Result of FASTA (ccds) for
pF1KE2756
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2756, 489 aa
1>>>pF1KE2756 489 - 489 aa - 489 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9624+/- 0.001; mu= 9.9881+/- 0.061
mean_var=99.8657+/-19.719, 0's: 0 Z-trim(106.3): 71 B-trim: 117 in 1/51
Lambda= 0.128341
statistics sampled from 8963 (9033) to 8963 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 1.490
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS42065.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 ( 489) 3175 598.6 5e-171
CCDS45320.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 (1257) 3175 598.8 1.2e-170
CCDS10309.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 (1273) 3175 598.8 1.2e-170
CCDS4052.1 RASGRF2 gene_id:5924|Hs109|chr5 (1237) 1739 332.9 1.3e-90
CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs109|chr2 (1333) 531 109.2 2.9e-23
CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs109|chr14 (1332) 511 105.5 3.7e-22
CCDS48047.1 RAPGEF1 gene_id:2889|Hs109|chr9 (1077) 503 104.0 8.6e-22
CCDS78450.1 RAPGEF1 gene_id:2889|Hs109|chr9 (1094) 503 104.0 8.7e-22
CCDS48048.1 RAPGEF1 gene_id:2889|Hs109|chr9 (1095) 503 104.0 8.7e-22
CCDS65733.1 RALGPS2 gene_id:55103|Hs109|chr1 ( 557) 442 92.6 1.2e-18
CCDS1325.1 RALGPS2 gene_id:55103|Hs109|chr1 ( 583) 442 92.6 1.3e-18
CCDS55344.1 RALGPS1 gene_id:9649|Hs109|chr9 ( 305) 396 84.0 2.6e-16
CCDS55346.1 RALGPS1 gene_id:9649|Hs109|chr9 ( 529) 396 84.1 4.2e-16
CCDS55345.1 RALGPS1 gene_id:9649|Hs109|chr9 ( 537) 396 84.1 4.3e-16
CCDS35143.1 RALGPS1 gene_id:9649|Hs109|chr9 ( 557) 396 84.1 4.4e-16
CCDS54346.1 RASGRP3 gene_id:25780|Hs109|chr2 ( 689) 397 84.3 4.7e-16
CCDS46256.1 RASGRP3 gene_id:25780|Hs109|chr2 ( 690) 397 84.3 4.7e-16
CCDS55093.1 RAPGEF5 gene_id:9771|Hs109|chr7 ( 730) 381 81.4 3.8e-15
CCDS74604.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs109|chr2 ( 791) 346 74.9 3.7e-13
CCDS63061.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs109|chr2 ( 840) 346 74.9 3.9e-13
CCDS63060.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs109|chr2 ( 858) 346 74.9 4e-13
CCDS42776.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs109|chr2 ( 867) 346 74.9 4e-13
CCDS42775.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs109|chr2 (1011) 346 74.9 4.6e-13
CCDS76733.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs109|chr15 ( 597) 330 71.9 2.2e-12
CCDS45221.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs109|chr15 ( 762) 330 71.9 2.8e-12
CCDS45222.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs109|chr15 ( 797) 330 71.9 2.9e-12
CCDS31598.1 RASGRP2 gene_id:10235|Hs109|chr11 ( 609) 322 70.4 6.3e-12
CCDS77023.1 RAPGEFL1 gene_id:51195|Hs109|chr17 ( 505) 313 68.7 1.7e-11
CCDS77022.1 RAPGEFL1 gene_id:51195|Hs109|chr17 ( 511) 313 68.7 1.7e-11
CCDS43277.1 RAPGEF2 gene_id:9693|Hs109|chr4 (1499) 320 70.2 1.8e-11
CCDS11363.2 RAPGEFL1 gene_id:51195|Hs109|chr17 ( 662) 313 68.8 2.2e-11
CCDS4452.1 RASGEF1C gene_id:255426|Hs109|chr5 ( 466) 307 67.6 3.4e-11
CCDS72992.1 RGL1 gene_id:23179|Hs109|chr1 ( 768) 309 68.0 4.1e-11
CCDS54898.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs109|chr5 (1391) 313 68.9 4.2e-11
CCDS1359.1 RGL1 gene_id:23179|Hs109|chr1 ( 803) 309 68.0 4.3e-11
CCDS34225.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs109|chr5 (1601) 313 68.9 4.8e-11
CCDS54899.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs109|chr5 (1504) 312 68.7 5.1e-11
CCDS54901.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs109|chr5 (1509) 312 68.7 5.2e-11
CCDS54900.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs109|chr5 (1609) 312 68.7 5.5e-11
>>CCDS42065.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 (489 aa)
initn: 3175 init1: 3175 opt: 3175 Z-score: 3184.2 bits: 598.6 E(33420): 5e-171
Smith-Waterman score: 3175; 100.0% identity (100.0% similar) in 489 aa overlap (1-489:1-489)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPDEGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPDEGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 DQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSSEFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSSEFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 AFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFPPDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFPPDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 HSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLTQERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 HSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLTQERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 MAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVFKKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVFKKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 HFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWVAVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 HFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWVAVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 KKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKNLREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKNLREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 PNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQTAYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQTAYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESS
