FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0057, 370 aa
  1>>>pF1KSDA0057 370 - 370 aa - 370 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2354+/-0.00104; mu= 16.8074+/- 0.062
 mean_var=61.5450+/-12.618, 0's: 0 Z-trim(102.7): 33  B-trim: 0 in 0/47
 Lambda= 0.163485
 statistics sampled from 7077 (7089) to 7077 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.218), width:  16
 Scan time:  2.200

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34477.1 TRAM2 gene_id:9697|Hs108|chr6          ( 370) 2499 598.2 3.6e-171
CCDS6207.1 TRAM1 gene_id:23471|Hs108|chr8          ( 374) 1342 325.4 5.2e-89
CCDS3707.1 TRAM1L1 gene_id:133022|Hs108|chr4       ( 369) 1072 261.7 7.5e-70
CCDS83300.1 TRAM1 gene_id:23471|Hs108|chr8         ( 288) 1067 260.4 1.4e-69


>>CCDS34477.1 TRAM2 gene_id:9697|Hs108|chr6               (370 aa)
 initn: 2499 init1: 2499 opt: 2499  Z-score: 3186.4  bits: 598.2 E(32554): 3.6e-171
Smith-Waterman score: 2499; 100.0% identity (100.0% similar) in 370 aa overlap (1-370:1-370)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAFRRRTKSYPLFSQEFVIHNHADIGFCLVLCVLIGLMFEVTAKTAFLFILPQYNISVPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAFRRRTKSYPLFSQEFVIHNHADIGFCLVLCVLIGLMFEVTAKTAFLFILPQYNISVPT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ADSETVHYHYGPKDLVTILFYIFITIILHAVVQEYILDKISKRLHLSKVKHSKFNESGQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ADSETVHYHYGPKDLVTILFYIFITIILHAVVQEYILDKISKRLHLSKVKHSKFNESGQL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD VVFHFTSVIWCFYVVVTEGYLTNPRSLWEDYPHVHLPFQVKFFYLCQLAYWLHALPELYF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VVFHFTSVIWCFYVVVTEGYLTNPRSLWEDYPHVHLPFQVKFFYLCQLAYWLHALPELYF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QKVRKEEIPRQLQYICLYLVHIAGAYLLNLSRLGLILLLLQYSTEFLFHTARLFYFADEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QKVRKEEIPRQLQYICLYLVHIAGAYLLNLSRLGLILLLLQYSTEFLFHTARLFYFADEN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD NEKLFSAWAAVFGVTRLFILTLAVLAIGFGLARMENQAFDPEKGNFNTLFCRLCVLLLVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NEKLFSAWAAVFGVTRLFILTLAVLAIGFGLARMENQAFDPEKGNFNTLFCRLCVLLLVC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD AAQAWLMWRFIHSQLRHWREYWNEQSAKRRVPATPRLPARLIKRESGYHENGVVKAENGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AAQAWLMWRFIHSQLRHWREYWNEQSAKRRVPATPRLPARLIKRESGYHENGVVKAENGT
              310       320       330       340       350       360

              370
pF1KSD SPRTKKLKSP
       ::::::::::
CCDS34 SPRTKKLKSP
              370

>>CCDS6207.1 TRAM1 gene_id:23471|Hs108|chr8               (374 aa)
 initn: 1316 init1: 1081 opt: 1342  Z-score: 1711.6  bits: 325.4 E(32554): 5.2e-89
Smith-Waterman score: 1342; 52.5% identity (81.6% similar) in 375 aa overlap (1-369:1-373)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD MAFRRR-TKSYPLFSQEFVIHNHADIGFCLVLCVLIGLMFEVTAKTAFLFILPQYNISVP
       ::.:.. ::: :..:.:::..:::::  :...  :.:::::.:::....:.  :::...:
CCDS62 MAIRKKSTKSPPVLSHEFVLQNHADIVSCVAMVFLLGLMFEITAKASIIFVTLQYNVTLP
               10        20        30        40        50        60

