Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2473
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2473, 842 aa
1>>>pF1KE2473 842 - 842 aa - 842 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2950+/-0.00106; mu= 20.8287+/- 0.063
mean_var=72.0267+/-14.787, 0's: 0 Z-trim(103.5): 78 B-trim: 447 in 1/49
Lambda= 0.151122
statistics sampled from 7369 (7449) to 7369 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.575), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 5542 1218.4 0
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 1585 355.6 1.8e-97
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 1585 355.6 1.8e-97
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 1508 338.8 2e-92
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 1508 338.8 2e-92
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 843 194.0 1.4e-48
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 840 193.3 2.1e-48
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 840 193.3 2.2e-48
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 840 193.3 2.2e-48
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 832 191.4 4.2e-48
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 832 191.4 4.7e-48
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 832 191.4 4.7e-48
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 818 188.4 4e-47
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 803 185.1 3.9e-46
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 796 183.8 1.8e-45
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 779 180.0 2.2e-44
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 729 169.0 2.6e-41
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 685 159.4 2e-38
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 664 154.8 5.4e-37
CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 681) 650 151.7 3.9e-36
CCDS58288.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 683) 648 151.3 5.3e-36
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 642 150.0 1.3e-35
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 621 145.4 3.2e-34
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 568 133.9 1.1e-30
CCDS43176.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 (1437) 556 131.5 1.1e-29
CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527) 532 126.2 4.2e-28
CCDS10732.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1382) 513 122.1 6.8e-27
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 506 120.6 2.1e-26
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 506 120.6 2.1e-26
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 505 120.4 2.5e-26
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 503 119.9 3.3e-26
CCDS9474.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 (1325) 493 117.7 1.4e-25
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 486 116.2 4.4e-25
CCDS31437.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1581) 477 114.3 1.7e-24
CCDS73264.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1582) 477 114.3 1.7e-24
CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359) 476 114.0 1.8e-24
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 462 111.0 1.7e-23
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 440 106.2 4.6e-22
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 401 97.0 2.2e-20
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 401 97.0 2.3e-20
CCDS5773.1 CFTR gene_id:1080|Hs108|chr7 (1480) 373 91.6 1.1e-17
CCDS11685.1 ABCA5 gene_id:23461|Hs108|chr17 (1642) 293 74.2 2.1e-12
CCDS6762.1 ABCA1 gene_id:19|Hs108|chr9 (2261) 294 74.5 2.4e-12
CCDS10466.1 ABCA3 gene_id:21|Hs108|chr16 (1704) 286 72.6 6.4e-12
CCDS747.1 ABCA4 gene_id:24|Hs108|chr1 (2273) 280 71.4 2e-11
CCDS12055.1 ABCA7 gene_id:10347|Hs108|chr19 (2146) 278 71.0 2.6e-11
>>CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 (842 aa)
initn: 5542 init1: 5542 opt: 5542 Z-score: 6525.0 bits: 1218.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5542; 100.0% identity (100.0% similar) in 842 aa overlap (1-842:1-842)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MVTVGNYCEAEGPVGPAWMQDGLSPCFFFTLVPSTRMALGTLALVLALPCRRRERPAGAD
