Result of FASTA (omim) for
pF1KE4224
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4224, 786 aa
1>>>pF1KE4224 786 - 786 aa - 786 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3066+/-0.000401; mu= -2.2442+/- 0.025
mean_var=287.3528+/-62.117, 0's: 0 Z-trim(119.9): 393 B-trim: 1887 in 1/56
Lambda= 0.075660
statistics sampled from 34070 (34505) to 34070 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16
Scan time: 14.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_078881 (OMIM: 609746) rho GTPase-activating pro ( 786) 5242 586.3 1.7e-166
XP_005263272 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 735) 4500 505.3 3.8e-142
XP_016864091 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 694) 4415 496.0 2.3e-139
NP_055886 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-activat ( 814) 2575 295.2 7.4e-79
NP_001129080 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-acti ( 759) 2571 294.7 9.5e-79
XP_005268459 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 722) 2559 293.4 2.3e-78
NP_689645 (OMIM: 615936) rho GTPase-activating pro ( 874) 2416 277.9 1.3e-73
XP_016864738 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 811) 2346 270.2 2.5e-71
XP_016864737 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 812) 2330 268.5 8.3e-71
XP_005268455 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 857) 2329 268.4 9.4e-71
XP_016864736 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 866) 2329 268.4 9.5e-71
XP_005268456 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 802) 2325 267.9 1.2e-70
XP_016864739 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 725) 2319 267.2 1.8e-70
XP_005268457 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 765) 2313 266.6 2.9e-70
XP_016872726 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2168 250.8 1.8e-65
XP_011540918 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2168 250.8 1.8e-65
XP_011540917 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2168 250.8 1.8e-65
XP_016872727 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 771) 2017 234.3 1.5e-60
XP_011540919 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 780) 2015 234.1 1.8e-60
XP_006714837 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 628) 1965 228.5 6.7e-59
XP_011535913 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 612) 1962 228.2 8.3e-59
XP_011535912 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 616) 1958 227.8 1.1e-58
XP_016885044 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 565) 1332 159.4 3.9e-38
XP_005262327 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 694) 1332 159.5 4.6e-38
XP_006724716 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 793) 1332 159.5 5.1e-38
NP_002538 (OMIM: 300127,300486) oligophrenin-1 [Ho ( 802) 1332 159.5 5.1e-38
XP_011529263 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 802) 1332 159.5 5.1e-38
XP_011535914 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 457) 1310 156.9 1.7e-37
NP_001193531 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 334) 445 62.4 3.6e-09
NP_001020372 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 433) 445 62.5 4.4e-09
NP_001813 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin isofor ( 459) 445 62.5 4.6e-09
NP_001280010 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 261) 436 61.4 5.9e-09
NP_001280002 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 287) 436 61.4 6.4e-09
NP_001035025 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 332) 436 61.4 7.1e-09
NP_001280000 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 433) 436 61.5 8.8e-09
NP_001280001 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 453) 436 61.5 9.1e-09
NP_004058 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform 2 ( 468) 436 61.5 9.3e-09
NP_001279999 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 481) 436 61.6 9.5e-09
XP_011513409 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 494) 436 61.6 9.7e-09
XP_016867211 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 500) 436 61.6 9.8e-09
NP_001279998 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 543) 436 61.6 1e-08
XP_011513408 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 556) 436 61.6 1.1e-08
XP_011513407 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 569) 436 61.6 1.1e-08
XP_016867210 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 575) 436 61.6 1.1e-08
XP_011509785 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 397) 431 60.9 1.2e-08
XP_016859989 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 432) 431 61.0 1.3e-08
NP_060930 (OMIM: 610578) rho GTPase-activating pro ( 475) 431 61.0 1.4e-08
XP_016859988 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 431 61.0 1.4e-08
XP_011509781 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 431 61.0 1.4e-08
XP_006713620 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 785) 429 60.9 2.4e-08
>>NP_078881 (OMIM: 609746) rho GTPase-activating protein (786 aa)
initn: 5242 init1: 5242 opt: 5242 Z-score: 3110.2 bits: 586.3 E(85289): 1.7e-166
