FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2674, 981 aa 1>>>pF1KE2674 981 - 981 aa - 981 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 61265892 residues in 86068 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6635+/-0.000411; mu= 7.1423+/- 0.026 mean_var=217.4943+/-46.592, 0's: 0 Z-trim(118.3): 117 B-trim: 1447 in 1/53 Lambda= 0.086966 statistics sampled from 31113 (31234) to 31113 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.363), width: 16 Scan time: 10.450 The best scores are: opt bits E(86068) NP_061936 (OMIM: 607442) echinoderm microtubule-as ( 981) 6624 844.9 0 NP_001138548 (OMIM: 607442) echinoderm microtubule ( 923) 5558 711.1 6.7e-204 XP_005264324 (OMIM: 607442) PREDICTED: echinoderm ( 992) 5252 672.7 2.6e-192 XP_006712055 (OMIM: 607442) PREDICTED: echinoderm ( 913) 5251 672.6 2.6e-192 XP_006712054 (OMIM: 607442) PREDICTED: echinoderm ( 934) 5216 668.2 5.6e-191 XP_005264325 (OMIM: 607442) PREDICTED: echinoderm ( 762) 3677 475.0 6.4e-133 NP_001008707 (OMIM: 600348,602033) echinoderm micr ( 834) 1324 179.8 5.1e-44 XP_016876563 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 771) 1317 178.9 8.9e-44 XP_005267457 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 802) 1317 179.0 9.1e-44 NP_004425 (OMIM: 600348,602033) echinoderm microtu ( 815) 1317 179.0 9.2e-44 XP_011534842 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 821) 1317 179.0 9.3e-44 XP_011534844 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 796) 1291 175.7 8.7e-43 XP_005267456 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 840) 1291 175.7 9.1e-43 XP_011534843 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 803) 1289 175.4 1e-42 XP_005267455 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 821) 1289 175.4 1.1e-42 XP_005267454 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echi ( 834) 1289 175.5 1.1e-42 XP_011539102 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1062) 266 47.2 0.00056 XP_011539099 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1229) 266 47.2 0.00062 XP_011539098 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1239) 266 47.2 0.00063 XP_006710446 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1239) 266 47.2 0.00063 XP_011539097 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1250) 266 47.2 0.00063 XP_011539096 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1250) 266 47.2 0.00063 XP_011539095 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1250) 266 47.2 0.00063 XP_005270577 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1250) 266 47.2 0.00063 XP_016855911 (OMIM: 614259) PREDICTED: cilia- and (1283) 266 47.3 0.00064 NP_001182760 (OMIM: 614259) cilia- and flagella-as (1283) 266 47.3 0.00064 >>NP_061936 (OMIM: 607442) echinoderm microtubule-associ (981 aa) initn: 6624 init1: 6624 opt: 6624 Z-score: 4504.1 bits: 844.9 E(86068): 0 Smith-Waterman score: 6624; 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NP_001 RAPSHIYGGHSSHVTNVDFLCEDSHLISTGGKDTSIMQWRVI 