Result of FASTA (omim) for
pF1KE5841
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5841, 1798 aa
1>>>pF1KE5841 1798 - 1798 aa - 1798 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64369986 residues in 92320 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6140+/-0.000492; mu= 4.7179+/- 0.030
mean_var=341.6306+/-70.071, 0's: 0 Z-trim(118.0): 332 B-trim: 58 in 1/55
Lambda= 0.069390
statistics sampled from 31352 (31729) to 31352 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.344), width: 16
Scan time: 10.130
The best scores are: opt bits E(92320)
NP_002283 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin sub (1798) 12880 1305.7 0
XP_005265184 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin (1798) 12880 1305.7 0
XP_016867690 (OMIM: 150240,615191) laminin subunit (1810) 6777 694.8 2.2e-198
NP_002282 (OMIM: 150240,615191) laminin subunit be (1786) 6768 693.8 4e-198
XP_016867691 (OMIM: 150240,615191) laminin subunit (1212) 5239 540.6 3.7e-152
XP_011514282 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1564) 4242 440.9 4.9e-122
XP_016867369 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1567) 4242 440.9 4.9e-122
XP_011514281 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1703) 4242 440.9 5.2e-122
XP_011514280 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1723) 4242 441.0 5.2e-122
XP_016867368 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1753) 4242 441.0 5.3e-122
NP_001304975 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1761) 4242 441.0 5.3e-122
NP_031382 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 is (1761) 4242 441.0 5.3e-122
XP_011514277 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1772) 4242 441.0 5.3e-122
NP_001304976 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1101) 3725 389.0 1.5e-106
NP_001304977 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 ( 772) 2352 251.4 2.8e-65
NP_001316629 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 2 pre ( 605) 1256 141.5 2.5e-32
NP_067052 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 1 precur ( 628) 1256 141.5 2.6e-32
NP_001017402 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 1258 142.0 3.4e-32
NP_001121113 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 1258 142.0 3.4e-32
XP_005273181 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 1258 142.0 3.4e-32
NP_000219 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) lami (1172) 1258 142.0 3.4e-32
NP_001316631 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 3 [Ho ( 591) 1230 138.9 1.5e-31
NP_001316630 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 3 [Ho ( 591) 1230 138.9 1.5e-31
NP_006050 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit ga (1575) 1153 131.7 6e-29
XP_011516423 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit (1581) 1151 131.5 6.9e-29
XP_006716984 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit (1259) 1129 129.2 2.7e-28
NP_002284 (OMIM: 150290) laminin subunit gamma-1 p (1609) 1112 127.6 1.1e-27
NP_005550 (OMIM: 150320,615960) laminin subunit al (3075) 986 115.3 1e-23
XP_016856761 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1108) 922 108.4 4.4e-22
NP_001073291 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin (3118) 927 109.4 6.1e-22
NP_000417 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin sub (3122) 927 109.4 6.1e-22
NP_009054 (OMIM: 276901,608400,613809) usherin iso (1546) 846 100.9 1.1e-19
NP_996816 (OMIM: 276901,608400,613809) usherin iso (5202) 846 101.5 2.4e-19
NP_004813 (OMIM: 601614,618264) netrin-1 precursor ( 604) 807 96.6 8.5e-19
XP_006721658 (OMIM: 601614,618264) netrin-1 isofor ( 604) 807 96.6 8.5e-19
NP_001073966 (OMIM: 604268) multiple epidermal gro ( 602) 723 88.2 2.9e-16
NP_001289925 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) l ( 488) 627 78.5 2e-13
NP_006172 (OMIM: 602349) netrin-3 precursor [Homo ( 580) 621 77.9 3.3e-13
XP_011507814 (OMIM: 610278) platelet endothelial a ( 868) 612 77.2 8.1e-13
XP_016856724 (OMIM: 610278) platelet endothelial a (1081) 612 77.3 9.4e-13
XP_016856762 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin ( 742) 605 76.5 1.2e-12
NP_061486 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin sub (1111) 605 76.6 1.6e-12
