Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0123
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0123, 525 aa
1>>>pF1KSDA0123 525 - 525 aa - 525 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7066+/-0.00083; mu= 16.3161+/- 0.050
mean_var=66.7984+/-13.415, 0's: 0 Z-trim(106.8): 16 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.156925
statistics sampled from 9171 (9179) to 9171 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 ( 525) 3468 794.1 0
CCDS65192.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 ( 394) 2315 533.0 2.4e-151
CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 ( 489) 423 104.7 2.5e-22
CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 ( 480) 415 102.9 8.8e-22
CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 ( 453) 311 79.3 1e-14
>>CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 (525 aa)
initn: 3468 init1: 3468 opt: 3468 Z-score: 4239.4 bits: 794.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3468; 100.0% identity (100.0% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
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CCDS35 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD ASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
490 500 510 520
>>CCDS65192.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 (394 aa)
initn: 2315 init1: 2315 opt: 2315 Z-score: 2830.7 bits: 533.0 E(32554): 2.4e-151
Smith-Waterman score: 2315; 98.3% identity (98.6% similar) in 356 aa overlap (170-525:39-394)
140 150 160 170 180 190
pF1KSD CDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELEDLNLRP
: . : ::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLTFWKNWHFRLLLDLTAKMKFCLRWKSMGVSVTARHQDEEVEMTRMAVQFELEDLNLRP
10 20 30 40 50 60
200 210 220 230 240 250
pF1KSD DPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVGVE
70 80 90 100 110 120
260 270 280 290 300 310
pF1KSD HEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 HEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTH
130 140 150 160 170 180
320 330 340 350 360 370
pF1KSD IMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 IMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATS
190 200 210 220 230 240
380 390 400 410 420 430
pF1KSD YHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 YHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNL
250 260 270 280 290 300
440 450 460 470 480 490
pF1KSD ESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLTD
310 320 330 340 350 360
500 510 520
pF1KSD LPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
370 380 390
>>CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 (489 aa)
initn: 561 init1: 194 opt: 423 Z-score: 514.2 bits: 104.7 E(32554): 2.5e-22
Smith-Waterman score: 673; 30.6% identity (65.0% similar) in 448 aa overlap (66-510:57-484)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVDGQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILIN
::.:: :..::::::... . ::::. :.
CCDS57 IRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVASEDSGLSTCTVGLWID
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSSTARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSA
.::::: . .: :::::..::..: . :. .. : .:. :. . :::. :.: ..:
CCDS57 AGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKK-RSQLDLELEIENMGAHLNAYTSREQTVYYAKA
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KSD DSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYR
:: : .: .:::.. . : . :.: : .. :..... . . .. ...: .::.
CCDS57 FSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVET--NLQEVVFDYLHATAYQ
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVG-VEHEHLVDCARKYLLGV
....: . ::::. .:.:. : .:. ..: :.:::..: : :..:.: : :. .:
CCDS57 NTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHDELLDLA-KFHFGD
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KSD QPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDF
. ..: . ..::. ... : .: :.:. ...:. .. . :
CCDS57 SLCTHKGEIPALPP--CKFTGSEIRVRDD---------KMP-LAHLAIAVEAVGWAHPDT
270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KSD IPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHA
: . : : ..:. : :: : .. :.: .. . . .. :.. :: :::: ..
CCDS57 ICLMVANTLIGNWDR-SFGG-GMNLSSKLA-QLTCHGNLCHSFQSFNTSYTDTGLWGLYM
320 330 340 350 360
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVL
. : .:.... ::.. . .: :. ::.. : . ....:.. : ::.:::.:
CCDS57 VCESSTVADMLHVVQKEWMRLCTSVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQML
370 380 390 400 410 420
460 470 480 490 500 510
pF1KSD ATRSRKLP-HELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGK-PAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSS
.:..: :: . : :. : ...: .:.. .. ::.::.: . .:: ...:.. .
CCDS57 C-YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCW
430 440 450 460 470 480
520
pF1KSD KDGRLPRTYRLFR
CCDS57 LRD
>>CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 (480 aa)
initn: 399 init1: 183 opt: 415 Z-score: 504.6 bits: 102.9 E(32554): 8.8e-22
Smith-Waterman score: 597; 31.0% identity (60.6% similar) in 452 aa overlap (66-510:47-475)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVDGQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILIN
::.:. :::::::::... ::::. :.
CCDS27 LLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWID
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSSTA-RFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVS
:::.:.. .: ..:::.:::..: : : : .:. :. . ..:. : : ..
CCDS27 VGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALE--KEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIK
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KSD ADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELE--DLNLRPDPEPLLTEMIHEA
: :: : .: ::.:.: . : : ..: : .. :.. : ..: .. ...: .
CCDS27 ALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD----VVFNYLHAT
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KSD AYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVG-VEHEHLVDCARKYL
:.. . .. :.::: :..: : :: ..: :::::..: :::..:.: :.:.:
CCDS27 AFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHL
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLE
:. : : :: . . ..::. . .:: .: ..:. ...:. ..
CCDS27 GGI-P-WTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIR-HRD--------DALP-FAHVAIAVEGPGWAS
260 270 280 290
340 350 360 370 380 390
pF1KSD EDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLN-VLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLL
: . . : : ..: . :: : . : : . : :. ... : : .::::
CCDS27 PDNVALQVANAIIGHYDC-TYGG-GVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSI--CYAETGLL
300 310 320 330 340 350
400 410 420 430 440 450
pF1KSD CIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVG
: : .. .:. .. ... . .. :. :.:. : . :. .:.. . ::.:
CCDS27 GAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIG
360 370 380 390 400 410
460 470 480 490 500
pF1KSD RQVLATRSRKLP-HELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGK-PAVAALGDLTDLPTYEHIQT
:..: : .:..: : . : .: :... ::.. . ::::. : . .:: :..:..
CCDS27 RSLL-TYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRS
420 430 440 450 460 470
510 520
pF1KSD ALSSKDGRLPRTYRLFR
..
CCDS27 GMFWLRF
480
>>CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 (453 aa)
initn: 215 init1: 128 opt: 311 Z-score: 377.7 bits: 79.3 E(32554): 1e-14
Smith-Waterman score: 485; 25.3% identity (57.2% similar) in 479 aa overlap (29-506:9-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
.. :: : . :.. .. :.: :
CCDS10 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
: . . . : : ::: .:: .... .:..:..::::: : .:.: .:. : :
CCDS10 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
.. :. .: .: :: . ..:.. :.: .: .. .: .:. :.. :
CCDS10 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
: . . :.... .:. . : .: :::: :... .:: ..:.. : ::
CCDS10 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
...:..: ::.: :.:: : : . :...: ... . : . : :.: :: .
CCDS10 FVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK------ANYRGGEIR-
210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
:.. : . :.: :: . :.::. ..:.: . : ..
CCDS10 EQN------GDS----LVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRG---SNTT
260 270 280 290 300
370 380 390 400 410
pF1KSD SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMG-GTV
:.:. : . . ....... :: :.::. :.. .. . .... .. .. :..
CCDS10 SHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNL
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKR
...... ::..: . .:..:: ..:.:: :.:.. : : . : .: :.
CCDS10 SNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIIN
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520
pF1KSD VASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
.:.:.. :. ..:: :.: : ...
CCDS10 AAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
430 440 450
525 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:06:56 2016 done: Thu Nov 3 00:06:56 2016
Total Scan time: 2.500 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]