FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2311, 1821 aa 1>>>pF1KE2311 1821 - 1821 aa - 1821 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7065+/-0.00126; mu= 3.9553+/- 0.075 mean_var=274.6644+/-57.132, 0's: 0 Z-trim(108.2): 104 B-trim: 231 in 1/52 Lambda= 0.077388 statistics sampled from 9936 (10031) to 9936 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16 Scan time: 4.650 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4987.1 PHIP gene_id:55023|Hs108|chr6 (1821) 12218 1379.7 0 CCDS13663.1 BRWD1 gene_id:54014|Hs108|chr21 (2269) 5681 650.0 3e-185 CCDS13662.1 BRWD1 gene_id:54014|Hs108|chr21 (2320) 5681 650.0 3e-185 CCDS14447.1 BRWD3 gene_id:254065|Hs108|chrX (1802) 3678 426.2 5.2e-118 CCDS33557.1 BRWD1 gene_id:54014|Hs108|chr21 ( 120) 468 66.9 5.2e-11 >>CCDS4987.1 PHIP gene_id:55023|Hs108|chr6 (1821 aa) initn: 12218 init1: 12218 opt: 12218 Z-score: 7385.1 bits: 1379.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 12218; 99.9% identity (99.9% similar) in 1821 aa overlap (1-1821:1-1821) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MSCERKGLSELRSELYFLIARFLEDGPCQQAAQVLIREVAEKELLPRRTDWTGKEHPRTY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 MSCERKGLSELRSELYFLIARFLEDGPCQQAAQVLIREVAEKELLPRRTDWTGKEHPRTY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 QNLVKYYRHLAPDHLLQICHRLGPLLEQEIPQSVPGVQTLLGAGRQSLLRTNKSCKHVVW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 QNLVKYYRHLAPDHLLQICHRLGPLLEQEIPQSVPGVQTLLGAGRQSLLRTNKSCKHVVW 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 KGSALAALHCGRPPESPVNYGSPPSIADTLFSRKLNGKYRLERLVPTAVYQHMKMHKRIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 KGSALAALHCGRPPESPVNYGSPPSIADTLFSRKLNGKYRLERLVPTAVYQHMKMHKRIL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GHLSSVYCVTFDRTGRRIFTGSDDCLVKIWATDDGRLLATLRGHAAEISDMAVNYENTMI 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bits: 650.0 E(32554): 3e-185 Smith-Waterman score: 6202; 53.1% identity (76.1% similar) in 1817 aa overlap (2-1770:5-1764) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSCERKGLSELRSELYFLIARFLEDGPCQQAAQVLIREVAEKELLPRRTDWTGKEHP : :. . ..:::::::::.: :::..:::::..:. . .:::.: :: :.:: CCDS13 MAEPSSARRPVPLIESELYFLIARYLSAGPCRRAAQVLVQELEQYQLLPKRLDWEGNEHN 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 RTYQNLVKYYRHLAPDHLLQICHRLGPLLEQEIPQSVPGVQTLLGAGRQSLLRTNKSCKH :.:..:: .:.:::::::::.:.::.:..::: :. : .:::::::::::: :.:.: CCDS13 RSYEELVLSNKHVAPDHLLQICQRIGPMLDKEIPPSISRVTSLLGAGRQSLLRTAKDCRH 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 VVWKGSALAALHCGRPPESPVNYGSPPSIADTLFSRKLNGKYRLERLVPTAVYQHMKMHK .::::::.:::: ::::: ::::::::.... ...:.: . : ..:::.:::. CCDS13 TVWKGSAFAALHRGRPPEMPVNYGSPPNLVEIHRGKQLTGCSTFSTAFPGTMYQHIKMHR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 RILGHLSSVYCVTFDRTGRRIFTGSDDCLVKIWATDDGRLLATLRGHAAEISDMAVNYEN :::::::.::::.:::::.::::::::::::::.: .::::.:::::.:::::::::::: CCDS13 RILGHLSAVYCVAFDRTGHRIFTGSDDCLVKIWSTHNGRLLSTLRGHSAEISDMAVNYEN 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 TMIAAGSCDKMIRVWCLRTCAPLAVLQGHSASITSLQFSPLCSGSKRYLSSTGADGTICF ::::::::::.:::::::::::.::::::..:::::::::. .::.::. :::::::.:: CCDS13 TMIAAGSCDKIIRVWCLRTCAPVAVLQGHTGSITSLQFSPMAKGSQRYMVSTGADGTVCF 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 WLWDAGTLKINPRPAKFTERPRPGVQMICSSFSAGGMFLATGSTDHIIRVYFFGSGQPEK : :: .::..::: ::::.:::::::.:::::.::::::::::::.::.::.: ::: CCDS13 WQWDLESLKFSPRPLKFTEKPRPGVQMLCSSFSVGGMFLATGSTDHVIRMYFLGFEAPEK 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 ISELEFHTDKVDSIQFSNTSNRFVSGSRDGTARIWQFKRREWKSILLDMATRPAGQNLQG :.::: :::::::::: :...::.:::::::::::.:.. ::.::::::::: .: .:.. 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CCDS13 DQSE----GSGSSEEDE--WRSDRKSESYSESSSDSSSRYSDWTADAGINLQPPLRTSCR 840 850 860 870 880 880 890 900 910 920 930 pF1KE2 NKTKKAESSSDEEEESEKQKQKQIKKEKKKVNEEKDGPISPKKKKPKERKQKRLAVGELT . . :::..: .:. . . ....:: : :::... .:.. .::. CCDS13 RRITRFCSSSEDEISTENLSPPKRRRKRKKEN------------KPKKENLRRMTPAELA 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 pF1KE2 ENGLTLEEWLPSTWITDTIPRRCPFVPQMGDEVYYFRQGHEAYVEMARKNKIYSINPKKQ : : :. : .::::: :. :::::::::: :::::::::.: .:.:.:: .::.:. CCDS13 -NMEHLYEFHPPVWITDTTLRKSPFVPQMGDEVIYFRQGHEAYIEAVRRNNIYELNPNKE 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE2 PWHKMELREQELMKIVGIKYEVGLPTLCCLKLAFLDPDTGKLTGGSFTMKYHDMPDVIDF ::.::.::.:::.:::::.:::: ::::::::::.:: :::: ::...:::::::::: CCDS13 PWRKMDLRDQELVKIVGIRYEVGPPTLCCLKLAFIDPATGKLMDKSFSIRYHDMPDVIDF 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KE2 LVLRQQFDDAKYRRWNIGDRFRSVIDDAWWFGTIESQEPLQLEYPDSLFQCYNVCWDNGD ::::: .:.:. : :. :::::.:::::::::. :::: : .:::: :::: : ::: . 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CCDS13 SQTK----------IIPELVGSPTQSTSSRTAYLGTHKTSAGISSGVTSGDSSDSAESSE 1470 1480 1490 1500 1510 1540 1550 1560 1570 pF1KE2 ITKANASAIPGKTILENSVKHSKALNTLSSPGQSSFSHGTRNNSAKEN------------ : : :.:. :. :. : : ..::: ..:: .. ... :.:. CCDS13 RRKRNRPITNGSTLSESEVEDSLA-TSLSSSASSSSEESKESSRARESSSRSGLSRSSNL 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 pF1KE2 -MEKEKPVKRKMKSSVLPKASTLSKSSAVIEQGDCKNNALVPGTIQVNGHGGQPSKLVKR . . . ..:: : .. . . . .: ::.: : : .....:. :.... 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