      60            70        80        90       100       110     
pF1KSD TAD---SETVH-YHYGPKDLVTILFYIFITIILHAVVQEYILDKISKRLHLSKVKHSKFN
       ...   .:.:  :.:: :::.:..::....::.:::.:::.::::..:.:.::.::::::
CCDS62 ATEEQATESVSLYYYGIKDLATVFFYMLVAIIIHAVIQEYMLDKINRRMHFSKTKHSKFN
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KSD ESGQLVVFHFTSVIWCFYVVVTEGYLTNPRSLWEDYPHVHLPFQVKFFYLCQLAYWLHAL
       ::::: .:.. . .:  .....:.:...:  ::. :::  . ::.::::. ::::::::.
CCDS62 ESGQLSAFYLFACVWGTFILISENYISDPTILWRAYPHNLMTFQMKFFYISQLAYWLHAF
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KSD PELYFQKVRKEEIPRQLQYICLYLVHIAGAYLLNLSRLGLILLLLQYSTEFLFHTARLFY
       :::::::..::.::::: :: ::: ::::::::::..:::.::.:.: .::::: .::::
CCDS62 PELYFQKTKKEDIPRQLVYIGLYLFHIAGAYLLNLNHLGLVLLVLHYFVEFLFHISRLFY
              190       200       210       220       230       240

         240       250       260       270       280       290     
pF1KSD FADENNEKLFSAWAAVFGVTRLFILTLAVLAIGFGLARMENQAFDPEKGNFNTLFCRLCV
       :..:. .: :: ::..: . ::. : :.::..:::::: ::: .:   ::::.:  :. :
CCDS62 FSNEKYQKGFSLWAVLFVLGRLLTLILSVLTVGFGLARAENQKLDFSTGNFNVLAVRIAV
              250       260       270       280       290       300

         300       310       320        330       340       350    
pF1KSD LLLVCAAQAWLMWRFIHSQLRHWREYWNEQS-AKRRVPATPRLPARLIKRESGYHENGVV
       :  .:..::..::.::. :::.:::.   :. : .. :.. .  .:  :. .    ::..
CCDS62 LASICVTQAFMMWKFINFQLRRWREHSAFQAPAVKKKPTVTK--GRSSKKGTENGVNGTL
              310       320       330       340         350        

          360       370
pF1KSD KAENGTSPRTKKLKSP
        .. . :::.:: :: 
CCDS62 TSNVADSPRNKKEKSS
      360       370    

>>CCDS3707.1 TRAM1L1 gene_id:133022|Hs108|chr4            (369 aa)
 initn: 1040 init1: 865 opt: 1072  Z-score: 1367.5  bits: 261.7 E(32554): 7.5e-70
Smith-Waterman score: 1072; 44.9% identity (74.7% similar) in 376 aa overlap (1-369:1-368)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD MAFRRR-TKSYPLFSQEFVIHNHADIGFCLVLCVLIGLMFEVTAKTAFLFILPQYNISVP
       :..:.. ::. :..::::...:::::  :. .  :.::.:: ::.....:.  :....::
CCDS37 MGLRKKSTKNPPVLSQEFILQNHADIVSCVGMFFLLGLVFEGTAEASIVFLTLQHSVAVP
               10        20        30        40        50        60

      60            70        80        90       100       110     
pF1KSD TADSETVH----YHYGPKDLVTILFYIFITIILHAVVQEYILDKISKRLHLSKVKHSKFN
       .:. ...     :.:: :::.:..::....::.::..:::.::::.::....:.:..:::
CCDS37 AAEEQATGSKSLYYYGVKDLATVFFYMLVAIIIHATIQEYVLDKINKRMQFTKAKQNKFN
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KSD ESGQLVVFHFTSVIWCFYVVVTEGYLTNPRSLWEDYPHVHLPFQVKFFYLCQLAYWLHAL
       ::::. ::.: : ::  .....:. :..:  .:.  ::  . ::.::::. :::::.::.
CCDS37 ESGQFSVFYFFSCIWGTFILISENCLSDPTLIWKARPHSMMTFQMKFFYISQLAYWFHAF
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KSD PELYFQKVRKEEIPRQLQYICLYLVHIAGAYLLNLSRLGLILLLLQYSTEFLFHTARLFY
       :::::::..:..::::: :: :.: ::.::::: :..:::.::.:.: .:.: :   :::
CCDS37 PELYFQKTKKQDIPRQLVYIGLHLFHITGAYLLYLNHLGLLLLVLHYFVELLSHMCGLFY
              190       200       210       220       230       240

