FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3300, 2555 aa 1>>>pF1KE3300 2555 - 2555 aa - 2555 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8660+/-0.000608; mu= -7.8911+/- 0.038 mean_var=690.6307+/-142.836, 0's: 0 Z-trim(119.9): 709 B-trim: 306 in 1/58 Lambda= 0.048804 statistics sampled from 33613 (34404) to 33613 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.403), width: 16 Scan time: 18.200 The best scores are: opt bits E(85289) NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic (2555) 18971 1354.0 0 XP_011517019 (OMIM: 109730,190198,616028) PREDICTE (2314) 17033 1217.4 0 NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 6853 500.7 1e-139 XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 6831 499.2 2.9e-139 XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 6825 498.7 3.9e-139 XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 6792 496.4 1.9e-138 XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 6792 496.4 1.9e-138 XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 6792 496.4 1.9e-138 NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 6207 454.9 3.2e-126 NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neur (2321) 5428 400.4 1.5e-109 XP_005259981 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) P (2269) 4246 317.1 1.7e-84 NP_004548 (OMIM: 164951) neurogenic locus notch ho (2003) 2659 205.3 6.8e-51 NP_001136272 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3144) 1663 135.4 1.2e-29 NP_001278938 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3165) 1663 135.4 1.2e-29 XP_016883196 (OMIM: 118450,187500,601920) PREDICTE (1059) 1509 124.0 1.1e-26 NP_000205 (OMIM: 118450,187500,601920) protein jag (1218) 1509 124.1 1.2e-26 NP_001990 (OMIM: 121050,612570,616118) fibrillin-2 (2912) 1494 123.5 4.2e-26 XP_016882862 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2789) 1382 115.6 9.8e-24 XP_016864717 (OMIM: 121050,612570,616118) PREDICTE (2861) 1350 113.3 4.7e-23 NP_660142 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1200) 1259 106.5 2.3e-21 NP_002217 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1238) 1247 105.6 4.3e-21 XP_006710469 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1436) 1107 95.9 4.3e-18 NP_001244895 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p ( 870) 1091 94.5 6.9e-18 XP_011539189 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1395) 1094 94.9 8e-18 XP_011507669 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1297) 1091 94.7 8.9e-18 XP_011507667 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1349) 1091 94.7 9.1e-18 NP_957705 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) prot (1406) 1091 94.7 9.4e-18 XP_016856341 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1451) 1091 94.7 9.6e-18 NP_620711 (OMIM: 607299) delta and Notch-like epid ( 737) 1013 88.9 2.8e-16 NP_001244894 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p (1382) 1014 89.3 4e-16 NP_005609 (OMIM: 606582) delta-like protein 1 prec ( 723) 1001 88.0 5e-16 XP_016859265 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1420) 956 85.2 6.8e-15 NP_061947 (OMIM: 605185,616589) delta-like protein ( 685) 945 84.1 7.4e-15 XP_016882843 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1438) 953 85.0 8e-15 XP_011509239 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido ( 905) 945 84.2 8.8e-15 NP_699197 (OMIM: 611691) sushi, von Willebrand fac (3571) 959 85.9 1.1e-14 XP_011525686 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1480) 940 84.1 1.5e-14 XP_011525687 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1478) 928 83.3 2.8e-14 NP_000129 (OMIM: 102370,129600,134797,154700,18490 (2871) 896 81.4 2e-13 XP_011516858 (OMIM: 219730,609720,616220) PREDICTE (1276) 885 80.2 2e-13 NP_775960 (OMIM: 219730,609720,616220) protein cru (1285) 885 80.2 2.1e-13 XP_005266991 (OMIM: 606582) PREDICTED: delta-like ( 524) 860 77.9 4e-13 XP_011525682 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1593) 870 79.2 4.9e-13 XP_011525685 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1522) 867 79.0 5.5e-13 XP_011525688 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1436) 866 78.9 5.6e-13 XP_011525689 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1421) 857 78.3 8.6e-13 NP_001036010 (OMIM: 604710,613177) latent-transfor (1557) 857 78.3 9.1e-13 NP_003564 (OMIM: 604710,613177) latent-transformin (1587) 857 78.3 9.2e-13 XP_011525681 (OMIM: 604710,613177) PREDICTED: late (1595) 857 78.3 9.2e-13 NP_001036009 (OMIM: 604710,613177) latent-transfor (1624) 857 78.3 9.3e-13 >>NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic locu (2555 aa) initn: 18971 init1: 18971 opt: 18971 Z-score: 7240.5 bits: 1354.