FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2501, 322 aa
  1>>>pF1KE2501 322 - 322 aa - 322 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4338+/-0.00103; mu= 14.7733+/- 0.061
 mean_var=65.3706+/-13.615, 0's: 0 Z-trim(103.1): 65  B-trim: 359 in 1/47
 Lambda= 0.158629
 statistics sampled from 7201 (7270) to 7201 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.223), width:  16
 Scan time:  2.090

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS72943.1 SLC25A44 gene_id:9673|Hs108|chr1       ( 322) 2122 494.7  4e-140
CCDS1133.1 SLC25A44 gene_id:9673|Hs108|chr1        ( 314) 2033 474.3 5.3e-134
CCDS13744.1 SLC25A18 gene_id:83733|Hs108|chr22     ( 315)  267 70.2 2.4e-12
CCDS7715.1 SLC25A22 gene_id:79751|Hs108|chr11      ( 323)  260 68.6 7.6e-12


>>CCDS72943.1 SLC25A44 gene_id:9673|Hs108|chr1            (322 aa)
 initn: 2122 init1: 2122 opt: 2122  Z-score: 2629.2  bits: 494.7 E(32554): 4e-140
Smith-Waterman score: 2122; 100.0% identity (100.0% similar) in 322 aa overlap (1-322:1-322)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQKGKSLYHGTFDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQKGKSLYHGTFDA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 FIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYVTTYELTRKFVADYSQSNTVKSLVAGGSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 FIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYVTTYELTRKFVADYSQSNTVKSLVAGGSAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 LVAQSITVPIDVVSQHLMMQRKGEKMGRFQVRGNPEGQGVVAFGQTKDIIRQILQADGLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LVAQSITVPIDVVSQHLMMQRKGEKMGRFQVRGNPEGQGVVAFGQTKDIIRQILQADGLR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 GFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYAAIVFPWIPEQLSYLCPKECPHIVFQAVSGPLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYAAIVFPWIPEQLSYLCPKECPHIVFQAVSGPLA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 AATASILTNPMDVIRTRVQVEGKNSIILTFRQLMAEEGPWGLMKGLSARIISATPSTIVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AATASILTNPMDVIRTRVQVEGKNSIILTFRQLMAEEGPWGLMKGLSARIISATPSTIVI
              250       260       270       280       290       300

              310       320  
pF1KE2 VVGYESLKKLSLRPELVDSRHW
       ::::::::::::::::::::::
CCDS72 VVGYESLKKLSLRPELVDSRHW
              310       320  

>>CCDS1133.1 SLC25A44 gene_id:9673|Hs108|chr1             (314 aa)
 initn: 1370 init1: 1370 opt: 2033  Z-score: 2519.2  bits: 474.3 E(32554): 5.3e-134
Smith-Waterman score: 2033; 97.5% identity (97.5% similar) in 322 aa overlap (1-322:1-314)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQKGKSLYHGTFDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQKGKSLYHGTFDA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 FIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYVTTYELTRKFVADYSQSNTVKSLVAGGSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYVTTYELTRKFVADYSQSNTVKSLVAGGSAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 LVAQSITVPIDVVSQHLMMQRKGEKMGRFQVRGNPEGQGVVAFGQTKDIIRQILQADGLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LVAQSITVPIDVVSQHLMMQRKGEKMGRFQVRGNPEGQGVVAFGQTKDIIRQILQADGLR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 GFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYAAIVFPWIPEQLSYLCPKECPHIVFQAVSGPLA
       ::::::::::::::::::::::::::::        ::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYA--------EQLSYLCPKECPHIVFQAVSGPLA
              190       200               210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 AATASILTNPMDVIRTRVQVEGKNSIILTFRQLMAEEGPWGLMKGLSARIISATPSTIVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AATASILTNPMDVIRTRVQVEGKNSIILTFRQLMAEEGPWGLMKGLSARIISATPSTIVI
            240       250       260       270       280       290  

              310       320  
pF1KE2 VVGYESLKKLSLRPELVDSRHW
       ::::::::::::::::::::::
CCDS11 VVGYESLKKLSLRPELVDSRHW
            300       310    

>>CCDS13744.1 SLC25A18 gene_id:83733|Hs108|chr22          (315 aa)
 initn: 343 init1: 160 opt: 267  Z-score: 335.0  bits: 70.2 E(32554): 2.4e-12
Smith-Waterman score: 361; 28.4% identity (59.5% similar) in 289 aa overlap (24-295:16-293)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQKGKSLYHGTFDA
                              :::  . . . :.:. : .:::: :.::..:.: .: 
CCDS13         MTHQDLSITAKLINGGVAGLVGV-TCVFPIDLAKTRLQNQHGKAMYKGMIDC
                       10        20         30        40        50 

