FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2334, 1555 aa 1>>>pF1KE2334 1555 - 1555 aa - 1555 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9121+/-0.00135; mu= 19.6292+/- 0.080 mean_var=64.3025+/-12.969, 0's: 0 Z-trim(99.7): 37 B-trim: 304 in 1/47 Lambda= 0.159941 statistics sampled from 5827 (5831) to 5827 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.523), E-opt: 0.2 (0.179), width: 16 Scan time: 5.470 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2154.1 UGGT1 gene_id:56886|Hs108|chr2 (1555) 10282 2382.5 0 CCDS9480.1 UGGT2 gene_id:55757|Hs108|chr13 (1516) 3401 794.7 0 >>CCDS2154.1 UGGT1 gene_id:56886|Hs108|chr2 (1555 aa) initn: 10282 init1: 10282 opt: 10282 Z-score: 12807.0 bits: 2382.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 10282; 100.0% identity (100.0% similar) in 1555 aa overlap (1-1555:1-1555) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 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:::::::::.::.:.::::.:.:. :... . .:::::. ::. : :::. :. ::. 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CCDS94 MYLSGYGVELAIKSTEYKALDDTQVK-TVTNTTVEDETET-NEVQGFLFGKLKEIYSDLR 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 GQLKELRKHLVESTNEMAPLKVWQLQDLSFQTAARILASPVELALVVMKDLSQNFPTKAR .: ..:.:.::...: :::::.:::::::.:..:...:: .. .:::.::::: ::: CCDS94 DNLTAFQKYLIESNKQMMPLKVWELQDLSFQAASQIMSAPVYDSIKLMKDISQNFPIKAR 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 AITKTAVSSELRTEVEENQKYFKGTLGLQPGDSALFINGLHMDLDTQDIFSLFDVLRNEA ..:. ::....: :..:::: .. . .::::. ::::::..:.:. : ::..:.:. :. CCDS94 SLTRIAVNQHMREEIKENQKDLQVRFKIQPGDARLFINGLRVDMDVYDAFSILDMLKLEG 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 RVMEGLHRLGIEGLSLHNVLKLNIQPSEADYAVDIRSPAISWVNNLEVDSRYNSWPSSLQ ..:.::. :::.: .. . :::: . : :..::: .: :.:.:: :. : .::.: : CCDS94 KMMNGLRNLGINGEDMSKFLKLNSHIWEYTYVLDIRHSSIMWINDLENDDLYITWPTSCQ 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 ELLRPTFPGVIRQIRKNLHNMVFIVDPAHETTAELMNTAEMFLSNHIPLRIGFIFVVNDS .::.:.::: . .::.:.::.:...:::.: : .... :..: :...::::::.:..: . CCDS94 KLLKPVFPGSVPSIRRNFHNLVLFIDPAQEYTLDFIKLADVFYSHEVPLRIGFVFILNTD 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 EDVDGMQDAGVAVLRAYNYVAQEVDDYHAFQTLTHIYNKVRTGEKV-KVEHVVSVLEKKY ..::: .:::::. ::.::.:.: : .:: ...:.:.::. ... :..: :::.. . CCDS94 DEVDGANDAGVALWRAFNYIAEEFDISEAFISIVHMYQKVKKDQNILTVDNVKSVLQNTF 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 PYVEVNSILGIDSAYDRNRKEARGYYEQTGVGPLPVVLFNGMPFEREQLDPDELETITMH :.... .:::: : ::..:: . ..:..::.:::: .:.:: ::..:... ::. ... CCDS94 PHANIWDILGIHSKYDEERKAGASFYKMTGLGPLPQALYNGEPFKHEEMNIKELKMAVLQ 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 KILETTTFFQRAVYLGELPHDQDVVEYIMNQPNVVPRINSRILTAERDYLDL-TASNNFF .........:: :.:: : ......:.. :::::::. :: ....::.: ..: . CCDS94 RMMDASVYLQREVFLGTLNDRTNAIDFLMDRNNVVPRINTLILRTNQQYLNLISTSVTAD 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 pF1KE2 VDDYARFTILDSQGKTAAVANSMNYLTKKGMSSKEIYDDSFIRPVTFWIVGDFDSPSGRQ :.:.. : .:::: :.:..:..: :::. :.:.: ::.::..:::.::::. 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CCDS94 LNSFKSKILKVKVKKETDKIKEDILTD-EDEKTKGLWDSIK-SFTVSLHKENKKEKD-VL 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1260 1270 1280 1290 1300 1310 pF1KE2 NIFSVASGHLYERFLRIMMLSVLKNTKTPVKFWFLKNYLSPTFKEFIPYMANEYNFQYEL :::::::::::::::::::::::.:::::::::.::::::::::: ::.::.::.:.::: CCDS94 NIFSVASGHLYERFLRIMMLSVLRNTKTPVKFWLLKNYLSPTFKEVIPHMAKEYGFRYEL 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1320 1330 1340 1350 1360 1370 pF1KE2 VQYKWPRWLHQQTEKQRIIWGYKILFLDVLFPLVVDKFLFVDADQIVRTDLKELRDFNLD :::.:::::.::::.::::::::::::::::::.:::..::::::::: ::::::::.:: CCDS94 VQYRWPRWLRQQTERQRIIWGYKILFLDVLFPLAVDKIIFVDADQIVRHDLKELRDFDLD 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1380 1390 1400 1410 1420 1430 pF1KE2 GAPYGYTPFCDSRREMDGYRFWKSGYWASHLAGRKYHISALYVVDLKKFRKIAAGDRLRG :::::::::::::::::::::::.::::::: :::::::::::::::::.:.::::::. 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