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 18971; 100.0% identity (100.0% similar) in 2555 aa overlap (1-2555:1-2555) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MPPLLAPLLCLALLPALAARGPRCSQPGETCLNGGKCEAANGTEACVCGGAFVGPRCQDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_060 MPPLLAPLLCLALLPALAARGPRCSQPGETCLNGGKCEAANGTEACVCGGAFVGPRCQDP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 NPCLSTPCKNAGTCHVVDRRGVADYACSCALGFSGPLCLTPLDNACLTNPCRNGGTCDLL 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_060 LMPNACQNGGTCHNTHGGYNCVCVNGWTGEDCSENIDDCASAACFHGATCHDRVASFYCE 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 CPHGRTGLLCHLNDACISNPCNEGSNCDTNPVNGKAICTCPSGYTGPACSQDVDECSLGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_060 CPHGRTGLLCHLNDACISNPCNEGSNCDTNPVNGKAICTCPSGYTGPACSQDVDECSLGA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 NPCEHAGKCINTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQIGEFQCICMP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_060 NPCEHAGKCINTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQIGEFQCICMP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 GYEGVHCEVNTDECASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_060 GYEGVHCEVNTDECASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNG 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 AKCLDGPNTYTCVCTEGYTGTHCEVDIDECDPDPCHYGSCKDGVATFTCLCRPGYTGHHC 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XP_005 VAFPTAMMPQQDGQVAQTILPAYHPFPASVGKYPTPPSQHSYASSNAAERTPSHSGHLQG 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2510 2520 2530 2540 2550 pF1KE3 EHPFLTPSPESPDQWSSSSPHSNVSDWSEGVSSPPTSMQSQIARIPEAFK :::.:::::::::::::::::: .::::. ..:: XP_005 EHPYLTPSPESPDQWSSSSPHS-ASDWSDVTTSPTPGGAGGGQRGPGTHMSEPPHNNMQV 2380 2390 2400 2410 2420 2430 XP_005 YA >>NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic l (1235 aa) initn: 6554 init1: 4337 opt: 6207 Z-score: 2387.1 bits: 454.9 E(85289): 3.2e-126 Smith-Waterman score: 6207; 60.5% identity (80.6% similar) in 1224 aa overlap (2-1222:6-1226) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MPPLLAPLLCLALLPALAARGPRCSQPGETCLNGGKCEAA-NGTEACVCGGAFVGP : :: :: : : : :.. .: . : :.: : : . ::: : : .:.: NP_001 MPALRPALLWALLALWLCCAAPAHALQCRDGYEPCVNEGMCVTYHNGTGYCKCPEGFLGE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RCQDPNPCLSTPCKNAGTCHVVDRRGVADYACSCALGFSGPLCLTPLDNACLTN-PCRNG :: .:: .. :.:.::: : . .. .: :: ::.: : .. :... :: :: NP_001 YCQHRDPCEKNRCQNGGTC--VAQAMLGKATCRCASGFTGEDCQYSTSHPCFVSRPCLNG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 GTCDLLTLTEYKCRCPPGWSGKSCQQADPCASNPCANGGQCLPFEASYICHCPPSFHGPT ::: .:. :.: : :..:: :: .: : :.:::::. : .. :.: .: : NP_001 GTCHMLSRDTYECTCQVGFTGKECQWTDACLSHPCANGSTCTTVANQFSCKCLTGFTGQK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 CRQDVNECGQKPGLCRHGGTCHNEVGSYRCVCRATHTGPNCERPYVPCSPSPCQNGGTCR :. ::::: . :: :.::::: : :::.: : :: :. ::::.:::: :::::: NP_001 CETDVNEC-DIPGHCQHGGTCLNLPGSYQCQCPQGFTGQYCDSLYVPCAPSPCVNGGTCR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 PTGDVTHECACLPGFTGQNCEENIDDCPGNNCKNGGACVDGVNTYNCRCPPEWTGQYCTE ::: : :: ::::: :..::.::::::.. :.:::.::::::::::::::.::::.::: NP_001 QTGDFTFECNCLPGFEGSTCERNIDDCPNHRCQNGGVCVDGVNTYNCRCPPQWTGQFCTE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 DVDECQLMPNACQNGGTCHNTHGGYNCVCVNGWTGEDCSENIDDCASAACFHGATCHDRV ::::: :.:::::::::: : .:::.:::::::.:.:::::::::: :.: :.:: ::: NP_001 DVDECLLQPNACQNGGTCANRNGGYGCVCVNGWSGDDCSENIDDCAFASCTPGSTCIDRV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 ASFYCECPHGRTGLLCHLNDACISNPCNEGSNCDTNPVNGKAICTCPSGYTGPACSQDVD ::: : ::.:..::::::.::::::::..:. :::::.::. :::::.:: : :..::: NP_001 ASFSCMCPEGKAGLLCHLDDACISNPCHKGALCDTNPLNGQYICTCPQGYKGADCTEDVD 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 ECSLG-ANPCEHAGKCINTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQIGE ::... .:::::::::.:: :.:.:.::.::.:::::.:.::: :.::::::::::.:: NP_001 ECAMANSNPCEHAGKCVNTDGAFHCECLKGYAGPRCEMDINECHSDPCQNDATCLDKIGG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 FQCICMPGYEGVHCEVNTDECASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECA : :.::::..:::::.. .:: :.::..::.:.::.:.::: :: :::: .:: :.:.:. NP_001 FTCLCMPGFKGVHCELEINECQSNPCVNNGQCVDKVNRFQCLCPPGFTGPVCQIDIDDCS 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE3 STPCKNGAKCLDGPNTYTCVCTEGYTGTHCEVDIDECDPDPCHYGSCKDGVATFTCLCRP :::: :::::.: :: : : :. :.::. :: .::.:::::::.:.:.::. ..::.: : NP_001 STPCLNGAKCIDHPNGYECQCATGFTGVLCEENIDNCDPDPCHHGQCQDGIDSYTCICNP 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE3 GYTGHHCETNINECSSQPCRHGGTCQDRDNAYLCFCLKGTTGPNCEINLDDCASSPCDSG :: : : .:.:: :.:: . : : : :.: : : ::.: :::::.:::::.:: : NP_001 GYMGAICSDQIDECYSSPCLNDGRCIDLVNGYQCNCQPGTSGVNCEINFDDCASNPCIHG 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE3 TCLDKIDGYECACEPGYTGSMCNINIDECAGNPCHNGGTCEDGINGFTCRCPEGYHDPTC :.: :. : :.: ::.::. :::.:::::.:::..:.:: .:.::: : :::: : :.: NP_001 ICMDGINRYSCVCSPGFTGQRCNIDIDECASNPCRKGATCINGVNGFRCICPEGPHHPSC 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE3 LSEVNECNSNPCVHGACRDSLNGYKCDCDPGWSGTNCDINNNECESNPCVNGGTCKDMTS :.:::: ::::.:: : .:.:::: :: :: : ::....::: :::: ::::: .... 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