Result of FASTA (ccds) for
pF1KF0017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KF0017, 394 aa
1>>>pF1KF0017 394 - 394 aa - 394 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1251+/-0.000965; mu= 12.4624+/- 0.057
mean_var=84.0759+/-17.058, 0's: 0 Z-trim(106.4): 101 B-trim: 268 in 1/49
Lambda= 0.139874
statistics sampled from 8820 (8934) to 8820 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 2697 554.3 7e-158
CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 1994 412.4 3.6e-115
CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 1939 401.3 7.9e-112
CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 1927 398.9 4.2e-111
CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 1915 396.5 2.3e-110
CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 603 132.0 4.2e-30
CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 569 125.2 4.8e-28
CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 499 110.9 5e-24
CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 499 111.0 5.7e-24
CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 484 108.0 7.2e-23
CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 473 105.6 1.6e-22
CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 474 105.9 1.6e-22
CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 473 105.7 2.3e-22
CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 474 106.0 2.4e-22
CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 337 78.2 3.8e-14
CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 327 76.2 1.2e-13
CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 323 75.3 1.4e-13
CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 323 75.4 2.7e-13
CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 319 74.5 3.1e-13
CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 319 74.6 4.6e-13
CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 ( 319) 299 70.3 2.7e-12
>>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa)
initn: 2697 init1: 2697 opt: 2697 Z-score: 2947.9 bits: 554.3 E(32554): 7e-158
Smith-Waterman score: 2697; 100.0% identity (100.0% similar) in 394 aa overlap (1-394:1-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KF0 KEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KF0 INLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 INLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KF0 STDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 STDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KF0 EPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KF0 GIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATSA
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KF0 EERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
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CCDS13 EERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
370 380 390
>>CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 (399 aa)
initn: 2032 init1: 1983 opt: 1994 Z-score: 2181.1 bits: 412.4 E(32554): 3.6e-115
Smith-Waterman score: 1994; 73.1% identity (91.7% similar) in 387 aa overlap (8-394:13-399)
10 20 30 40 50
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEE
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CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KF0 SRMAQKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYL
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CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KF0 GERDPINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCN
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CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KF0 PGVFQSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLF
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CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KF0 DSIKSEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTT
.:::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KF0 DKEPRGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRI
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CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KF0 SATSAEERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
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CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
370 380 390
>>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa)
initn: 1939 init1: 1939 opt: 1939 Z-score: 2121.2 bits: 401.3 E(32554): 7.9e-112
Smith-Waterman score: 1939; 69.6% identity (90.5% similar) in 388 aa overlap (7-394:7-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQ
:: .:. : ::. :. ....:: .::.:..:......... .:. : :. :
CCDS12 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KF0 KEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDP
..... .::::::::: ::::...:..:: ..::::::::::::::::: :::::.
CCDS12 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KF0 INLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVFQ
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CCDS12 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KF0 STDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKS
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CCDS12 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KF0 EPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPR
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS12 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KF0 GIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATSA
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CCDS12 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KF0 EERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
::.:.::.::.:... :::.....:::.:. :.
CCDS12 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
370 380 390
>>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa)
initn: 1925 init1: 1902 opt: 1927 Z-score: 2108.1 bits: 398.9 E(32554): 4.2e-111
Smith-Waterman score: 1927; 70.5% identity (89.4% similar) in 387 aa overlap (8-394:9-395)
10 20 30 40 50
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMA
:..:.. : .::. :. ....:: :::.::::::.: .:. . :.:: .
CCDS32 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KF0 QKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERD
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CCDS32 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KF0 PINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVF
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CCDS32 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KF0 QSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIK
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CCDS32 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KF0 SEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEP
.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS32 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KF0 RGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATS
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CCDS32 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KF0 AEERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
::...::. :.:.:.: :::.....::::..: .
CCDS32 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1930 init1: 1322 opt: 1915 Z-score: 2095.0 bits: 396.5 E(32554): 2.3e-110
Smith-Waterman score: 1915; 70.4% identity (89.2% similar) in 388 aa overlap (8-394:9-396)
10 20 30 40 50
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMA
:..:.. : .::. :. ....:: :::.::::::.: .:. . :.:: .
CCDS42 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KF0 QKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERD
:..:.. .::::::::: ::::..::. :: .:::.:::::::::::::: ::::::
CCDS42 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KF0 PINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVF
.:.:::.:::. :::..::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :: :::
CCDS42 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KF0 QSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIK
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CCDS42 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KF0 SEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKE
.:::.::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.:::::
CCDS42 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KF0 PRGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISAT
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CCDS42 PRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KF0 SAEERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
. ::...::. :.:.:.: :::.....::::..: .
CCDS42 TPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa)
initn: 571 init1: 373 opt: 603 Z-score: 653.9 bits: 132.0 E(32554): 4.2e-30
Smith-Waterman score: 603; 40.2% identity (73.1% similar) in 249 aa overlap (3-247:640-886)
10 20 30
pF1KF0 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLED
: . .:.: .: .. . : .: :..
CCDS61 KKGLECLVSILKCMVEWSKDQYVNPNSQTTLGQEKPSEQEMSEIKHPETI--NRYGSLNS
610 620 630 640 650 660
40 50 60 70 80 90
pF1KF0 IQKLKDE-IADVFAQIDCFESAEESRMAQKEKELC-IGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLT
... .. :.. .:.. .. :. .. ...::. : :: : .::::. :. .:
CCDS61 LESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGIQYLQEQGMLG
670 680 690 700 710 720
100 110 120 130 140 150
pF1KF0 PDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDPINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWS
.:::.::.. : :..: .: .::. : .: .:. :.:: :.:.. ..:.:::.:: .
CCDS61 TTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQHDFSGKDFVSALRMFLEG
730 740 750 760 770 780
160 170 180 190 200
pF1KF0 FRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPG--VFQSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRP
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CCDS61 FRLPGEAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLTTDLHSPQVKNKM
790 800 810 820 830 840
210 220 230 240 250 260
pF1KF0 PFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKSEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLK
:....::::::...::::. : ... : .. .:. :
CCDS61 TKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSAIYNEIAGKKISMKETKELTIPTKSSKQNVASEKQR
850 860 870 880 890 900
270 280 290 300 310 320
pF1KF0 LGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPRGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPS
CCDS61 RLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHVQAPFTSATHLEHVRPMFKLAWTPFLAAFSVGLQDC
910 920 930 940 950 960
>>CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785 aa)
initn: 591 init1: 348 opt: 569 Z-score: 617.0 bits: 125.2 E(32554): 4.8e-28
Smith-Waterman score: 569; 44.0% identity (77.0% similar) in 200 aa overlap (51-247:632-831)
30 40 50 60 70
pF1KF0 RIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQKEKELCI-GRKKFNMDPAKG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]