE2 DDLYFYIATY---------------LEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLA
. :. : : .. .::. ..::..::. ::..:
NP_001 KKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNFEYLMFLNTIA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 DRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPE
:: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .: . ::. .
NP_001 GRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAFFAERYESWED
2230 2240 2250 2260 2270 2280
420 430 440 450 460
pF1KE2 ---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDG
::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::...:.:
NP_001 DQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSISRAWRNSQRD
2290 2300 2310 2320 2330 2340
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 ATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALE
..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.:.. .. :::
NP_001 TSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEEFVHINRLALE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 SNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQIL
:..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: :: . :. .::
NP_001 SEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPVLREAVEAQIR
2410 2420 2430 2440 2450 2460
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 EFGQTPKQLFVTPHPRR-----ITP-KFKSLSQTSSYNASM--ADSPGEESFEDLTEESK
:::::.::.. ::: : ..: : . .: . . ..:: . .
NP_001 SFGQTPSQLLIEPHPPRGSAMQVSPLMFTDKAQQDVIMVLKFPSNSPVTHVAANTQPGLA
2470 2480 2490 2500 2510 2520
650 660 670 680 690 700
pF1KE2 TLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSKESKMLQRSIS-
: : ..: .: : :. . .: .. . . : ...... : .:.:.
NP_001 TPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAV-QDQPYQLPVEID---PLIASNTGMHRRQITD
2530 2540 2550 2560 2570
710 720 730 740 750
pF1KE2 ---FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAVSKICWHD
: .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....:: :.:. . .
NP_001 LLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGHWDVVTCLARSE
2580 2590 2600 2610 2620 2630
760 770 780 790 800
pF1KE2 NRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVSVDTISLN
. . :.: :.:. .: ::. .. ::.. . :: : ..
NP_001 SYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPRAILT-GHDYEVTCAAVC
2640 2650 2660 2670 2680 2690
810 820 830 840 850 860
pF1KE2 AASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HVLSTGTDGCLNV
: :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . : . .: . .
NP_001 AELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHCVIFYENGLFCT
2700 2710 2720 2730 2740 2750
870 880 890 900 910 920
pF1KE2 IDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERIQGHTGAV
..:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. : : ...
NP_001 FSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQLFAYPGCDAGI
2760 2770 2780 2790 2800 2810
930 940
pF1KE2 TCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
. .. . ::.: . .:...
NP_001 RAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850
>>NP_001354479 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (2857 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1128; 29.8% identity (58.4% similar) in 841 aa overlap (175-944:2019-2842)
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 FIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMITAIL
::.. : :.. ::.:.. .:
NP_001 LRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHATDEDILAKGKQSIRSQA---LGNQNSENEILL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 QSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK--
.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...:::. . :.
NP_001 EGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELYFEVDEEDPNFK
2050 2060 2070 2080 2090 2100
270 280 290 300
pF1KE2 ---PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDR
: . . . ..: :..::. :. .::.: .. ....: .:
NP_001 KIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAVMFNFPDPATV
2110 2120 2130 2140 2150 2160
310 320 330 340 350
pF1KE2 DDLYFYIATY---------------LEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLA
. :. : : .. .::. ..::..::. ::..:
NP_001 KKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNFEYLMFLNTIA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 DRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPE
:: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .: . ::. .
NP_001 GRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAFFAERYESWED
2230 2240 2250 2260 2270 2280
420 430 440 450 460
pF1KE2 ---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDG
::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::...:.:
NP_001 DQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSISRAWRNSQRD
2290 2300 2310 2320 2330 2340
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 ATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALE
..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.:.. .. :::
NP_001 TSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEEFVHINRLALE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 SNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQIL
:..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: :: . :. .::
NP_001 SEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPVLREAVEAQIR
2410 2420 2430 2440 2450 2460
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 EFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNIT
:::::.::.. ::: :. .... .. . . ... .:. : . . .:
NP_001 SFGQTPSQLLIEPHP----PRGSAMQVYLLLQSPLMFT--DKAQQDVIMVLKFPSNSPVT
2470 2480 2490 2500 2510
650 660 670 680 690
pF1KE2 KLQLHEHYKIHKEAVTGITVSR--------NGSSVFTTSQDSTLKM-------FSKESKM
.. . . . :: .:..: : . . ::. .. ..... :
NP_001 HVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAVQDQPYQLPVEIDPLIASNTGM
2520 2530 2540 2550 2560 2570
700 710 720 730 740
pF1KE2 LQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAV
.:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....:: :.:
NP_001 HRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGHWDVV
2580 2590 2600 2610 2620 2630
750 760 770 780 790
pF1KE2 SKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVS
. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::.. . ::
NP_001 TCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPRAILT-GHDYE
2640 2650 2660 2670 2680 2690
800 810 820 830 840 850
pF1KE2 VDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HVLSTG
: .. : :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . : .
NP_001 VTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHCVIFY
2700 2710 2720 2730 2740 2750
860 870 880 890 900 910
pF1KE2 TDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERI
.: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. :
NP_001 ENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQLFAY
2760 2770 2780 2790 2800 2810
920 930 940
pF1KE2 QGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
: ... . .. . ::.: . .:...
NP_001 PGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850
>>XP_005263431 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (2857 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1128; 29.8% identity (58.4% similar) in 841 aa overlap (175-944:2019-2842)
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 FIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDKLGDQTAMITAIL
::.. : :.. ::.:.. .:
XP_005 LRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHATDEDILAKGKQSIRSQA---LGNQNSENEILL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 QSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLYFQPLNGYPK--
.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...:::. . :.
XP_005 EGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELYFEVDEEDPNFK
2050 2060 2070 2080 2090 2100
270 280 290 300
pF1KE2 ---PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSDIYLKFYEPQDR
: . . . ..: :..::. :. .::.: .. ....: .:
XP_005 KIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VAVMFNFPDPATV
2110 2120 2130 2140 2150 2160
310 320 330 340 350
pF1KE2 DDLYFYIATY---------------LEHHVAEHTAESYMLQWQRGHLSNYQYLLHLNNLA
. :. : : .. .::. ..::..::. ::..:
XP_005 KKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISNFEYLMFLNTIA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 DRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLERLLTRYQEMPE
:: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .: . ::. .
XP_005 GRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAAFFAERYESWED
2230 2240 2250 2260 2270 2280
420 430 440 450 460
pF1KE2 ---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNSIAETWKNCLDG
::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.::...:.:
XP_005 DQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSSISRAWRNSQRD
2290 2300 2310 2320 2330 2340
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 ATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPEDFLQKSKDALE
..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :.:.. .. :::
XP_005 TSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSEEFVHINRLALE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 SNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDPDEKVAMLTQIL
:..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: :: . :. .::
XP_005 SEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDPVLREAVEAQIR
2410 2420 2430 2440 2450 2460
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 EFGQTPKQLFVTPHPRRITPKFKSLSQTSSYNASMADSPGEESFEDLTEESKTLAWNNIT
:::::.::.. ::: :. .... .. . . ... .:. : . . .:
XP_005 SFGQTPSQLLIEPHP----PRGSAMQVYLLLQSPLMFT--DKAQQDVIMVLKFPSNSPVT
2470 2480 2490 2500 2510
650 660 670 680 690
pF1KE2 KLQLHEHYKIHKEAVTGITVSR--------NGSSVFTTSQDSTLKM-------FSKESKM
.. . . . :: .:..: : . . ::. .. ..... :
XP_005 HVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAVQDQPYQLPVEIDPLIASNTGM
2520 2530 2540 2550 2560 2570
700 710 720 730 740
pF1KE2 LQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGHDDAV
.:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....:: :.:
XP_005 HRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGHWDVV
2580 2590 2600 2610 2620 2630
750 760 770 780 790
pF1KE2 SKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELEHDVS
. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::.. . ::
XP_005 TCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPRAILT-GHDYE
2640 2650 2660 2670 2680 2690
800 810 820 830 840 850
pF1KE2 VDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HVLSTG
: .. : :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . : .
XP_005 VTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHCVIFY
2700 2710 2720 2730 2740 2750
860 870 880 890 900 910
pF1KE2 TDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKISERI
.: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. :
XP_005 ENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQLFAY
2760 2770 2780 2790 2800 2810
920 930 940
pF1KE2 QGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
: ... . .. . ::.: . .:...
XP_005 PGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850
>>NP_006717 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide-res (2863 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1138; 30.7% identity (59.1% similar) in 845 aa overlap (165-944:2018-2848)
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 GISLIFSQVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDK-L
.:.: .:. : : .: . : .. :
NP_006 DLRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHVCIFKLRENSKATD--EDILAKGKQSIRSQAL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 GDQTAMITAILQSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLY
:.:.. .:.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...::
NP_006 GNQNSENEILLEGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELY
2050 2060 2070 2080 2090 2100
260 270 280 290
pF1KE2 FQPLNGYPK-----PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSD
:. . :. : . . . ..: :..::. :. .::.: ..
NP_006 FEVDEEDPNFKKIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VA
2110 2120 2130 2140 2150 2160
300 310 320 330 340
pF1KE2 IYLKFYEPQDRDDLYFY-----IATYL----EHHVAEHTAE-----SYMLQ-WQRGHLSN
....: .: . : ..: . .... . . : : : ::. ..::
NP_006 VMFNFPDPATVKKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISN
2170 2180 2190 2200 2210 2220
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 YQYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLE
..::. ::..: :: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .:
NP_006 FEYLMFLNTIAGRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAA
2230 2240 2250 2260 2270 2280
410 420 430 440 450
pF1KE2 RLLTRYQEMPE---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNS
. ::. . ::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.:
NP_006 FFAERYESWEDDQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSS
2290 2300 2310 2320 2330 2340
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 IAETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPE
:...:.: ..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :
NP_006 ISRAWRNSQRDTSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 DFLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDP
.:.. .. ::::..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: ::
NP_006 EFVHINRLALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDP
2410 2420 2430 2440 2450 2460
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 DEKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRR-----ITP-KFKSLSQTSSYNASM--ADSPGE
. :. .:: :::::.::.. ::: : ..: : . .: . . ..::
NP_006 VLREAVEAQIRSFGQTPSQLLIEPHPPRGSAMQVSPLMFTDKAQQDVIMVLKFPSNSPVT
2470 2480 2490 2500 2510 2520
640 650 660 670 680 690
pF1KE2 ESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSK
. . : : ..: .: : :. . .: .. . . : ....
NP_006 HVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAV-QDQPYQLPVEIDP---LIAS
2530 2540 2550 2560 2570
700 710 720 730 740
pF1KE2 ESKMLQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGH
.. : .:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....::
NP_006 NTGMHRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGH
2580 2590 2600 2610 2620 2630
750 760 770 780 790
pF1KE2 DDAVSKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELE
:.:. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::.. .
NP_006 WDVVTCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPRAILT-G
2640 2650 2660 2670 2680 2690
800 810 820 830 840 850
pF1KE2 HDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HV
:: : .. : :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . :
NP_006 HDYEVTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHC
2700 2710 2720 2730 2740 2750
860 870 880 890 900
pF1KE2 LSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKI
. .: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. :
NP_006 VIFYENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQ
2760 2770 2780 2790 2800 2810
910 920 930 940
pF1KE2 SERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
: ... . .. . ::.: . .:...
NP_006 LFAYPGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850 2860
>>XP_011530736 (OMIM: 606453,614700) lipopolysaccharide- (2863 aa)
initn: 1033 init1: 441 opt: 982 Z-score: 777.8 bits: 156.9 E(92320): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1138; 30.7% identity (59.1% similar) in 845 aa overlap (165-944:2018-2848)
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 GISLIFSQVYFIKEHNVVAPYKIERGKMEYVFELDVPGKVEDVVETLLQLHRASCLDK-L
.:.: .:. : : .: . : .. :
XP_011 DLRRRRRFVRNPLGSTHPEATLKTAVEHVCIFKLRENSKATD--EDILAKGKQSIRSQAL
1990 2000 2010 2020 2030 2040
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 GDQTAMITAILQSRLAR-TSFDKNRFQNISEKLHMECKAEMVTPLVTNPGHVCITDTNLY
:.:.. .:.. .: :.. ..:.. . . :..:.: :. : . .:...::
XP_011 GNQNSENEILLEGDDDTLSSVDEKDLENLAGPVSLSTPAQLVAPSVVVKGTLSVTSSELY
2050 2060 2070 2080 2090 2100
260 270 280 290
pF1KE2 FQPLNGYPK-----PVV---------QITLQDVRRIYKRRHGLMPLGLEVFCTEDDLCSD
:. . :. : . . . ..: :..::. :. .::.: ..
