Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2477
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2477, 604 aa
1>>>pF1KE2477 604 - 604 aa - 604 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9766+/-0.00096; mu= 15.8071+/- 0.058
mean_var=76.2217+/-15.315, 0's: 0 Z-trim(105.7): 16 B-trim: 424 in 1/51
Lambda= 0.146904
statistics sampled from 8544 (8549) to 8544 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8277.1 ME3 gene_id:10873|Hs108|chr11 ( 604) 4032 864.3 0
CCDS34492.1 ME1 gene_id:4199|Hs108|chr6 ( 572) 2824 608.3 8.7e-174
CCDS11948.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 ( 584) 2191 474.1 2.2e-133
CCDS54187.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 ( 479) 1867 405.4 8.5e-113
>>CCDS8277.1 ME3 gene_id:10873|Hs108|chr11 (604 aa)
initn: 4032 init1: 4032 opt: 4032 Z-score: 4616.8 bits: 864.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4032; 99.5% identity (99.8% similar) in 604 aa overlap (1-604:1-604)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGAALGTGTRLAPWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MGAALGTGTRLAPWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KGMAFTLEERLQLGIHGLIPPCFLGQDVQLLRIMGYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKL
::::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KGMAFTLEERLQLGIHGLIPPCFLSQDVQLLRIMRYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 FYRVLTSDVEKFMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FYRVLTSDVEKFMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 KAVVVTDGERILGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KAVVVTDGERILGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PLYIGLKHQRVHGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PLYIGLKHQRVHGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FNDDIQGTASVAVAGILAALRITNNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKA
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FNDDIQGTASVAVAGILAALRITKNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 EATRKIWMVDSKGLIVKGRSHLNHEKEMFAQDHPEVNSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EATRKIWMVDSKGLIVKGRSHLNHEKEMFAQDHPEVNSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 FTEQILRDMASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FTEQILRDMASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 TFIPGQGNNAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TFIPGQGNNAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLST
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 IRDVSLRIAIKVLDYAYKHNLASYYPEPKDKEAFVRSLVYTPDYDSFTLDSYTWPKEAMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 IRDVSLRIAIKVLDYAYKHNLASYYPEPKDKEAFVRSLVYTPDYDSFTLDSYTWPKEAMN
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 VQTV
::::
CCDS82 VQTV
>>CCDS34492.1 ME1 gene_id:4199|Hs108|chr6 (572 aa)
initn: 2820 init1: 2820 opt: 2824 Z-score: 3233.5 bits: 608.3 E(32554): 8.7e-174
Smith-Waterman score: 2824; 71.3% identity (91.9% similar) in 567 aa overlap (37-603:2-568)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 TGTRLAPWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLNKGMAFT
.: : ..::: .:::::::: .:::
CCDS34 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFT
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LEERLQLGIHGLIPPCFLGQDVQLLRIMGYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKLFYRVLT
:::: ::.::::.:: : .:..:.::.. .:. .::.:.:..:: ::::::::::::::
CCDS34 LEERQQLNIHGLLPPSFNSQEIQVLRVVKNFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 SDVEKFMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNIKAVVVT
::.:::::::::::::::::.:.:.::.::::::::::.::.:..::.:::: :::.:::
