FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3824, 2554 aa 1>>>pF1KE3824 2554 - 2554 aa - 2554 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3096+/-0.00105; mu= 16.7442+/- 0.064 mean_var=110.7565+/-22.489, 0's: 0 Z-trim(107.4): 79 B-trim: 344 in 1/50 Lambda= 0.121868 statistics sampled from 9471 (9551) to 9471 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16 Scan time: 6.100 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS55403.1 USP9X gene_id:8239|Hs108|chrX (2554) 17316 3056.7 0 CCDS43930.1 USP9X gene_id:8239|Hs108|chrX (2570) 16777 2961.9 0 CCDS14781.1 USP9Y gene_id:8287|Hs108|chrY (2555) 16001 2825.5 0 CCDS44154.2 USP24 gene_id:23358|Hs108|chr1 (2620) 1164 216.9 1.1e-54 CCDS42686.1 USP34 gene_id:9736|Hs108|chr2 (3546) 595 116.9 1.9e-24 CCDS44084.1 USP48 gene_id:84196|Hs108|chr1 ( 485) 342 72.1 8.1e-12 CCDS81277.1 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CCDS44 LTNERPGLDYGGYEPMDSGGGPSPGPGGGPRGD--GGGDGGGGGPSRGGSTG--GGGGFD 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 SPDSSNENSPATPPDEQGQGDAPPQLEDEEPAFPHTDLAKLDDMINRPRWVVPVLPKGEL : . .: : ::.:. .. : :: :.: .:.. . .: .: . : CCDS44 PPPAYHEVVDAEKNDENGNCSG------EGIEFPTTNLYELESRVLTDHWSIPYKREESL 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 EVLLEAAIDLSKKGLDVKSEACQRFFRDGLTISFTKILTDEAVSGWKFEIHRCIINNTHR : :. :.. ::. ..: :.::. . .: :.::. :: : :::. : : CCDS44 GKCLLASTYLARLGLSESDENCRRFMDRCMPEAFKKLLTSSAVHKWGTEIHEGIYNMLML 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LVELCVAKLSQDWFP--LLELLAMALNPHCKFHIYNGTRPCESVSSSVQLPEDELFARSP :.:: . ...:: .: :: .:.::.:: ..:. : . . . : . : ..:: :: CCDS44 LIELVAERIKQDPIPTGLLGVLTMAFNPDNEYHFKNRMKVSQRNWAEV-FGEGNMFAVSP 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 pF1KE3 DP---RSPKGWLVDLLNKFGTLNGFQILHDRFINGSALNVQIIAALIKPFGQCYEFLTLH . :.::.:::.:::: :.:: .. . ... ... ..:::.:.: : :.:. 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CCDS44 HTIIAAAAVKFNSDQLNHLFVLIQKSWETESDRVRQKLLSLIGRIGREARFETTSGKVLD 500 510 520 530 540 550 510 520 530 540 550 560 pF1KE3 LLWNLAHSDDVPVDIMDLALSAHIKILDYSCSQDRDTQKIQWIDRFIEELRT-------- .::.::: .: .... :: :. ::. . . ... : ..: . ::... CCDS44 VLWELAHLPTLPSSLIQQALEEHLTILSDAYAV-KEAIKRSYIIKCIEDIKRPGEWSGLE 560 570 580 590 600 610 570 580 590 600 pF1KE3 -NDK--------------WVIPALKQIREICSLFGEAPQNLSQTQRSPHVFYRHDLINQL : : ::.:::.:..:: : :. .. ..: .:..: