FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2672, 765 aa 1>>>pF1KE2672 765 - 765 aa - 765 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 61265892 residues in 86068 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8773+/-0.000473; mu= 12.6006+/- 0.029 mean_var=135.4475+/-27.137, 0's: 0 Z-trim(112.9): 83 B-trim: 399 in 2/50 Lambda= 0.110202 statistics sampled from 21970 (22053) to 21970 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16 Scan time: 10.730 The best scores are: opt bits E(86068) NP_061116 (OMIM: 606680) transient receptor potent ( 765) 5171 834.8 0 NP_062815 (OMIM: 606679) transient receptor potent ( 729) 3577 581.4 4.7e-165 XP_011536936 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 793) 561 101.9 1.1e-20 NP_001170902 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 837) 561 101.9 1.2e-20 XP_005253975 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 871) 561 101.9 1.2e-20 NP_067638 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18409 ( 871) 561 101.9 1.2e-20 XP_016875263 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 871) 561 101.9 1.2e-20 XP_011536932 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 922) 561 101.9 1.2e-20 XP_011536937 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 695) 557 101.2 1.6e-20 XP_011522224 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 719) 528 96.6 3.9e-19 XP_006721604 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 733) 528 96.6 4e-19 NP_057197 (OMIM: 606676) transient receptor potent ( 764) 528 96.6 4.1e-19 XP_016880219 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 679) 525 96.1 5.2e-19 XP_005256733 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 763) 525 96.2 5.7e-19 NP_542437 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 503 92.7 6.9e-18 NP_061197 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 503 92.7 6.9e-18 NP_542436 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 503 92.7 6.9e-18 NP_542435 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 503 92.7 6.9e-18 NP_001170899 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 824) 467 87.0 3.6e-16 XP_005256735 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 548) 464 86.3 3.7e-16 XP_011536933 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 875) 467 87.0 3.8e-16 XP_011522225 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 531) 463 86.2 4e-16 XP_016880221 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 585) 463 86.2 4.3e-16 XP_005256734 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 630) 463 86.2 4.6e-16 XP_016880220 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 629) 460 85.8 6.3e-16 XP_006721606 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 680) 453 84.7 1.5e-15 NP_001170904 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 764) 314 62.6 7.1e-09 NP_671737 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18409 ( 811) 314 62.6 7.5e-09 XP_011536935 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 815) 314 62.6 7.5e-09 XP_011536934 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 862) 314 62.7 7.8e-09 XP_011522227 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 334) 250 52.1 4.4e-06 XP_011536938 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 603) 248 52.0 8.6e-06 NP_659505 (OMIM: 607066,614594,616400) transient r ( 790) 246 51.8 1.3e-05 NP_001245134 (OMIM: 607066,614594,616400) transien ( 791) 246 51.8 1.3e-05 >>NP_061116 (OMIM: 606680) transient receptor potential (765 aa) initn: 5171 init1: 5171 opt: 5171 Z-score: 4453.7 bits: 834.8 E(86068): 0 Smith-Waterman score: 5171; 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74.8% identity (87.8% similar) in 729 aa overlap (41-759:1-724) 20 30 40 50 60 70 pF1KE2 ALGGADVAPRLSPVRVWPRPQAPKEPALHPMGLSLPKEKGLILCLWSKFCRWFQRRESWA :: ::: .: : . . .. :...: NP_062 MGGFLPKAEGPGSQLQKLLPSFLVREQDWD 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE2 QSRDEQNLLQQKRIWESPLLLAAKDNDVQALNKLLKYEDCKVHQRGAMGETALHIAALYD : :. ..:::::: ::::: :.:.::...: .:: : :.::::.:::::::::::: NP_062 QHLDKLHMLQQKRILESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALYD 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 NLEAAMVLMEAAPELVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLVRALLARRASVSARATGT :::::.::::::::::::: : : . :::::::::::::.:::::::.:::::::::::: NP_062 NLEAALVLMEAAPELVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGT 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 AFRRSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKT :::.:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_062 AFRHSPRNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKT 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 FACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRKHTQWTY ::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::: NP_062 FACQMYNLLLSYDGHGDHLQPLDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRRHIQWTY 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 GPLTSTLYDLTEIDSSGDEQSLLELIITTKKREARQILDQTPVKELVSLKWKRYGRPYFC ::::: ::::::::: :.: :.:::.... ::::::::.:::::::::.::..::::::: NP_062 GPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVVSSDKREARQILEQTPVKELVSFKWNKYGRPYFC 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 MLGAIYLLYIICFTMCCIYRPLKPRTNNRTSPRDNTLLQQKLLQEAYMTPKDDIRLVGEL .:.:.::::.:::: ::.::::: : .::: :: :.:::::::::: : .: ::::::: NP_062 ILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQEAYETREDIIRLVGEL 340 350 360 370 380 390 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 VTVIGAIIILLVEVPDIFRMGVTRFFGQTILGGPFHVLIITYAFMVLVTMVMRLISASGE :...::.::::.:.:::::.:..:.::.:::::::::.::::: .::::::::: ...:: NP_062 VSIVGAVIILLLEIPDIFRVGASRYFGKTILGGPFHVIIITYASLVLVTMVMRLTNTNGE 400 410 420 430 440 450 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 VVPMSFALVLGWCNVMYFARGFQMLGPFTIMIQKMIFGDLMRFCWLMAVVILGFASAFYI :::::::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_062 VVPMSFALVLGWCSVMYFTRGFQMLGPFTIMIQKMIFGDLMRFCWLMAVVILGFASAFYI 460 470 480 490 500 510 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 IFQTEDPEELGHFYDYPMALFSTFELFLTIIDGPANYNVDLPFMYSITYAAFAIIATLLM ::::::: ::.:::::::::.:::::::.::.::::.::::::.::. ::.::::::: NP_062 IFQTEDPTSLGQFYDYPMALFTTFELFLTVIDAPANYDVDLPFMFSIVNFAFTIIATLLM 520 530 540 550 560 570 620 630 640 650 660 670 pF1KE2 LNLLIAMMGDTHWRVAHERDELWRAQIVATTVMLERKLPRCLWPRSGICGREYGLGDRWF :::.::::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::: :.::::::: NP_062 LNLFIAMMGDTHWRVAQERDELWRAQVVATTVMLERKLPRCLWPRSGICGCEFGLGDRWF 580 590 600 610 620 630 680 690 700 710 720 pF1KE2 LRVEDRQDLNRQRIQRYAQAFHTRGSEDLDKDSVEKL----ELGCPFSPHLSLPMPSVSR ::::...: : :. ::...:.. .:: .. :: : : :.:: :.:: NP_062 LRVENHNDQNPLRVLRYVEVFKNSDKEDDQEHPSEKQPSGAESGTLARASLALPTSSLSR 640 650 660 670 680 690 730 740 750 760 pF1KE2 STSRSSAN--WERLRQGTLRRDLRGIINRGLE----DGESWEYQI ..:.::.. :: :::.:: : .: ::. ::: NP_062 TASQSSSHRGWEILRQNTL-----GHLNLGLNLSEGDGEEVYHF 700 710 720 >>XP_011536936 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,184095 (793 aa) initn: 714 init1: 203 opt: 561 Z-score: 492.4 bits: 101.9 E(86068): 1.1e-20 Smith-Waterman score: 899; 33.9% identity (62.2% similar) in 534 aa overlap (144-636:276-787) 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 QRGAMGETALHIAALYDNLEAAMVLMEAAPELVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLV :.. :. . :.::::::::. . . : XP_011 LPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYV 250 260 270 280 290 300 180 190 200 210 220 pF1KE2 RALLARRASVSARATGTAFR-RSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADI . :.:. :.: :.: : :. .. . .:::: :::.:::.:. .:: : :. ::. XP_011 ELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADM 310 320 330 340 350 360 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 RAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKTFACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPF : ::: :::::: :. . : :. .::.::: . . :. : :..::.:. XP_011 RRQDSRGNTVLHALVAIADNTRENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPL 370 380 390 400 410 420 290 300 310 320 330 pF1KE2 KLAGVEGNTVMFQHLMQK-----------RKHTQWTYGPLTSTLYDLTEIDSSGDEQSLL .:. :. .:::.... :: .:.:::. :.::::. .:. :.: :.: XP_011 MMAAKTGKIGIFQHIIRREVTDEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVL 430 440 450 460 470 480 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 ELIITTKKREAR-QILDQTPVKELVSLKWKRYGRPYFCMLGAIYLLYIICFTMCCIYRPL :... ..: : : ..: :..::. ::...: : . . :: .. ::. :.:: XP_011 EILVYNSKIENRHEMLAVEPINELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPL 490 500 510 520 530 540 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 KPRTNNRTSPRDNTLLQQKLLQEAYMTPKDDIRLVGELVTVIGAIIILLVEVPDIFRM-- . : : : : : .::.::..:.. ......... :.: XP_011 EG-----TPPYP------------YRTTVDYLRLAGEVITLFTGVLFFFTNIKDLFMKKC 550 560 570 580 460 470 480 490 500 pF1KE2 -GVTRFFGQTILGGPFHVLIITYAFMVLVTMVMRLISASGEVVPMSFALVLGWCNVMYFA ::. .: . : :..: . :. .:.:. .. : . . .. : ::::::: :..::. XP_011 PGVNSLF----IDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFALVLGWMNALYFT 590 600 610 620 630 640 510 520 530 540 550 560 pF1KE2 RGFQMLGPFTIMIQKMIFGDLMRFCWLMAVVILGFASAFYIIFQ--------TEDPEELG ::... : ..:::::..: ::.:: .. . ..:.:::. ... .:: . 