FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3547, 2063 aa 1>>>pF1KE3547 2063 - 2063 aa - 2063 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8001+/-0.000403; mu= 1.3944+/- 0.025 mean_var=345.4397+/-72.516, 0's: 0 Z-trim(122.6): 318 B-trim: 809 in 1/57 Lambda= 0.069006 statistics sampled from 40661 (41026) to 40661 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.762), E-opt: 0.2 (0.481), width: 16 Scan time: 17.110 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055601 (OMIM: 617043) rho guanine nucleotide ex (2063) 14049 1414.2 0 XP_016874112 (OMIM: 617043) PREDICTED: rho guanine (1057) 6746 686.9 3.1e-196 XP_016874113 (OMIM: 617043) PREDICTED: rho guanine ( 971) 6569 669.3 5.8e-191 XP_016857107 (OMIM: 612494) PREDICTED: rho guanine (1042) 556 70.7 9.8e-11 XP_005245984 (OMIM: 612494) PREDICTED: rho guanine (1057) 556 70.7 9.9e-11 NP_001315053 (OMIM: 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_055 AERHARVLQEIEAHIEGMEDLQAPLRRFLRQEMVIEVKAIGGKKDRSLFLFTDLIVCTTL 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE3 KRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKMLWKLPLEDADIIKGASQATNRENIQKAISRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_055 KRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKMLWKLPLEDADIIKGASQATNRENIQKAISRL 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE3 DEDLTTLGQMSKLSESLGFPHQSLDDALRDLSAAMHRDLSEKQALCYALSFPPTKLELCA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_055 DEDLTTLGQMSKLSESLGFPHQSLDDALRDLSAAMHRDLSEKQALCYALSFPPTKLELCA 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE3 TRPEGTDSYIFEFPHPDARLGFEQAFDEAKRKLASSKSCLDPEFLKAIPIMKTRSGMQFS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_055 TRPEGTDSYIFEFPHPDARLGFEQAFDEAKRKLASSKSCLDPEFLKAIPIMKTRSGMQFS 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE3 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.: XP_016 GL---SPQQVVRRHILGSIVQSEGSYVESLKRILQDYRNPLMEMEPKAL-SARKCQVVFF 80 90 100 110 120 1120 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE3 QIPELLEHHEQFLEQVRHCMQTWHAQQKVGALLVQSFSKDVLVNIYSAYIDNFLNAKDAV .. :.:. : .: . . : . .:.: :.: ::::......:: :..:: .: . . XP_016 RVKEILHCHSMFQIALSSRVAEWDSTEKIGDLFVASFSKSMVLDVYSDYVNNFTSAMSII 130 140 150 160 170 180 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KE3 RVAKEARPAFLKFLEQSMRENKEKQALSDLMIKPVQRIPRYELLVKDLLKHTPEDHPDHP . : ..::::.::.. . . .. .: ::.::.::.:.. ::..:.::.::. :::. XP_016 KKACLTKPAFLEFLKRRQVCSPDRVTLYGLMVKPIQRFPQFILLLQDMLKNTPRGHPDRL 190 200 210 220 230 240 1240 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE3 LLLEAQRNIKQVAERINKGVRSAEEAERHARVLQEIEAHIEGMEDLQAPLRRFLRQEMVI : : ... .::..:. : :... . .. . . . . : . :..: : . XP_016 SLQLALTELETLAEKLNEQKRLADQVAEIQQLTKSVSDRSSLNKLLTSGQRQLLLCETLT 250 260 270 280 290 300 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE3 E-VKAIGGK----KDRSLFLFTDLIVCTTLKRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKML : : . :. :.: .::..:..::.... : .. .:... . .:.. . :: . 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