         240       250       260       270       280       290     
pF1KSD FADENNEKLFSAWAAVFGVTRLFILTLAVLAIGFGLARMENQAFDPEKGNFNTLFCRLCV
       :.::. .: .: :: :: . ::  : ..::..:: ::  .:.  :   :: :.:  .. :
CCDS37 FSDEKYQKGISLWAIVFILGRLVTLIVSVLTVGFHLAGSQNRNPDALTGNVNVLAAKIAV
              250       260       270       280       290       300

         300       310       320       330       340       350     
pF1KSD LLLVCAAQAWLMWRFIHSQLRHWREYWNEQSAKRRVPATPRLPARLIKRESGYHENGV-V
       :   :. ::.. : .:   :..: :  : :..  .     .  .:  :...   :::: :
CCDS37 LSSSCTIQAYVTWNLITLWLQRWVEDSNIQASCMK-----KKRSRSSKKRT---ENGVGV
              310       320       330            340          350  

          360        370
pF1KSD KAENGTS-PRTKKLKSP
       .. : .. :  .: :: 
CCDS37 ETSNRVDCPPKRKEKSS
            360         

>>CCDS83300.1 TRAM1 gene_id:23471|Hs108|chr8              (288 aa)
 initn: 1056 init1: 1016 opt: 1067  Z-score: 1362.8  bits: 260.4 E(32554): 1.4e-69
Smith-Waterman score: 1067; 53.6% identity (81.0% similar) in 289 aa overlap (82-369:1-287)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KSD PQYNISVPTADSETVHYHYGPKDLVTILFYIFITIILHAVVQEYILDKISKRLHLSKVKH
                                     ....::.:::.:::.::::..:.:.::.::
CCDS83                               MLVAIIIHAVIQEYMLDKINRRMHFSKTKH
                                             10        20        30

             120       130       140       150       160       170 
pF1KSD SKFNESGQLVVFHFTSVIWCFYVVVTEGYLTNPRSLWEDYPHVHLPFQVKFFYLCQLAYW
       ::::::::: .:.. . .:  .....:.:...:  ::. :::  . ::.::::. :::::
CCDS83 SKFNESGQLSAFYLFACVWGTFILISENYISDPTILWRAYPHNLMTFQMKFFYISQLAYW
               40        50        60        70        80        90

             180       190       200       210       220       230 
pF1KSD LHALPELYFQKVRKEEIPRQLQYICLYLVHIAGAYLLNLSRLGLILLLLQYSTEFLFHTA
       :::.:::::::..::.::::: :: ::: ::::::::::..:::.::.:.: .::::: .
CCDS83 LHAFPELYFQKTKKEDIPRQLVYIGLYLFHIAGAYLLNLNHLGLVLLVLHYFVEFLFHIS
              100       110       120       130       140       150

             240       250       260       270       280       290 
pF1KSD RLFYFADENNEKLFSAWAAVFGVTRLFILTLAVLAIGFGLARMENQAFDPEKGNFNTLFC
       :::::..:. .: :: ::..: . ::. : :.::..:::::: ::: .:   ::::.:  
CCDS83 RLFYFSNEKYQKGFSLWAVLFVLGRLLTLILSVLTVGFGLARAENQKLDFSTGNFNVLAV
              160       170       180       190       200       210

             300       310       320        330       340       350
pF1KSD RLCVLLLVCAAQAWLMWRFIHSQLRHWREYWNEQS-AKRRVPATPRLPARLIKRESGYHE
       :. ::  .:..::..::.::. :::.:::.   :. : .. :.. .  .:  :. .    
CCDS83 RIAVLASICVTQAFMMWKFINFQLRRWREHSAFQAPAVKKKPTVTK--GRSSKKGTENGV
              220       230       240       250         260        

              360       370
pF1KSD NGVVKAENGTSPRTKKLKSP
       ::.. .. . :::.:: :: 
CCDS83 NGTLTSNVADSPRNKKEKSS
      270       280        




370 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 23:40:01 2016 done: Wed Nov  2 23:40:02 2016
 Total Scan time:  2.200 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]