Result of FASTA (omim) for pF1KE2329
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2329, 1313 aa
  1>>>pF1KE2329 1313 - 1313 aa - 1313 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.0162+/-0.00047; mu= -31.1869+/- 0.029
 mean_var=682.6198+/-140.254, 0's: 0 Z-trim(125.1): 80  B-trim: 0 in 0/61
 Lambda= 0.049089
 statistics sampled from 48031 (48159) to 48031 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.796), E-opt: 0.2 (0.565), width:  16
 Scan time: 20.680

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002964 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 is (1313) 9035 655.8 5.7e-187
NP_001297050 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 (1073) 6735 492.9 5.2e-138
NP_001297052 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 (1006) 5570 410.3 3.4e-113
XP_005255124 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1086) 1492 121.5 3.1e-26
XP_005255125 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1086) 1492 121.5 3.1e-26
XP_005255131 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1051) 1487 121.2 3.9e-26
XP_005255120 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1104) 1486 121.1 4.3e-26
XP_005255119 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1104) 1486 121.1 4.3e-26
XP_005255118 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1104) 1486 121.1 4.3e-26
XP_011544021 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1104) 1486 121.1 4.3e-26
XP_006721072 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1063) 1482 120.8   5e-26
XP_006721073 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1063) 1482 120.8   5e-26
XP_005255127 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1069) 1482 120.8   5e-26
XP_005255128 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1069) 1482 120.8   5e-26
XP_005255126 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1082) 1482 120.8 5.1e-26
XP_005255133 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1050) 1480 120.7 5.5e-26
XP_005255121 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1103) 1479 120.6   6e-26
XP_011544023 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1045) 1476 120.4 6.6e-26
XP_006721074 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1045) 1476 120.4 6.6e-26
XP_006721075 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1045) 1476 120.4 6.6e-26
XP_005255132 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1051) 1476 120.4 6.7e-26
NP_001295159 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein  (1068) 1475 120.3 7.1e-26
XP_005255122 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1098) 1435 117.5 5.2e-25
XP_005255134 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1044) 1433 117.4 5.5e-25
XP_005255123 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1097) 1420 116.5 1.1e-24
NP_680780 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1097) 1420 116.5 1.1e-24
NP_680781 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1044) 1415 116.1 1.3e-24
NP_059867 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1062) 1413 115.9 1.5e-24
NP_663760 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1062) 1413 115.9 1.5e-24
NP_009176 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1075) 1413 116.0 1.5e-24
NP_680782 (OMIM: 607931) ataxin-2-like protein iso (1044) 1407 115.5   2e-24
XP_006721070 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1080) 1401 115.1 2.7e-24
XP_016878380 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1038) 1382 113.7 6.7e-24
XP_006721071 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li (1074) 1382 113.8 6.9e-24
XP_011544024 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li ( 982) 1357 112.0 2.2e-23
XP_016878381 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-li ( 976) 1306 108.4 2.6e-22


>>NP_002964 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 isofor  (1313 aa)
 initn: 9035 init1: 9035 opt: 9035  Z-score: 3477.7  bits: 655.8 E(85289): 5.7e-187
Smith-Waterman score: 9035; 100.0% identity (100.0% similar) in 1313 aa overlap (1-1313:1-1313)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRSAAAAPRSPAVATESRRFAAARWPGWRSLQRPARRSGRGGGGAAPGPYPSAAPPPPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRSAAAAPRSPAVATESRRFAAARWPGWRSLQRPARRSGRGGGGAAPGPYPSAAPPPPGP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 GPPPSRQSSPPSASDCFGSNGNGGGAFRPGSRRLLGLGGPPRPFVVLLLPLASPGAPPAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GPPPSRQSSPPSASDCFGSNGNGGGAFRPGSRRLLGLGGPPRPFVVLLLPLASPGAPPAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 PTRASPLGARASPPRSGVSLARPAPGCPRPACEPVYGPLTMSLKPQQQQQQQQQQQQQQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PTRASPLGARASPPRSGVSLARPAPGCPRPACEPVYGPLTMSLKPQQQQQQQQQQQQQQQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QQQQQQQQPPPAAANVRKPGGSGLLASPAAAPSPSSSSVSSSSATAPSSVVAATSGGGRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QQQQQQQQPPPAAANVRKPGGSGLLASPAAAPSPSSSSVSSSSATAPSSVVAATSGGGRP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 GLGRGRNSNKGLPQSTISFDGIYANMRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGVFKTYSPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GLGRGRNSNKGLPQSTISFDGIYANMRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGVFKTYSPK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 CDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTDSAISA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTDSAISA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 KVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTYDSSLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTYDSSLS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 SYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQRNSSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQRNSSE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 REGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDFNPNSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 REGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDFNPNSG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 SDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRPPSHPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRPPSHPS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 AHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPPSEAAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPPSEAAT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 PPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGIIPTEAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGIIPTEAV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE2 AMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSFSKAEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSFSKAEN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE2 KGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDKIEPSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDKIEPSA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE2 KDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQEKDDKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQEKDDKE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE2 EKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPTPVYTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPTPVYTQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE2 PVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSAMMHPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSAMMHPA
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE2 SAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNARMMAPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNARMMAPP
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE2 THAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKETSPSFYFAISTGSLAQQYAHPNATL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 THAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKETSPSFYFAISTGSLAQQYAHPNATL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE2 HPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYHAGLAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYHAGLAP
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KE2 TPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQAHVQSGMVPSHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQAHVQSGMVPSHP
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310   
pF1KE2 TAHAPMMLMTTQPPGGPQAALAQSALQPIPVSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TAHAPMMLMTTQPPGGPQAALAQSALQPIPVSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL
             1270      1280      1290      1300      1310   