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CCDS24 MVTVGNYCEAEGPVGPAWMQDGLSPCFFFTLVPSTRMALGTLALVLALPCRRRERPAGAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 SLSWGAGPRISPYVLQLLLATLQAALPLAGLAGRVGTARGAPLPSYLLLASVLESLAGAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 SLSWGAGPRISPYVLQLLLATLQAALPLAGLAGRVGTARGAPLPSYLLLASVLESLAGAC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GLWLLVVERSQARQRLAMGIWIKFRHSPGLLLLWTVAFAAENLALVSWNSPQWWWARADL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 GLWLLVVERSQARQRLAMGIWIKFRHSPGLLLLWTVAFAAENLALVSWNSPQWWWARADL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GQQVQFSLWVLRYVVSGGLFVLGLWAPGLRPQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 GQQVQFSLWVLRYVVSGGLFVLGLWAPGLRPQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 DFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLGLMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTEKAPWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 DFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLGLMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTEKAPWN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SLAWTVTSYVFLKFLQGGGTGSTGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 SLAWTVTSYVFLKFLQGGGTGSTGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 HLGRRTGEVLRIADRGTSSVTGLLSYLVFNVIPTLADIIIGIIYFSMFFNAWFGLIVFLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 HLGRRTGEVLRIADRGTSSVTGLLSYLVFNVIPTLADIIIGIIYFSMFFNAWFGLIVFLC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 MSLYLTLTIVVTEWRTKFRRAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MSLYLTLTIVVTEWRTKFRRAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 IKYQGLEWKSSASLVLLNQTQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 IKYQGLEWKSSASLVLLNQTQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 YMPLNWFGTYYRMIQTNFIDMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRFQKGRIEFENVHFSYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 YMPLNWFGTYYRMIQTNFIDMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRFQKGRIEFENVHFSYA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 DGRETLQDVSFTVMPGQTLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 DGRETLQDVSFTVMPGQTLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 SLRSHIGVVPQDTVLFNDTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 SLRSHIGVVPQDTVLFNDTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 GERGLKLSGGEKQRVAIARTILKAPGIILLDEATSALDTSNERAIQASLAKVCANRTTIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 GERGLKLSGGEKQRVAIARTILKAPGIILLDEATSALDTSNERAIQASLAKVCANRTTIV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 VAHRLSTVVNADQILVIKDGCIVERGRHEALLSRGGVYADMWQLQQGQEETSEDTKPQTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 VAHRLSTVVNADQILVIKDGCIVERGRHEALLSRGGVYADMWQLQQGQEETSEDTKPQTM
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 ER
::
CCDS24 ER
>>CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX (752 aa)
initn: 1512 init1: 808 opt: 1585 Z-score: 1863.2 bits: 355.6 E(32554): 1.8e-97
Smith-Waterman score: 1585; 42.0% identity (73.4% similar) in 610 aa overlap (241-836:116-719)
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 PQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWRDFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLG
: . .. . .:.::. : :. : : ::
CCDS65 VWPLIEKRTCWHGHAGGGLHTDPKEGLKDVDTRKIIKAMLSYVWPKDRPDLRARVAISLG
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320
pF1KE2 LMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTE---------KAPWNSLAWTVTSYVFLKFLQGGGTG
..: .:.:..::.... :. :.. :: :..: :... :.. . : . .
CCDS65 FLGGAKAMNIVVPFMFKYAVDSLNQMSGNMLNLSDAP-NTVA-TMATAVLIGY--GVSRA
150 160 170 180 190 200
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 STGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRWHLGRRTGEVLRIADRGTSSVT
...: ...:. .. .: : . ::. .: :::.:.: .::.:.:: . . :::: ...
CCDS65 GAAFFNEVRNAVFGKVAQNSIRRIAKNVFLHLHNLDLGFHLSRQTGALSKAIDRGTRGIS
210 220 230 240 250 260
390 400 410 420 430
pF1KE2 GLLSYLVFNVIPTLADIII--GIIYFSMFFNAWFGLIVFLCMSLYLTLTIVVTEWRTKFR
.:: ::::..: . .... :..:.. .: :.:... .. : ..:..::.:::.::
CCDS65 FVLSALVFNLLPIMFEVMLVSGVLYYKC--GAQFALVTLGTLGTYTAFTVAVTRWRTRFR
270 280 290 300 310
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 RAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAIIKYQGLEWKSSASLVLLNQ
:: .: . :.:::::.:::::.: : ::..:: . :. ::...:..::
CCDS65 IEMNKADNDAGNAAIDSLLNYETVKYFNNERYEAQRYDGFLKTYETASLKSTSTLAMLNF
320 330 340 350 360 370
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 TQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQLYMPLNWFGTYYRMIQTNFI
:. ....:: : .: . .. : ::: :. . ..:: .:::..:: :: . .:
CCDS65 GQSAIFSVGLTAIMVLASQGIVAGTLTVGDLVMVNGLLFQLSLPLNFLGTVYRETRQALI
380 390 400 410 420 430
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 DMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRF--QKGRIEFENVHFSYADGRETLQDVSFTVMPGQ
::...: ::: .:..:: :.::.. : . . :.:::: : .:...:. .:: : :.
