Result of FASTA (ccds) for
pF1KE8000
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE8000, 434 aa
1>>>pF1KE8000 434 - 434 aa - 434 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6179+/-0.000886; mu= 16.5949+/- 0.054
mean_var=84.2669+/-16.683, 0's: 0 Z-trim(107.7): 123 B-trim: 13 in 1/51
Lambda= 0.139716
statistics sampled from 9601 (9726) to 9601 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.299), width: 16
Scan time: 3.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 434) 2959 606.3 1.9e-173
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 473) 2955 605.5 3.5e-173
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 397) 1506 313.4 2.5e-85
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 427) 965 204.4 1.8e-52
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 477) 965 204.4 2e-52
CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 319) 603 131.3 1.3e-30
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 603 131.4 1.4e-30
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 352) 595 129.7 4.4e-30
CCDS41427.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 324) 583 127.3 2.2e-29
CCDS53408.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 306) 505 111.6 1.1e-24
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 339) 497 110.0 3.7e-24
CCDS53410.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 311) 485 107.5 1.9e-23
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 485 107.6 2e-23
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 387) 399 90.3 3.7e-18
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 399 90.3 3.8e-18
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 399 90.3 4.1e-18
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 399 90.3 4.2e-18
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 389 88.3 1.7e-17
CCDS53411.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 315) 371 84.6 1.6e-16
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 357) 371 84.6 1.7e-16
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 ( 461) 357 81.9 1.5e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 350 80.5 4e-15
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 350 80.5 4.1e-15
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 476) 339 78.2 1.9e-14
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 486) 339 78.2 1.9e-14
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 336 77.6 2.7e-14
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 335 77.4 3.1e-14
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 333 77.0 4.2e-14
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 332 76.8 4.7e-14
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 332 76.8 4.8e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 333 77.1 5.2e-14
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 333 77.1 5.4e-14
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 333 77.1 5.5e-14
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 330 76.4 6.5e-14
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 329 76.2 6.8e-14
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 329 76.2 7.3e-14
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 328 76.0 7.4e-14
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 329 76.2 7.8e-14
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 330 76.5 7.9e-14
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 330 76.5 8.1e-14
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 330 76.5 8.5e-14
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 329 76.3 8.6e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 395) 327 75.8 8.7e-14
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 327 75.8 8.9e-14
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 417) 327 75.8 9.1e-14
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 442) 327 75.8 9.5e-14
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 449) 327 75.8 9.6e-14
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 452) 327 75.8 9.7e-14
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 464) 327 75.8 9.9e-14
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 474) 327 75.8 1e-13
>>CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (434 aa)
initn: 2959 init1: 2959 opt: 2959 Z-score: 3227.6 bits: 606.3 E(32554): 1.9e-173
Smith-Waterman score: 2959; 100.0% identity (100.0% similar) in 434 aa overlap (1-434:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KE8 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE8 CKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE8 RRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE8 GCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE8 PHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE8 CGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE8 VVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPF
370 380 390 400 410 420
430
pF1KE8 ATPLMQELFGITGS
::::::::::::::
CCDS43 ATPLMQELFGITGS
430
>>CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (473 aa)
initn: 2955 init1: 2955 opt: 2955 Z-score: 3222.7 bits: 605.5 E(32554): 3.5e-173
Smith-Waterman score: 2955; 99.8% identity (100.0% similar) in 434 aa overlap (1-434:40-473)
10 20 30
pF1KE8 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE8 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE8 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE8 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE8 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE8 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE8 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430
pF1KE8 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
430 440 450 460 470
>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (397 aa)
initn: 1506 init1: 1506 opt: 1506 Z-score: 1645.3 bits: 313.4 E(32554): 2.5e-85
Smith-Waterman score: 2625; 91.5% identity (91.5% similar) in 434 aa overlap (1-434:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KE8 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE8 CKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE8 RRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFR-------
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE8 GCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ------------------------------VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLL
180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE8 PHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWE
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE8 CGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHR
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE8 VVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPF
330 340 350 360 370 380
430
pF1KE8 ATPLMQELFGITGS
::::::::::::::
CCDS54 ATPLMQELFGITGS
390
>>CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (427 aa)
initn: 969 init1: 297 opt: 965 Z-score: 1055.5 bits: 204.4 E(32554): 1.8e-52
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (38-430:21-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE8 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS87 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE8 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
.:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS87 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE8 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
.: :.. . : . :.:::. .: :.::. ::.: :.: : .:: : ...:
CCDS87 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE8 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
:.: ..:: .. :. .: : .. : .. . : : . :. . .:.
