Result of FASTA (ccds) for
pF1KE4189
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4189, 675 aa
1>>>pF1KE4189 675 - 675 aa - 675 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5671+/-0.00099; mu= 13.7982+/- 0.059
mean_var=109.5521+/-22.061, 0's: 0 Z-trim(107.6): 141 B-trim: 25 in 1/50
Lambda= 0.122536
statistics sampled from 9629 (9791) to 9629 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 1.920
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS43385.1 ARHGEF37 gene_id:389337|Hs109|chr5 ( 675) 4413 791.5 0
CCDS81494.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 ( 865) 719 138.6 3.8e-32
CCDS81495.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 (1209) 719 138.7 4.9e-32
CCDS7485.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 (1577) 719 138.7 6.1e-32
CCDS56338.1 ARHGEF38 gene_id:54848|Hs109|chr4 ( 777) 642 124.9 4.3e-28
CCDS13410.1 PREX1 gene_id:57580|Hs109|chr20 (1659) 338 71.4 1.2e-11
>>CCDS43385.1 ARHGEF37 gene_id:389337|Hs109|chr5 (675 aa)
initn: 4413 init1: 4413 opt: 4413 Z-score: 4221.7 bits: 791.5 E(33420): 0
Smith-Waterman score: 4413; 99.9% identity (99.9% similar) in 675 aa overlap (1-675:1-675)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTEVSYLHMLQLCASDIRSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTEVSYLHMLQLCASDIRSRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QQLPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQVQLVGNIFLEFQEELEQVYKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QQLPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQVQLVGNIFLEFQEELEQVYKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIVEAVVPQAGSSGLSFLLVIPLQRITRYPLLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIVEAVVPQAGSSGLSFLLVIPLQRITRYPLLLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 KILENTVPDASAYPVLQRAVSALQDVNTNINEYKMRKEVASKYTKVEQLTLRERLARINT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KILENTVPDASAYPVLQRAVSALQDVNTNINEYKMRKEVASKYTKVEQLTLRERLARINT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 HTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLEERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLEERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LYFRPHEYNLDIPEGPAVQYCNLARDLHLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LYFRPHEYNLDIPEGPAVQYCNLARDLHLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 IKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQEEAARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQEEAARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 MCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQLPHHHVPEPAFRKLVEDALGRTSNQLRSFQETFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQLPHHHVPEPAFRKLVEDALGRTSNQLRSFQETFEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VQPPPTTQLLLPGSERQVQALLSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKD
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VQPPPTTQPLLPGSERQVQALLSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 TKGNSGRWLVDTGGHRGYVPAGKLQLYHVVPSAEELRRQAGLNKDPRCLTPEPSPALVPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TKGNSGRWLVDTGGHRGYVPAGKLQLYHVVPSAEELRRQAGLNKDPRCLTPEPSPALVPS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 IPTMNQVIAAYPFVARSSHEVSLQAGQPVTILEAQDKKGNPEWSLVEVNGQRGYVPSGFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IPTMNQVIAAYPFVARSSHEVSLQAGQPVTILEAQDKKGNPEWSLVEVNGQRGYVPSGFL
610 620 630 640 650 660
670
pF1KE4 ARARSPVLWGWSLPS
:::::::::::::::
CCDS43 ARARSPVLWGWSLPS
670
>>CCDS81494.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 (865 aa)
initn: 942 init1: 281 opt: 719 Z-score: 690.9 bits: 138.6 E(33420): 3.8e-32
Smith-Waterman score: 869; 30.3% identity (63.8% similar) in 591 aa overlap (13-568:57-635)
10 20 30 40
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTE
::: . :. :.: : .. ...::..::
CCDS81 PSGPHLHTQPALGTAEMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAEN--PEQRMLEKRAKVIEELLQTE
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 VSYLHMLQLCASDIRSRLQQ--LPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQV
.:.. :..: : .:: .:. :.. ::.:.. .:::....: : :
CCDS81 RDYIRDLEMCIERIMVPMQQAQVPNIDFEGLFGNMQMVIKVSKQLLAAL--------EIS
90 100 110 120 130
110 120 130 140 150
pF1KE4 QLVGNIFLEFQEELEQVYKVYCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIV---EAVVPQAG
. :: .:: ..::: .::.:: ..:.:. :.. :.:. ..:.:.: . ... . :
CCDS81 DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQDSLADLKSLYNEWG
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 SSG---LSFLLVIPLQRITRYPLLLQKILENTVPDASAYPV-LQRAVSALQDVNTNINEY
.. :. .:. :.::. ::::::...: :..:.. : : :: :....:.:::::
CCDS81 CTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELL-NSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEINVNINEY
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 KMRKEVASKYTKVEQLTLRERLARINTHTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLE
: ::... :: : .. .: :.....: :.. ::..:.:. ::. .:. :. .:. :.. :
CCDS81 KRRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKDEVFEETE
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KE4 ERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAFLYFRP----HEYNLDIPEG--PAVQYCNLARDL
. :. . . ... ::.... . ... . .: :. . : .
