FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9652, 2581 aa 1>>>pF1KE9652 2581 - 2581 aa - 2581 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 64092750 residues in 91774 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1357+/-0.000439; mu= -5.7220+/- 0.027 mean_var=384.3204+/-80.944, 0's: 0 Z-trim(121.1): 236 B-trim: 390 in 1/60 Lambda= 0.065423 statistics sampled from 38351 (38615) to 38351 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.711), E-opt: 0.2 (0.421), width: 16 Scan time: 13.490 The best scores are: opt bits E(91774) NP_001164100 (OMIM: 610528,615032) chromodomain-he (2581) 17294 1648.6 0 NP_065971 (OMIM: 610528,615032) chromodomain-helic (2302) 15484 1477.7 0 XP_016883593 (OMIM: 616114) chromodomain-helicase- (2378) 6352 615.8 2.4e-174 XP_016883591 (OMIM: 616114) chromodomain-helicase- (2424) 6352 615.8 2.4e-174 XP_016883589 (OMIM: 616114) chromodomain-helicase- (2693) 6352 615.8 2.6e-174 XP_005260630 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XP_011 DKSPWPVSSALTARLRRLVTVYQRCNRKELCRPEILGPGNQGYWVQEEMFRRTSEMDLIN 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1800 1810 1820 1830 1840 1850 pF1KE9 REKQQRWTRREQTDFYRVVSTFGVEYDPDTMQFHWDRFRTFARLDKKTDESLTKYFHGFV .: :.:::::::.::::.::.::: :: . : : .:: ..:::::.:::: .::..:: XP_011 KEAQKRWTRREQADFYRTVSSFGVVYDQEKKTFDWTQFRIISRLDKKSDESLEQYFYSFV 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1860 1870 1880 1890 1900 1910 pF1KE9 AMCRQVCRLPPAAGDEPPDPNLFIEPITEERASRTLYRIELLRRLREQVLCHPLLEDRLA ::::.::::: ::: ....::::::::.::::::::::..::::: : :..:: XP_011 AMCRNVCRLPTWKDGGPPDTTIYVEPITEERAARTLYRIELLRKVREQVLKCPQLHERLQ 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1920 1930 1940 1950 1960 1970 pF1KE9 LCQPPGPELPKWWEPVRHDGELLRGAARHGVSQTDCNIMQDPDFSFLAARMNYMQNHQAG ::.: . :: ::: .:: .:: :.:.::...::: ::.::..::: : :: :....: XP_011 LCRP-SLYLPVWWECGKHDRDLLIGTAKHGLNRTDCYIMNDPQLSFLDAYRNYAQHKRSG 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1980 1990 2000 2010 2020 2030 pF1KE9 APAPSLSRCSTPLLHQQYTSRTASPLPLRPDAPVEKSPEETATQVPSLESLTLKLEHEVV . ::. : . : : : : . : . .:. :: XP_011 TQAPGNLCCLYQTNSKLYESLTYSQMS-RTSESLENEPENLVRVESRDDHLSLPDVTCEN 1630 1640 1650 1660 1670 2040 2050 2060 2070 2080 2090 pF1KE9 ARSRPTPQDYEMRVSPSDTTPLVSRSVPPVKLEDEDDSDSELDLSKLSPSSSSSSSSSSS XP_011 FISKVQDVISINHDESLLPESLESMMYGKKVLSQEPSSFQESPSTNTESRKDVITISISK 1680 1690 1700 1710 1720 1730 >>NP_115597 (OMIM: 616114) chromodomain-helicase-DNA-bin (2715 aa) initn: 4940 init1: 3015 opt: 6352 Z-score: 3250.9 bits: 615.8 E(91774): 2.6e-174 Smith-Waterman score: 6470; 59.8% identity (79.3% similar) in 1680 aa overlap (361-2010:6-1660) 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 QGQPAKVVTIQLQVQQPQQKIQIVPQPPSSQPQPQQPPSTQPVTLSSVQQAQIMGPGQSP : . .: . . .. : ...:.. .:: NP_115 MKMKIQKKEKQLSNLKVLNHSPMSDASVNFDYKSP 10 20 30 400 410 420 430 440 pF1KE9 GQRLSVPVKVVLQPQAGSSQGASSGLSVVKVLSASEVAALSSPASSAPHSG------GKT . : . . . :: : . .: : :: : . . :.: : : NP_115 S-----PFDCSTDQEEKIEDVASHCLPQKDLYTAEEEAATLFPRKMTSHNGMEDSGGGGT 40 50 60 70 80 90 450 460 470 480 490 pF1KE9 GMEENRRLEHQKKQE---KANRIVAEAIARARARGEQNIPRVLNEDELPSVRPE---EEG :....:. .. :: :... : : : . :: .: . . . : ..: NP_115 GVKKKRKKKEPGDQEGAAKGSKDREPKPKRKREPKEPKEPRKAKEPKKAKEHKEPKQKDG 100 110 120 130 140 150 500 510 520 530 540 550 pF1KE9 EKKRRKKSAGERLKEEKPKKSKTSGASKTKGK--SKLNTITPVVGKKR-KRNTSSDNSDV :: :: . :: : :.: :..:..::.. :: . ::: ::. ::.. . .. 