CCDS65 DMNTLFTLLKVDTQIKDKVMASPLQITPQTATVAFDNVHFEYIEGQKVLSGISFEVPAGK
440 450 460 470 480 490
620 630 640 650 660 670
pF1KE2 TLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQASLRSHIGVVPQDTVLFN
.:.:: ::.:::::.:::::::. ..: : . ::.:..:. ::: .::::::.:::.
CCDS65 KVAIVGGSGSGKSTIVRLLFRFYEPQKGSIYLAGQNIQDVSLESLRRAVGVVPQDAVLFH
500 510 520 530 540 550
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pF1KE2 DTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQVGERGLKLSGGEKQRVAI
.:: :. :: ..:. .:: :.:. ::.::::. .:.:: ::::::::::::::::::::
CCDS65 NTIYYNLLYGNISASPEEVYAVAKLAGLHDAILRMPHGYDTQVGERGLKLSGGEKQRVAI
560 570 580 590 600 610
740 750 760 770 780 790
pF1KE2 ARTILKAPGIILLDEATSALDTSNERAIQASLAKVCANRTTIVVAHRLSTVVNADQILVI
::.::: : .:: :::::.::. .:..: ... : .::.: .::::::::.::.:.:.
CCDS65 ARAILKDPPVILYDEATSSLDSITEETILGAMKDVVKHRTSIFIAHRLSTVVDADEIIVL
620 630 640 650 660 670
800 810 820 830 840
pF1KE2 KDGCIVERGRHEALLSRG-GVYADMWQLQQGQEETSEDTKPQTMER
.: ..::: :..::. ..:..::. :... .. .. :
CCDS65 DQGKVAERGTHHGLLANPHSIYSEMWHTQSSRVQNHDNPKWEAKKENISKEEERKKLQEE
680 690 700 710 720 730
CCDS65 IVNSVKGCGNCSC
740 750
>>CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX (753 aa)
initn: 1512 init1: 808 opt: 1585 Z-score: 1863.2 bits: 355.6 E(32554): 1.8e-97
Smith-Waterman score: 1585; 42.0% identity (73.4% similar) in 610 aa overlap (241-836:117-720)
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 PQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWRDFGRKLRLLSGYLWPRGSPALQLVVLICLG
: . .. . .:.::. : :. : : ::
CCDS14 VWPLIEKRTCWHGHAGGGLHTDPKEGLKDVDTRKIIKAMLSYVWPKDRPDLRARVAISLG
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320
pF1KE2 LMGLERALNVLVPIFYRNIVNLLTE---------KAPWNSLAWTVTSYVFLKFLQGGGTG
..: .:.:..::.... :. :.. :: :..: :... :.. . : . .
CCDS14 FLGGAKAMNIVVPFMFKYAVDSLNQMSGNMLNLSDAP-NTVA-TMATAVLIGY--GVSRA
150 160 170 180 190 200
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 STGFVSNLRTFLWIRVQQFTSRRVELLIFSHLHELSLRWHLGRRTGEVLRIADRGTSSVT
...: ...:. .. .: : . ::. .: :::.:.: .::.:.:: . . :::: ...
