FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3378, 1130 aa 1>>>pF1KE3378 1130 - 1130 aa - 1130 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.4418+/-0.0013; mu= -34.0355+/- 0.078 mean_var=731.7507+/-159.218, 0's: 0 Z-trim(114.3): 192 B-trim: 910 in 1/52 Lambda= 0.047412 statistics sampled from 14698 (14874) to 14698 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16 Scan time: 5.600 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130) 7771 547.7 5.4e-155 CCDS59040.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 ( 690) 4596 330.4 8.6e-90 CCDS9294.1 LATS2 gene_id:26524|Hs108|chr13 (1088) 2830 209.8 2.9e-53 CCDS31761.1 STK38L gene_id:23012|Hs108|chr12 ( 464) 792 70.1 1.3e-11 CCDS4822.1 STK38 gene_id:11329|Hs108|chr6 ( 465) 792 70.1 1.3e-11 >>CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130 aa) initn: 7771 init1: 7771 opt: 7771 Z-score: 2896.1 bits: 547.7 E(32554): 5.4e-155 Smith-Waterman score: 7771; 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CCDS92 PTALEEM---PRPYVDYLFPGVGPHG--PGHQHQHPP----------KGYGASVEAAGAH 210 220 230 240 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 ISPVPPGAWQEGYPPPPLNTSPMNPPNQGQRGISSVPVGRQPIIMQSSSKFNFPSGRPGM . :. :: : : : : .: . : : :.: .: : : CCDS92 F-PLQ-GA---HYGRPHL-LVPGEPLGYG--------VQRSP---------SFQSKTPP- 250 260 270 280 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 QNGTGQTDFMIHQNVVPAGTVNRQPPP------PYPLTAANGQSPSALQTGGSAAPSSYT ..: : ... . . : :. ::: :.: : . :.. :: . . .. CCDS92 ETG-GYASLPTKGQGGPPGAGLAFPPPAAGLYVPHPHHKQAGPAAHQLHVLGSRS-QVFA 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 pF1KE3 NGSIPQSMMVPNRNSHNMELYNISVPGLQTNWPQSSSAPAQSSPSSGHEIP-----TWQP . : :::...:.::: :..::... ..: .:: .. : .: . : : : ...: CCDS92 SDSPPQSLLTPSRNSLNVDLYELGSTSVQ-QWPAATLARRDSLQKPGLEAPPRAHVAFRP 340 350 360 370 380 390 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 NIPV--RSNSFNN--PLGNRASHSANSQPSATTVTAITPAPIQQPVKSMRVLKPELQTAL . :: :.::::. : . ... : :. .::::.: : : .::::.:::.:: :::. 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