Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2504, 1014 aa
1>>>pF1KE2504 1014 - 1014 aa - 1014 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9194+/-0.000983; mu= 14.4118+/- 0.060
mean_var=102.6667+/-20.159, 0's: 0 Z-trim(107.2): 29 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.126578
statistics sampled from 9430 (9453) to 9430 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 4.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1554.1 PARP1 gene_id:142|Hs108|chr1 (1014) 6661 1227.6 0
CCDS45077.1 PARP2 gene_id:10038|Hs108|chr14 ( 570) 1314 251.1 5e-66
CCDS41910.1 PARP2 gene_id:10038|Hs108|chr14 ( 583) 1312 250.7 6.5e-66
CCDS46839.1 PARP3 gene_id:10039|Hs108|chr3 ( 540) 715 141.7 4e-33
CCDS43097.1 PARP3 gene_id:10039|Hs108|chr3 ( 533) 712 141.1 5.8e-33
CCDS9307.1 PARP4 gene_id:143|Hs108|chr13 (1724) 332 71.9 1.3e-11
>>CCDS1554.1 PARP1 gene_id:142|Hs108|chr1 (1014 aa)
initn: 6661 init1: 6661 opt: 6661 Z-score: 6572.1 bits: 1227.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6661; 99.9% identity (99.9% similar) in 1014 aa overlap (1-1014:1-1014)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKV
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CCDS15 MAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKGQDGIGSKAEKTLGDFAAEYAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 GHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKGQDGIGSKAEKTLGDFAAEYAKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 NRSTCKGCMEKIEKGQVRLFKKMVDPEKPQLGMIDRWYHPGCFVKNREELGFRPEYSASQ
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 NRSTCKGCMEKIEKGQVRLSKKMVDPEKPQLGMIDRWYHPGCFVKNREELGFRPEYSASQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LKGFSLLATEDKEALKKQLPGVKSEGKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LKGFSLLATEDKEALKKQLPGVKSEGKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 QNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 QNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 QLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 QLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 TSASVAATPPPSTASAPAAVNSSASADKPLSNMKILTLGKLSRNKDEVKAMIEKLGGKLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 TSASVAATPPPSTASAPAAVNSSASADKPLSNMKILTLGKLSRNKDEVKAMIEKLGGKLT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 GTANKASLCISTKKEVEKMNKKMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 GTANKASLCISTKKEVEKMNKKMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 WGAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 WGAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 TKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 TKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 SQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 GSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 GSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 REGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 REGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 VSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 VSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010
pF1KE2 NISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 NISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
970 980 990 1000 1010
>>CCDS45077.1 PARP2 gene_id:10038|Hs108|chr14 (570 aa)
initn: 1174 init1: 398 opt: 1314 Z-score: 1298.9 bits: 251.1 E(32554): 5e-66
Smith-Waterman score: 1314; 42.2% identity (72.1% similar) in 517 aa overlap (512-1014:59-570)
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 GAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMK-LTLKGGAAVDPDSGLE
:.. .:... .: : ::: : :::. .
CCDS45 APEDSSPAKKTRRCQRQESKKMPVAGGKANKDRTEDKQDESVKALLLKGKAPVDPECTAK
30 40 50 60 70 80
550 560 570 580 590
pF1KE2 -HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSN
.::: .:. :... :. ... ..:.:: .:::::: . . .. ::::: .:..
CCDS45 VGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQH
90 100 110 120 130 140
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 KLEQMPSKED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK
.: .. . : : :.: . .:: : :.... : : : :. :..::. :::: .::
CCDS45 SLVACSGNLNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKK
150 160 170 180 190 200
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 ---LTVNPGTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYS
: .:.: ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::. ::.:.:.
CCDS45 EESLKSPLKPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQ
210 220 230 240 250 260
720 730 740 750 760 770
pF1KE2 ILSEVQQAVSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDI
:..... . :. ... :.::: ::::::.. :::. . .. :...:. : ::
CCDS45 SLKKIEDCIRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDI
270 280 290 300 310 320
780 790 800 810 820 830
pF1KE2 EVAYSLLRGGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDL
:.: .:.. .: . :.: .:..:. .. .:..: : ..: .:...::: ::. : .
CCDS45 EIAIKLVKT-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTM
330 340 350 360 370 380
840 850 860 870 880 890
pF1KE2 EVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMF
..:.:..:..:: . .. ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::
CCDS45 TLLDLFEVEKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMF
390 400 410 420 430 440
900 910 920 930 940 950
pF1KE2 GKGIYFADMVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISK-LPKGKHSVKG
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CCDS45 GKGIYFADMSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKG
450 460 470 480 490 500
960 970 980 990 1000
pF1KE2 LGKTTPDPSANISLDGVDVPLGTGISSGV---NDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKF
::: .:. . ..:.: :::: . ..:. . .: :::::::. :: ..::::..:
CCDS45 LGKMAPSSAHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQF
510 520 530 540 550 560
1010
pF1KE2 NFKTSLW
:: .::
CCDS45 NF-LQLW
570
>>CCDS41910.1 PARP2 gene_id:10038|Hs108|chr14 (583 aa)
initn: 1183 init1: 398 opt: 1312 Z-score: 1296.8 bits: 250.7 E(32554): 6.5e-66
Smith-Waterman score: 1312; 42.6% identity (71.9% similar) in 509 aa overlap (519-1014:80-583)
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 PVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE-HSAHVLE
::. : ::: : :::. . .:::
CCDS41 MPVAGGKANKDRTEDKQDGMPGRSWASKRVSESVKALLLKGKAPVDPECTAKVGKAHVYC
50 60 70 80 90 100
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 KGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSK
.:. :... :. ... ..:.:: .:::::: . . .. ::::: .:...: ..
