Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0050
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0050, 740 aa
1>>>pF1KSDA0050 740 - 740 aa - 740 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7742+/-0.00108; mu= 6.3938+/- 0.065
mean_var=266.9982+/-53.549, 0's: 0 Z-trim(112.8): 111 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.078491
statistics sampled from 13420 (13527) to 13420 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.416), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11101.1 ACAP1 gene_id:9744|Hs108|chr17 ( 740) 4937 572.9 6e-163
CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 ( 778) 1872 225.9 1.9e-58
CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 ( 834) 1847 223.1 1.4e-57
>>CCDS11101.1 ACAP1 gene_id:9744|Hs108|chr17 (740 aa)
initn: 4937 init1: 4937 opt: 4937 Z-score: 3038.9 bits: 572.9 E(32554): 6e-163
Smith-Waterman score: 4937; 100.0% identity (100.0% similar) in 740 aa overlap (1-740:1-740)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTVKLDFEECLKDSPRFRASIELVEAEVSELETRLEKLLKLGTGLLESGRHYLAASRAFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MTVKLDFEECLKDSPRFRASIELVEAEVSELETRLEKLLKLGTGLLESGRHYLAASRAFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VGICDLARLGPPEPMMAECLEKFTVSLNHKLDSHAELLDATQHTLQQQIQTLVKEGLRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VGICDLARLGPPEPMMAECLEKFTVSLNHKLDSHAELLDATQHTLQQQIQTLVKEGLRGF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REARRDFWRGAESLEAALTHNAEVPRRRAQEAEEAGAALRTARAGYRGRALDYALQINVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 REARRDFWRGAESLEAALTHNAEVPRRRAQEAEEAGAALRTARAGYRGRALDYALQINVI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EDKRKFDIMEFVLRLVEAQATHFQQGHEELSRLSQYRKELGAQLHQLVLNSAREKRDMEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EDKRKFDIMEFVLRLVEAQATHFQQGHEELSRLSQYRKELGAQLHQLVLNSAREKRDMEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RHVLLKQKELGGEEPEPSLREGPGGLVMEGHLFKRASNAFKTWSRRWFTIQSNQLVYQKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RHVLLKQKELGGEEPEPSLREGPGGLVMEGHLFKRASNAFKTWSRRWFTIQSNQLVYQKK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD YKDPVTVVVDDLRLCTVKLCPDSERRFCFEVVSTSKSCLLQADSERLLQLWVSAVQSSIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YKDPVTVVVDDLRLCTVKLCPDSERRFCFEVVSTSKSCLLQADSERLLQLWVSAVQSSIA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SAFSQARLDDSPRGPGQGSGHLAIGSAATLGSGGMARGREPGGVGHVVAQVQSVDGNAQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SAFSQARLDDSPRGPGQGSGHLAIGSAATLGSGGMARGREPGGVGHVVAQVQSVDGNAQC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD CDCREPAPEWASINLGVTLCIQCSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDSWEPELVKLMCELGNVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CDCREPAPEWASINLGVTLCIQCSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDSWEPELVKLMCELGNVI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD INQIYEARVEAMAVKKPGPSCSRQEKEAWIHAKYVEKKFLTKLPEIRGRRGGRGRPRGQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 INQIYEARVEAMAVKKPGPSCSRQEKEAWIHAKYVEKKFLTKLPEIRGRRGGRGRPRGQP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PVPPKPSIRPRPGSLRSKPEPPSEDLGSLHPGALLFRASGHPPSLPTMADALAHGADVNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PVPPKPSIRPRPGSLRSKPEPPSEDLGSLHPGALLFRASGHPPSLPTMADALAHGADVNW
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VNGGQDNATPLIQATAANSLLACEFLLQNGANVNQADSAGRGPLHHATILGHTGLACLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VNGGQDNATPLIQATAANSLLACEFLLQNGANVNQADSAGRGPLHHATILGHTGLACLFL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KRGADLGARDSEGRDPLTIAMETANADIVTLLRLAKMREAEAAQGQAGDETYLDIFRDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KRGADLGARDSEGRDPLTIAMETANADIVTLLRLAKMREAEAAQGQAGDETYLDIFRDFS
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KSD LMASDDPEKLSRRSHDLHTL
::::::::::::::::::::
CCDS11 LMASDDPEKLSRRSHDLHTL
730 740
>>CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 (778 aa)
initn: 2432 init1: 709 opt: 1872 Z-score: 1162.8 bits: 225.9 E(32554): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 2479; 51.6% identity (75.0% similar) in 779 aa overlap (1-732:1-770)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTVKLDFEECLKDSPRFRASIELVEAEVSELETRLEKLLKLGTGLLESGRHYLAASRAFV
: . .::::::::::::::..: ::..:.::: .:.::.:: .....:. . .:.. :.