Smith-Waterman score: 5242; 100.0% identity (100.0% similar) in 786 aa overlap (1-786:1-786)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 HLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGSSPFPFSPPATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 HLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGSSPFPFSPPATV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 ADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 ADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 NYVKLL
::::::
NP_078 NYVKLL
>>XP_005263272 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase-acti (735 aa)
initn: 4877 init1: 4500 opt: 4500 Z-score: 2672.9 bits: 505.3 E(85289): 3.8e-142
Smith-Waterman score: 4779; 93.5% identity (93.5% similar) in 786 aa overlap (1-786:1-735)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 HLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGSSPFPFSPPATV
::::::::::::::::
XP_005 HLLADGGSFGDWASTI--------------------------------------------
670
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 ADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 -------IRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
680 690 700 710 720
pF1KE4 NYVKLL
::::::
XP_005 NYVKLL
730
>>XP_016864091 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase-acti (694 aa)
initn: 4415 init1: 4415 opt: 4415 Z-score: 2623.1 bits: 496.0 E(85289): 2.3e-139
Smith-Waterman score: 4415; 100.0% identity (100.0% similar) in 658 aa overlap (129-786:37-694)
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 EQREIMALSVTETLIKPLEKFRKEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TCVLRFRNKTQQHLYNTIPYMDEDISILSLEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDS
10 20 30 40 50 60
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 HLQEADIQVEQNRQHFYELSLEYVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HLQEADIQVEQNRQHFYELSLEYVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELA
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 KDFNHYKMELQINIQNTRNRFEGTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KDFNHYKMELQINIQNTRNRFEGTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKR
130 140 150 160 170 180
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 PAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKFNMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKFNMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCF
190 200 210 220 230 240
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 DIEAADRPGVSLTMQAFSEEERKQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DIEAADRPGVSLTMQAFSEEERKQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTI
250 260 270 280 290 300
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 IRKCISAVETRGINDQGLYRVVGVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IRKCISAVETRGINDQGLYRVVGVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSA
310 320 330 340 350 360
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 LKQYLRSLPEPLMTYELHGDFIVPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKQYLRSLPEPLMTYELHGDFIVPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLT
370 380 390 400 410 420
520 530 540 550 560 570
pF1KE4 NVSNHSKQNLMTVANLGVVFGPTLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NVSNHSKQNLMTVANLGVVFGPTLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPP
430 440 450 460 470 480
580 590 600 610 620 630
pF1KE4 DTTFPEPTCLSASPPNAPPRQSKRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DTTFPEPTCLSASPPNAPPRQSKRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSL
490 500 510 520 530 540
640 650 660 670 680 690
pF1KE4 DSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKNHLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKNHLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSS
550 560 570 580 590 600
700 710 720 730 740 750
pF1KE4 NSAVTPLSPGSSPFPFSPPATVADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NSAVTPLSPGSSPFPFSPPATVADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDV
610 620 630 640 650 660
760 770 780
pF1KE4 QTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQNYVKLL
::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQNYVKLL
670 680 690
>>NP_055886 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-activating (814 aa)
initn: 2879 init1: 1253 opt: 2575 Z-score: 1536.7 bits: 295.2 E(85289): 7.4e-79
Smith-Waterman score: 2812; 55.4% identity (77.0% similar) in 822 aa overlap (1-786:1-814)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: :::::: :::: ::: ...:::::..:::::::::::::.::.: :.:: :.:::
NP_055 MGLPALEFSDCCLDSPHFRETLKSHEAELDKTNKFIKELIKDGKSLISALKNLSSAKRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
: :: .:::. :::: :::: :: ::.::.. :.:::..: : ...:.:: ::::::
NP_055 ADSLNEFKFQCIGDAETDDEMCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.::.:: :::.:::::: ....::::::.:::.:.::::: ::. ::::::.:::
NP_055 KEQIGAAKEAKKKYDKETEKYCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
:: :.::.:::: ::::::.:.:.::.:::::.:.::::::. .: .: :.:::::::::
NP_055 YVFKVQEVQERKMFEFVEPLLAFLQGLFTFYHHGYELAKDFGDFKTQLTISIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::: ::.:...:: .:: : .: :::::::::: ::.::::::: :.. .:..