CCDS41 EGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQHSLVACSGN
110 120 130 140 150 160
610 620 630 640 650
pF1KE2 ED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK---LTVNP
. : : :.: . .:: : :.... : : : :. :..::. :::: .:: :
CCDS41 LNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKKEESLKSPL
170 180 190 200 210 220
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 GTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQA
.:.: ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::. ::.:.:. :.....
CCDS41 KPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQSLKKIEDC
230 240 250 260 270 280
720 730 740 750 760 770
pF1KE2 VSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLR
. :. ... :.::: ::::::.. :::. . .. :...:. : :::.: .:..
CCDS41 IRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDIEIAIKLVK
290 300 310 320 330 340
780 790 800 810 820 830
pF1KE2 GGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKI
.: . :.: .:..:. .. .:..: : ..: .:...::: ::. : . ..:.:..
CCDS41 T-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTMTLLDLFEV
350 360 370 380 390 400
840 850 860 870 880 890
pF1KE2 EREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFAD
:..:: . .. ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::::::::::
CCDS41 EKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMFGKGIYFAD
410 420 430 440 450 460
900 910 920 930 940 950
pF1KE2 MVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISK-LPKGKHSVKGLGKTTPDP
: ::::::: .:. ::.::.:::::. :: .:. .. : .::::.::::: .:.
CCDS41 MSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKGLGKMAPSS
470 480 490 500 510 520
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE2 SANISLDGVDVPLGTGISSGV---NDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
. ..:.: :::: . ..:. . .: :::::::. :: ..::::..::: .::
CCDS41 AHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQFNF-LQLW
530 540 550 560 570 580
>>CCDS46839.1 PARP3 gene_id:10039|Hs108|chr3 (540 aa)
initn: 576 init1: 159 opt: 715 Z-score: 708.1 bits: 141.7 E(32554): 4e-33
Smith-Waterman score: 867; 33.7% identity (64.8% similar) in 563 aa overlap (472-1007:4-540)
450 460 470 480 490 500
pF1KE2 KMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSPWGAEVKAEP-VEVVAPRGKSG
:::: ..: : .: :.. .:. :.:
CCDS46 MSLLFLA--MAP-----KPKPWVQTEGPEKKKG
10 20
510 520 530 540 550
pF1KE2 AALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLG
.. :. .:. . .. . .: . : ::: : :.. . . .. ::.
CCDS46 -----RQAGR-EEDPFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLN
30 40 50 60 70
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 LVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWI-FRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKL
..: ...:..: .:::.:. ::.. . ::::: : :..:.... ::: . : :
CCDS46 QTNIENNNNKFYIIQLLQDS--NRFFTCWNRWGRVGEV-GQSKINHFTRLEDAKKDFEKK
80 90 100 110 120 130
620 630 640 650 660
pF1KE2 YEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYGQDE--EAVKKLTVNP-GTKSKLPKP-----
..::: : : .. :...: :. .:.. ..:: ::: :. .: : .: .:
CCDS46 FREKTKNNWAERDHFVSHPGKYTLIEVQ-AEDEAQEAVVKVDRGPVRTVTKRVQPCSLDP
140 150 160 170 180 190
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 -VQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDS
.: :: ::. : .:..:. ...:..:::::::::.:: .. : ...:.. .. .
CCDS46 ATQKLITNIFSKEMFKNTMALMDLDVKKMPLGKLSKQQIARGFEALEALEEALKGPTDGG
200 210 220 230 240 250
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 QILD-LSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSS
: :. ::..:::.:::.:: ..:: .:. . .::: .:: : :::.: .: . ....
CCDS46 QSLEELSSHFYTVIPHNFGHSQPPPINSPELLQAKKDMLLVLADIELAQALQAVSEQEKT
260 270 280 290 300 310
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 KD----PIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIERE
. :.: .:. :: .....: . : ..:. :...: ...: :. :.:...:
CCDS46 VEEVPHPLDRDYQLLKCQLQLLDSGAPEYKVIQTYLEQT-GSNHRCPTLQ--HIWKVNQE
320 330 340 350 360 370
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 GECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVS
:: .:.. ..: ::.:::::. . :.::..:::: : .: :::::::. :
CCDS46 GEEDRFQAHSKLGNRKLLWHGTNMAVVAAILTSGLRIMPH----SGGRVGKGIYFASENS
380 390 400 410 420
910 920 930 940 950
pF1KE2 KSANYC--HTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHAS-HISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPS
:::.: . .: ..::::::: .... . ... : : :: . :.: :::.
CCDS46 KSAGYVIGMKCGAHHVGYMFLGEVALGREHHINTDNPSLKSPPPGFDSVIARGHTEPDPT
430 440 450 460 470 480
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE2 AN--ISLDG--VDVPLGTGISSG-VNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
. . ::: : :: : . ..... .::..:. .: :.:::....
CCDS46 QDTELELDGQQVVVPQGQPVPCPEFSSSTFSQSEYLIYQESQCRLRYLLEVHL
490 500 510 520 530 540
>>CCDS43097.1 PARP3 gene_id:10039|Hs108|chr3 (533 aa)
initn: 576 init1: 159 opt: 712 Z-score: 705.2 bits: 141.1 E(32554): 5.8e-33
Smith-Waterman score: 864; 33.7% identity (65.2% similar) in 549 aa overlap (486-1007:4-533)
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 EDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSPWGAEVKAEP-VEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEE
: .: :.. .:. :.: .. :. .:.
CCDS43 MAPKPKPWVQTEGPEKKKG-----RQAGR-EED
10 20
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 GINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKL
. .. . .: . : ::: : :.. . . .. ::. ..: ...:..: .
CCDS43 PFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLNQTNIENNNNKFYII
30 40 50 60 70 80
580 590 600 610 620 630
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