FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4281, 1502 aa 1>>>pF1KE4281 1502 - 1502 aa - 1502 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1220+/-0.000457; mu= 10.8125+/- 0.029 mean_var=171.0552+/-34.856, 0's: 0 Z-trim(115.7): 382 B-trim: 297 in 1/55 Lambda= 0.098063 statistics sampled from 25907 (26294) to 25907 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16 Scan time: 16.050 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016876776 (OMIM: 602680) PREDICTED: rho GTPase- (1502) 10038 1433.8 0 XP_005267692 (OMIM: 602680) PREDICTED: rho GTPase- (1502) 10038 1433.8 0 XP_005267693 (OMIM: 602680) PREDICTED: rho GTPase- (1502) 10038 1433.8 0 NP_001025226 (OMIM: 602680) rho GTPase-activating (1502) 10038 1433.8 0 NP_001164 (OMIM: 602680) rho GTPase-activating pro (1501) 10019 1431.1 0 XP_016876777 (OMIM: 602680) 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GMPLQDLVTAEKPIPLFVEKCVEFIEDTGLCTEGLYRVSGNKTDQDNIQKQFDQDHNINL 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE4 VSMEVTVNAVAGALKAFFADLPDPLIPYSLHPELLEAAKIPDKTERLHALKEIVKKFHPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 VSMEVTVNAVAGALKAFFADLPDPLIPYSLHPELLEAAKIPDKTERLHALKEIVKKFHPV 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE4 NYDVFRYVITHLNRVSQQHKINLMTADNLSICFWPTLMRPDFENREFLSTTKIHQSVVET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 NYDVFRYVITHLNRVSQQHKINLMTADNLSICFWPTLMRPDFENREFLSTTKIHQSVVET 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE4 FIQQCQFFFYNGEIVETTNIVAPPPPSNPGQLVEPMVPLQLPPPLQPQLIQPQLQTDPLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 FIQQCQFFFYNGEIVETTNIVAPPPPSNPGQLVEPMVPLQLPPPLQPQLIQPQLQTDPLG 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE4 II :: XP_016 II >>XP_005267692 (OMIM: 602680) PREDICTED: rho 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XP_011 STLVQLIDKSRGKTKIIPYFEALKQQSQQIATAKDKYEWLVSRIVKNHNENWLSVSRKMQ 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 NHPDYEEYINLEGTRKARNTFSKHIEQLKQEHIRKRREEYINTLPRAFNTLLPNLEEIEH :.:..:. ::::.::.. : .::..::.:::..::. :. .:: ::..:.:::.::.: XP_011 ASPEYQDYVYLEGTQKAKKLFLQHIHRLKHEHIERRRKLYLAALPLAFEALIPNLDEIDH 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 LNWSEALKLMEKRADFQLCFVVLEKTPWDETDHIDKINDRRIPFDLLSTLEAEKVYQNHV :. .: ::.: . .: :::::.:::: :.:::.....::::::..:. ::..:. :. XP_011 LSCIKAKKLLETKPEFLKWFVVLEETPWDATSHIDNMENERIPFDLMDTVPAEQLYEAHL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 QHLISEKRRVEMKEKFKKTLEKIQFISPGQPWEEVMCFVMEDEAYKYITEADSKEVYGRH ..: .:..::::.. ::..:: ::.::.::::. :.:... :... :. ..::.: XP_011 EKLRNERKRVEMRRAFKENLETSPFITPGKPWEEARSFIMNEDFYQWLEESVYMDIYGKH 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 QREIVEKAKEEFQEMLFEHSELFYDLDLNATPSSDKMSEIHTVLSEEPRYKALQKLAPDR :..:..::::::::.:.:.:::::.:.:.: ::..::. :. ::.:: :.:::::: .: XP_011 QKQIIDKAKEEFQELLLEYSELFYELELDAKPSKEKMGVIQDVLGEEQRFKALQKLQAER 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 ESLLLKHIGFVYHPTKETCLSGQNCTDIKVEQLLASSLLQLDHGRLRLYHDSTNIDKVNL ..:.:::: :::::::::: : :.: :.:.:..: ... . . .. :::..:: XP_011 DALILKHIHFVYHPTKETCPSCPACVDAKIEHLISSRFIRPSDRNQKNSLSDPNIDRINL 550 560 570 580 590 600 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 FILGKDGLAQELANEIRTQST-DDEYALDGKIYELDLRPVDAKSPYFLSQLWTAAFKPHG ::::::::.:::::::. : ::.:..:::.:::.:::.... .... : .:.::: XP_011 VILGKDGLARELANEIRALCTNDDKYVIDGKMYELSLRPIEGNVRLPVNSFQTPTFQPHG 610 620 630 640 650 660 660 670 680 690 700 710 pF1KE4 CFCVFNSIESLSFIGEFIGKIRTEASQIRKDKYMANLPFTLILANQR-DSISKNLPILRH :.:..:: ::::.. : : : : :.. :.:.....::.::::.:.: :. ...: : . 