CCDS81 KNFRMQERLIKSFIRDLSLYLQHIRESACVKVVAAVSMWDVCMERGHRDLEQFERVHRYI
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 HLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNLIKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQ
. : .::.: : :: .:: .: . . ::..:..::.:::::: :. .. .
CCDS81 SDQLFTNFKERTERLVISPLNQLLSMFTGPHKLVQKRFDKLLDFYNCTERAEKLKDKKTL
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 EE--AARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQIMCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQ
:: .::..:.:::. :. :::.:.: .. . . . .. . :...:.:.. . ..
CCDS81 EELQSARNNYEALNAQLLDELPKFHQYAQGLFTNCVHGYAEAHCDFVHQALEQLKPLLSL
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490
pF1KE4 LPHHHVPEPAFRKLVEDALGRTSNQLRSF----------QETFEKV----QPPPTTQLLL
: : . . .. .:. .::. : .. ::. : : :
CCDS81 LKVAGR-EGNLIAIFHEEHSRVLQQLQVFTFFPESLPATKKPFERKTIDRQSARKPLLGL
500 510 520 530 540 550
500 510 520 530 540
pF1KE4 PG----SERQVQALLSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKDTKGNSGR
:. ::. .::.:: : ::.:. :.... ::..: .:..:.....:: :...:
CCDS81 PSYMLQSEELRASLLARYPPEKLFQAERNFNAAQDLDVSLLEGDLVGVIKKKDPMGSQNR
560 570 580 590 600 610
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 WLVDTGGHRGYVPAGKLQLYHVVPSAEELRRQAGLNKDPRCLTPEPSPALVPSIPTMNQV
::.:.: .:.: .. :. :.
CCDS81 WLIDNGVTKGFVYSSFLKPYNPRRSHSDASVGSHSSTESEHGSSSPRFPRQNSGSTLTFN
620 630 640 650 660 670
>>CCDS81495.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 (1209 aa)
initn: 942 init1: 281 opt: 719 Z-score: 688.8 bits: 138.7 E(33420): 4.9e-32
Smith-Waterman score: 869; 30.3% identity (63.8% similar) in 591 aa overlap (13-568:401-979)
10 20 30 40
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTE
::: . :. :.: : .. ...::..::
CCDS81 TLRRSEFVQNSKKTQEMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAEN--PEQRMLEKRAKVIEELLQTE
380 390 400 410 420
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 VSYLHMLQLCASDIRSRLQQ--LPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQV
.:.. :..: : .:: .:. :.. ::.:.. .:::....: : :
CCDS81 RDYIRDLEMCIERIMVPMQQAQVPNIDFEGLFGNMQMVIKVSKQLLAAL--------EIS
430 440 450 460 470 480
110 120 130 140 150
pF1KE4 QLVGNIFLEFQEELEQVYKVYCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIV---EAVVPQAG
. :: .:: ..::: .::.:: ..:.:. :.. :.:. ..:.:.: . ... . :
CCDS81 DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQDSLADLKSLYNEWG
490 500 510 520 530 540
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 SSG---LSFLLVIPLQRITRYPLLLQKILENTVPDASAYPV-LQRAVSALQDVNTNINEY
.. :. .:. :.::. ::::::...: :..:.. : : :: :....:.:::::
CCDS81 CTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELL-NSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEINVNINEY
550 560 570 580 590
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 KMRKEVASKYTKVEQLTLRERLARINTHTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLE
: ::... :: : .. .: :.....: :.. ::..:.:. ::. .:. :. .:. :.. :
CCDS81 KRRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKDEVFEETE
600 610 620 630 640 650
280 290 300 310 320
pF1KE4 ERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAFLYFRP----HEYNLDIPEG--PAVQYCNLARDL
. :. . . ... ::.... . ... . .: :. . : .
CCDS81 KNFRMQERLIKSFIRDLSLYLQHIRESACVKVVAAVSMWDVCMERGHRDLEQFERVHRYI
660 670 680 690 700 710
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 HLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNLIKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQ
. : .::.: : :: .:: .: . . ::..:..::.:::::: :. .. .
