Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2391
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2391, 517 aa
1>>>pF1KE2391 517 - 517 aa - 517 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2150+/-0.000721; mu= 19.0555+/- 0.044
mean_var=64.3416+/-12.750, 0's: 0 Z-trim(109.0): 76 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.159893
statistics sampled from 10498 (10575) to 10498 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 3452 804.9 0
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 2953 689.8 2e-198
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 1547 365.4 8.6e-101
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 1308 310.3 3.3e-84
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 1268 301.1 2e-81
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 670 163.1 6.4e-40
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 670 163.1 6.6e-40
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 623 152.3 1.2e-36
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 619 151.4 2.4e-36
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 564 138.7 1.5e-32
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 562 138.2 2.1e-32
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 562 138.2 2.1e-32
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 546 134.5 2.5e-31
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 534 131.7 1.7e-30
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 534 131.7 1.8e-30
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 530 130.9 4.2e-30
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 524 129.4 9.3e-30
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 459 114.4 3e-25
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 459 114.5 3.1e-25
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 444 111.0 3e-24
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 444 111.0 3.1e-24
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 437 109.3 6.9e-24
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 437 109.3 8.5e-24
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 409 102.9 8.5e-22
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 316 81.2 9.8e-16
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 318 81.9 1.7e-15
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 318 81.9 1.8e-15
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 311 80.1 3e-15
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 292 75.9 1.2e-13
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 258 68.1 2.5e-11
>>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 3452 init1: 3452 opt: 3452 Z-score: 4297.9 bits: 804.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3452; 100.0% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 SNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 SNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNND
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 GSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLISKRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 IIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLISKRLP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPELLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 ATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPELLH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 MSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTARRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTARRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 PASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 PASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVTPV
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE2 MVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
490 500 510
>>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (502 aa)
initn: 2945 init1: 2945 opt: 2953 Z-score: 3676.0 bits: 689.8 E(32554): 2e-198
Smith-Waterman score: 3315; 97.1% identity (97.1% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-502)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 SNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNND
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SNLISL---------------GWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNND
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEIT
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFYL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLISKRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLISKRLP
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPELLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPELLH
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 MSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTARRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTARRP
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 PASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVTPV
410 420 430 440 450 460
490 500 510
pF1KE2 MVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
470 480 490 500
>>CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 1119 init1: 617 opt: 1547 Z-score: 1923.0 bits: 365.4 E(32554): 8.6e-101
Smith-Waterman score: 1547; 48.2% identity (74.9% similar) in 521 aa overlap (2-509:5-512)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVC-GSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVAL
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CCDS33 MHGGQGPLL---LLLLLAVCLGAQGRNQEERLLADLMQ--NYDPNLRPAERDSDVVNVSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ALTLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLE
:::.:::::.: ::.:::::::: : : ::.:. ... .. :::.: ::: :.::::
CCDS33 KLTLTNLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTA
:: :: :... ::::: : .::::::::::.: ::::::::::::::: :.: :..
CCDS33 NNVDGVFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYST
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 KEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDI
.:: :.:.:. ...: .:::.::::.::::::: : ::::.. .:: :: . ..: .
CCDS33 NEIDLQLSQE--DGQT--IEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAPAQEAGHQKV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 TFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLI
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CCDS33 VFYLLIQRKPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETL
.:..: ::.:.:::.:.: : .:.. ..:: :.:::. .:.: :: ...::.:.::. :
CCDS33 AKKVPETSQAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 PELLHMS-RPAEDGPSPGALVR-RSSSLGY-ISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGL-A
:.::.: :: . . : ...: :. :. .:: : ::.:.:. : .:.:: :
CCDS33 PQLLRMHVRPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQ-QWQRQGLVA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE2 RRLTTARRPPASSEQAQQELFNELK---PA----VDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNR
: .. : : . ... . :: :: :.. :.:. ..:..... .. :
CCDS33 AALEKLEKGP---ELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFL
420 430 440 450 460
470 480 490 500 510
pF1KE2 VARTVDRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
:.:..::.:.... ... ::: :::.. ::. : :::::: :
CCDS33 VGRVLDRVCFLAMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
470 480 490 500 510
>>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 (493 aa)
initn: 1424 init1: 582 opt: 1308 Z-score: 1625.4 bits: 310.3 E(32554): 3.3e-84
Smith-Waterman score: 1432; 46.1% identity (73.8% similar) in 497 aa overlap (8-502:6-487)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT
::.: :.. : . : ::: :: .:::.. :. ::: . :..: ..: .:
CCDS11 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 LSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN
:.:::::.: ::::::.::: : : ::... ..::.: .::.: ..:::::::::::
CCDS11 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
::.: ..:. :::::. : : ::::::.:: : . ::::::::::::: : : :.:.:.
CCDS11 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY
... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. .
CCDS11 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLISKR
::::::::::.:::.::::::: .: :...:::..: .: .:.:.:::::.:::.::...