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XP_011 QSNGSGNGSDSEMDTSSLERGRKVSIVSKPVLYRTRC--TRLGRFASYRTSFSVGSDDEL 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE4 GRHRGSEEDPLLSPVETWKGGIDNPAITSDQELDDKKMKKKTHKVKEDKKQKKKTKNFNP : : .::: . . .:: :: .: . . .: . .. ...... : : : : XP_011 GPIRKKEED---QASQGYKG--DNAVIPYETD-EDPRRRNILRSLRRNTK-KPKPKPRPS 1190 1200 1210 1220 1230 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE4 PTRRNWESNYFGMPLQDLVTAEKPIPLFVEKCVEFIEDTGLCTEGLYRVSGNKTDQDNIQ :. .:::::::.:: .:: :::::.:.:.:.:.:: ::: :::.:::::::......: XP_011 ITKATWESNYFGVPLTTVVTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGNKSEMESLQ 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE4 KQFDQDHNINLVSMEVTVNAVAGALKAFFADLPDPLIPYSLHPELLEAAKIPDKTERLHA .:::::::..:. . :::.::::.:.::..:::::.::... .:.:: :: :. ..::: XP_011 RQFDQDHNLDLAEKDFTVNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAHKINDREQKLHA 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KE4 LKEIVKKFHPVNYDVFRYVITHLNRVSQQHKINLMTADNLSICFWPTLMRPDFENREFLS :::..::: :..::.:::.::: XP_011 LKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNNWGEPGHCTSRDVLQETASLRHGAQPQAGGRMVVP 1360 1370 1380 1390 1400 1410 >>XP_016882203 (OMIM: 605277) PREDICTED: rho GTPase-acti (1499 aa) initn: 3300 init1: 1368 opt: 4021 Z-score: 3079.9 bits: 582.6 E(85289): 8.2e-165 Smith-Waterman score: 4975; 50.8% identity (78.3% similar) in 1515 aa overlap (1-1496:2-1491) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MMAKNKEPRPPSYTISIVGLSGTEKDKGNCGVGKSCLCNRFVRSKADEYYPEHTSVLST :::.... : :.:.::.::::::::.::.::.::::::::::: .:::.. .::::::: XP_016 MMMARKQDVRIPTYNISVVGLSGTEKEKGQCGIGKSCLCNRFVRPSADEFHLDHTSVLST 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 IDFGGRVVNNDHFLYWGDIIQNSEDGVECKIHVIEQTEFIDDQTFLPHRSTNLQPYIKRA ::::::::::::::::.. .. :: ::::.:..::::::::::: ::::: :::::::: XP_016 SDFGGRVVNNDHFLYWGEVSRSLEDCVECKMHIVEQTEFIDDQTFQPHRSTALQPYIKRA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 AASKLQSAEKLMYICTDQLGLEQDFEQKQMPEGKLNVDGFLLCIDVSQGCNRKFDDQLKF ::.:: :::::::.:::::::::::::::::.::: :::::: ::::.: ::.::::::: XP_016 AATKLASAEKLMYFCTDQLGLEQDFEQKQMPDGKLLVDGFLLGIDVSRGMNRNFDDQLKF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 VNNLFVQLSKSKKPVIIAATKCDECVDHYLREVQAFASNKKNLLVVETSARFNVNIETCF :.::. ::.:.:::.... ::::: :..:.:....:: .:::: ::::::: :::.. : XP_016 VSNLYNQLAKTKKPIVVVLTKCDEGVERYIRDAHTFALSKKNLQVVETSARSNVNVDLAF 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 TALVQMLDKTRSKPKIIPYLDAYKTQRQLVVTATDKFEKLV-QTVRDYHATWKTVSNKLK ..:::..::.:.: :::::..: : : : ..:: ::.: :: . :.... .: .:: :.. 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