FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2335, 1480 aa 1>>>pF1KE2335 1480 - 1480 aa - 1480 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 61718354 residues in 86699 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4293+/-0.000553; mu= 23.1411+/- 0.034 mean_var=81.4535+/-17.393, 0's: 0 Z-trim(105.9): 272 B-trim: 124 in 1/53 Lambda= 0.142108 statistics sampled from 13883 (14187) to 13883 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.473), E-opt: 0.2 (0.164), width: 16 Scan time: 12.550 The best scores are: opt bits E(86699) NP_000483 (OMIM: 167800,211400,219700,277180,60242 (1480) 9582 1976.1 0 XP_011514053 (OMIM: 167800,211400,219700,277180,60 (1510) 9479 1955.0 0 XP_016867188 (OMIM: 167800,211400,219700,277180,60 (1399) 9036 1864.2 0 XP_011514055 (OMIM: 167800,211400,219700,277180,60 (1399) 9036 1864.2 0 XP_011514056 (OMIM: 167800,211400,219700,277180,60 (1399) 9036 1864.2 0 XP_016879292 (OMIM: 117800,607040) 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(1399 aa) initn: 9036 init1: 9036 opt: 9036 Z-score: 10006.9 bits: 1864.2 E(86699): 0 Smith-Waterman score: 9036; 100.0% identity (100.0% similar) in 1399 aa overlap (82-1480:1-1399) 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 KLEREWDRELASKKNPKLINALRRCFFWRFMFYGIFLYLGEVTKAVQPLLLGRIIASYDP :::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MFYGIFLYLGEVTKAVQPLLLGRIIASYDP 10 20 30 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 DNKEERSIAIYLGIGLCLLFIVRTLLLHPAIFGLHHIGMQMRIAMFSLIYKKTLKLSSRV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 DNKEERSIAIYLGIGLCLLFIVRTLLLHPAIFGLHHIGMQMRIAMFSLIYKKTLKLSSRV 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LDKISIGQLVSLLSNNLNKFDEGLALAHFVWIAPLQVALLMGLIWELLQASAFCGLGFLI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LDKISIGQLVSLLSNNLNKFDEGLALAHFVWIAPLQVALLMGLIWELLQASAFCGLGFLI 100 110 120 130 140 150 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 VLALFQAGLGRMMMKYRDQRAGKISERLVITSEMIENIQSVKAYCWEEAMEKMIENLRQT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 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XP_016 VICSISSYFIIGYTAFIAILCYLLVFPLAVF---MTRMAVKAQHHTSEVSDQRIRVTSEV 290 300 310 320 330 340 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 IENIQSVKAYCWEEAMEKMIENLRQTELKLTRKAAYVRYFNSSAFFFSGFFVVFLSVLPY . :. .: : ::. . :.::.::. : :: .: . :. ..: ..:. .. . :: . XP_016 LTCIKLIKMYTWEKPFAKIIEDLRRKERKLLEKCGLVQSLTSITLFIIPTVATAVWVLIH 350 360 370 380 390 400 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 ALIKGIILRKI-FTTISFCIVLRMAVTRQFPWAVQTWYDSLGAINKIQDFLQKQE--YKT . .: . .. :. .. .::..: : ::. .: .:. ... :. .. . . XP_016 TSLKLKLTASMAFSMLASLNLLRLSVFF-VPIAVKGLTNSKSAVMRFKKFFLQESPVFYV 410 420 430 440 450 460 390 400 410 420 430 pF1KE2 LEYNLTTTEVVMENVTAFWEEGFGELFEKAKQNNNNRKTSNG----DDSLFFSNFSLLGT . . .:.:..: :.. . . : . . : ..:.: :.: . . XP_016 QTLQDPSKALVFEEATLSWQQTCPGIVNGALELERNGHASEGMTRPRDALGPEEEGNSLG 470 480 490 500 510 520 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 PVLKDINFKIERGQLLAVAGSTGAGKTSLLMVIMGELEPSEGKIKHSGRISFCSQFSWIM : :. ::. . .:..:.: :.::.::.::: .:. :.. ::.. .: ... : .::. 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