>>NP_001297050 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 iso  (1073 aa)
 initn: 7169 init1: 6730 opt: 6735  Z-score: 2598.7  bits: 492.9 E(85289): 5.2e-138
Smith-Waterman score: 7123; 97.7% identity (97.7% similar) in 1073 aa overlap (266-1313:1-1073)

         240       250       260       270       280       290     
pF1KE2 GGGRPGLGRGRNSNKGLPQSTISFDGIYANMRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGVFK
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGVFK
                                             10        20        30

         300       310       320       330       340       350     
pF1KE2 TYSPKCDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TYSPKCDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTD
               40        50        60        70        80        90

         360       370       380       390       400       410     
pF1KE2 SAISAKVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAISAKVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTY
              100       110       120       130       140       150

         420       430       440       450       460       470     
pF1KE2 DSSLSSYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSSLSSYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQ
              160       170       180       190       200       210

         480       490       500       510       520       530     
pF1KE2 RNSSEREGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RNSSEREGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDF
              220       230       240       250       260       270

         540       550       560       570       580       590     
pF1KE2 NPNSGSDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPNSGSDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRP
              280       290       300       310       320       330

         600       610       620       630       640       650     
pF1KE2 PSHPSAHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSHPSAHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPP
              340       350       360       370       380       390

         660       670       680       690       700       710     
pF1KE2 SEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGII
              400       410       420       430       440       450

         720       730       740       750       760       770     
pF1KE2 PTEAVAMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTEAVAMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSF
              460       470       480       490       500       510

         780       790       800       810       820       830     
pF1KE2 SKAENKGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKAENKGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDK
              520       530       540       550       560       570

         840       850       860       870       880       890     
pF1KE2 IEPSAKDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IEPSAKDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQE
              580       590       600       610       620       630

         900       910       920       930       940       950     
pF1KE2 KDDKEEKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDDKEEKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPT
              640       650       660       670       680       690

         960       970       980       990      1000      1010     
pF1KE2 PVYTQPVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVYTQPVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSA
              700       710       720       730       740       750

        1020      1030      1040      1050      1060      1070     
pF1KE2 MMHPASAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMHPASAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNAR
              760       770       780       790       800       810

        1080      1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KE2 MMAPPTHAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKETSPSFYFAISTGSLAQQYAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMAPPTHAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKETSPSFYFAISTGSLAQQYAH
              820       830       840       850       860       870

        1140      1150      1160      1170      1180      1190     
pF1KE2 PNATLHPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNATLHPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYH
              880       890       900       910       920       930

        1200      1210      1220      1230      1240               
pF1KE2 AGLAPTPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQ-------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::       
NP_001 AGLAPTPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQCASEALA
              940       950       960       970       980       990

                       1250      1260      1270      1280      1290
pF1KE2 ------------------AHVQSGMVPSHPTAHAPMMLMTTQPPGGPQAALAQSALQPIP
                         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RCGLEMRLSWIYLSEGYLAHVQSGMVPSHPTAHAPMMLMTTQPPGGPQAALAQSALQPIP
             1000      1010      1020      1030      1040      1050

             1300      1310   
pF1KE2 VSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL
       :::::::::::::::::::::::
NP_001 VSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL
             1060      1070   