XP_011 FEVDEEDPNFKKIDPKILAYTEGLHGKWLFTEIRSIFSRRYLLQNTALEIFMANR---VA
2110 2120 2130 2140 2150 2160
300 310 320 330 340
pF1KE2 IYLKFYEPQDRDDLYFY-----IATYL----EHHVAEHTAE-----SYMLQ-WQRGHLSN
....: .: . : ..: . .... . . : : : ::. ..::
XP_011 VMFNFPDPATVKKVVNYLPRVGVGTSFGLPQTRRISLASPRQLFKASNMTQRWQHREISN
2170 2180 2190 2200 2210 2220
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 YQYLLHLNNLADRSCNDLSQYPVFPWIIHDYSSSELDLSNPGTFRDLSKPVGALNKERLE
..::. ::..: :: :::.:::::::.: .: : ::::. : .:::::::.:::: .:
XP_011 FEYLMFLNTIAGRSYNDLNQYPVFPWVITNYESEELDLTLPTNFRDLSKPIGALNPKRAA
2230 2240 2250 2260 2270 2280
410 420 430 440 450
pF1KE2 RLLTRYQEMPE---PKFMYGSHYSSPGYVLFYLVRIAP--EYMLCLQNGRFDNADRMFNS
. ::. . ::: ::.:::. ..:: .:.:: : :.: ::.:.::.::: :.:
XP_011 FFAERYESWEDDQVPKFHYGTHYSTASFVLAWLLRIEPFTTYFLNLQGGKFDHADRTFSS
2290 2300 2310 2320 2330 2340
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 IAETWKNCLDGATDFKELIPEFYGDDVSFLVNSLKLDLGKRQGGQMVDDVELPPWASSPE
:...:.: ..:.:::::::: : :: . .:: . : .:.::::::::.. :
XP_011 ISRAWRNSQRDTSDIKELIPEFYYLPEMF-VNFNNYNLGVMDDGTVVSDVELPPWAKTSE
2350 2360 2370 2380 2390 2400
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 DFLQKSKDALESNYVSEHLHEWIDLIFGYKQKGSDAVGAHNVFHPLTYEGGVDLNSIQDP
.:.. .. ::::..:: .::.::::::::::.: .:: : :::. :::::.:.:::: ::
XP_011 EFVHINRLALESEFVSCQLHQWIDLIFGYKQQGPEAVRALNVFYYLTYEGAVNLNSITDP
2410 2420 2430 2440 2450 2460
580 590 600 610 620 630
pF1KE2 DEKVAMLTQILEFGQTPKQLFVTPHPRR-----ITP-KFKSLSQTSSYNASM--ADSPGE
. :. .:: :::::.::.. ::: : ..: : . .: . . ..::
XP_011 VLREAVEAQIRSFGQTPSQLLIEPHPPRGSAMQVSPLMFTDKAQQDVIMVLKFPSNSPVT
2470 2480 2490 2500 2510 2520
640 650 660 670 680 690
pF1KE2 ESFEDLTEESKTLAWNNITKLQLHEHYKIHKEAVTGITVSRNGSSVFTTSQDSTLKMFSK
. . : : ..: .: : :. . .: .. . . : ....
XP_011 HVAANTQPGLATPAVITVTANRLFAVNKWHNLPAHQGAV-QDQPYQLPVEIDP---LIAS
2530 2540 2550 2560 2570
700 710 720 730 740
pF1KE2 ESKMLQRSIS----FSNMALSSCLLLPGDAT--VITSSWDNNVYFYSIAFGRRQDTLMGH
.. : .:.:. : .. :.:... .: .. . ::.. :: :: ....::
XP_011 NTGMHRRQITDLLDQSIQVHSQCFVITSDNRYILVCGFWDKSFRVYSTDTGRLIQVVFGH
2580 2590 2600 2610 2620 2630
750 760 770 780 790
pF1KE2 DDAVSKICWHDNRL------YSASWDSTVKVW------SGVPAEMPGTKRHHFDLLAELE
:.:. . .. . :.: :.:. .: ::. .. ::.. .
XP_011 WDVVTCLARSESYIGGNCYILSGSRDATLLLWYWNGKCSGI-GDNPGSETAAPRAILT-G
2640 2650 2660 2670 2680 2690
800 810 820 830 840 850
pF1KE2 HDVSVDTISLNAASTLLVSGTKEGTVNIWDLTTATLMHQIPCHSGIVCDTAFSPDSR-HV
:: : .. : :..::..:: : ... . :.. . . . .. . . :
XP_011 HDYEVTCAAVCAELGLVLSGSQEGPCLIHSMN-GDLLRTLEGPENCLKPKLIQASREGHC
2700 2710 2720 2730 2740 2750
860 870 880 890 900
pF1KE2 LSTGTDGCLNVIDVQTGMLISSMTSDEPQRC--FVWDGNSVLSGSQSGELLVWDLLGAKI
. .: . ...:. : : ..: .:. : . ::. .:.:.. : ..: .. :
XP_011 VIFYENGLFCTFSVN-GKLQATMETDDNIRAIQLSRDGQYLLTGGDRGVVVVRQVSDLKQ
2760 2770 2780 2790 2800 2810
910 920 930 940
pF1KE2 SERIQGHTGAVTCIWMNEQCSSIITGGEDRQIIFWKLQY
: ... . .. . ::.: . .:...
XP_011 LFAYPGCDAGIRAMALSYDQRCIISGMASGSIVLFYNDFNRWHHEYQTRY
2820 2830 2840 2850 2860
948 residues in 1 query sequences
64369986 residues in 92320 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Oct 24 21:30:45 2019 done: Thu Oct 24 21:30:46 2019
Total Scan time: 6.130 Total Display time: 0.210
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]