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NP_115 TFLSEIFLRGIHGPFLIIAPLSTITNWEREFRTWTEMNAIVYHGSQISRQMIQQYEMVYR 500 510 520 530 540 550 910 920 930 940 950 960 pF1KE9 DSRGRLIPGAYKFDALITTFEMILSDCPELREIEWRCVIIDEAHRLKNRNCKLLDSLKHM :..: . :..:: ..::::::::.:::::..:.: ::::::::::::::::::..:: : NP_115 DAQGNPLSGVFKFHVVITTFEMILADCPELKKIHWSCVIIDEAHRLKNRNCKLLEGLKLM 560 570 580 590 600 610 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE9 DLEHKVLLTGTPLQNTVEELFSLLHFLEPSQFPSESEFLKDFGDLKTEEQVQKLQAILKP ::::::::::::::.::::::::.::::::::::. ::..::::::::::.:::.:::: NP_115 ALEHKVLLTGTPLQNSVEELFSLLNFLEPSQFPSETAFLEEFGDLKTEEQVKKLQSILKP 620 630 640 650 660 670 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KE9 MMLRRLKEDVEKNLAPKQETIIEVELTNIQKKYYRAILEKNFSFLSKGAGHTNMPNLLNT :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.. :::::.:: NP_115 MMLRRLKDDVEKNLAPKQETIIEVELTNIQKKYYRAILEKNFSFLTKGANQHNMPNLINT 680 690 700 710 720 730 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE9 MMELRKCCNHPYLINGAEEKILTEFREACHIIPHDFHLQAMVRSAGKLVLIDKLLPKLKA :::::::::::::::::::::: .::.. ::.::::...:::::::::::::: : NP_115 MMELRKCCNHPYLINGAEEKILEDFRKTHSPDAPDFQLQAMIQAAGKLVLIDKLLPKLIA 740 750 760 770 780 790 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KE9 GGHKVLIFSQMVRCLDILEDYLIQRRYLYERIDGRVRGNLRQAAIDRFSKPDSDRFVFLL ::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::: ::::::::::: NP_115 GGHKVLIFSQMVRCLDILEDYLIQRRYTYERIDGRVRGNLRQAAIDRFCKPDSDRFVFLL 800 810 820 830 840 850 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE9 CTRAGGLGINLTAADTCIIFDSDWNPQNDLQAQARCHRIGQSKAVKVYRLITRNSYEREM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_115 CTRAGGLGINLTAADTCIIFDSDWNPQNDLQAQARCHRIGQSKAVKVYRLITRNSYEREM 860 870 880 890 900 910 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KE9 FDKASLKLGLDKAVLQSMSGRDGNITGIQQFSKKEIEDLLRKGAYAAIMEEDDEGSKFCE ::::::::::::::::... : :. .:.::.:: :.:::::::::.:.:.:.:::::::: NP_115 FDKASLKLGLDKAVLQDIN-RKGGTNGVQQLSKMEVEDLLRKGAYGALMDEEDEGSKFCE 920 930 940 950 960 970 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE9 EDIDQILLRRTTTITIESEGKGSTFAKASFVASENRTDISLDDPNFWQKWAKKADLDMDL ::::::: ::: ::::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::: :.:: . NP_115 EDIDQILQRRTHTITIQSEGKGSTFAKASFVASGNRTDISLDDPNFWQKWAKIAELDTEA 980 990 1000 1010 1020 1030 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE9 LNSKNNLVIDTPRVRKQTRHFSTLKDDDLVEFSDLESEDDERP-RSRR-HDRHHAYGRTD : :..:::: :::::::.:......:.:.:::.:.:..:::: :::: .:. . : :.. NP_115 KNEKESLVIDRPRVRKQTKHYNSFEEDELMEFSELDSDSDERPTRSRRLNDKARRYLRAE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE9 CFRVEKHLLVYGWGRWRDILSHGRFKRRMTERDVETICRAILVYCLLHYRGDENIKGFIW ::::::.::..:::::.:::.::::: ...:.:.: ::::.::::. ::.:::.::.::: NP_115 CFRVEKNLLIFGWGRWKDILTHGRFKWHLNEKDMEMICRALLVYCVKHYKGDEKIKSFIW 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE9 DLISPAENGKTKELQNHSGLSIPVPRGRKGKKVKSQSTF-DIHKADWIRKYNPDTLFQDE .::.:...:... :::::::: ::::::::::.:.: . ... :::. ::.....:. 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XP_016 MASITIKLPPIQLSNLKVLNHSPMSDASVNFDYKSPS-- 10 20 30 400 410 420 430 440 pF1KE9 LSVPVKVVLQPQAGSSQGASSGLSVVKVLSASEVAALSSPASSAPHSG------GKTGME : . . . :: : . .: : :: : . . :.: : ::.. XP_016 ---PFDCSTDQEEKIEDVASHCLPQKDLYTAEEEAATLFPRKMTSHNGMEDSGGGGTGVK 40 50 60 70 80 90 450 460 470 480 490 500 pF1KE9 ENRRLEHQKKQE---KANRIVAEAIARARARGEQNIPRVLNEDELPSVRPE---EEGEKK ..:. .. :: :... : : : . :: .: . . . : ..: :: XP_016 KKRKKKEPGDQEGAAKGSKDREPKPKRKREPKEPKEPRKAKEPKKAKEHKEPKQKDGAKK 100 110 120 130 140 150 510 520 530 540 550 pF1KE9 RRKKSAGERLKEEKPKKSKTSGASKTKGK--SKLNTITPVVGKKR-KRNTSSDNSDVEV- :: . :: : :.: :..:..::.. :: . ::: ::. ::.. . ..:. XP_016 ARKPREASGTKEAKEKRSCTDSAARTKSRKASKEQGPTPVEKKKKGKRKSETTVESLELD 160 170 180 190 200 210 560 570 580 590 600 610 pF1KE9 ----MPA-QSPREDEESS-IQKRRSNRQVKRKKYTEDLDIKITDDEEEEEVDVTGPIKPE :. .::.:. ::. :::::.:::::.::.::::.:..::. : . : : . 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