>>NP_001297052 (OMIM: 168600,183090,601517) ataxin-2 iso  (1006 aa)
 initn: 6860 init1: 5483 opt: 5570  Z-score: 2153.3  bits: 410.3 E(85289): 3.4e-113
Smith-Waterman score: 6784; 95.9% identity (96.0% similar) in 1048 aa overlap (266-1313:1-1006)

         240       250       260       270       280       290     
pF1KE2 GGGRPGLGRGRNSNKGLPQSTISFDGIYANMRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGVFK
                                     :::::::::::                   
NP_001                               MRMVHILTSVV-------------------
                                             10                    

         300       310       320       330       340       350     
pF1KE2 TYSPKCDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTD
            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 -----CDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAFTD
                   20        30        40        50        60      

         360       370       380       390       400       410     
pF1KE2 SAISAKVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAISAKVNGEHKEKDLEPWDAGELTANEELEALENDVSNGWDPNDMFRYNEENYGVVSTY
         70        80        90       100       110       120      

         420       430       440       450       460       470     
pF1KE2 DSSLSSYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSSLSSYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDDRSEEEKYTAVQ
        130       140       150       160       170       180      

         480       490       500       510       520       530     
pF1KE2 RNSSEREGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RNSSEREGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTSHTSDF
        190       200       210       220       230       240      

         540       550       560       570       580       590     
pF1KE2 NPNSGSDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPNSGSDQRVVNGGVPWPSPCPSPSSRPPSRYQSGPNSLPPRAATPTRPPSRPPSRPSRP
        250       260       270       280       290       300      

         600       610       620       630       640       650     
pF1KE2 PSHPSAHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSHPSAHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFVSHNPP
        310       320       330       340       350       360      

         660       670       680       690       700       710     
pF1KE2 SEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASPQAGII
        370       380       390       400       410       420      

         720       730       740       750       760       770     
pF1KE2 PTEAVAMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTEAVAMPIPAASPTPASPASNRAVTPSSEAKDSRLQDQRQNSPAGNKENIKPNETSPSF
        430       440       450       460       470       480      

         780       790       800       810       820       830     
pF1KE2 SKAENKGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKAENKGISPVVSEHRKQIDDLKKFKNDFRLQPSSTSESMDQLLNKNREGEKSRDLIKDK
        490       500       510       520       530       540      

         840       850       860       870       880       890     
pF1KE2 IEPSAKDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IEPSAKDSFIENSSSNCTSGSSKPNSPSISPSILSNTEHKRGPEVTSQGVQTSSPACKQE
        550       560       570       580       590       600      

         900       910       920       930       940       950     
pF1KE2 KDDKEEKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDDKEEKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRSFSQPKPSTTPTSPRPQAQPSPSMVGHQQPT
        610       620       630       640       650       660      

         960       970       980       990      1000      1010     
pF1KE2 PVYTQPVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVYTQPVCFAPNMMYPVPVSPGVQPLYPIPMTPMPVNQAKTYRAVPNMPQQRQDQHHQSA
        670       680       690       700       710       720      

        1020      1030      1040      1050      1060      1070     
pF1KE2 MMHPASAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMHPASAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQPLVQHVPHYQSQHPHVYSPVIQGNAR
        730       740       750       760       770       780      

        1080      1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KE2 MMAPPTHAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKETSPSFYFAISTGSLAQQYAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::                  .:::::::::::
NP_001 MMAPPTHAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMY------------------VSTGSLAQQYAH
        790       800       810                         820        

        1140      1150      1160      1170      1180      1190     
pF1KE2 PNATLHPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNATLHPHTPHPQPSATPTGQQQSQHGGSHPAPSPVQHHQHQAAQALHLASPQQQSAIYH
      830       840       850       860       870       880        

