FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2343, 653 aa
  1>>>pF1KE2343 653 - 653 aa - 653 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0385+/-0.00116; mu= -12.0237+/- 0.070
 mean_var=627.4518+/-131.136, 0's: 0 Z-trim(117.0): 108  B-trim: 168 in 1/54
 Lambda= 0.051202
 statistics sampled from 17562 (17666) to 17562 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.799), E-opt: 0.2 (0.543), width:  16
 Scan time:  5.140

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7         ( 674)  766 71.7 3.8e-12
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2           ( 759)  748 70.4   1e-11


>>CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7              (674 aa)
 initn: 842 init1: 451 opt: 766  Z-score: 331.5  bits: 71.7 E(32554): 3.8e-12
Smith-Waterman score: 952; 29.5% identity (57.5% similar) in 689 aa overlap (1-652:1-673)

               10        20            30        40        50      
pF1KE2 MHWTPEHAQPLNQWPEQHLDVSS---TTP-SPAHKLELPPGGRQRCHYAWAHDDISALTA
       :. .  ..  :..: .... ..:   : : . :.. ..      : .::::...:: . :
CCDS55 MQTSSSRSVHLSEWQKNYFAITSGICTGPKADAYRAQI-----LRIQYAWANSEISQVCA
               10        20        30             40        50     

         60        70        80         90        100          110 
pF1KE2 SNLLKRYAEKYSGVLDSPYERPALGGYSDASF-LNGAKG-DPEPWPGP---EPPYPLASL
       ..:.:.::::::...::   . .:..:..  . : :..  : . : .    .  . ..:.
CCDS55 TKLFKKYAEKYSAIIDSDNVESGLNNYAENILTLAGSQQTDSDKWQSGLSINNVFKMSSV
          60        70        80        90       100       110     

              120       130       140       150          160       
pF1KE2 HEGLP-GTKSGGGGGSGALGGSPVLAGNLPEPLYAGNACGGPSAA---PEYAAGYGGGYL
       .. .  : :   .    ::..  .        :   ..::. . .   :. :        
CCDS55 QKMMQAGKKFKDSLLEPALASVVIHKEATVFDLPKFSVCGSSQESDSLPNSAHDRDRTQD
         120       130       140       150       160       170     

         170       180       190          200       210       220  
pF1KE2 AP--GYCAQTGAALPPPPPAALLQPPP---PPGYGPSAPLYNYPAGGYAAQPGYGALPPP
        :  .       : ::    .    :    : : . .: ..  :  : . . ....    
CCDS55 FPESNRLKLLQNAQPPMVTNTARTCPTFSAPVGESATAKFHVTPLFGNVKKENHSSAKEN
         180       190       200       210       220       230     

            230       240       250       260        270       280 
pF1KE2 PGPPPAPYLTPGLPAPTPLPAPAPPTAYGFPTAAPGAESGLSLK-RKAADEGPEGRYRKY
        :     .:.     :.    :   . ::  :    ..  :.    :. :.::.      
CCDS55 IGL--NVFLSNQSCFPAACENPQRKSFYGSGTIDALSNPILNKACSKTEDNGPKEDSSLP
           240       250       260       270       280       290   

               290         300       310       320         330     
pF1KE2 AYEPAKAP--VADGASY--PAADNGECRGNGFRAKPPGAAEEAS--GKYGGGVPLKVLGS
       ... ::    : .  .:  :   .:   : : . :  ::..  .  ::.   .: .  : 
CCDS55 TFKTAKEQLWVDQQKKYHQPQRASGSSYG-GVK-KSLGASRSRGILGKFVPPIPKQDGGE
           300       310       320         330       340       350 

         340       350       360       370       380       390     
pF1KE2 PVYGPQLEPFEKFPERAPAPRGGFAVPSGETPKGVDPGALELVTSKMVDCGPPVQWADVA
          : : .:.   : . ::       :  :  :...:  .::. ....: ::::.: :.:
CCDS55 QNGGMQCKPYGAGPTE-PAH------PVDERLKNLEPKMIELIMNEIMDHGPPVNWEDIA
             360        370             380       390       400    