CCDS11 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPEL
.: ::...::.:.::.: ::..:..:. ::::::. :::.::..: .....:: ::.:
CCDS11 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR
: : : ..: .. ::.::.: . .::: .: : ::.:.:: : .:.:
CCDS11 LG-SPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWT------
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVT
:. :. :.. ::..::... :::. .:: ..: :.. ..: .:....
CCDS11 ---AAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAAL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510
pF1KE2 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
.. ::.. ::: . .:. : :.
CCDS11 VLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
470 480 490
>>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 (501 aa)
initn: 1214 init1: 491 opt: 1268 Z-score: 1575.4 bits: 301.1 E(32554): 2e-81
Smith-Waterman score: 1268; 40.4% identity (70.0% similar) in 507 aa overlap (5-503:7-501)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALAL
.. :: :.: . : : . : :: ..:: .::.. .::. . . : :...:
CCDS11 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLF--SGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENN
:..::::.: .: ..:.:... ::: ::.:. : .:. ::. . ::::..:: ::
CCDS11 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKE
:::.:... . .:.: : : : ::.:.:::: :.:::::::::::.. ::: .: ..:
CCDS11 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 ITLS--LKQDAKENRTYPVEWIIIDPEG-FTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDS--PSR
..:. : :.. .. .. :: : :::.:::.:.:.:. : : . .:
CCDS11 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIH------EGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 QDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLL
:.. ::::::::::::..:...::.::.... .::::: :.::: ...: .::. .::::
CCDS11 QEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLE
:.. ..: ::...:.: :.:.: :::::. :.. :.:::.: :.: :: . :...:..
CCDS11 LLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 TLPELLHMSRPAEDG---PSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGL
:: :...:: . : : : . :. ..:::. : ::..: : . :
CCDS11 KLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHC--SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPN-RFQP
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 ARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVD
:: . ..: :. ::. .:.. ..:. ....:.... :..:. :: .::
CCDS11 ELSAPDLRRFIDGPNRAVA-LLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVD
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510
pF1KE2 RLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
:: :.. ::: :::...:. :::.:::
CCDS11 RLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
470 480 490 500
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10 20 30 40 50
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: : ::::...::.. ::. .::: . .
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10 20 30 40 50
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: : . .....: .:: :.: .:.:. :. .: .::.: : .: :
CCDS56 VTVHFEVAITQL-----------ANVI----WNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 EIVLENNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSS
.::: :: :.::. . ..:. . :.. : :::::.::::...:.:::: :::::::.:
CCDS56 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LKYTAKEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSP
: :: : : .: .: . : ::.::::. . . : .
CCDS56 WTYDKAEIDL-LIIGSK-----------VDMNDFWENSEWEIIDASGYKH-DIKYNCCEE
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 SRQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVF
:::. . ::: :.:: ::...::..:::.. ::::::.: :::... :::::. .::
CCDS56 IYTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVF
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LLLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLF
::.:.. .:.::...::.:..::: :..::. .:. :.:::::.:::.::.. . :: .:
CCDS56 LLVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVF
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360 370 380 390 400
pF1KE2 LETLPELLHMSRPAED--GPS----PGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQS
:. ::..: : : . : . : .:.:: .. :..: : . . .:..
CCDS56 LKLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHL---KECFHCHKSN
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pF1KE2 ERHGLARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRV
: :::. . : . ..: :.. ......::...:...:. .: .:.:. :
CCDS56 ELATSKRRLS---HQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYV
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510
pF1KE2 ARTVDRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
: .:::. :.: : : ::: .:::
CCDS56 AMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
450 460 470
>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa)
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Smith-Waterman score: 1144; 39.4% identity (68.3% similar) in 480 aa overlap (18-491:27-485)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEES
: : ::::...::.. ::. .::: . .
CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSH--YNQFIRPVENVSDP
10 20 30 40 50
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pF1KE2 VDVALALTLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLP
: : . .....: .. ::.. . ::.:..: :.: .:.:. :. .: .::.: : .: :
CCDS61 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
60 70 80 90 100 110
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pF1KE2 EIVLENNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSS
.::: :: :.::. . ..:. . :.. : :::::.::::...:.:::: :::::::.:
CCDS61 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LKYTAKEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSP
: :: : : .: .: . : ::.::::. . . : .
CCDS61 WTYDKAEIDL-LIIGSK-----------VDMNDFWENSEWEIIDASGYKH-DIKYNCCEE
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 SRQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVF
:::. . ::: :.:: ::...::..:::.. ::::::.: :::... :::::. .::
CCDS61 IYTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVF
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LLLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLF
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CCDS61 LLVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE2 LETLPELLHMSRPAED--GPS----PGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQS
:. ::..: : : . : . : .:.:: .. :..: : . . .:..