        1200      1210      1220      1230      1240      1250     
pF1KE2 AGLAPTPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQAHVQSGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGLAPTPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQPAYTNPPHMAHVPQAHVQSGM
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPSHPTAHAPMMLMTTQPPGGPQAALAQSALQPIPVSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL
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       ...  . :  : ::. :: :.:  ..:   .  :.: :..  .. :              
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       :::   .:  ::....:: ::: . :.:.: : ::.:.::.:::: :.:.::::  :::.
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        .::::::::::::::.:::::: .:: :: :::.::::: ::. :.:.:::: :.::::
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       ..::::..: ::. :. .::.::::  :: ::    :. : .: : :.:: .:.: :.  
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       : .. .:. ::. : .:::   ::   ::... : :   : ..:       . : .:: .
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       ::     : . ...  .::::.::::::::::::: .  .:  : ..::::: :... .:
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       :.     :. .  :   ..:...  .:   ..:.:: : .:: :..  .: .:.:   : 
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        ..: ::.:::. ..   ::. :.:::::..:. : ::. :. :.:::::.:: ..: . 
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       :: :: : :..:..:.: ::..  .: : ..::::. :: . ::       :        
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       .:.  .:    .. :.: :  . :: :  .:::..::::.: ::::.    ::::::  :
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       :::.:: ::.: : :. .:: : :. ::::. :. ..::::.:::    .:..:: ... 
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        .::::::::::::::.:::::: .:: :: :::.::::: ::. :.:.:::: :.::::
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       . : ::  : :     ::. :        ::: :::          ::. . ::..    
XP_005 ETSVPP--PPAAPPFLPVGRMY-------PPR-SPK----------SAAPAPISAS----
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pF1KE2 SHNPPSEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASP
         .::  .:.:  . . :  .. :.   ::  .::                      :::
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       . .. ::..  .    ..  :.     :.. :.  :.            ::.  ... ::
XP_005 KISLAPTDVKEL----STKEPG-----RTLEPQELAR-----------IAGKVPGLQ-NE
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                         ..: :...:.::  .:.:::::. : :.: .  .  .:  :.
XP_005 ------------------QKRFQLEELRKFGAQFKLQPSSSPENSLDPFPPRILKEEPKG
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       ..   : .  :  . .    ::.  : :.: ..: ..::  ..  ..  :   ::   :.
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pF1KE2 SPACKQEKDDKEEKKDAAEQVRKSTLNPNAKEFNPRS--FSQPKPSTTPTSPRPQAQPSP
       ::     : . ...  .::::.::::::::::::: .  .:  : ..::::: :... .:
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pF1KE2 SMVGHQQPTPVYTQPVCFAPNMMYPVP---VSPGVQ-P-LYPIPMT-PMPVNQAKTYRAV
       :.     :. .  :   ..:...  .:   ..:.:: : .:: :..  .: .:.:   : 
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pF1KE2 PNMPQQRQDQHHQSA---MMHPASAAGPPIAATPPAYSTQYVAYSPQQFPNQP-LVQHVP
        ..: ::.:::. ..   ::. :.:::::..:. : ::. :. :.:::::.:: ..: . 
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pF1KE2 HYQSQHPHVYSPVIQGNARMMAPPTHAQPGLVSSSATQYGAHEQTHAMYACPKLPYNKET
       :: :: : :..:..:.: ::..  .: : ..::::. :: . ::       :        
XP_005 HYPSQ-P-VFAPMLQSNPRMLTSGSHPQ-AIVSSSTPQYPSAEQ-------P--------
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pF1KE2 SPSFYFAISTGSLAQQYAHPNATLHPHTPHPQPSATPTGQQ-QSQHGGSHPAPSPVQHHQ
       .:.  .:    .. :.: :  . :: :  .:::..::::.: ::::.    ::::::  :
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pF1KE2 HQAAQALHLASPQQQSAIYHAG-LAPTPPSMTPASNTQSPQNSFPAAQQTVFTIHPSHVQ
       :::.:: ::.: : :. .:: : :. ::::. :. ..::::.:::    .:..:: ... 
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pF1KE2 PAYTNPPHMAHVPQAHVQSGMV---PSHPTAHAPMMLMTTQPP---GGP-QAALAQSALQ
        ..::   :::: :::::.:..   : :: :  : ..:  .::   ::: :.:. ::.. 
XP_005 HGFTN---MAHVTQAHVQTGITAAPPPHPGAPHPPQVMLLHPPQSHGGPPQGAVPQSGVP
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pF1KE2 PIPVSTTAHFPYMTHPSVQAHHQQQL                                  
        . .:: . .::. ::.:                                          
XP_005 ALSASTPSPYPYIGHPQVCRVGRSHSRRRQGLAPGSVLCFPPSSLSCDPAAPLPTASPAL
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>>XP_005255131 (OMIM: 607931) PREDICTED: ataxin-2-like p  (1051 aa)
 initn: 1298 init1: 888 opt: 1487  Z-score: 590.2  bits: 121.2 E(85289): 3.9e-26
Smith-Waterman score: 2311; 39.8% identity (63.0% similar) in 1196 aa overlap (163-1313:2-1044)