CCDS44 KNKKDGFKSSQLNNPQFVWVVPALRQLHEITRSF--IKQTYQKQDKS--------IIQDL 620 630 640 650 660 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 QHNHALVTLVAENLATYMESMRLYAR-DHEDYDPQTVRLGSRYSHVQEVQERLNFLRFLL ..: .: ::. .: . :: : .. . .::.. . .. .:.:: :.: CCDS44 KKNFEIVKLVTGSL---IACHRLAAAVAGPGGLSGSTLVDGRYTYREYLEAHLKFLAFFL 670 680 690 700 710 670 680 690 700 710 720 pF1KE3 KDGQLWLCAPQAKQIWKCLAENAVYLC--DREACFKWYSKLMGDEPDLDPDINKDFFESN ... :.: .::.::.::. . .: ::: ::.:..: . ::. :.....:. . CCDS44 QEATLYLGWNRAKEIWECLVTGQ-DVCELDREMCFEWFTK---GQHDLESDVQQQLFKEK 720 730 740 750 760 770 730 740 750 760 770 780 pF1KE3 VLQLDPSLLTENGMKCFERFFKAVNCREGKLVAKRRAYMMDDLELIGLDYLWRVVIQSND .:.:. .: ::.. :. ::. :: . .: . ... :::::.:..:.....: : CCDS44 ILKLESYEITMNGFNLFKTFFENVNLCDHRLKRQGAQLYVEKLELIGMDFIWKIAMESPD 780 790 800 810 820 830 790 800 810 820 830 pF1KE3 D-IASRAIDLLKEI-YTNLGPRLQVNQVVIHEDFIQSCFDRLKASYDTL-------CVLD . ::..::.:. . : ::.:::. ..: .:. :: .:. ::.:. ..: : CCDS44 EEIANEAIQLIINYSYINLNPRLKKDSVSLHKKFIADCYTRLEAASSALGGPTLTHAVTR 840 850 860 870 880 890 840 850 860 870 880 pF1KE3 GDK-------DSVNCARQEAVRMVRVLTVLR------EYINECDSDYHEERTILPMSRAF . : .: . : : .... . : .:. .. : ::::: . .: CCDS44 ATKMLTATAMPTVATSVQSPYRSTKLVIIERLLLLAERYVITIEDFYSVPRTILPHGASF 900 910 920 930 940 950 890 900 910 920 930 940 pF1KE3 RGKHLSFVVRFPNQGRQVDDLEVWSHTNDTIGSVRRCILNRIKANVAHTKIELFVGGELI .:. :.. : . . : . : .:.:.:::::: : ... . : . :..:.. :. CCDS44 HGHLLTLNVTYESTK---DTFTVEAHSNETIGSVRWKIAKQLCSPVDN--IQIFTNDSLL 960 970 980 990 1000 1010 950 960 970 980 990 1000 pF1KE3 DPADDRKLIGQLNLKDKSLITAKLTQISSNMPSSPDSSSDSSTGSPGNHGNHYSDGPNPE :.::. ::...:....:.: . .. :: :::..::..: : .. :. : CCDS44 TVNKDQKLLHQLGFSDEQILTVKTSGSGTPSGSSADSSTSSSSSSSGVFSSSYA----ME 1020 1030 1040 1050 1060 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE3 VESCLPGVIMSLHPRYISFLWQVADLGSSLNMPPLRDGARVLMKLMPPDSTTIEKL---- :. ::::.:.: ...:.:.:. :. : . .: :. :.: : . : : CCDS44 QEKSLPGVVMALVCNVFDMLYQLAN----LEEPRITLRVRKLLLLIPTDPAIQEALDQLD 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1060 1070 1080 1090 pF1KE3 ---RAICLDHAKLGESSLSPSL--------------DSLF--FGPSAS--QVLYLTEVVY : : . ..:: :::: .::: :.:. : .::: ::. CCDS44 SLGRKKTLLSESSSQSSKSPSLSSKQQHQPSASSILESLFRSFAPGMSTFRVLYNLEVLS 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1100 1110 1120 1130 1140 1150 pF1KE3 ALLMP-AGAPLADD-SSDFQFHFLKSGGLPLVLSMLTRNNFLPNADMETRRGAYLNALKI . ::: : .: . ...: .:::.::: ::.... :... ..:.:::.:.: :.. CCDS44 SKLMPTADDDMARSCAKSFCENFLKAGGLSLVVNVMQRDSIPSEVDYETRQGVYSICLQL 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE3 AKLLLTAIGYGHVRAVAEA-CQPGVEGVN--PMTQINQVTHDQAVVLQSALQS------I :..:: .: . : . :.:... :. .... : : . . .: . CCDS44 ARFLL--VGQTMPTLLDEDLTKDGIEALSSRPFRNVSRQTSRQMSLCGTPEKSSYRQLSV 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE3 PNPSSECMLRNV-SVRLAQQISDEASRYMPDI-CVIRAIQKIIWASGCGSLQLVFS--PN . :: . . . ..:.: : . :.: . . : .: . ::.. : :.:: : : CCDS44 SDRSSIRVEEIIPAARVAIQ-TMEVSDFTSTVACFMR----LSWAAAAGRLDLVGSSQPI 1310 1320 1330 1340 1350 1270 1280 1290 pF1KE3 EEITKIYEK------TNAGN--------EP--------------DLEDEQVCCEALEVMT .: ... ...:. :: . .: . ::: ... CCDS44 KESNSLCPAGIRNRLSSSGSNCSSGSEGEPVALHAGICVRQQSVSTKDSLIAGEALSLLV 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE3 LCFALIPTALDALSKEKAWQTFIIDLLLHCHSKTVRQVAQEQFFLMCTRCCMGH----RP :. : : .. . ::::.:: : .:.:: .:.. . .: .: CCDS44 TCLQLRSQQLASFYNLPCVADFIIDILLGSPSAEIRRVACDQLYTLSQTDTSAHPDVQKP 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KE3 LLFFITLLFT----------VLGSTARERAKHSGDYFTLLRHLLNYAYNSNINV--PNAE :.. ...: .. .. .. .. .:: : .::. .:... . CCDS44 NQFLLGVILTAQLPLWSPTSIMRGVNQRLLSQCMEYFDLRCQLLDDLTTSEMEQLRISPA 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1400 1410 1420 1430 1440 1450 pF1KE3 VLLNNEIDWLKRIRDDVKRTGETGIEETIL-EGHLGVTKELLAFQTSEKKFHIGCEKGGA ..:..:: :: .. . ::. ..:: ::: . : ::.. .:: : :. CCDS44 TMLEDEITWLDNFEPNRTAECETSEADNILLAGHLRLIKTLLSLCGAEK------EMLGS 1540 1550 1560 1570 1580 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE3 NLIKELIDDFIFPASNVYLQYMRNGELPAEQAI-------PVCGSPPTINAGFELLVALA .::: :.:::.: :: . : :.. :: .: : :.. . :..:.:: :: CCDS44 SLIKPLLDDFLFRASRIIL----NSHSPAGSAAISQQDFHPKCSTANSRLAAYEVLVMLA 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE3 VGCVRNLKQIVDSLTEMYYIGTAITTCEALTEWEYLPPVGPRPPKGFVGLKNAGATCYMN . ::. :. : :.. : :..::::: : .:::::.:.::::::: CCDS44 DSSPSNLQIIIKELLSMHHQPDPALT----KEFDYLPPVDSRSSSGFVGLRNGGATCYMN 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1570 1580 1590 1600 1610 1620 pF1KE3 SVIQQLYMIPSIRNGILAIEGTGSDVDDDMSGDEKQDNESNVDPRDDVFGYPQQFEDKPA .:.::::: :.. ...:. :::: :: : :.:: CCDS44 AVFQQLYMQPGLPESLLS-------VDDDT------DN-----PDDSVF----------- 1710 1720 1730 1630 1640 1650 1660 1670 1680 pF1KE3 