FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2527, 1870 aa 1>>>pF1KE2527 1870 - 1870 aa - 1870 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2797+/-0.00206; mu= -15.5292+/- 0.122 mean_var=617.6272+/-131.415, 0's: 0 Z-trim(107.0): 295 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.051607 statistics sampled from 9210 (9456) to 9210 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16 Scan time: 3.290 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS46288.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs109|chr2 (1870) 11711 889.5 0 CCDS58710.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs109|chr2 (1796) 10850 825.3 0 CCDS33203.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs109|chr2 (1843) 9088 694.2 1.2e-198 CCDS45151.1 CCDC88C gene_id:440193|Hs109|chr14 (2028) 4059 319.8 6.9e-86 CCDS8072.2 CCDC88B gene_id:283234|Hs109|chr11 (1476) 856 81.2 3.4e-14 >>CCDS46288.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs109|chr2 (1870 aa) 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CCDS45 MDVTVSELLELFLQSPLVTWVKTFGPFGSGSQDNLTMYMDLVDGIFLNQIMLQIDPRPT 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 SQRVNKKVNNDASLRMHNLSILVRQIKFYYQETLQQLIMMSLPNVLIIGKNPFSEQGTEE .::.::.::::..::..::.::::.:: ::::.:::::.:.:::::.::..:.: .. :: CCDS45 NQRINKHVNNDVNLRIQNLTILVRNIKTYYQEVLQQLIVMNLPNVLMIGRDPLSGKSMEE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 VKKLLLLLLGCAVQCQKKEEFIERIQGLDFDTKAAVAAHIQEVTHNQENVFDLQWMEVTD .::.:::.:::::::..::::::::. ::..:.:...::::::::::::::::::.:. : CCDS45 IKKVLLLVLGCAVQCERKEEFIERIKQLDIETQAGIVAHIQEVTHNQENVFDLQWLELPD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KE2 MSQEDIEPLLKNMALHLKRLIDERDEHSETIIELSEERDGLHFL----PHASSSAQSPCG .. :..: : ..:.:::.::::.::: .: :..:..::: :. : ::::.: . CCDS45 VAPEELEALSRSMVLHLRRLIDQRDECTELIVDLTQERDYLQAQHPPSPIKSSSADSTPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 SPGMKRTESRQHLSVELADAKAKIRRLRQELEEKTEQLLDCKQELEQMEIELKRLQQENM . .:..:::.:::::.::..::.:::::.:::::.: ..:..:. .::....:::. CCDS45 PTSSLSSEDKQHLAVELADTKARLRRVRQELEDKTEQLVDTRHEVDQLVLELQKVKQENI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 NLLSDARSARMYRDELDALREKAVRVNKLESEVSRYKERLHDIEFYKARVEELKEDNQVL .: .:::::: ::::::.::::: ::..:: :..: ::.:::..:::::.:::.::: .: CCDS45 QLAADARSARAYRDELDSLREKANRVERLELELTRCKEKLHDVDFYKARMEELREDNIIL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 LETKTMLEDQLEGTRARSDKLHELEKENLQLKAKLHDMEMERDMDRKKIEELMEENMTLE .:::.:::.:: ..:::.::.:::::::::::.::::.:..:: :.:.::::.::::.:: CCDS45 IETKAMLEEQLTAARARGDKVHELEKENLQLKSKLHDLELDRDTDKKRIEELLEENMVLE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 MAQKQSMDESLHLGWELEQISRTSELSEAPQKSLGHEVNELTSSRLLKLEMENQSLTKTV .::::::.:: ::::::::.:....::.: .::. :.:: .:::.:::: ::::: .:. 