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XP_005                              MLKPQPLQQPSQPQQPPPTQQAVARR--PPG
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pF1KE2 AANVRKPGGSGLLASPAAAPSP--SSSSVSSSSATAPSSVVAATSG------------GG
       ...  . :  : ::. :: :.:  ..:   .  :.: :..  .. :              
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pF1KE2 RPG---LG--RGRNSNKGLPQSTISFDGIYANMRMVHILTSVVGSKCEVQVKNGGIYEGV
       :::   .:  ::....:: ::: . :.:.: : ::.:.::.:::: :.:.::::  :::.
XP_005 RPGAAAIGSARGQSTGKGPPQSPV-FEGVYNNSRMLHFLTAVVGSTCDVKVKNGTTYEGI
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pF1KE2 FKTYSPKCDLVLDAAHEKSTESSSGPKREEIMESILFKCSDFVVVQFKDMDSSYAKRDAF
       ::: : : .:..::.:.:..: ..::.::.:.....:: :: ..:.:...: .:: .: :
XP_005 FKTLSSKFELAVDAVHRKASEPAGGPRREDIVDTMVFKPSDVMLVHFRNVDFNYATKDKF
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       :::::.  .::::::::: :. :..:.  .: .   ::.:.:::::::.::..:::::::
XP_005 TDSAIAMNSKVNGEHKEKVLQRWEGGD--SNSDDYDLESDMSNGWDPNEMFKFNEENYGV
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pF1KE2 VSTYDSSLSSYTVPLERDNSEEFLKREARANQLAEEIESSAQYKARVALENDD-RSEEEK
        .::::::::::::::.:::::: .:: :: :::.::::: ::. :.:.:::: :.::::
XP_005 KTTYDSSLSSYTVPLEKDNSEEFRQRELRAAQLAREIESSPQYRLRIAMENDDGRTEEEK
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pF1KE2 YTAVQRNSSEREGHSINTRENKYIPPGQRNREVISWGSGRQNSPRMGQPGSGSMPSRSTS
       ..::::..: ::. :. .::.::::  :: ::    :. : .: : :.:: .:.: :.  
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       : .. .:. ::. : .:::   ::   ::... : :   : ..:       . : .:: .
XP_005 HLDNSSPGPGSEARGINGG---PSRM-SPKAQRPLR---GAKTL-------SSPSNRPSG
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pF1KE2 RPSRPPSHPSAHGSPAPVSTMPKRMSSEGPPRMSPKAQRHPRNHRVSAGRGSISSGLEFV
       . : ::  : :     ::. :        ::: :::          ::. . ::..    
XP_005 ETSVPP--PPAAPPFLPVGRMY-------PPR-SPK----------SAAPAPISASCP--
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pF1KE2 SHNPPSEAATPPVARTSPSGGTWSSVVSGVPRLSPKTHRPRSPRQNSIGNTPSGPVLASP
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       . .. ::..  .    ..  :.     :.. :.  :.            ::.  ... ::
XP_005 KISLAPTDVKEL----STKEPG-----RTLEPQELAR-----------IAGKVPGLQ-NE
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XP_005 ------------------QKRFQLEELRKFGAQFKLQPSSSPENSLDPFPPRILKEEPKG
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       ::     : . ...  .::::.::::::::::::: .  .:  : ..::::: :... .:
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pF1KE2 SMVGHQQPTPVYTQPVCFAPNMMYPVP---VSPGVQ-P-LYPIPMT-PMPVNQAKTYRAV
       :.     :. .  :   ..:...  .:   ..:.:: : .:: :..  .: .:.:   : 
XP_005 SI-----PVLTAGQSGLYSPQYISYIPQIHMGPAVQAPQMYPYPVSNSVPGQQGKYRGAK
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XP_005 GSLPPQRSDQHQPASAPPMMQAAAAAGPPLVAATP-YSS-YIPYNPQQFPGQPAMMQPMA
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XP_005 HYPSQ-P-VFAPMLQSNPRMLTSGSHPQ-AIVSSSTPQYPSAEQ----------P-----
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       . : ::  : :     ::. :        ::: :::          ::. . ::..    
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       . .. ::..  .    ..  :.     :.. :.  :.            ::.  ... ::
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       :.     :. .  :   ..:...  .:   ..:.:: : .:: :..  .: .:.:   : 
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       :: :: : :..:..:.: ::..  .: : ..::::. :: . ::       :        
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       .:.  .:    .. :.: :  . :: :  .:::..::::.: ::::.    ::::::  :
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XP_011 KTTYDSSLSSYTVPLEKDNSEEFRQRELRAAQLAREIESSPQYRLRIAMENDDGRTEEEK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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