CCDS34 SDIEKFMPIVYTPTVGLACQQYSLVFRKPRGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DGERILGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRDPLYIGL
::::::::::::: :::::::::::::::::.:::.::::.:::::.:::::.:::::::
CCDS34 DGERILGLGDLGCNGMGIPVGKLALYTACGGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 KHQRVHGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCMFNDDIQ
...::.:. :::.:::::.::..:.:.:::::::::::.:::::::::::.:: ::::::
CCDS34 RQRRVRGSEYDDFLDEFMEAVSSKYGMNCLIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQ
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 GTASVAVAGILAALRITNNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKAEATRKI
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CCDS34 GTASVAVAGLLAALRITKNKLSDQTILFQGAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKI
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 WMVDSKGLIVKGRSHLNHEKEMFAQDHPEVNSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGAFTEQIL
:.:::::::::::. :..::: ::..: :...:: .:. .::::.::::::.:::.::::
CCDS34 WLVDSKGLIVKGRASLTQEKEKFAHEHEEMKNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQIL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 RDMASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGKTFIPGQ
.:::.:.:::::::::::::::::.::.::..:.::.:::::::: ::: .:.:. :::
CCDS34 KDMAAFNERPIIFALSNPTSKAECSAEQCYKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQ
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 GNNAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLSTIRDVSL
:::.::::::::::.: :.:.: :.::: ::: :::.::..:: .:::::::.:::::::
CCDS34 GNNSYVFPGVALGVVACGLRQITDNIFLTTAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSL
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 RIAIKVLDYAYKHNLASYYPEPKDKEAFVRSLVYTPDYDSFTLDSYTWPKEAMNVQTV
.:: :.. ::... :. ::::..::::::: .:. :::.. : :.::.:....::
CCDS34 KIAEKIVKDAYQEKTATVYPEPQNKEAFVRSQMYSTDYDQILPDCYSWPEEVQKIQTKVD
520 530 540 550 560 570
CCDS34 Q
>>CCDS11948.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 (584 aa)
initn: 2137 init1: 1427 opt: 2191 Z-score: 2508.3 bits: 474.1 E(32554): 2.2e-133
Smith-Waterman score: 2191; 55.9% identity (82.7% similar) in 560 aa overlap (42-598:17-576)
20 30 40 50 60 70
pF1KE2 APWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLNKGMAFTLEERL
: . .:..: . ::. ::::::::.::
CCDS11 MLSRLRVVSTTCTLACRHLHIKEKGKPLMLNPRTNKGMAFTLQERQ
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 QLGIHGLIPPCFLGQDVQLLRIMGYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKLFYRVLTSDVEK
.::..::.:: . ::.: ::. ... : :.::: .: .:.::::::::.: .:.:.
CCDS11 MLGLQGLLPPKIETQDIQALRFHRNLKKMTSPLEKYIYIMGIQERNEKLFYRILQDDIES
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 FMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNIKAVVVTDGERI
.:::::::::::::..:: ::::.::::.: :.::. .....:::...:::::::::::
CCDS11 LMPIVYTPTVGLACSQYGHIFRRPKGLFISISDRGHVRSIVDNWPENHVKAVVVTDGERI
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 LGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRDPLYIGLKHQRV
::::::: :::::::::: :::::.:. :..:::: .::::.: ::.::.:.:: ..:
CCDS11 LGLGDLGVYGMGIPVGKLCLYTACAGIRPDRCLPVCIDVGTDNIALLKDPFYMGLYQKRD
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 HGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCMFNDDIQGTASV
. . ::::.::::.:.::..: : :::::::.: ::::.: :::.::: :::::::::.:
CCDS11 RTQQYDDLIDEFMKAITDRYGRNTLIQFEDFGNHNAFRFLRKYREKYCTFNDDIQGTAAV
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 AVAGILAALRITNNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKAEATRKIWMVDS
:.::.::: .. .. .:.: ..: ::::::.:::.:.::.. ..:. . :: .:::: :.