CCDS33 MKMTVDFEECLKDSPRFRAALEEVEGDVAELELKLDKLVKLCIAMIDTGKAFCVANKQFM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VGICDLARLGPPEPMMAECLEKFTVSLNHKLDSHAELLDATQHTLQQQIQTLVKEGLRGF
:: :::. . . .. : ::. ::.. .. :. :.: ::.... :.:..::: :: :
CCDS33 NGIRDLAQYSSNDAVVETSLTKFSDSLQEMINFHTILFDQTQRSIKAQLQNFVKEDLRKF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REARRDFWRGAESLEAALTHNAEVPRRRAQEAEEAGAALRTARAGYRGRALDYALQINVI
..:...: . .: : ::..::.: : . .:.::: : ..: .: ::::.:::::.
CCDS33 KDAKKQFEKVSEEKENALVKNAQVQRNKQHEVEEATNILTATRKCFRHIALDYVLQINVL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EDKRKFDIMEFVLRLVEAQATHFQQGHEELSRLSQYRKELGAQLHQLVLNSAREKRDMEQ
..::. .:.. .: .. :. . :.::.. .:.:. : :.::::: .::...:.:::.:::
CCDS33 QSKRRSEILKSMLSFMYAHLAFFHQGYDLFSELGPYMKDLGAQLDRLVVDAAKEKREMEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KSD RHVLLKQKELGGEEPEPSLR-EGPGGLVMEGHLFKRASNAFKTWSRRWFTIQSNQLVYQK
.: ..::...... . .. .:.::::.::::::::::::.::::.::.:::::::
CCDS33 KHSTIQQKDFSSDDSKLEYNVDAANGIVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNNQLVYQK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KYKDPVTVVVDDLRLCTVKLCPDSERRFCFEVVSTSKSCLLQADSERLLQLWVSAVQSSI
:.:: ::::.:::::::: : : :::::::::: .:::.::::::.: : :..:::.::
CCDS33 KFKDNPTVVVEDLRLCTVKHCEDIERRFCFEVVSPTKSCMLQADSEKLRQAWIKAVQTSI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ASAFSQARLDDSPRGPGQGSGHLAIGSAATLGSGGMARGREPGGVGHVVAQVQSVDGNAQ
:.:. . . :.: . ..: :...: ::. .. . : . .. .:: . :::.
CCDS33 ATAYRE-KGDESEKLDKKSSP-----STGSLDSGNESKEKLLKGES-ALQRVQCIPGNAS
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD CCDCREPAPEWASINLGVTLCIQCSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDSWEPELVKLMCELGNV
:::: :.:::::::.::::.:::::::::::::::::::::.:::::.::::::::
CCDS33 CCDCGLADPRWASINLGITLCIECSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDTWEPELLKLMCELGND
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD IINQIYEARVEAMAVKKPGPSCSRQEKEAWIHAKYVEKKFLTKL------PEIRGRRGGR
.::..::: :: :..::: :. .::::::.:.:::::.::. : :: . . ..
CCDS33 VINRVYEANVEKMGIKKPQPG-QRQEKEAYIRAKYVERKFVDKYSISLSPPEQQKKFVSK
480 490 500 510 520 530
540 550 560
pF1KSD GR-----------PRGQPPVPPKPSIR-----------------PRPGSLRSKPEPPSE-
. : : . . :.: : : : :: .:
CCDS33 SSEEKRLSISKFGPGDQVRASAQSSVRSNDSGIQQSSDDGRESLPSTVSANSLYEPEGER
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610
pF1KSD -------DLGSLHPGALLFRASGHPPSLPTMADALAHGADVNWVNGGQDNATPLIQATAA
: :.:: :.::: . .:: ::.::::::::::.:. ...:::::::. .
CCDS33 QDSSMFLDSKHLNPGLQLYRAS-YEKNLPKMAEALAHGADVNWANSEENKATPLIQAVLG
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650 660 670
pF1KSD NSLLACEFLLQNGANVNQADSAGRGPLHHATILGHTGLACLFLKRGADLGARDSEGRDPL
.::..::::::::::::: : :::::::::.::::: .::::::::. : : ::.:::
CCDS33 GSLVTCEFLLQNGANVNQRDVQGRGPLHHATVLGHTGQVCLFLKRGANQHATDEEGKDPL
660 670 680 690 700 710
680 690 700 710 720 730
pF1KSD TIAMETANADIVTLLRLAKM----REAEAAQGQAGDETYLDIFRDFSLMASDDPEKLSRR
.::.:.::::::::::::.: ::.:. :: ::::: ::::::: :::..::::.:
CCDS33 SIAVEAANADIVTLLRLARMNEEMRESEGLYGQPGDETYQDIFRDFSQMASNNPEKLNRF
720 730 740 750 760 770
740
pF1KSD SHDLHTL
CCDS33 QQDSQKF
>>CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 (834 aa)
initn: 2393 init1: 1166 opt: 1847 Z-score: 1147.2 bits: 223.1 E(32554): 1.4e-57
Smith-Waterman score: 2091; 47.2% identity (69.4% similar) in 779 aa overlap (1-674:1-770)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTVKLDFEECLKDSPRFRASIELVEAEVSELETRLEKLLKLGTGLLESGRHYLAASRAFV
::: .::::.::::::::.:. ::..: :.:..:.::.:: .:..:.:. :...:: ::
CCDS19 MTV--EFEECVKDSPRFRATIDEVETDVVEIEAKLDKLVKLCSGMVEAGKAYVSTSRLFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VGICDLARLGPPEPMMAECLEKFTVSLNHKLDSHAELLDATQHTLQQQIQTLVKEGLRGF
:. ::.. . ...:::..:. ::.. .. : :.: .:....::.:..::: .: :
CCDS19 SGVRDLSQQCQGDTVISECLQRFADSLQEVVNYHMILFDQAQRSVRQQLQSFVKEDVRKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REARRDFWRGAESLEAALTHNAEVPRRRAQEAEEAGAALRTARAGYRGRALDYALQINVI
.:....: . :.:: .:..::..::.: .:.::: .:: .: .: ::::.:::::.