CCDS14 GAAFFNEVRNAVFGKVAQNSIRRIAKNVFLHLHNLDLGFHLSRQTGALSKAIDRGTRGIS
210 220 230 240 250 260
390 400 410 420 430
pF1KE2 GLLSYLVFNVIPTLADIII--GIIYFSMFFNAWFGLIVFLCMSLYLTLTIVVTEWRTKFR
.:: ::::..: . .... :..:.. .: :.:... .. : ..:..::.:::.::
CCDS14 FVLSALVFNLLPIMFEVMLVSGVLYYKC--GAQFALVTLGTLGTYTAFTVAVTRWRTRFR
270 280 290 300 310 320
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 RAMNTQENATRARAVDSLLNFETVKYYNAESYEVERYREAIIKYQGLEWKSSASLVLLNQ
:: .: . :.:::::.:::::.: : ::..:: . :. ::...:..::
CCDS14 IEMNKADNDAGNAAIDSLLNYETVKYFNNERYEAQRYDGFLKTYETASLKSTSTLAMLNF
330 340 350 360 370 380
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 TQNLVIGLGLLAGSLLCAYFVTEQKLQVGDYVLFGTYIIQLYMPLNWFGTYYRMIQTNFI
:. ....:: : .: . .. : ::: :. . ..:: .:::..:: :: . .:
CCDS14 GQSAIFSVGLTAIMVLASQGIVAGTLTVGDLVMVNGLLFQLSLPLNFLGTVYRETRQALI
390 400 410 420 430 440
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 DMENMFDLLKEETEVKDLPGAGPLRF--QKGRIEFENVHFSYADGRETLQDVSFTVMPGQ
::...: ::: .:..:: :.::.. : . . :.:::: : .:...:. .:: : :.
CCDS14 DMNTLFTLLKVDTQIKDKVMASPLQITPQTATVAFDNVHFEYIEGQKVLSGISFEVPAGK
450 460 470 480 490 500
620 630 640 650 660 670
pF1KE2 TLALVGPSGAGKSTILRLLFRFYDISSGCIRIDGQDISQVTQASLRSHIGVVPQDTVLFN
.:.:: ::.:::::.:::::::. ..: : . ::.:..:. ::: .::::::.:::.
CCDS14 KVAIVGGSGSGKSTIVRLLFRFYEPQKGSIYLAGQNIQDVSLESLRRAVGVVPQDAVLFH
510 520 530 540 550 560
680 690 700 710 720 730
pF1KE2 DTIADNIRYGRVTAGNDEVEAAAQAAGIHDAIMAFPEGYRTQVGERGLKLSGGEKQRVAI
.:: :. :: ..:. .:: :.:. ::.::::. .:.:: ::::::::::::::::::::
CCDS14 NTIYYNLLYGNISASPEEVYAVAKLAGLHDAILRMPHGYDTQVGERGLKLSGGEKQRVAI
570 580 590 600 610 620
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CCDS56 FGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHII-MIIEKTPLIDSYSTEGLMPNTLE-GNVTFGEV
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CCDS56 VFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVVQLLERFYDPLAGKVLLDGKE
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CCDS56 IKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVVS-QEEIVRAAKEANIHAFIE
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CCDS56 SLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLDEATSALDTESEKVVQEALD
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CCDS56 KAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMVSVQAGTKR
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CCDS56 Q
1280
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CCDS56 MDLEAAKNGTAWRPTSAEGDFELGISSKQKRKKTKTVKMIG
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..::. : . : .: :.. . .: :.: .. ... .: . :... .
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: . . . : : :. :..: .. :. . . :... :. : .:.:
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:. .: .:.. .: : :. .: : .:. :.. .: :. :.: ..: ..
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:: ..... :.:::.. . . . . :.. : . :.: .:.. :: :
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CCDS56 MKKEGVYFKLVNMQTSGSQIQSEEFELNDEKAATRMAPNGWKSRLFRHSTQKNLKNSQMC
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pF1KE2 SLWVLRYVVSGGLFVLGLWAPGLRPQSYTLQVHEEDQDVERSQVRSAAQQSTWRDFGRKL
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