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CCDS45 LEGRNESALKTTLAMKEEKIVLLEAQMEEKASLNRQLESELQMLKKECETLRQNQGEGQH 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE2 VQSS---PP---ISGEDNK--WERESQETTRELLKVKDRLIEVERNNATLQAEKQALKTQ .:.: : .....: : .:.: :::.:::: ::.:::::.:::::: :: : CCDS45 LQNSFKHPAGKTAASHQGKEAWGPGHKEATMELLRVKDRAIELERNNAALQAEKQLLKEQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 LKQLETQNNNLQAQILALQRQTVSLQEQNTTLQTQNAKLQVENSTLNSQSTSLMNQNAQL :..::::: ....:::.::.:.. :::.:::::::.::::::::::.:::..: : . : CCDS45 LQHLETQNVTFSSQILTLQKQSAFLQEHNTTLQTQTAKLQVENSTLSSQSAALTAQYTLL 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 LIQQSSLENENESVIKEREDLKSLYDSLIKDHEKLELLHERQASEYESLISKHGTLKSAH .... :.::::. ...:.: . :..:..:::.: :::::..:::.:: .:. ::. : CCDS45 QNHHTAKETENESLQRQQEQLTAAYEALLQDHEHLGTLHERQSAEYEALIRQHSCLKTLH 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 KNLEVEHRDLEDRYNQLLKQKGQLEDLEKMLKVEQEKMLLENKNHETVAAEYKKLCGEND .:::.::..: .:....::.:..::. ::.: .:.: . :.... . .: ..: :: : CCDS45 RNLELEHKELGERHGDMLKRKAELEEREKVLTTEREALQQEQRTNALAMGENQRLRGELD 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE2 RLNHTYSQLLKETEVLQTDHKNLKSLLNNSKLEQTRLEAEFSKLKEQYQQLDITSTKLNN :.: . :: : : :.. :.::. :::..:: .: .:.:..::::.: .::. :::.: CCDS45 RVNFLHHQLKGEYEELHAHTKELKTSLNNAQLELNRWQARFDELKEQHQTMDISLTKLDN 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE2 QCELLSQLKGNLEEENRHLLDQIQTLMLQNRTLLEQNMESKDLFHVEQRQYIDKLNELRR .:::::.:::::::::.:::.::: : ::. :::::::.:. .: ::.::::::: ::: CCDS45 HCELLSRLKGNLEEENHHLLSQIQLLSQQNQMLLEQNMENKEQYHEEQKQYIDKLNALRR 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KE2 QKEKLEEKIMDQYKFYDPSPPRRRGNWITLK-MRKLIKSKKDINRERQKSLTLTPT---- .::::::::::::::::: ::.....:: : . :::: ::. .::: :: . .: CCDS45 HKEKLEEKIMDQYKFYDP-PPKKKNHWIGAKALVKLIKPKKEGSRERLKSTVDSPPWQLE 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1430 1440 1450 1460 1470 pF1KE2 RSDSSEGFLQLP---HQDSQDSSSVGSNSLE--DGQTLGTKKSSMVALKRLPFLRNRPKD :: . . : . .. :. ..::: : :... .. :. : : CCDS45 SSDPASPAASQPLRSQAENPDTPALGSNCAEERDAHNGSVGKG--------------PGD 1440 1450 1460 1470 1480 1480 1490 1500 1510 1520 1530 pF1KE2 -KDKMKACYRRSMSMNDLVQSMVLAGQWTGSTENLEVPDDISTGKRRKELGAMAFSTTAI : : . .: :.. .: .... . : :. :::. . ::.: CCDS45 LKPKRGSPHRGSLDRTDASTDLAMRS-W---------PS---------ELGSRTCSTSAT 1490 1500 1510 1520 1540 1550 1560 1570 1580 1590 pF1KE2 NFSTVNSSAGFRSKQLVNNKDTTSFEDISPQGVSDDSSTGSRVHASRPASLDSGRTSTSN . . ::. : .: .: ... .. . . : ..:::.::.:.:...:: CCDS45 TTAPSNSTPIARHPG--RTKGYNSDDNLCEPSLEFEVPN-HRQYVSRPSSLESSRNTSSN 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1600 1610 1620 1630 1640 1650 pF1KE2 SNNNASLHEVKAGAVNNQSRPQSHSSGEFSLLHDHEAWSSSGSSPIQY-LKRQT----RS : : ..:... . ..: .: :: .. .: . .:.: . : :. :. CCDS45 S----SPLNLKGSSEQLHGRSESFSSEDLIPSRDLATLPREASTPGRNALGRHEYPLPRN 1590 1600 1610 1620 1630 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KE2 