Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2533
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2533, 526 aa
1>>>pF1KE2533 526 - 526 aa - 526 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3922+/-0.00118; mu= 8.6563+/- 0.071
mean_var=167.0848+/-34.348, 0's: 0 Z-trim(106.9): 168 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.099221
statistics sampled from 9061 (9252) to 9061 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 3.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 3494 513.0 3.3e-145
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 3051 449.5 3.7e-126
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 2157 321.6 1.2e-87
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 2147 320.1 2.8e-87
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 2147 320.1 3.2e-87
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 2050 306.4 6.9e-83
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 2048 306.1 8.4e-83
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1832 274.9 1e-73
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1725 259.6 4.2e-69
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1247 191.2 1.6e-48
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 1218 187.0 2.9e-47
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 1212 186.2 5.2e-47
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1210 185.9 6.3e-47
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1204 185.0 1.1e-46
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1202 184.7 1.4e-46
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 1192 183.3 3.7e-46
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1186 182.5 6.8e-46
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1111 171.6 9.8e-43
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 792 125.9 4.6e-29
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 792 125.9 5.3e-29
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 750 120.1 5.1e-27
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 746 119.4 5.6e-27
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 745 119.4 8.2e-27
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 741 118.7 9.3e-27
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 741 118.8 1.2e-26
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 732 117.4 2.3e-26
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 728 116.8 3.4e-26
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 728 117.0 4.4e-26
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 726 116.7 5.4e-26
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 723 116.3 7.2e-26
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 722 116.1 8e-26
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 718 115.5 1.2e-25
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 712 114.4 1.3e-25
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 716 115.3 1.5e-25
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 714 115.0 1.8e-25
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 712 114.7 2.2e-25
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 491) 677 109.7 7.8e-24
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 503) 677 109.7 7.9e-24
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 623 102.0 1.5e-21
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 602 98.7 7.8e-21
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 584) 577 95.5 1.8e-19
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 596) 577 95.5 1.8e-19
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 487 82.3 7.1e-16
CCDS74373.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 165) 381 66.9 2e-11
>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 3494 init1: 3494 opt: 3494 Z-score: 2720.3 bits: 513.0 E(32554): 3.3e-145
Smith-Waterman score: 3494; 100.0% identity (100.0% similar) in 526 aa overlap (1-526:1-526)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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CCDS12 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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CCDS12 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
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CCDS12 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE2 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
490 500 510 520
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 3051 init1: 3051 opt: 3051 Z-score: 2378.3 bits: 449.5 E(32554): 3.7e-126
Smith-Waterman score: 3051; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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CCDS46 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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CCDS46 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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370 380 390 400 410 420
pF1KE2 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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490 500 510 520
pF1KE2 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
>>CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (461 aa)
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Smith-Waterman score: 2747; 84.2% identity (85.9% similar) in 526 aa overlap (1-526:1-461)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE2 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
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pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
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250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
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310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
:::::::::::::::::::: . :::
CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTERQ----------------------NLTM------------
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370 380 390 400 410 420
pF1KE2 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
:: : :... : ... : : .:: : . ::::
CCDS54 -----LP--------------------RLDSNS-WAQAILP-SVSQSAEI----TDNALP
330 340 350
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520
pF1KE2 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
420 430 440 450 460
>>CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (368 aa)
initn: 2199 init1: 2147 opt: 2147 Z-score: 1680.3 bits: 320.1 E(32554): 2.8e-87
Smith-Waterman score: 2210; 78.8% identity (79.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
:::::::::::::::::::.
CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTD----------------------------------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::
CCDS54 --------------------------------------------------------NALP
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGSSGPLQ
330 340 350 360
490 500 510 520
pF1KE2 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
>>CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 2199 init1: 2147 opt: 2147 Z-score: 1679.4 bits: 320.1 E(32554): 3.2e-87
Smith-Waterman score: 2653; 81.6% identity (81.7% similar) in 526 aa overlap (1-526:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
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CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
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..:. . ...: .:.. :. : :.. :
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CCDS12 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
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CCDS12 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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pF1KE2 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
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pF1KE2 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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CCDS77 MGPLPAPSCTQRITWKGLLLTASLLNFWNPPTTAEVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
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CCDS77 NLPGYFWYKGEMTDLYHYIISYIVDGKIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTRKDAGTY
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CCDS77 TLHIIKRGDETREEIRHFTFTLYLETPKPYISSSNLNPREAMEAVRLICDPETLDASYLW
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CCDS77 WMNGQSLPVTHRLQLSKTNRTLYLFGVTKYIAGPYECEIRNPVSASRSDPVTLNLLHGPD
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