Result of FASTA (ccds) for
pF1KE3543
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3543, 1216 aa
1>>>pF1KE3543 1216 - 1216 aa - 1216 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.0803+/-0.00124; mu= -15.8183+/- 0.075
mean_var=578.3750+/-119.822, 0's: 0 Z-trim(115.8): 48 B-trim: 497 in 2/53
Lambda= 0.053330
statistics sampled from 16321 (16364) to 16321 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.779), E-opt: 0.2 (0.503), width: 16
Scan time: 6.420
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110 aa)
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10 20 30
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10 20 30
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pF1KE3 QVPPPSIHPAHSFRQPPEMVPQQLGSLQCSALLPREKELACSPHPPKLLQPWLETQPPVE
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CCDS87 LIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEIYSDRTFAPL
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pF1KE3 QV
>>CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050 aa)
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