CCDS81 SDQLFTNFKERTERLVISPLNQLLSMFTGPHKLVQKRFDKLLDFYNCTERAEKLKDKKTL
720 730 740 750 760 770
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 EE--AARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQIMCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQ
:: .::..:.:::. :. :::.:.: .. . . . .. . :...:.:.. . ..
CCDS81 EELQSARNNYEALNAQLLDELPKFHQYAQGLFTNCVHGYAEAHCDFVHQALEQLKPLLSL
780 790 800 810 820 830
450 460 470 480 490
pF1KE4 LPHHHVPEPAFRKLVEDALGRTSNQLRSF----------QETFEKV----QPPPTTQLLL
: : . . .. .:. .::. : .. ::. : : :
CCDS81 LKVAGR-EGNLIAIFHEEHSRVLQQLQVFTFFPESLPATKKPFERKTIDRQSARKPLLGL
840 850 860 870 880 890
500 510 520 530 540
pF1KE4 PG----SERQVQALLSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKDTKGNSGR
:. ::. .::.:: : ::.:. :.... ::..: .:..:.....:: :...:
CCDS81 PSYMLQSEELRASLLARYPPEKLFQAERNFNAAQDLDVSLLEGDLVGVIKKKDPMGSQNR
900 910 920 930 940 950
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 WLVDTGGHRGYVPAGKLQLYHVVPSAEELRRQAGLNKDPRCLTPEPSPALVPSIPTMNQV
::.:.: .:.: .. :. :.
CCDS81 WLIDNGVTKGFVYSSFLKPYNPRRSHSDASVGSHSSTESEHGSSSPRFPRQNSGSTLTFN
960 970 980 990 1000 1010
>>CCDS7485.1 DNMBP gene_id:23268|Hs109|chr10 (1577 aa)
initn: 942 init1: 281 opt: 719 Z-score: 687.1 bits: 138.7 E(33420): 6.1e-32
Smith-Waterman score: 869; 30.3% identity (63.8% similar) in 591 aa overlap (13-568:769-1347)
10 20 30 40
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTE
::: . :. :.: : .. ...::..::
CCDS74 ESNIESLNMELQQLREMTLLSSQSSSLVAPSGSVSAEN--PEQRMLEKRAKVIEELLQTE
740 750 760 770 780 790
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 VSYLHMLQLCASDIRSRLQQ--LPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQV
.:.. :..: : .:: .:. :.. ::.:.. .:::....: : :
CCDS74 RDYIRDLEMCIERIMVPMQQAQVPNIDFEGLFGNMQMVIKVSKQLLAAL--------EIS
800 810 820 830 840
110 120 130 140 150
pF1KE4 QLVGNIFLEFQEELEQVYKVYCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIV---EAVVPQAG
. :: .:: ..::: .::.:: ..:.:. :.. :.:. ..:.:.: . ... . :
CCDS74 DAVGPVFLGHRDELEGTYKIYCQNHDEAIALLEIYEKDEKIQKHLQDSLADLKSLYNEWG
850 860 870 880 890 900
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 SSG---LSFLLVIPLQRITRYPLLLQKILENTVPDASAYPV-LQRAVSALQDVNTNINEY
.. :. .:. :.::. ::::::...: :..:.. : : :: :....:.:::::
CCDS74 CTNYINLGSFLIKPVQRVMRYPLLLMELL-NSTPESHPDKVPLTNAVLAVKEINVNINEY
910 920 930 940 950 960
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 KMRKEVASKYTKVEQLTLRERLARINTHTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLE
: ::... :: : .. .: :.....: :.. ::..:.:. ::. .:. :. .:. :.. :
CCDS74 KRRKDLVLKYRKGDEDSLMEKISKLNIHSIIKKSNRVSSHLKHLTGFAPQIKDEVFEETE
970 980 990 1000 1010 1020
280 290 300 310 320
pF1KE4 ERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAFLYFRP----HEYNLDIPEG--PAVQYCNLARDL
. :. . . ... ::.... . ... . .: :. . : .
CCDS74 KNFRMQERLIKSFIRDLSLYLQHIRESACVKVVAAVSMWDVCMERGHRDLEQFERVHRYI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 HLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNLIKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQ
. : .::.: : :: .:: .: . . ::..:..::.:::::: :. .. .
CCDS74 SDQLFTNFKERTERLVISPLNQLLSMFTGPHKLVQKRFDKLLDFYNCTERAEKLKDKKTL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 EE--AARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQIMCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQ
:: .::..:.:::. :. :::.:.: .. . . . .. . :...:.:.. . ..