SPVLQHKISETLESRHH---KIKTGSPGSEVVTLQQFLEESNKLTSVQIKSSSQENLLDE .:. :. .. . . . ..::.::.:::..::::::. . .. : ...::.. CCDS45 GPLPQEGAQKRGTAPPYVGVRPCSASPSSEMVTLEEFLEESNRSSPTHDTPSCRDDLLSD 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1710 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KE2 VMKSLSVSSDFLGKDKPVSCGLARSVSGKTPGDFYDRR------TTKPEFLRPGPRKTED ... : . :. : :.. ..: : .: :.. . :.:: . .. CCDS45 YFRKASDPPAIGGQPGPP----AKKEGAKMPTNFVAPTVKMAAPTSEGRPLKPG-QYVKP 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1770 1780 1790 1800 1810 pF1KE2 TYFISSAGKPTPGTQGKIKLVKESSLSRQSKDSNP---YATLPRASSV---ISTAEGTTR .. .. : : . . . . ::.: . : .: :..:. .: : . CCDS45 NFRLTEAEAPPSVAPRQAQPPQSLSLGRPRQAPVPPASHAPASRSASLSRAFSLASADLL 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 pF1KE2 RTSIHDFLTKDSRLPISVDSPPAAADSNTTAASNVDKVQESRNSKSRSREQQSS :.: . ..: : .. .: : . .: . . . . : .: .: : CCDS45 RASGPEACKQES--PQKLGAPEALGGRETGSHTLQSPAPPSSHSLARERTPLVGKAGSSC 1820 1830 1840 1850 1860 1870 CCDS45 QGPGPRSRPLDTRRFSLAPPKEERLAPLHQSATAPAIATAGAGAAAAGSGSNSQLLHFSP 1880 1890 1900 1910 1920 1930 >>CCDS8072.2 CCDC88B gene_id:283234|Hs109|chr11 (1476 aa) initn: 1581 init1: 718 opt: 856 Z-score: 368.6 bits: 81.2 E(33420): 3.4e-14 Smith-Waterman score: 1818; 30.0% identity (61.5% similar) in 1431 aa overlap (8-1408:7-1329) 10 20 30 40 pF1KE2 MENEIFTPLLEQFMTSPLVTWVKTFGPLAA----GNGTNLDE-----------YVALVDG : :..:... :.::. .. :.. ..: . .: .. : :: CCDS80 MEGGKGPRLRDFLSGSLATWALGLAGLVGEAEDSEGEEEEEEEEPPLWLEKRFLRLSDG 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 VFLNQVMLQINPKLES-QRVNKKVNNDASLRMHNLSILVRQIKFYYQETLQQLIMMSLPN ..: .:. : :. .. :. . ... :. :. ::. : ... .::: :: ::. :. 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CCDS80 QKPQ-QKSEGALEVQ--VWEGPIPGESLASGVAEQEALREEVAQLRRKAEALGDELEAQA 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 pF1KE2 RLEVSYQGLDIENQRLQKTLENSNKKIQQLESELQDLEMENQTLQKNLEELKISSKRLEQ : . .. . : ::.: : .. . . . : . :. :.. .: ....::. CCDS80 R---KLEAQNTEAARLSKELAQARRAEAEAHREAEAQAWEQARLREAVEA---AGQELES 760 770 780 790 800 820 830 840 850 860 870 pF1KE2 LEKENKSLEQETSQLEKDKKQLEKENKRLRQQAEIKDTTLEENNVKIGNLEKENKTLSKE .: ..: . . ....: :.:..::: :.: . .. ::.:.. 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CCDS80 RGLEEELRRLQSEHDRAQMLLAELSRERGELQGERGELRGRLARLELERAQLEMQSQQLR 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE2 EQYQQLDITSTKLNNQCELLSQLKGNLEEENRHLLDQIQTLMLQNRTLLEQNMESKDLFH :. ::::... .:..:::::.::.. :::::.:: ..:.: .:: :::...::.: .: CCDS80 ESNQQLDLSACRLTTQCELLTQLRSAQEEENRQLLAEVQALSRENRELLERSLESRDHLH 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1360 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KE2 VEQRQYIDKLNELRRQKEKLEEKIMDQYKFYDPSP-PR-RRGNWITLKMRKLIKSKKDIN :::.:.:.:: :::.:.:: :::::::. .: : :: ..:.:.. :...:.. ... 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