NP_055 GTRSEVESLMKKMKENPLEHKTISPYTMEGYLYVQEKRH--FGTSWVKHYCTYQRDSKQI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
.:.::...:::: :. : .:: ::.:.::::..:::::.::.::::: .::::.:::.:
NP_055 TMVPFDQKSGGKGGEDESVILKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
. :.::. :.: . .:. . ::.::::..::.:::::: ::::::::.:::::.:
NP_055 RLWMEAMDGREPV---YNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::.:.::.:::.::: :: .:.. . :.::.:::::::: ::: :: ::: :... .::
NP_055 GVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
:: . ::::. :: :::.:::::..::..:..::.::.:. ::::::::::::::::
NP_055 KAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTC-LS--ASPPNAPP
::.:::::::::.::.::::::.::::::::::: : :: . . :: : . ::
NP_055 TLLRPQEETVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KE4 RQSKR---------QGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVT
:.: . .. .. .. : :: ..:: : .. .: ...: .:
NP_055 SCSERPLTLFHTVQSTEKQEQRNSIINSSLE-SVSSNPN-SILNSSSSLQPNMNSSDPDL
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KE4 TAV----PG--PPGPDKNHLLADGGS-FGDWASTIPGQTRSSMVQ---------WLNPQS
..: :. ::.:. . :. . :. .: .: .. :: . :.. .
NP_055 AVVKPTRPNSLPPNPSPTSPLSPSWPMFSAPSSPMPTSSTSSDSSPVRSVAGFVWFSVAA
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740
pF1KE4 PTTTSSNSAVTPLSPGSSPF-PFSPPATVA-DKPPESIRS------RKARAVYPCEAEHS
. . . :.. . : : : . :.: :... :::.:.: :.:::.
NP_055 VVLSLARSSLHAVFSLLVNFVPCHPNLHLLFDRPEEAVHEDSSTPFRKAKALYACKAEHD
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780
pF1KE4 SELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQNYVKLL
::::: :..:..:. :.:::::::::::: ::::.:::..:
NP_055 SELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKTGLIPENYVEFL
780 790 800 810
>>NP_001129080 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-activati (759 aa)
initn: 2882 init1: 1253 opt: 2571 Z-score: 1534.7 bits: 294.7 E(85289): 9.5e-79
Smith-Waterman score: 2870; 58.2% identity (78.9% similar) in 791 aa overlap (1-786:1-759)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: :::::: :::: ::: ...:::::..:::::::::::::.::.: :.:: :.:::
NP_001 MGLPALEFSDCCLDSPHFRETLKSHEAELDKTNKFIKELIKDGKSLISALKNLSSAKRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
: :: .:::. :::: :::: :: ::.::.. :.:::..: : ...:.:: ::::::
NP_001 ADSLNEFKFQCIGDAETDDEMCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.::.:: :::.:::::: ....::::::.:::.:.::::: ::. ::::::.:::
NP_001 KEQIGAAKEAKKKYDKETEKYCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
:: :.::.:::: ::::::.:.:.::.:::::.:.::::::. .: .: :.:::::::::
NP_001 YVFKVQEVQERKMFEFVEPLLAFLQGLFTFYHHGYELAKDFGDFKTQLTISIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::: ::.:...:: .:: : .: :::::::::: ::.::::::: :.. .:..