         400       410       420       430       440       450     
pF1KE2 GQGALKAALEEELVWPLLRPPAYPGSLRPPRTVLLFGPRGAGKALLGRCLATQLGATLLR
       :    ::...: .:::.:::  . :   ::. .::::: :.::.:.:.:.:.: :::.. 
CCDS55 GVEFAKATIKEIVVWPMLRPDIFTGLRGPPKGILLFGPPGTGKTLIGKCIASQSGATFFS
          410       420       430       440       450       460    

         460       470       480       490       500        510    
pF1KE2 LRGATLAAPGAAEGARLLQAAFAAARCRPPSVLLISELEALLPARDDGAAAGGA-LQVPL
       . ...:..  ..:: ....: ::.:::. :.:..:.:...::  : ::   ..  ... .
CCDS55 ISASSLTSKWVGEGEKMVRALFAVARCQQPAVIFIDEIDSLLSQRGDGEHESSRRIKTEF
          470       480       490       500       510       520    

          520       530       540       550       560       570    
pF1KE2 LACLDGGCGAGADGVLVVGTTSRPAALDEATRRRFSLRFYVALPDSPARGQILQRALAQQ
       :. :::.  .. : .::::.:.::  .:::.:::.  :.:. ::.. :: ::.   ....
CCDS55 LVQLDGATTSSEDRILVVGATNRPQEIDEAARRRLVKRLYIPLPEASARKQIVINLMSKE
          530       540       550       560       570       580    

          580       590       600              610           620   
pF1KE2 GCALSERELAALVQGTQGFSGGELGQLCQQAAAG-------AGL----PGLQRPLSYKDL
        : :::.:.  .:: ...:::... :::..:. :       : .    :   ::..: :.
CCDS55 QCCLSEEEIEQIVQQSDAFSGADMTQLCREASLGPIRSLQTADIATITPDQVRPIAYIDF
          590       600       610       620       630       640    

           630       640       650   
pF1KE2 EAALAKVGPRASAKELDSFVEWDKMYGSGH
       : :.  : : .: :.:. . .:.: .: : 
CCDS55 ENAFRTVRPSVSPKDLELYENWNKTFGCGK
          650       660       670    

>>CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2                (759 aa)
 initn: 1035 init1: 446 opt: 748  Z-score: 323.7  bits: 70.4 E(32554): 1e-11
Smith-Waterman score: 1346; 36.5% identity (63.0% similar) in 694 aa overlap (55-650:63-756)

           30        40        50        60        70        80    
pF1KE2 TPSPAHKLELPPGGRQRCHYAWAHDDISALTASNLLKRYAEKYSGVLDSPYERPALGGYS
                                     :::::::.:::::::.:..: .::.:..::
CCDS22 RSPAHKVEAYRGHLQRTYQYAWANDDISALTASNLLKKYAEKYSGILEGPVDRPVLSNYS
             40        50        60        70        80        90  

             90        100         110       120             130   
pF1KE2 D--ASFLNGAKGDPEPW-PG--PEPPYPLASLHEGLPGTKSGGGGG------SGALGGSP
       :  ....:: :.. ::: :.   :  ::.  . . . ..:.: ...      :...:.::
CCDS22 DTPSGLVNGRKNESEPWQPSLNSEAVYPMNCVPDVITASKAGVSSALPPADVSASIGSSP
            100       110       120       130       140       150  

           140       150               160       170       180     
pF1KE2 VLAGNLPEPLYAGNACGG---PS-----AAPEYAAGYGGGYLAPGYCAQTGAALPPPPPA
        .:.:: :: :....::.   ::      . ::: ::.:.::   : .: . ::: : :.
CCDS22 GVASNLTEPSYSSSTCGSHTVPSLHAGLPSQEYAPGYNGSYLHSTYSSQPAPALPSPHPS
            160       170       180       190       200       210  