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NP_001 ELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADM 230 240 250 260 270 280 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 RAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKTFACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPF : ::: :::::: :. . : :. .::.::: . . :. : :..::.:. 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XP_016 DRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQYYGFSHTVGRLRRDRWSSVVPRVVEL 780 790 800 810 820 830 >>XP_011536932 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,184095 (922 aa) initn: 808 init1: 203 opt: 561 Z-score: 491.5 bits: 101.9 E(86068): 1.2e-20 Smith-Waterman score: 941; 33.8% identity (61.6% similar) in 580 aa overlap (144-675:276-833) 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 QRGAMGETALHIAALYDNLEAAMVLMEAAPELVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLV :.. :. . :.::::::::. . . : XP_011 LPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYV 250 260 270 280 290 300 180 190 200 210 220 pF1KE2 RALLARRASVSARATGTAFR-RSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADI . :.:. :.: :.: : :. .. . .:::: :::.:::.:. .:: : :. ::. XP_011 ELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADM 310 320 330 340 350 360 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 RAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKTFACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPF : ::: :::::: :. . : :. .::.::: . . :. : :..::.:. 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XP_011 PGVNSLF----IDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFALVLGWMNALYFT 590 600 610 620 630 640 510 520 530 540 550 560 pF1KE2 RGFQMLGPFTIMIQKMIFGDLMRFCWLMAVVILGFAS--AFYIIFQTEDPEELGHFYDYP ::... : ..:::::..: ::.:: .. . ..:.:: : :. : .: XP_011 RGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASVSATPILPQPWSPS 650 660 670 680 690 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 MALFSTFELFLTIIDGPANYNVDLPFMYSITYAAFAIIATLLMLNLLIAMMGDTHWRVAH >>XP_011522224 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient recep (719 aa) initn: 621 init1: 195 opt: 528 Z-score: 464.6 bits: 96.6 E(86068): 3.9e-19 Smith-Waterman score: 785; 30.3% identity (59.5% similar) in 630 aa overlap (101-672:98-705) 80 90 100 110 120 pF1KE2 QSRDEQNLLQQKRIWESPLLLAAKDNDVQALNKLLKYEDCKVHQRGAMGETALHIAALY- :.: :: . . .:. :.: : :.: XP_011 QPDPNRFDRDRLFNAVSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 -DNLEAAMV-LME-----AAPE-LVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLVRALLARRA :...: .. :.. . :. :: :.. :.:..:::::. ..... :. :. : XP_011 KDGVNACILPLLQIDRDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIEKRSLQCVKLLVENGA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 SVSARATGTAFRRSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADIRAQDSLGNT .: ::: : :... . .:::: :::.:::... ..: :.:. :...: :: ::: XP_011 NVHARACGRFFQKGQGTCFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLENPHQPASLQATDSQGNT 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 VLHILIL-----QPNKTFACQMYNLLLSYDRHGDHLQP---LDLVPNHQGLTPFKLAGVE ::: :.. : ... .::. :: . : .: : :. . : : :::.:::. : XP_011 VLHALVMISDNSAENIALVTSMYDGLL---QAGARLCPTVQLEDIRNLQDLTPLKLAAKE 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 pF1KE2 GNTVMFQHLMQK---------RKHTQWTYGPLTSTLYDLTEIDSSGDEQSLLELIITTKK :. .:.:..:. :: :.: :::. .::::. .:: .:.:.::.: : XP_011 GKIEIFRHILQREFSGLSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDSC-EENSVLEIIAFHCK 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 REARQ-ILDQTPVKELVSLKWKRYGRPYFCMLGAIYLLYIICFTMCCIYRPLKPRTNNRT :. .. :...:.. :: : : . :.:.. :: . .: .... 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