Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0086, 1040 aa
1>>>pF1KSDA0086 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0433+/-0.000942; mu= 12.9087+/- 0.057
mean_var=90.0503+/-17.784, 0's: 0 Z-trim(106.0): 20 B-trim: 71 in 1/53
Lambda= 0.135155
statistics sampled from 8735 (8743) to 8735 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 4.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7584.1 DCLRE1A gene_id:9937|Hs108|chr10 (1040) 6986 1372.9 0
CCDS866.1 DCLRE1B gene_id:64858|Hs108|chr1 ( 532) 470 102.3 2.9e-21
CCDS31149.1 DCLRE1C gene_id:64421|Hs108|chr10 ( 692) 312 71.5 6.9e-12
>>CCDS7584.1 DCLRE1A gene_id:9937|Hs108|chr10 (1040 aa)
initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986 Z-score: 7356.9 bits: 1372.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
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CCDS75 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
::::::::::::::::::::
CCDS75 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
1030 1040
>>CCDS866.1 DCLRE1B gene_id:64858|Hs108|chr1 (532 aa)
initn: 505 init1: 172 opt: 470 Z-score: 495.3 bits: 102.3 E(32554): 2.9e-21
Smith-Waterman score: 546; 35.1% identity (61.8% similar) in 325 aa overlap (707-1017:6-299)
680 690 700 710 720 730
pF1KSD HGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSD
:: : ..:: .. . .::.:.:::
CCDS86 MNGVLIPHTPIAVDFWSLRRAGTARLFFLSHMHSD
10 20 30
740 750 760 770 780
pF1KSD HYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYI--------HPLPLDTECIVNGVKVVL
: .:::. .. :.::: ::..::. .:.:..:.: : :::: : . . :.:
CCDS86 HTVGLSSTWARPLYCSPITAHLLHRHLQVSKQWIQALEVGESHVLPLD-EIGQETMTVTL
40 50 60 70 80 90
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSM--ERSLLADQKVHMLYLDTTYCSPEY
::::::::.::.:: :: ::.::::: ::: : .: ...: ::::.: :.:
CCDS86 LDANHCPGSVMFLFEGYFGT-ILYTGDFRYTPSMLKEPALTLGKQIHTLYLDNTNCNPAL
100 110 120 130 140 150
850 860 870 880 890 900
pF1KSD TFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGMSQEKYK
..::.:: : . . . .:. . : ::.:::... .: . . : .: .. .
CCDS86 VLPSRQE----AAHQIVQLIRKHPQHNIKIGLYSLGKESLLEQLALEFQTWVVLSPRRLE
160 170 180 190 200
910 920 930 940 950 960
pF1KSD TLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFRPTGWTH
.: :.. .. .:.. .. .: . :.: ... ..:: .::
CCDS86 LVQLLGLADV---FTVEEKAGRIHAVDHMEICHSNML--------RWNQT---HPT----
210 220 230 240 250
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SNKFTRIADVIPQTK----GNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGTWK
:: ..: .. .. .:. ::::.:::: :.. :: ::: ...: :.
CCDS86 ------IA-ILPTSRKIHSSHPDIHVIPYSDHSSYSELRAFVAALKPCQVVPIVSRRPCG
260 270 280 290 300
1030 1040
pF1KSD SRSTMEKYFREWKLEAGY
CCDS86 GFQDSLSPRISVPLIPDSVQQYMSSSSRKPSLLWLLERRLKRPRTQGVVFESPEESADQS
310 320 330 340 350 360
>>CCDS31149.1 DCLRE1C gene_id:64421|Hs108|chr10 (692 aa)
initn: 191 init1: 101 opt: 312 Z-score: 326.9 bits: 71.5 E(32554): 6.9e-12
Smith-Waterman score: 366; 31.8% identity (56.4% similar) in 346 aa overlap (713-1020:15-346)
690 700 710 720 730 740
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
..: :. ... ::::.: :.::. ::
CCDS31 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
10 20 30 40
750 760 770 780
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
. .::: .: .:: . : . .. : . ..: .. : :
CCDS31 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
50 60 70 80 90 100
790 800 810 820 830
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
:.:: :.::::.::.:: :::: :.::::: :. : : . .. .
CCDS31 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
110 120 130 140 150 160
840 850 860 870 880 890
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
:::::.:.:. : .::..: . ... . .: .: :.. . . : : .: ...
CCDS31 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
170 180 190 200 210 220
900 910 920 930 940 950
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
:: .: .. : . :.::: .::: .. .: : . :. :.: ::
CCDS31 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
230 240 250 260 270
960 970 980 990 1000
pF1KSD GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQ
. :.: ....: : : .. .: ..:: .: :. : : .: :::: :.: :..
CCDS31 TSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRT-GESS-YRACFSFHSSYSEIKDFLS
280 290 300 310 320 330
1010 1020 1030 1040
pF1KSD WLKPQKIIPTV-NVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY
.: : . :.: :::
CCDS31 YLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKRARTVHRDSEEEDD
340 350 360 370 380 390
1040 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 23:54:02 2016 done: Wed Nov 2 23:54:03 2016
Total Scan time: 4.260 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]