CCDS87 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE8 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
:::.::. .: .. .:.:::.: :::: :::: :::..:.:. .:: : :. . .:
CCDS87 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE8 ECGRLSYC--LED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
:: .: . : : .: . :.::..::. ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS87 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE8 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
. ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :.. :..:::.: .:... : .
CCDS87 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
350 360 370 380 390 400
420 430
pF1KE8 IHPFA----TPLMQELFGITGS
..: :::. :.::
CCDS87 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
410 420
>>CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (477 aa)
initn: 969 init1: 297 opt: 965 Z-score: 1054.8 bits: 204.4 E(32554): 2e-52
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (38-430:71-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE8 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS55 STYLPPAPSGMEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KE8 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
.:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS55 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KE8 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
.: :.. . : . :.:::. .: :.::. ::.: :.: : .:: : ...:
CCDS55 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
160 170 180 190 200 210
190 200 210 220 230
pF1KE8 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
:.: ..:: .. :. .: : .. : .. . : : . :. . .:.
CCDS55 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KE8 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
:::.::. .: .. .:.:::.: :::: :::: :::..:.:. .:: : :. . .:
CCDS55 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KE8 ECGRLSYC--LED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
:: .: . : : .: . :.::..::. ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS55 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KE8 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
. ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :.. :..:::.: .:... : .
CCDS55 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
400 410 420 430 440 450
420 430
pF1KE8 IHPFA----TPLMQELFGITGS
..: :::. :.::
CCDS55 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
460 470
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::..... ::: :.::... ::.:
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::::.:::..::.:.::.: ::. ::: ......: .: :..::. .:: :.
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:. . . : : .: .:: :. : . : ::
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.. :. :.::..:.: .:.:.: . ::.:::::::::
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::::: :.:.. .::.: .: .. :: : : .:: : ::: .:: ...:: :.:::
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:.: ::::. :..::::::::: :. .:::::..:.::.:::. .. .: :::. :..
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..:.:::::: . .. .:: . . ::.::.
CCDS53 GLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEICS
290 300 310
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..: .: :..::. .:: :. :. . . : : .: .:: :. : . : :
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: .. :. :.::..:.:
CCDS12 P--------------------------------------------VLPLVTHFADINTFM
160
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.:.:.: . ::.:::::::::::::: :.:.. .::.: .: .. :: : : .::
CCDS12 VLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIED
170 180 190 200 210 220
320 330 340 350 360
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: ::: .:: ...:: :.::::.: ::::. :..::::::::: :. .:::::..
CCDS12 GARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQLQEEM
230 240 250 260 270 280
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:.::.:::. .. .: :::. :....:.:::::: . .. .:: . . ::.::.
CCDS12 ALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEIC
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430
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CCDS12 S
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pF1KE8 HADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMK
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CCDS41 KSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRA
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: .. :. :.::..:.:
CCDS41 P--------------------------------------------VLPLVTHFADINTFM
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260 270 280 290 300 310
pF1KE8 FKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLED
.:.:.: . ::.:::::::::::::: :.:.. .::.: .: .. :: : : .::
CCDS41 VLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIED
170 180 190 200 210 220
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: ::: .:: ...:: :.::::.: ::::. :..::::::::: :. .:::
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430
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::.
CCDS41 QEICS
350
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CCDS41 MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
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100 110 120 130 140 150
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CCDS41 ACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQTPVQ------LSKEQEELIRTLL
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pF1KE8 DAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQL
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CCDS41 GAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLAP------------------------
90 100 110 120
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pF1KE8 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
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CCDS41 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
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::::: :.:.. .::.: .: .. :: : : .:: : ::: .:: ...:: :.:::
CCDS41 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380
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CCDS41 LQEPEYVLLAAMALFSPAPYLTDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRFL
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pF1KE8 FLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
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CCDS41 YAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEICS
290 300 310 320
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pF1KE8 GGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQ
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CCDS53 MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE8 ACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELM
::::.:::..::.:.::.: ::. ::: ......: .: :..::. .:: :.
CCDS53 ACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQTPVQ------LSKEQEELIRTLL
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KE8 DAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQL
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CCDS53 GAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLAP------------------------
90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KE8 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
.. :. :.::..:.: .:.:.: . ::.:::::::::
CCDS53 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
130 140 150 160
280 290 300 310 320 330
pF1KE8 LKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQ
::::: :.:.. .::.: .: .. :: : : .:: : ::: .:: ...:: :.:::
CCDS53 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KE8 LHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIM
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CCDS53 LQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWI
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CCDS53 HWSGKMLGPKIGPGSKGAQWLQ
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434 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Sun Nov 6 09:15:43 2016 done: Sun Nov 6 09:15:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]