NP_001 GTRSEVESLMKKMKENPLEHKTISPYTMEGYLYVQEKRH--FGTSWVKHYCTYQRDSKQI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
.:.::...:::: :. : .:: ::.:.::::..:::::.::.::::: .::::.:::.:
NP_001 TMVPFDQKSGGKGGEDESVILKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
. :.::. :.: . .:. . ::.::::..::.:::::: ::::::::.:::::.:
NP_001 RLWMEAMDGREPV---YNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::.:.::.:::.::: :: .:.. . :.::.:::::::: ::: :: ::: :... .::
NP_001 GVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
:: . ::::. :: :::.:::::..::..:..::.::.:. ::::::::::::::::
NP_001 KAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTC-LS--ASPPNAPP
::.:::::::::.::.::::::.::::::::::: : :: . . :: : . ::
NP_001 TLLRPQEETVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 RQSKRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSS-PSPVTTAVPGPPG
:.: :..... : .. ... .:::.:.:: :. . .. .
NP_001 SCSER-------PLTLFHTVQSTEKQEQ----RNSIINSSLESVSSNPNSILNS-SSSLQ
600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 PDKNHLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPL-SPGSSPFPFS
:. : .: : : . : :: . . : .:. :: : :. : :::.: :
NP_001 PNMN------SSDPDLAVVKP--TRPNSL----PPNPSPTSPLSPSWPMFSAPSSPMPTS
650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 PPATVADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKR
.: .:. : : :::.:.: :.:::.::::: :..:..:. :.::::::::::::
NP_001 --STSSDSSPVSTPFRKAKALYACKAEHDSELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKT
700 710 720 730 740
780
pF1KE4 GLIPQNYVKLL
::::.:::..:
NP_001 GLIPENYVEFL
750
>>XP_005268459 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho GTPa (722 aa)
initn: 2807 init1: 1253 opt: 2559 Z-score: 1528.0 bits: 293.4 E(85289): 2.3e-78
Smith-Waterman score: 2767; 56.6% identity (77.0% similar) in 790 aa overlap (1-786:1-722)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: :::::: :::: ::: ...:::::..:::::::::::::.::.: :.:: :.:::
XP_005 MGLPALEFSDCCLDSPHFRETLKSHEAELDKTNKFIKELIKDGKSLISALKNLSSAKRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
: :: .:::. :::: :::: :: ::.::.. :.:::..: : ...:.:: ::::::
XP_005 ADSLNEFKFQCIGDAETDDEMCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.::.:: :::.:::::: ....::::::.:::.:.::::: ::. ::::::.:::
XP_005 KEQIGAAKEAKKKYDKETEKYCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
:: :.::.:::: ::::::.:.:.::.:::::.:.::::::. .: .: :.:::::::::
XP_005 YVFKVQEVQERKMFEFVEPLLAFLQGLFTFYHHGYELAKDFGDFKTQLTISIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::: ::.:...:: .:: : .: :::::::::: ::.::::::: :.. .:..