CCDS74 EELQSARNNYEALNAQLLDELPKFHQYAQGLFTNCVHGYAEAHCDFVHQALEQLKPLLSL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
450 460 470 480 490
pF1KE4 LPHHHVPEPAFRKLVEDALGRTSNQLRSF----------QETFEKV----QPPPTTQLLL
: : . . .. .:. .::. : .. ::. : : :
CCDS74 LKVAGR-EGNLIAIFHEEHSRVLQQLQVFTFFPESLPATKKPFERKTIDRQSARKPLLGL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
500 510 520 530 540
pF1KE4 PG----SERQVQALLSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKDTKGNSGR
:. ::. .::.:: : ::.:. :.... ::..: .:..:.....:: :...:
CCDS74 PSYMLQSEELRASLLARYPPEKLFQAERNFNAAQDLDVSLLEGDLVGVIKKKDPMGSQNR
1270 1280 1290 1300 1310 1320
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 WLVDTGGHRGYVPAGKLQLYHVVPSAEELRRQAGLNKDPRCLTPEPSPALVPSIPTMNQV
::.:.: .:.: .. :. :.
CCDS74 WLIDNGVTKGFVYSSFLKPYNPRRSHSDASVGSHSSTESEHGSSSPRFPRQNSGSTLTFN
1330 1340 1350 1360 1370 1380
>>CCDS56338.1 ARHGEF38 gene_id:54848|Hs109|chr4 (777 aa)
initn: 907 init1: 229 opt: 642 Z-score: 618.0 bits: 124.9 E(33420): 4.3e-28
Smith-Waterman score: 1001; 30.5% identity (61.3% similar) in 706 aa overlap (15-662:81-773)
10 20 30 40
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAVRELIDTEVS
.:..: . . : . ... ..:::.:: .
CCDS56 RRSQSDRTEYNQKLQEKMTPQGECSVAETLTPEEEHHMK--RMMAKREKIIKELIQTEKD
60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 YLHMLQLCASDIRS--RLQQLPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDLQETASKEEEQVQL
::. :.::. .. . : .. . :.: :::::... ......: :.:... : .:.
CCDS56 YLNDLELCVREVVQPLRNKKTDRLDVDSLFSNIESVHQISAKLLSLLEEATTDVEPAMQV
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150
pF1KE4 VGNIFLEFQEELEQVYKVYCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIVEA---VVPQAGSS
.:..::... ::..::.:: .:.: ....:.:: ::..:.. ... . : :.
CCDS56 IGEVFLQIKGPLEDIYKIYCYHHDEAHSILESYEKEEELKEHLSHCIQSLKKIYMQEGKP
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 GL---SFLLVIPLQRITRYPLLLQKILENTVPDASAYPVLQRAVSALQDVNTNINEYKMR
.: . :.. :.::. .::::: .. ..: :. : .:. : .:..:.:.:::: : :
CCDS56 NLLDMGSLMIKPIQRVMKYPLLLCELRNSTPPSHPDYRALDDAFAAVKDINVNINELKRR
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 KEVASKYTKV-EQLTLRERLARINTHTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKEFDDLEER
:... :: : :. .:...:...: :..:::. :... :: . ...:. :. :.
CCDS56 KDLVLKYKKNDEDESLKDKLSKLNIHSISKKSKRVTNHLKILTRGESQVKDNTFNREEKL
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320
pF1KE4 F----QWVSLCVTELKNNVAAYLDN----LQAFLYFRPHEYNLDIPEGPAVQYCNLARDL
: . : ::: ... . : ::. . .. :: : . : .
CCDS56 FRALEKTVRLCVKNISLCLQHIQDAMPLALQSVMDLQEISYNKDDEMDYSETLSNALNSC
350 360 370 380 390 400
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 HLEAFLKFKQRLEGLVWQPLCSLAKALLGPQNLIKKRLDKLLDFERVEEKLLEVGSVTYQ
: : ..:. :. :: .: . . ::..::.:: ::::: . .. :. .