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 LRIEPKLPT
:::::::::
CCDS42 LRIEPKLPT
>>CCDS45320.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 (1257 aa)
initn: 3175 init1: 3175 opt: 3175 Z-score: 3177.6 bits: 598.8 E(33420): 1.2e-170
Smith-Waterman score: 3175; 100.0% identity (100.0% similar) in 489 aa overlap (1-489:769-1257)
10 20 30
pF1KE2 MYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RKLSLNIPIITGGKALDLAALSCNSNGYTSMYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPD
740 750 760 770 780 790
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 EGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDIDQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDIDQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSS
800 810 820 830 840 850
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 EFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFP
860 870 880 890 900 910
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 PDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLT
920 930 940 950 960 970
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 QERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQMAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQMAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVF
980 990 1000 1010 1020 1030
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 KKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTKHFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTKHFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWV
1040 1050 1060 1070 1080 1090
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 AVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRLKKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRLKKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKN
1100 1110 1120 1130 1140 1150
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 LREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQT
1160 1170 1180 1190 1200 1210
460 470 480
pF1KE2 AYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESSLRIEPKLPT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESSLRIEPKLPT
1220 1230 1240 1250
>>CCDS10309.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs109|chr15 (1273 aa)
initn: 3175 init1: 3175 opt: 3175 Z-score: 3177.5 bits: 598.8 E(33420): 1.2e-170
Smith-Waterman score: 3175; 100.0% identity (100.0% similar) in 489 aa overlap (1-489:785-1273)
10 20 30
pF1KE2 MYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RKLSLNIPIITGGKALDLAALSCNSNGYTSMYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPD
760 770 780 790 800 810
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 EGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDIDQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EGDTTPEKPEDPSALSKQSSEVSMREESDIDQNQSDDGDTETSPTKSPTTPKSVKNKNSS
820 830 840 850 860 870
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 EFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFP
880 890 900 910 920 930
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 PDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLT
940 950 960 970 980 990
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 QERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQMAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQMAEGVKAEPFENHSALEIAEQLTLLDHLVF
1000 1010 1020 1030 1040 1050
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 KKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTKHFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTKHFNDISNLIASEIIRNEDINARVSAIEKWV
1060 1070 1080 1090 1100 1110
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 AVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRLKKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRLKKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVSSEGRFKN
1120 1130 1140 1150 1160 1170
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 LREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNYTEDGLVNFSKMRMISHIIREIRQFQQT
1180 1190 1200 1210 1220 1230
460 470 480
pF1KE2 AYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESSLRIEPKLPT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESSLRIEPKLPT
1240 1250 1260 1270
>>CCDS4052.1 RASGRF2 gene_id:5924|Hs109|chr5 (1237 aa)
initn: 1869 init1: 1739 opt: 1739 Z-score: 1740.8 bits: 332.9 E(33420): 1.3e-90
Smith-Waterman score: 1824; 58.8% identity (80.6% similar) in 495 aa overlap (3-488:769-1236)
10 20 30
pF1KE2 MYSAMSPFSKATLDTSKLYVSSSFTNKIPDEG
...:: .. :... .. : . :...