800 810 820 830 890 900 910 920 930 940 pF1KE2 APVSSTESVIQSNTPTPPPSQPLNETAEEESRISSSPTLLENSLEQTVEPSEDHSEEESE >>XP_016876563 (OMIM: 600348,602033) PREDICTED: echinode (771 aa) initn: 2641 init1: 1150 opt: 1317 Z-score: 907.0 bits: 178.9 E(86068): 8.9e-44 Smith-Waterman score: 2804; 49.5% identity (74.1% similar) in 860 aa overlap (9-865:23-771) 10 20 30 40 pF1KE2 MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALA ::: ::::. .: ::...::.:::.:::.: .::.::: XP_016 MEDGFSSYSSLYDTSSLLQFCNDDSASAASSMEVTDRIASLEQRVQMQEDDIQLLKSALA 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 DVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKGQPSPRAVIPMSCITNGSGANRKPSHTSAVSIAGKET ::.::: :.:.. : .... .:..: ... . ..::. .:: : XP_016 DVVRRLNITEEQQAVLNRKGPTKARPLMQTLPLRTTVNNGTVLPKKP------------T 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 LSSAAKSGTEKKKEKPQGQREKKEESHSNDQSPQIRASPSPQPSSQPLQIHRQTPESKNA : . ::..:. : ..:: :.: XP_016 GSLPSPSGVRKETAVPA--------TKSN--------------------IKR-------- 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 TPTKSIKRPSPAEKSHNSWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTKTADKHKDVIINQEGEY :.: .: ::. . :.. :::.. .. :: . .. .: :. ... : : XP_016 --TSSSERVSPGGRR----ESNGDSRGNRNRTGSTSSSSSGKKNSESKPKEPVFSAEEGY 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 IKMFMRGRPITMFIPSD-VDNYD-DIRTELPPEKLKLEWAYGYRGKDCRANVYLLPTGEI .:::.::::.::..:.: ::.:. . ..::: ..:::::.:::::.::: :.::::::: XP_016 VKMFLRGRPVTMYMPKDQVDSYSLEAKVELPTKRLKLEWVYGYRGRDCRNNLYLLPTGET 190 200 210 220 230 240 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 VYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVR ::::::::::.: ::. :::: ::.: :::::.:::.: :::::.::..:::. : :::: XP_016 VYFIASVVVLYNVEEQLQRHYAGHNDDVKCLAVHPDRITIATGQVAGTSKDGKQLPPHVR 250 260 270 280 290 300 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 VWDSVTLSTLQIIGLGTFERGVGCLDFSKADSGVHLCVIDDSNEHMLTVWDWQRKAKGAE .::::::.::..::.: :.:.: :. :::...:..::..::::.:.:.:::::.. : :. 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XP_016 VSGGGKDRKLISWSGNYQKLRKTEIPEQFGPIRTVAEGKGDVILIGTTRNFVLQGTLSGD 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 FQIEVQGHTDELWGLATHPFKDLLLTCAQDRQVCLWNSMEHRLEWTRLVDEPGHCADFHP : : ....:.. . ::: XP_016 F--------------------------------------------TPITQDPAQSSGFHP 540 550 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 SGTVVAIGTHSGRWFVLDAETRDLVSIHTDGNEQLSVMRYSIDGTFLAVGSHDNFIYLYV ::.:::.:: .:::::.:.::.:::..:::::::::::::: ::.:::.::::: ::.: XP_016 SGSVVAVGTLTGRWFVFDTETKDLVTVHTDGNEQLSVMRYSPDGNFLAIGSHDNCIYIYG 560 570 580 590 600 610 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 VSENGRKYSRYGRCTGHSSYITHLDWSPDNKYIMSNSGDYEILYWDIPNGCKLIRNRSDC ::.:::::.: :.:.::::.::::::: ......::::::::::: .:..:: . . XP_016 VSDNGRKYTRVGKCSGHSSFITHLDWSVNSQFLVSNSGDYEILYW-VPSACKQVVSVETT 620 630 640 650 660 770 780 790 800 810 820 pF1KE2 KDIDWTTYTCVLGFQVFGVWPEGSDGTDINALVRSHNRKVIAVADDFCKVHLFQYPCSKA .::.:.::::.:::.::::::::::::::::. :.:..:.....::: :::::.::::. 