LSKTEDRKEYNIGVLRHLQVIFGHLAASRLQYYVPRGFWKQFRLWGEPVNLREQHDALEF :.. : .:::: :.::::::..::: :..:.. . .:::.:: :: CCDS44 ---------YQV------QSLFGHLMESKLQYYVPENFWKIFKMWNKELYVREQQDAYEF 1740 1750 1760 1770 1690 1700 1710 1720 1730 1740 pF1KE3 FNSLVDSLDEALKALGHPAMLSKVLGGSFADQKICQGCPHRYECEESFTTLNVDIRNHQN :.::.:..:: :: .:. ...... : ..:::::. :::::: ::.: .::. . . :. CCDS44 FTSLIDQMDEYLKKMGRDQIFKNTFQGIYSDQKICKDCPHRYEREEAFMALNLGVTSCQS 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1750 1760 1770 1780 1790 1800 pF1KE3 LLDSLEQYVKGDLLEGANAYHCEKCNKKVDTVKRLLIKKLPPVLAIQLKRFDYDWERECA : ::.:.:.:..:::.:::.::::..: :::: ::.:: ::.:.: :: .::: . CCDS44 LEISLDQFVRGEVLEGSNAYYCEKCKEKRITVKRTCIKSLPSVLVIHLMRFGFDWESGRS 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1810 1820 1830 1840 1850 1860 pF1KE3 IKFNDYFEFPRELDMEPYTVAGVAKLEGDN-VNPESQLIQQSE--QSESETAGSTKYRLV ::... ..:: :.::::::.:.:. .... :. ... ..:. . ....: . .:.:: CCDS44 IKYDEQIRFPWMLNMEPYTVSGMARQDSSSEVGENGRSVDQGGGGSPRKKVALTENYELV 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1870 1880 1890 1900 1910 1920 pF1KE3 GVLVHSGQASGGHYYSYIIQRNG-GDGERNRWYKFDDGDVTECKMDDDEEMKNQCFGGEY ::.:::::: .:::::.: .: : : : .::::.: . : ..: : .. .:::::: CCDS44 GVIVHSGQAHAGHYYSFIKDRRGCGKG---KWYKFNDTVIEEFDLND-ETLEYECFGGEY 1960 1970 1980 1990 2000 2010 1930 1940 1950 1960 1970 pF1KE3 MGEVFDHMMKRMSYRRQKRWWNAYILFYERMDTIDQDDELIRYISELAI----------- .:.:. . :: :.::::.:::.:.. ::.. .. :.... CCDS44 RPKVYDQTNPYTDVRR--RYWNAYMLFYQRVS--DQNSPVLPKKSRVSVVRQEAEDLSLS 2020 2030 2040 2050 2060 1980 1990 2000 pF1KE3 -----------TTRPHQ-------II----------------MPSAIERSVRKQNVQFMH . :::. :. ::. : . :: .:..::. CCDS44 APSSPEISPQSSPRPHRPNNDRLSILTKLVKKGEKKGLFVEKMPARIYQMVRDENLKFMK 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2010 2020 2030 2040 2050 2060 pF1KE3 NRMQYSMEYFQFMKKLLTCNGVYLNPPPGQDHLLPEAEEITMISIQLAARFLFTTGFHTK :: :: .::.:. .: . :.. :. : : .. .:.::: .::: : ..:: CCDS44 NRDVYSSDYFSFVLSLASLNATKLKHP-----YYPC---MAKVSLQLAIQFLFQTYLRTK 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2070 2080 2090 2100 2110 pF1KE3 KVVRGSASDWYDALCILLRHSKNVRFWFAHNVLFNVSNRFSE-YLLECPSAEVRGAFAKL : .: .. .: .. :: .: .. :... . . . .. . .:::: ::: : : . CCDS44 KKLRVDTEEWIATIEALLSKSFDACQWLVEYFISSEGRELIKIFLLECNVREVRVAVATI 2190 2200 2210 2220 2230 2240 2120 2130 2140 2150 2160 2170 pF1KE3 IVFIAHFSLQDGPCPSPFASPGPSSQAY-DNLSLSDHLLRAVLNLLRREVSEHGRHLQQY . . .:. :. : :.:. .::...: :: ..: :. .. :: CCDS44 L----EKTLD-------------SALFYQDKLKSLHQLLEVLLALLDKDVPENCKNCAQY 2250 2260 2270 2280 2180 2190 2200 2210 2220 2230 pF1KE3 FNLFVMYAN-LGVAEKTQLLKLSVPATFMLVSLDEGPG---PPIKY----QYAELGKLYS : :: ... :. ::. : : ..:. : . :. : :.:.:.. CCDS44 FFLFNTFVQKQGIRAGDLLLRHS--ALRHMISFLLGASRQNNQIRRWSSAQAREFGNLHN 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2240 2250 2260 2270 2280 pF1KE3 VVSQLIRCCNVSSRMQSSINGNPPLPNPFGDPNLSQPIMPIQQNVADILFVRTS--YVKK .:. :. .::: : .. . : . :.:..:....: .::. . :. . CCDS44 TVALLVLHSDVSS--QRNVAPGIFKQRPPISIAPSSPLLPLHEEVEALLFMSEGKPYLLE 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2290 2300 2310 2320 2330 2340 pF1KE3 II----EDCSNSEETVKLLRFCCWENPQFSSTVLSELLWQVAYSYTYELRPYLDLLLQIL .. : .. .... .::. : .:: :.: . :. . .::. ..:: .:: CCDS44 VMFALRELTGSLLALIEMVVYCCFCNEHFSFTMLHFIKNQLETAPPHELKNTFQLLHEIL 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2350 2360 2370 2380 2390 2400 pF1KE3 LIEDSWQTHRIHNALKGIPDDRDGLFDTIQRSKNHYQKRAYQCIKCMVALFSNCPVAYQI .::: :..:. : . . ..::. ...:.. ..: :::.: .:.: ..::.: . CCDS44 VIEDPIQVERV----KFVFETENGLLALMHHSNHVDSSRCYQCVKFLVTLAQKCPAAKEY 2470 2480 2490 2500 2510 2410 2420 2430 2440 2450 2460 pF1KE3 LQGNGDLKRKWTWAVEWLGDELERRPYTGNPQYTYNNWSPPVQ-SNETSNGYFLERSHSA .. :. ..:.:::.:: . ... . :.: . :::::.: ..:. :: CCDS44 FKENS---HHWSWAVQWL-----------QKKMSEHYWTPQSNVSNETSTGKTFQRTISA 2520 2530 2540 2550 2560 2470 2480 2490 2500 2510 2520 pF1KE3 RMTLAKACELCPEEEPDDQDAPDEHESPPPEDAPLYPHSPGSQYQQNNHVHGQPYTGPAA . ::: : : :.: . .. .: :: :. CCDS44 QDTLAYATALLNEKEQSGSSNGSES-SPANENGDRHLQQGSESPMMIGELRSDLDDVDP 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2530 2540 2550 pF1KE3 HHMNNPQRTGQRAQENYEGSEEVSPPQTKDQ >>CCDS42686.1 USP34 gene_id:9736|Hs108|chr2 (3546 aa) initn: 829 init1: 230 opt: 595 Z-score: 552.3 bits: 116.9 E(32554): 1.9e-24 Smith-Waterman score: 1055; 22.6% identity (51.0% similar) in 1948 aa overlap (510-2344:862-2611) 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 SKKQREKLLELIRRLAEDDKDGVMAHKVLNLLWNLAHSDDVPVDIMDLALSAHIKILDYS :::......:. :.. . .. :.: CCDS42 SQGPVVHKHQFNSNAVTDINLDNVCKKGNTLLWDIVQDEDA-VNLSEGLINEAEKLLCSL 840 850 860 870 880 890 540 550 560 570 580 590 pF1KE3 CSQDRDTQ-KIQWIDRFIEELRTNDKWVIPALKQIREICSLFGEAPQNLSQTQRSPHVFY : : ....:. .:.: .: . :: ..: . .::: : :. . 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