              190               200         210       220          
pF1KE2 -----ALLQPPPPP--------GYGPSAPL--YNYPAGGYAAQPGYGALPPPPG--PPPA
            .::::::::        ::. .. :  :.::...:  : . :.   : :  :::.
CCDS22 PLHSSGLLQPPPPPPPPPALVPGYNGTSNLSSYSYPSASYPPQTAVGSGYSPGGAPPPPS
            220       230       240       250       260       270  

      230       240           250          260          270        
pF1KE2 PYLTPGLPAPTPLPAPAPP----TAYGFPTAAPGA---ESGLSLKRKA---ADEGP-EGR
        ::  :.:::::::  . :     ..:.   ::.:    :. ::::::   : .:  .. 
CCDS22 AYLPSGIPAPTPLPPTTVPGYTYQGHGLTPIAPSALTNSSASSLKRKAFYMAGQGDMDSS
            280       290       300       310       320       330  

       280       290       300                                     
pF1KE2 YRKYAYEPAKAPVADGASYPAAD-NGECRGNGF---------------------------
       : .:.:   ..  .    .:  . ..  :::::                           
CCDS22 YGNYSYGQQRSTQSPMYRMPDNSISNTNRGNGFDRSAETSSLAFKPTKQLMSSEQQRKFS
            340       350       360       370       380       390  

         310       320         330          340       350       360
pF1KE2 ----RAKPPGAAEEASGKYGG--GVPLKVLGSPV---YGPQLEPFEKFPERAPAPRGGFA
           ::  : .   :... :.  .  .    :::   .: . . . . : ..:. :.. .
CCDS22 SQSSRALTPPSYSTAKNSLGSRSSESFGKYTSPVMSEHGDEHRQLLSHPMQGPGLRAATS
            400       410       420       430       440       450  

                370       380       390       400       410        
pF1KE2 VPSG--ETPKGVDPGALELVTSKMVDCGPPVQWADVAGQGALKAALEEELVWPLLRPPAY
          .  :  :..:   ..:::....  ::::.: :.::   .::...::..::.::  :.
CCDS22 SNHSVDEQLKNTDTHLIDLVTNEIITQGPPVDWNDIAGLDLVKAVIKEEVLWPVLRSDAF
            460       470       480       490       500       510  

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE2 PGSLRPPRTVLLFGPRGAGKALLGRCLATQLGATLLRLRGATLAAPGAAEGARLLQAAFA
        :    ::..:::::::.::.:::::.:.:::::.... :. :.:   .:. ....:.: 
CCDS22 SGLTALPRSILLFGPRGTGKTLLGRCIASQLGATFFKIAGSGLVAKWLGEAEKIIHASFL
            520       530       540       550       560       570  

      480       490       500        510       520       530       
pF1KE2 AARCRPPSVLLISELEALLPAR-DDGAAAGGALQVPLLACLDGGCGAGADGVLVVGTTSR
       .:::: :::...:... :: .. ..  .  . ... .:  ::    .. : ..:. .::.
CCDS22 VARCRQPSVIFVSDIDMLLSSQVNEEHSPVSRMRTEFLMQLDTVLTSAEDQIVVICATSK
            580       590       600       610       620       630  

       540       550       560       570       580       590       
pF1KE2 PAALDEATRRRFSLRFYVALPDSPARGQILQRALAQQGCALSERELAALVQGTQGFSGGE
       :  .::. :: :  :. . :::: :: ::. . :.:..  :...:.: ::: :.:::: .
CCDS22 PEEIDESLRRYFMKRLLIPLPDSTARHQIIVQLLSQHNYCLNDKEFALLVQRTEGFSGLD
            640       650       660       670       680       690  

       600                  610       620       630       640      
pF1KE2 LGQLCQQAAAG-----------AGLPGLQRPLSYKDLEAALAKVGPRASAKELDSFVEWD
       ...:::.:..:           : .:.  ::..:.:.: :. :. :  : :::: .:::.
CCDS22 VAHLCQEAVVGPLHAMPATDLSAIMPSQLRPVTYQDFENAFCKIQPSISQKELDMYVEWN
            700       710       720       730       740       750  

        650   
pF1KE2 KMYGSGH
       ::.:   
CCDS22 KMFGCSQ
              




653 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]