CCDS11 ALAGLLAAQKVISKPISEHKILFLGAGEAALGIANLIVMSMVENGLSEQEAQKKIWMFDK
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420
pF1KE2 KGLIVKGR-SHLNHEKEMFAQDHPEV--NSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGAFTEQILRD
::.:::: .... .: :... :: ...:..: ..::..:::::. . :: ...:
CCDS11 YGLLVKGRKAKIDSYQEPFTHSAPESIPDTFEDAVNILKPSTIIGVAGAGRLFTPDVIRA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 MASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGKTFIPGQGN
:::..:::.::::::::..::::::. : .:::: .::::::: : : ::..: :::::
CCDS11 MASINERPVIFALSNPTAQAECTAEEAYTLTEGRCLFASGSPFGPVKLTDGRVFTPGQGN
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLSTIRDVSLRI
:.:.::::::.:: . ::: : .:: .:. .........:.::::::::..:..::. :
CCDS11 NVYIFPGVALAVILCNTRHISDSVFLEAAKALTSQLTDEELAQGRLYPPLANIQEVSINI
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 AIKVLDYAYKHNLASYYPEPKDKEAFVRSLVYTPDYDSFTLDSYTWPKEAMNVQTV
:::: .: : ...: ::::.:: .:. .. .:::. : : ::. :
CCDS11 AIKVTEYLYANKMAFRYPEPEDKAKYVKERTWRSEYDSLLPDVYEWPESASSPPVITE
530 540 550 560 570 580
>>CCDS54187.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 (479 aa)
initn: 1813 init1: 1427 opt: 1867 Z-score: 2138.5 bits: 405.4 E(32554): 8.5e-113
Smith-Waterman score: 1867; 57.6% identity (83.5% similar) in 462 aa overlap (42-500:17-478)
20 30 40 50 60 70
pF1KE2 APWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLNKGMAFTLEERL
: . .:..: . ::. ::::::::.::
CCDS54 MLSRLRVVSTTCTLACRHLHIKEKGKPLMLNPRTNKGMAFTLQERQ
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 QLGIHGLIPPCFLGQDVQLLRIMGYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKLFYRVLTSDVEK
.::..::.:: . ::.: ::. ... : :.::: .: .:.::::::::.: .:.:.
CCDS54 MLGLQGLLPPKIETQDIQALRFHRNLKKMTSPLEKYIYIMGIQERNEKLFYRILQDDIES
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 FMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNIKAVVVTDGERI
.:::::::::::::..:: ::::.::::.: :.::. .....:::...:::::::::::
CCDS54 LMPIVYTPTVGLACSQYGHIFRRPKGLFISISDRGHVRSIVDNWPENHVKAVVVTDGERI
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 LGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRDPLYIGLKHQRV
::::::: :::::::::: :::::.:. :..:::: .::::.: ::.::.:.:: ..:
CCDS54 LGLGDLGVYGMGIPVGKLCLYTACAGIRPDRCLPVCIDVGTDNIALLKDPFYMGLYQKRD
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 HGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCMFNDDIQGTASV
. . ::::.::::.:.::..: : :::::::.: ::::.: :::.::: :::::::::.:
CCDS54 RTQQYDDLIDEFMKAITDRYGRNTLIQFEDFGNHNAFRFLRKYREKYCTFNDDIQGTAAV
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 AVAGILAALRITNNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKAEATRKIWMVDS
:.::.::: .. .. .:.: ..: ::::::.:::.:.::.. ..:. . :: .:::: :.
CCDS54 ALAGLLAAQKVISKPISEHKILFLGAGEAALGIANLIVMSMVENGLSEQEAQKKIWMFDK
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420
pF1KE2 KGLIVKGR-SHLNHEKEMFAQDHPEV--NSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGAFTEQILRD
::.:::: .... .: :... :: ...:..: ..::..:::::. . :: ...:
CCDS54 YGLLVKGRKAKIDSYQEPFTHSAPESIPDTFEDAVNILKPSTIIGVAGAGRLFTPDVIRA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 MASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGKTFIPGQGN
:::..:::.::::::::..::::::. : .:::: .::::::: : : ::..: :::::
CCDS54 MASINERPVIFALSNPTAQAECTAEEAYTLTEGRCLFASGSPFGPVKLTDGRVFTPGQGN
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLSTIRDVSLRI
:.:.::: . .
CCDS54 NVYIFPGYRIPIC
470
604 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 20:35:04 2016 done: Mon Nov 7 20:35:05 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]