NP_005553 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin sub (1193) 605 76.7 1.6e-12
XP_016866342 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin (1916) 605 76.9 2.2e-12
NP_001098676 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit (1823) 600 76.4 3.1e-12
XP_005267040 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit (1823) 600 76.4 3.1e-12
XP_005267041 (OMIM: 600133,615235) laminin subunit (1823) 600 76.4 3.1e-12
XP_005267039 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin (3206) 605 77.2 3.2e-12
XP_011534122 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin (3208) 605 77.2 3.2e-12
XP_005267038 (OMIM: 156225,607855,618138) laminin (3210) 605 77.2 3.2e-12
>>NP_002283 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin subunit (1798 aa)
initn: 12880 init1: 12880 opt: 12880 Z-score: 6985.3 bits: 1305.7 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 12880; 100.0% identity (100.0% similar) in 1798 aa overlap (1-1798:1-1798)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 RLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAPQRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAPQRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AAWWQSENGIPAVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWHVYRYFSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AAWWQSENGIPAVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWHVYRYFSY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 DCGADFPGVPLAPPRHWDDVVCESRYSEIEPSTEGEVIYRVLDPAIPIPDPYSSRIQNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DCGADFPGVPLAPPRHWDDVVCESRYSEIEPSTEGEVIYRVLDPAIPIPDPYSSRIQNLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 KITNLRVNLTRLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGHASECAPAPGAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KITNLRVNLTRLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGHASECAPAPGAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 HAEGMVHGACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHACRKCECHGHTHSCHFDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HAEGMVHGACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHACRKCECHGHTHSCHFDM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 AVYLASGNVSGGVCDGCQHNTAGRHCELCRPFFYRDPTKDLRDPAVCRSCDCDPMGSQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AVYLASGNVSGGVCDGCQHNTAGRHCELCRPFFYRDPTKDLRDPAVCRSCDCDPMGSQDG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 GRCDSHDDPALGLVSGQCRCKEHVVGTRCQQCRDGFFGLSISDRLGCRRCQCNARGTVPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GRCDSHDDPALGLVSGQCRCKEHVVGTRCQQCRDGFFGLSISDRLGCRRCQCNARGTVPG
430 440 450 460 470 480
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pF1KE5 STPCDPNSGSCYCKRLVTGRGCDRCLPGHWGLSHDLLGCRPCDCDVGGALDPQCDEGTGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 STPCDPNSGSCYCKRLVTGRGCDRCLPGHWGLSHDLLGCRPCDCDVGGALDPQCDEGTGQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 CHCRQHMVGRRCEQVQPGYFRPFLDHLIWEAEDTRGQVLDVVERLVTPGETPSWTGSGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CHCRQHMVGRRCEQVQPGYFRPFLDHLIWEAEDTRGQVLDVVERLVTPGETPSWTGSGFV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 RLQEGQTLEFLVASVPKAMDYDLLLRLEPQVPEQWAELELIVQRPGPVPAHSLCGHLVPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RLQEGQTLEFLVASVPKAMDYDLLLRLEPQVPEQWAELELIVQRPGPVPAHSLCGHLVPK
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pF1KE5 DDRIQGTLQPHARYLIFPNPVCLEPGISYKLHLKLVRTGGSAQPETPYSGPGLLIDSLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DDRIQGTLQPHARYLIFPNPVCLEPGISYKLHLKLVRTGGSAQPETPYSGPGLLIDSLVL
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pF1KE5 LPRVLVLEMFSGGDAAALERQATFERYQCHEEGLVPSKTSPSEACAPLLISLSTLIYNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LPRVLVLEMFSGGDAAALERQATFERYQCHEEGLVPSKTSPSEACAPLLISLSTLIYNGA
730 740 750 760 770 780
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LPCQCNPQGSLSSECNPHGGQCLCKPGVVGRRCDLCAPGYYGFGPTGCQACQCSHEGALS
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pF1KE5 SLCEKTSGQCLCRTGAFGLRCDRCQRGQWGFPSCRPCVCNGHADECNTHTGACLGCRDHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SLCEKTSGQCLCRTGAFGLRCDRCQRGQWGFPSCRPCVCNGHADECNTHTGACLGCRDHT