CCDS56 H-----DFASHLQRLILTPLSALLSLFPGPHKLIQKRYDKLLDCNSYLQR-----STGEE
410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 EEAARHTYQALNSLLVAELPQFNQLVMQWLGQIMCTFVTLQRDLAKQVLQRAEGSMAQLP
. :.. :.:::. :: :: ::: . . : . .:.:.:: ::: : :.: .... .:
CCDS56 SDLAKKEYEALNAQLVEELQAFNQAARKILLNCLCSFITLLRDLM-LVAQQAYSTLVPMP
460 470 480 490 500 510
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 H--HHVPEPAFRKLVE-DALGRTSNQLRSFQE---TFEKVQPPPTTQLLLPGSERQVQAL
. : . : : . :. .... .: : .::: .: . .. . . :
CCDS56 LLVSSISEIQNQVLEEIQNLNCVKENSATFIERKLSFEKKKPVQILPEMPHQTDIHRSKL
520 530 540 550 560 570
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 LSRYGPGKLYQVTSNISGTGTLDLTLPRGQIVAILQNKDTKGNSGRWLVDTGGHRGYVPA
:: :. .:::. . ..: :..: .:..::....:: :...:::::::. .::: .
CCDS56 LSTYSAEELYQAKRKCNATQEYDINLLEGDLVAVIEQKDPLGSTSRWLVDTGNVKGYVYS
580 590 600 610 620 630
570 580
pF1KE4 GKLQLYH---------------------------------VVPSAEELRRQAGLNKDPRC
. :. :. :. ..: ... . . :
CCDS56 SFLKPYNPAKMQKVDAENRFCDDDFENISLFVSSRPASDSVTGTSESSIGDSSSSLSGTC
640 650 660 670 680 690
590 600 610 620 630 640
pF1KE4 LTPEPSPALVPSIPTMNQVI--AAYPFVARSSHEVSLQAGQPVTILEAQDKKGNPEWSLV
: . . : :. ... : :.. : :::.::.::: : : ::. : .:: :: :.
CCDS56 GKFETNGTDVDSFQEVDEQIFYAVHAFQARSDHELSLQEYQRVHILRFCDLSGNKEWWLA
700 710 720 730 740 750
650 660 670
pF1KE4 EVNGQRGYVPSGFLARARSPVLWGWSLPS
:..::.::::...:..
CCDS56 EAQGQKGYVPANYLGKMTYA
760 770
>>CCDS13410.1 PREX1 gene_id:57580|Hs109|chr20 (1659 aa)
initn: 311 init1: 170 opt: 338 Z-score: 322.8 bits: 71.4 E(33420): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 339; 31.5% identity (56.3% similar) in 279 aa overlap (5-272:26-297)
10 20 30
pF1KE4 MAKHGADEPSSRSGSPDREGRASEDRSLLHQRLAV-REL
:: ::: : : .: :: . :. :: : :.
CCDS13 MEAPSGSEPGGDGAGDCAHPDPRAPGAAAPSSGPG-PCAAARESERQ--LRLRLCVLNEI
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80
pF1KE4 IDTEVSYLHMLQLCASDIRSRLQQ---------LPQGDLDVLFSNIDDIIKVNSRFLHDL
. :: .:. :.. : . :..: : . .. ::::::.::..:.. :: :
CCDS13 LGTERDYVGTLRFLQSAFLHRIRQNVADSVEKGLTEENVKVLFSNIEDILEVHKDFLAAL
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 QETASKEEEQVQLVGNIFLEFQEELEQVYKVYCASYDQALLLVDTYRKEPELQRHIQGIV
. : .. . .::.::.:.... ::. ::.....:: :. : : .. . . .
CCDS13 EYCLHPEPQSQHELGNVFLKFKDKFC-VYEEYCSNHEKALRLLVELNKIPTVRAFLLSCM
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 EAVVPQAGSSGLSFLLVIPLQRITRYPLLLQKILENTVPDASAYPVLQRAVSALQDVNTN
.. . : :. :.::: .:::::... . : .:..: :..:.. : .:
CCDS13 LLGGRKTTDIPLEGYLLSPIQRICKYPLLLKELAKRTPGKHPDHPAVQSALQAMKTVCSN
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 INEYKMRKEVASKYTKVEQLTLR-ERLARINTHTLSKKTTRLSQLLKQEAGLIPRTEDKE
::: : . : : .::: . : : . . . ::: :: : .
CCDS13 INETKRQME---KLEALEQLQSHIEGWEGSNLTDICTQLLLQGTLLKISAGNIQERAFFL
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 FDDLEERFQWVSLCVTELKNNVAAYLDNLQAFLYFRPHEYNLDIPEGPAVQYCNLARDLH
::.:
CCDS13 FDNLLVYCKRKSRVTGSKKSTKRTKSINGSLYIFRGRINTEVMEVENVEDGTADYHSNGY
300 310 320 330 340 350
675 residues in 1 query sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Oct 24 21:52:26 2019 done: Thu Oct 24 21:52:27 2019
Total Scan time: 1.920 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]