CCDS19 KETKKQFDKVREDLELSLVRNAQAPRHRPHEVEEATGALTLTRKCFRHLALDYVLQINVL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EDKRKFDIMEFVLRLVEAQATHFQQGHEELSRLSQYRKELGAQLHQLVLNSAREKRDMEQ
. :.::.:.. .: ...::.. ::::. : .:. : :.:.:.: :::..:: :::.::.
CCDS19 QAKKKFEILDSMLSFMHAQSSFFQQGYSLLHQLDPYMKKLAAELDQLVIDSAVEKREMER
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KSD RHVLLKQKEL----GGEEPEPSLR-EGPGGLVMEGHLFKRASNAFKTWSRRWFTIQSNQL
.:. ..:. : . .: . . ..:.:.::::.::::::::::::.::::.::..::
CCDS19 KHAAIQQRTLLQDFSYDESKVEFDVDAPSGVVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNSQL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VYQKKYKDPVTVVVDDLRLCTVKLCPDSERRFCFEVVSTSKSCLLQADSERLLQLWVSAV
::::: :: .::::::::::.:: : : ::::::::.: .:::.::::::.: : ::.::
CCDS19 VYQKKLKDALTVVVDDLRLCSVKPCEDIERRFCFEVLSPTKSCMLQADSEKLRQAWVQAV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD QSSIASAFSQARLDDSPRGPGQGSGHLAIGSAATLGSGGMARGREPGGVGHVVAQ-VQSV
:.:::::. .. :: . . . : :.... :. . :: : :. : : ::::
CCDS19 QASIASAYRES--PDSCYS--ERLDRTASPSTSSIDSA--TDTRERGVKGESVLQRVQSV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DGNAQCCDCREPAPEWASINLGVTLCIQCSGIHRSLGVHFSKVRSLTLDSWEPELVKLMC
::.:: :: .: :.:::::::: :::.::::::::::: :::::::::::::::.::::
CCDS19 AGNSQCGDCGQPDPRWASINLGVLLCIECSGIHRSLGVHCSKVRSLTLDSWEPELLKLMC
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD ELGNVIINQIYEARVEAMAVKKPGPSCSRQEKEAWIHAKYVEKKFLTKLPEIRGRRGGRG
:::: .::::::. :. . .:: : :::.:::::. :::::::: : : . .. :
CCDS19 ELGNSAVNQIYEAQCEGAGSRKPTASSSRQDKEAWIKDKYVEKKFLRKAPMAPALEAPRR
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KSD -------RPRGQPPVPP-KPSIRPRP-----------GSLRSK-----------------
::...: .: . ..: .: :.: :
CCDS19 WRVQKCLRPHSSPRAPTARRKVRLEPVLPCVAALSSVGTLDRKFRRDSLFCPDELDSLFS
540 550 560 570 580 590
560
pF1KSD ----------PEPPSED---------------LGS-------------------------
:. : : .::
CCDS19 YFDAGAAGAGPRSLSSDSGLGGSSDGSSDVLAFGSGSVVDSVTEEEGAESEESSGEADGD
600 610 620 630 640 650
570 580 590 600 610
pF1KSD -------------LHPGALLFRASGHPPSLPTMADALAHGADVNWVNGGQDNATPLIQAT
:::: : ::. . .::..: ::::::.:::... ... :::.::.
CCDS19 TEAEAWGLADVRELHPGLLAHRAA-RARDLPALAAALAHGAEVNWADAEDEGKTPLVQAV
660 670 680 690 700 710
620 630 640 650 660 670
pF1KSD AANSLLACEFLLQNGANVNQADSAGRGPLHHATILGHTGLACLFLKRGADLGARDSEGRD
..::..:::::::::.::: :: ::.::::::.::.:: .::::::::: : :.: :
CCDS19 LGGSLIVCEFLLQNGADVNQRDSRGRAPLHHATLLGRTGQVCLFLKRGADQHALDQEQRD
720 730 740 750 760 770
680 690 700 710 720 730
pF1KSD PLTIAMETANADIVTLLRLAKMREAEAAQGQAGDETYLDIFRDFSLMASDDPEKLSRRSH
CCDS19 PLAIAVQAANADIVTLLRLARMAEEMREAEAAPGPPGALAGSPTELQFRRCIQEFISLHL
780 790 800 810 820 830
740 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 23:38:45 2016 done: Wed Nov 2 23:38:45 2016
Total Scan time: 3.020 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]