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pF1KE5 GGEHCERCIAGFHGDPRLPYGGQCRPCPCPEGPGSQRHFATSCHQDEYSQQIVCHCRAGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GGEHCERCIAGFHGDPRLPYGGQCRPCPCPEGPGSQRHFATSCHQDEYSQQIVCHCRAGY
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pF1KE5 TGLRCEACAPGHFGDPSRPGGRCQLCECSGNIDPMDPDACDPHTGQCLRCLHHTEGPHCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TGLRCEACAPGHFGDPSRPGGRCQLCECSGNIDPMDPDACDPHTGQCLRCLHHTEGPHCA
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pF1KE5 HCKPGFHGQAARQSCHRCTCNLLGTNPQQCPSPDQCHCDPSSGQCPCLPNVQGPSCDRCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HCKPGFHGQAARQSCHRCTCNLLGTNPQQCPSPDQCHCDPSSGQCPCLPNVQGPSCDRCA
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pF1KE5 PNFWNLTSGHGCQPCACHPSRARGPTCNEFTGQCHCRAGFGGRTCSECQELHWGDPGLQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PNFWNLTSGHGCQPCACHPSRARGPTCNEFTGQCHCRAGFGGRTCSECQELHWGDPGLQC
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KE5 HACDCDSRGIDTPQCHRFTGHCSCRPGVSGVRCDQCARGFSGIFPACHPCHACFGDWDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HACDCDSRGIDTPQCHRFTGHCSCRPGVSGVRCDQCARGFSGIFPACHPCHACFGDWDRV
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pF1KE5 VQDLAARTQRLEQRAQELQQTGVLGAFESSFWHMQEKLGIVQGIVGARNTSAASTAQLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VQDLAARTQRLEQRAQELQQTGVLGAFESSFWHMQEKLGIVQGIVGARNTSAASTAQLVE
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pF1KE5 ATEELRREIGEATEHLTQLEADLTDVQDENFNANHALSGLERDRLALNLTLRQLDQHLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ATEELRREIGEATEHLTQLEADLTDVQDENFNANHALSGLERDRLALNLTLRQLDQHLDL
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pF1KE5 LKHSNFLGAYDSIRHAHSQSAEAERRANTSALAVPSPVSNSASARHRTEALMDAQKEDFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LKHSNFLGAYDSIRHAHSQSAEAERRANTSALAVPSPVSNSASARHRTEALMDAQKEDFN
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pF1KE5 SKHMANQRALGKLSAHTHTLSLTDINELVCGAPGDAPCATSPCGGAGCRDEDGQPRCGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE5 SCNGAAATADLALGRARHTQAELQRALAEGGSILSRVAETRRQASEAQQRAQAALDKANA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SCNGAAATADLALGRARHTQAELQRALAEGGSILSRVAETRRQASEAQQRAQAALDKANA
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pF1KE5 SRGQVEQANQELQELIQSVKDFLNQEGADPDSIEMVATRVLELSIPASAEQIQHLAGAIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SRGQVEQANQELQELIQSVKDFLNQEGADPDSIEMVATRVLELSIPASAEQIQHLAGAIA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KE5 ERVRSLADVDAILARTVGDVRRAEQLLQDARRARSWAEDEKQKAETVQAALEEAQRAQGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ERVRSLADVDAILARTVGDVRRAEQLLQDARRARSWAEDEKQKAETVQAALEEAQRAQGI
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pF1KE5 AQGAIRGAVADTRDTEQTLYQVQERMAGAERALSSAGERARQLDALLEALKLKRAGNSLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AQGAIRGAVADTRDTEQTLYQVQERMAGAERALSSAGERARQLDALLEALKLKRAGNSLA
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pF1KE5 ASTAEETAGSAQGRAQEAEQLLRGPLGDQYQTVKALAERKAQGVLAAQARAEQLRDEARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ASTAEETAGSAQGRAQEAEQLLRGPLGDQYQTVKALAERKAQGVLAAQARAEQLRDEARD
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1750 1760 1770 1780 1790
pF1KE5 LLQAAQDKLQRLQELEGTYEENERALESKAAQLDGLEARMRSVLQAINLQVQIYNTCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLQAAQDKLQRLQELEGTYEENERALESKAAQLDGLEARMRSVLQAINLQVQIYNTCQ
1750 1760 1770 1780 1790
>>XP_005265184 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin subu (1798 aa)
initn: 12880 init1: 12880 opt: 12880 Z-score: 6985.3 bits: 1305.7 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 12880; 100.0% identity (100.0% similar) in 1798 aa overlap (1-1798:1-1798)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 RLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAPQRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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.. .:.. .:.:.:. : :::.::..:..:: ....:. :::.::..:.:: . : : :
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.:. .: :: : : :: : :... ... :..... : : : ..:. :. : .:.
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. :. .::.:..::. :: :..::: :..:: ::.:.: ::.:: .: ::...:
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1790
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1780
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