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XP_005 AVLNRKGPTKARPLMQTLPLRTTVNNGTVLPKKP------------TGSLPSPSGVRKET 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 EKPQGQREKKEESHSNDQSPQIRASPSPQPSSQPLQIHRQTPESKNATPTKSIKRPSPAE : ..:: :.: :.: .: ::. XP_005 AVPA--------TKSN--------------------IKR----------TSSSERVSPGG 110 120 130 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 KSHNSWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTKTADKHKDVIINQEGEYIKMFMRGRPITMF . :.. :::.. .. :: . .. .: :. ... : :.:::.::::.::. 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NP_004 IWDSVTLNTLHVIGIGFFDRAVTCIAFSKSNGGTNLCAVDDSNDHVLSVWDWQKEEKLAD 310 320 330 340 350 360 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 IKTTNEVVLAVEFHPTDANTIITCGKSHIFFWTWSGNSLTRKQGIFGKYEKPKFVQCLAF .: .::.:.:..:::::.: :.::::::..::: :.::..:::.: : :::::: :..: NP_004 VKCSNEAVFAADFHPTDTNIIVTCGKSHLYFWTLEGSSLNKKQGLFEKQEKPKFVLCVTF 370 380 390 400 410 420 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 LGNGDVLTGDSGGVMLIWSKTTVEPTPGKGPKGVYQISKQIK-AHDGSVFTLCQMRNGML :::..::::.: .:.:.: :. .:: .. ::.:..:.::..:.: : NP_004 SENGDTITGDSSGNILVWGK------------GTNRISYAVQGAHEGGIFALCMLRDGTL 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 pF1KE2 LTGGGKDRKIILWDHDLNPEREIEVPDQYGTIRAVAEGKADQFLVGTSRNFILRGTFNDG ..:::::::.: :. . . :. :.:.:.: ::.:::::.: .:.::.:::.:.::.. NP_004 VSGGGKDRKLISWSGNYQKLRKTEIPEQFGPIRTVAEGKGDVILIGTTRNFVLQGTLSGD 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 FQIEVQGHTDELWGLATHPFKDLLLTCAQDRQVCLWNSMEHRLEWTRLVDEPGHCADFHP : .::::::::::: : :. .:::..:... ::... :: : .....:.. . ::: NP_004 FTPITQGHTDELWGLAIHASKSQFLTCGHDKHATLWDAVGHRPVWDKIIEDPAQSSGFHP 540 550 560 570 580 590 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 SGTVVAIGTHSGRWFVLDAETRDLVSIHTDGNEQLSVMRYSIDGTFLAVGSHDNFIYLYV ::.:::.:: .:::::.:.::.:::..:::::::::::::: ::.:::.::::: ::.: NP_004 SGSVVAVGTLTGRWFVFDTETKDLVTVHTDGNEQLSVMRYSPDGNFLAIGSHDNCIYIYG 600 610 620 630 640 650 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 VSENGRKYSRYGRCTGHSSYITHLDWSPDNKYIMSNSGDYEILYWDIPNGCKLIRNRSDC ::.:::::.: :.:.::::.::::::: ......::::::::::: .:..:: . . NP_004 VSDNGRKYTRVGKCSGHSSFITHLDWSVNSQFLVSNSGDYEILYW-VPSACKQVVSVETT 660 670 680 690 700 710 770 780 790 800 810 820 pF1KE2 KDIDWTTYTCVLGFQVFGVWPEGSDGTDINALVRSHNRKVIAVADDFCKVHLFQYPCSKA .::.:.::::.:::.::::::::::::::::. :.:..:.....::: :::::.::::. NP_004 RDIEWATYTCTLGFHVFGVWPEGSDGTDINAVCRAHEKKLLSTGDDFGKVHLFSYPCSQF 720 730 740 750 760 770 830 840 850 860 870 880 pF1KE2 KAPSHKYSAHSSHVTNVSFTHNDSHLISTGGKDMSIIQWKLVEKLSLPQNETVADTTLTK .:::: :..::::::::.: .::::::::::: ::.::... NP_004 RAPSHIYGGHSSHVTNVDFLCEDSHLISTGGKDTSIMQWRVI 780 790 800 810 890 900 910 920 930 940 pF1KE2 APVSSTESVIQSNTPTPPPSQPLNETAEEESRISSSPTLLENSLEQTVEPSEDHSEEESE 981 residues in 1 query sequences 61265892 residues in 86068 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Feb 27 10:32:15 2017 done: Mon Feb 27 10:32:17 2017 Total Scan time: 10.450 Total Display time: 0.300 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]