CCDS61 LKLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHL---KECFHCHKSN
350 360 370 380 390 400
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pF1KE2 ERHGLARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRV
: :::. . : . ..: :.. ......::...:...:. .: .:.:. :
CCDS61 ELATSKRRLS---HQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYV
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510
pF1KE2 ARTVDRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
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CCDS61 AMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
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10 20 30 40 50
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CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL
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..:..:::..: :. .:::::. . : : :: :. ::: :.. .::: .:::..::
CCDS10 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
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pF1KE2 NNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTA
:: :: ...:. :..: . : ..::::::..:.: : : .:::: :::..:: : :
CCDS10 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 KEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDI
:: : ::.. . . . :: .:::.:: :.: : .: :. . ::
CCDS10 TEIDLVLKSE------------VASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENP----DDSTYVDI
190 200 210 220
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pF1KE2 TFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLIS
:. .::::::::: ::...:::::. .. ::::::.: ::: .. :::::: .:::::::
CCDS10 TYDFIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLIS
230 240 250 260 270 280
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pF1KE2 KRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLP
: .: ::. .::.::.:.: :::::. .: : :::.: :.:.::... :: .::: ::
CCDS10 KIVPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLP
290 300 310 320 330 340
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pF1KE2 ELLHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSD--LMFEKQSERHGLARRL
:: :..: . .:: . . : .: .: : ... .::: .
CCDS10 ALLFMQQPRHHCARQRLRLRRRQREREGAGAL-FFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAF
350 360 370 380 390 400
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pF1KE2 TTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCL
. : :. .. . :. ::::. ::..:::.... . ...:. :: ..::: :
CCDS10 GAEPAPVAGPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFL
410 420 430 440 450 460
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pF1KE2 FVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
.. . : : :: .::: .... :
CCDS10 WIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
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10 20 30 40 50
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:.::..::: .:::. ::: . . : :
CCDS60 AKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLF--RGYNRWARPVPNTSDVVIV
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60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ALALTLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIV
..:....::.. : .. .:::::... :.: .:.:: .::::. ::.: .:.:.:.::
CCDS60 RFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIV
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LENNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKY
: :: :: : ... .. .. : :.:.::::..::: :.::.:::: :::..::.: :
CCDS60 LYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTY
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180 190 200 210 220 230
pF1KE2 TAKEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQ
.: : ... . . : : :.::: ::. . : . . .
CCDS60 DKAKIDLEQMEQTVDLKDY---W---------ESGEWAIVNATGTYN-SKKYDCCAEIYP
210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 DITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLL
:.:. ..::: :::: ::...::.::: .. ::::::.: ::: .. :::::. .:::::
CCDS60 DVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLL
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 ISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLET
:.. .:.::..:::::..::: :..::. .:: :.:::.: :.::::.. . :. .:
CCDS60 ITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGC
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400
pF1KE2 LPELLHMSRPAEDGPSPGAL-----VRRSSSLGYISK---AEEYFLLKSRSDLMFEKQSE
.:. : :.:: : : : .. : : .. . ::: .. . :
CCDS60 VPRWLLMNRP----PPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHV
380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KE2 --------RHGLARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEE
:: . ... . : .... : ... :..:...:..:.:... .
CCDS60 APSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSV
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 KDSWNRVARTVDRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
:..:. :: ..::. :.. : .:: .::
CCDS60 KEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
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10 20 30 40 50
pF1KE2 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGL---NEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVAL
: :.: .:.:: :: . : ::.:. :... ::. .::.. . . ... :
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVAL--CGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
10 20 30 40 50
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pF1KE2 ALTLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLE
:.:..:::..: :. .:::::... ::: :: ::. .. ....::.: .:::.:::
CCDS10 QLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLY
60 70 80 90 100 110
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pF1KE2 NNNDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTA
:: ::....: :..: : : ::::::..:.: : : ::::: :::.::: : :
CCDS10 NNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDH
120 130 140 150 160 170
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pF1KE2 KEITLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDI
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CCDS10 TEIDMVLMT--------PTASM----DDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQ----DPSYVDV
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 TFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFLLLIS
:. .::.:::::: ::...:::: .... ::::::.: ::: .. :::::: . ::::::
CCDS10 TYDFIIKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLIS
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pF1KE2 KRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLP
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CCDS10 KIVPPTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLP
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 ELLHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTT
.: :.::. :. ::. :.: ..: : : : : .: .. ..
CCDS10 TFLFMKRPGPDS-SPARAFPPSKSC--VTKPEA--TATSTSPSNFYGNSMY--FVNPASA
350 360 370 380 390
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pF1KE2 ARRPPASSE----------QAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVA
: . ::.: ... .. .... :..:..::..::..... . ..:. ::
CCDS10 ASKSPAGSTPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVA
400 410 420 430 440 450
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.:::: :.: : :.::. .:: ..
CCDS10 MVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
460 470 480 490
517 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 09:29:36 2016 done: Sun Nov 6 09:29:37 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]