FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6728, 975 aa 1>>>pF1KE6728 975 - 975 aa - 975 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 63334102 residues in 89105 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6892+/-0.000455; mu= 18.8182+/- 0.028 mean_var=68.7618+/-13.842, 0's: 0 Z-trim(107.5): 54 B-trim: 19 in 1/56 Lambda= 0.154668 statistics sampled from 15892 (15913) to 15892 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.511), E-opt: 0.2 (0.179), width: 16 Scan time: 14.230 The best scores are: opt bits E(89105) NP_057422 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 2 [Ho ( 975) 6418 1442.3 0 NP_001128251 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 1 (1015) 6418 1442.4 0 XP_011526901 (OMIM: 601342) PREDICTED: exportin-2 ( 945) 231 61.8 2.1e-08 NP_001307 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 1 [Hom ( 971) 231 61.8 2.1e-08 NP_001243064 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 2 [ ( 915) 221 59.5 9.5e-08 NP_006382 (OMIM: 605586) importin-7 [Homo sapiens] (1038) 201 55.1 2.3e-06 XP_016874182 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8 ( 532) 170 48.1 0.00016 NP_006381 (OMIM: 605600) importin-8 isoform 1 [Hom (1037) 170 48.2 0.00028 NP_038461 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform 2 [ ( 887) 152 44.1 0.004 NP_001129667 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform ( 887) 152 44.1 0.004 NP_001129668 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform ( 897) 152 44.1 0.004 XP_016874180 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8 (1020) 150 43.7 0.0061 >>NP_057422 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 2 [Homo s (975 aa) initn: 6418 init1: 6418 opt: 6418 Z-score: 7733.3 bits: 1442.3 E(89105): 0 Smith-Waterman score: 6418; 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XP_011 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQN-YPLLLLTLLEKSQDNVIK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 WLAVLYFKHGIDRYWRRVA--PHALSEEEKTTLRAGLITNFNEPINQIATQIAVLIAKVA : . ::. : : :: : :. . : ......:... . .:: :.. :. .. XP_011 VCASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKICEADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDAISIIG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 RLDCPRQWPELIPTLIESVKVQD------DLRQHRALLTFYHVTKTLASKRLAADRKLFY : : :..::.:. ... . : :: ..:. :. . . :..: .. :: XP_011 REDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYR--HEFKSNELWTEIKLVL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 DLASGIYNFACSLWNHHTDTFLQEVSSGNEAAILSSLERTLLSL-KVLRKLTVNGFVEPH : :: : : :. . .:.:. : : .:. . :.. .:. . . : XP_011 D------AFALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFF 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 K-NMEV-MGFLHGIF---ERLKQ--------FLECSRSIGTDNVC------RDRLEKTII . :::. :. .: .. ..: : .:: .: ::. ..... . 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