CCDS40 PVRARKLSLTSPLNSKIGALDLTTSSSPTTTTQSPAASPPPHTGQIPLDLSRGLSSPEQS
740 750 760 770 780 790
40 50 60 70 80
pF1KE2 DTTPEKPEDPSALS-----KQSSEVSMREESDIDQ---NQSDDGDT-ETSPTKSPTTPKS
: :. : .. :.: . .. : . :. ..: .:: : :: .::.::.
CCDS40 PGTVEENVDNPRVDLCNKLKRSIQKAVLESAPADRAGVESSPAADTTELSPCRSPSTPRH
800 810 820 830 840 850
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 VKNKNSSEFPLFSYNNGVVMTSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMS
.. .. : .: . :: . ..: :::::::::.:..:.:
CCDS40 LRYRQ----P-----GG------QTADNAHCSVSPASAFAIATAAAGHGSP---------
860 870 880 890
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 LASAGFPPDQRNGDKEFVIRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVM
:: .:. ::::.:::.::::::::::::::::.:::: :.::: .:...::::.
CCDS40 ---PGFNNTERTCDKEFIIRRTATNRVLNVLRHWVSKHAQDFELNNELKMNVLNLLEEVL
900 910 920 930 940 950
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 HDPELLTQERKAAANIIRTLTQEDPGDNQITLEEITQMAEGVKAEPFENHSALEIAEQLT
.::.:: :::::::::.:.:.:.: : .. ::.: ::.. .::: ::. ::.:.:::.:
CCDS40 RDPDLLPQERKAAANILRALSQDDQDDIHLKLEDIIQMTDCMKAECFESLSAMELAEQIT
960 970 980 990 1000 1010
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 LLDHLVFKKIPYEEFFGQGWMKLEKNERTPYIMKTTKHFNDISNLIASEIIRNEDINARV
::::..:..::::::.:::::::.:::::::::::..::::.:::.::.:. :...:.
CCDS40 LLDHVIFRSIPYEEFLGQGWMKLDKNERTPYIMKTSQHFNDMSNLVASQIMNYADVSSRA
1020 1030 1040 1050 1060 1070
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 SAIEKWVAVADICRCLHNYNAVLEITSSMNRSAIFRLKKTWLKVSKQTKALIDKLQKLVS
.:::::::::::::::::::.::::::..:::::.:::::: :::::::::.::::: ::
CCDS40 NAIEKWVAVADICRCLHNYNGVLEITSALNRSAIYRLKKTWAKVSKQTKALMDKLQKTVS
1080 1090 1100 1110 1120 1130
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 SEGRFKNLREALKNCDPPCVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNYTEDGLVNFSKMRMISHIIRE
::::::::::.::::.:: ::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::
CCDS40 SEGRFKNLRETLKNCNPPAVPYLGMYLTDLAFIEEGTPNFTEEGLVNFSKMRMISHIIRE
1140 1150 1160 1170 1180 1190
450 460 470 480
pF1KE2 IRQFQQTAYKIEHQAKVTQYLLDQSFVMDEESLYESSLRIEPKLPT
:::::::.:.:.:: ::.:::::.....::..::: ::.:::.::
CCDS40 IRQFQQTSYRIDHQPKVAQYLLDKDLIIDEDTLYELSLKIEPRLPA
1200 1210 1220 1230
>>CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs109|chr2 (1333 aa)
initn: 507 init1: 252 opt: 531 Z-score: 531.4 bits: 109.2 E(33420): 2.9e-23
Smith-Waterman score: 532; 28.7% identity (62.8% similar) in 376 aa overlap (134-488:653-1021)
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 TSCRELDNNRSALSAASAFAIATAGANEGTPNKEKYRRMSLASAGFP--PDQRNGDKEFV
:. . :... .. : . . ::..
CCDS18 FVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADRIAIENGDQPLSAELKRFRKEYI
630 640 650 660 670 680
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 IRRAATNRVLNVLRHWVSKHSQDFETNDELKCKVIGFLEEVMHDPELLTQERKAAANII-
. . ::::: :::: .: ::: . : .. :. : . . . .. ..::
CCDS18 --QPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGTVRG--KAMKKWVESITKIIQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]