XP_005 GTRSEVESLMKKMKENPLEHKTISPYTMEGYLYVQEKRH--FGTSWVKHYCTYQRDSKQI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
.:.::...:::: :. : .:: ::.:.::::..:::::.::.::::: .::::.:::.:
XP_005 TMVPFDQKSGGKGGEDESVILKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDR
300 310 320 330 340 350
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pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
. :.::. :.: . .:. . ::.::::..::.:::::: ::::::::.:::::.:
XP_005 RLWMEAMDGREPV---YNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIV
360 370 380 390 400 410
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pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::.:.::.:::.::: :: .:.. . :.::.:::::::: ::: :: ::: :... .::
XP_005 GVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
:: . ::::. :: :::.:::::..::..:..::.::.:. ::::::::::::::::
XP_005 KAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGP
480 490 500 510 520 530
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pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTC-LS--ASPPNAPP
::.:::::::::.::.::::::.::::::::::: : :: . . :: : . ::
XP_005 TLLRPQEETVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 RQSKRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGP
:.: :..... : .. ... .:::.:.:: .:
XP_005 SCSER-------PLTLFHTVQSTEKQEQ----RNSIINSSLESVSS-NP-----------
600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 DKNHLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGS-SPFPFSP
: .: ...: :.:. .. . ..: : :.: .::
XP_005 --NSILNSSSS-------------------LQPNMNSSDPDLAVVKPTRPNSLTPF----
640 650 660
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 PATVADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRG
:::.:.: :.:::.::::: :..:..:. :.:::::::::::: :
XP_005 --------------RKAKALYACKAEHDSELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKTG
670 680 690 700 710
780
pF1KE4 LIPQNYVKLL
:::.:::..:
XP_005 LIPENYVEFL
720
>>NP_689645 (OMIM: 615936) rho GTPase-activating protein (874 aa)
initn: 2576 init1: 1199 opt: 2416 Z-score: 1442.4 bits: 277.9 E(85289): 1.3e-73
Smith-Waterman score: 2418; 53.3% identity (76.8% similar) in 745 aa overlap (1-732:1-731)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: ::::: ::::: ::::.. :: ::::::::::::::::. ::.: ..::.: .::
NP_689 MGLPTLEFSDSYLDSPDFRERLQCHEIELERTNKFIKELIKDGSLLIGALRNLSMAVQKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
..::.::.:: :::: :::: : ::.::. .: .::.:. . .....:: ::::::
NP_689 SQSLQDFQFECIGDAETDDEISIAQSLKEFARLLIAVEEERRRLIQNANDVLIAPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.::.:. :::::::.:: ::...::::::::::.::::::: :.....:.::: :::
NP_689 KEQIGAAKDGKKKFDKESEKYYSILEKHLNLSAKKKESHLQEADTQIDREHQNFYEASLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
:: :.::.::.::::::::.:::.::.:::::.:.:::..: ::..::.:.::::: ::
NP_689 YVFKIQEVQEKKKFEFVEPLLSFLQGLFTFYHEGYELAQEFAPYKQQLQFNLQNTRNNFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
.::.:::.::..... .:.. ::.: ::::::::::: .: .:.:::: : :..: :
NP_689 STRQEVERLMQRMKSANQDYRPPSQWTMEGYLYVQEKRP--LGFTWIKHYCTYDKGSKTF
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLG-----DGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAF
.: : .:.::.. . :.: :: : .:.:::::.:::::::...: :. .:.:::
NP_689 TMSVSEMKSSGKMNGLVTSSPEMFKLKSCIRRKTDSIDKRFCFDIEVVERHGI-ITLQAF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SEEERKQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQG
:: .:: ::::. ::: . ... ::: . : . :.. ::...::::.:::::::. :
NP_689 SEANRKLWLEAMDGKEPI-YTL-PAIISKKE-EMYLNEAGFNFVRKCIQAVETRGITILG
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pF1KE4 LYRVVGVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYEL
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NP_689 VIFGPTLMRAQEETVAAMMNIKFQNIVVEILIEHYEKIFHTAPDPSIPLPQPQSRSGSRR
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pF1KE4 NYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLEYVCKLQEIQERKKFEFVEPM
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XP_005 MCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFRKEQIGAAKEAKKKYDKETEK
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150 160 170 180 190 200
pF1KE4 NYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLEYVCKLQEIQERKKFEFVEPM
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XP_005 YCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLEYVFKVQEVQERKMFEFVEPL
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270 280 290 300 310 320
pF1KE4 KRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKFNMIPFEHRSGGKLGDGEVFF
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XP_005 KTISPYTMEGYLYVQEKR--HFGTSWVKHYCTYQRDSKQITMVPFDQKSGGKGGEDESVI
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XP_005 LKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDRRLWMEAMDGREPV---YNSN
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786 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 09:33:21 2016 done: Sun Nov 6 09:33:23 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]