               70        80        90         100        110       
pF1KE2 FIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYV--TTYELTRKFVA-DYSQSNTVKSLVAGG
       ..:  ::.:. :.:::  :: .::.. .  .  .. .. :...  :  : :    ..:: 
CCDS13 LMKTARAEGFFGMYRGAAVN-LTLVTPEKAIKLAANDFFRRLLMEDGMQRNLKMEMLAGC
              60        70         80        90       100       110

       120       130             140       150       160       170 
pF1KE2 SASLVAQSITVPIDVVSQHLM------MQRKGEKMGRFQVRGNPEGQGVVAFGQTKDIIR
       .:..    .: :..... .:.      ....:   .    :.   :.. .    .  .: 
CCDS13 GAGMCQVVVTCPMEMLKIQLQDAGRLAVHHQGSASAPSTSRSYTTGSASTHRRPSATLIA
              120       130       140       150       160       170

              180       190       200       210       220       230
pF1KE2 -QILQADGLRGFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYAAIVFPWIPEQLSYLCPKECPHI
        ..:...:: :.:::  :.::  :: : ...:..     . :  .  . :.       : 
CCDS13 WELLRTQGLAGLYRGLGATLLRDIPFSIIYFPLFANLNNLGFNELAGKASF------AH-
              180       190       200       210       220          

              240       250       260              270       280   
pF1KE2 VFQAVSGPLAAATASILTNPMDVIRTRVQVEGK-------NSIILTFRQLMAEEGPWGLM
         . ::: .:.. :.. ..:.::..::.:.  :       ..:    :.:  .::: ..:
CCDS13 --SFVSGCVAGSIAAVAVTPLDVLKTRIQTLKKGLGEDMYSGITDCARKLWIQEGPSAFM
             230       240       250       260       270       280 

           290       300       310       320  
pF1KE2 KGLSARIISATPSTIVIVVGYESLKKLSLRPELVDSRHW
       :: . : .  .:                           
CCDS13 KGAGCRALVIAPLFGIAQGVYFIGIGERILKCFD     
             290       300       310          

>>CCDS7715.1 SLC25A22 gene_id:79751|Hs108|chr11           (323 aa)
 initn: 183 init1:  76 opt: 260  Z-score: 326.2  bits: 68.6 E(32554): 7.6e-12
Smith-Waterman score: 327; 27.4% identity (59.1% similar) in 318 aa overlap (24-315:16-322)

               10        20        30        40         50         
pF1KE2 MEDKRNIQIIEWEHLDKKKFYVFGVAMTMMIRVSVYPFTLIRTRLQVQK-GKSLYHGTFD
                              :.:  . . . :.:. : .:::: :. :. .: .  :
CCDS77         MADKQISLPAKLINGGIAGLIGV-TCVFPIDLAKTRLQNQQNGQRVYTSMSD
                       10        20         30        40        50 

      60        70        80        90          100       110      
pF1KE2 AFIKILRADGITGLYRGFLVNTFTLISGQCYV--TTYELTR-KFVADYSQSNTVKSLVAG
        .:: .:..:  :.:::  :: .::.. .  .  .. .. : ..  : .. . .: ..::
CCDS77 CLIKTVRSEGYFGMYRGAAVN-LTLVTPEKAIKLAANDFFRHQLSKDGQKLTLLKEMLAG
              60        70         80        90       100       110

        120       130             140        150         160       
pF1KE2 GSASLVAQSITVPIDVVSQHLM------MQRKG-EKMGRFQVRGN--PEGQGVVAFGQTK
        .:.     .:.:..... .:.       :::    .:.....:.  :  .. .:   : 
CCDS77 CGAGTCQVIVTTPMEMLKIQLQDAGRIAAQRKILAAQGQLSAQGGAQPSVEAPAAPRPTA
              120       130       140       150       160       170

        170       180       190       200       210       220      
pF1KE2 -DIIRQILQADGLRGFYRGYVASLLTYIPNSAVWWPFYHFYAAIVFPWIPEQLSYLCPKE
        .. :..:.. :. :.:.:  :.::  .: :.:..:..     .  :   :.  .     
CCDS77 TQLTRDLLRSRGIAGLYKGLGATLLRDVPFSVVYFPLFANLNQLGRPASEEKSPF-----
              180       190       200       210       220          

        230       240       250       260              270         
pF1KE2 CPHIVFQAVSGPLAAATASILTNPMDVIRTRVQV--EGKN-----SIILTFRQLMAEEGP
         .. : :  : .:...:.. .:: ::..::.:   .: :     .:.   :... .:::
CCDS77 --YVSFLA--GCVAGSAAAVAVNPCDVVKTRLQSLQRGVNEDTYSGILDCARKILRHEGP
           230         240       250       260       270       280 

     280       290           300        310       320  
pF1KE2 WGLMKGLSARIISATP----STIVIVVGY-ESLKKLSLRPELVDSRHW
        ...::   : .  .:    . .:  .:  :::  :   :.       
CCDS77 SAFLKGAYCRALVIAPLFGIAQVVYFLGIAESLLGLLQDPQA      
             290       300       310       320         




322 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]