Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0126
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0126, 1073 aa
  1>>>pF1KSDA0126 1073 - 1073 aa - 1073 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8086+/-0.00114; mu= 19.2239+/- 0.069
 mean_var=67.9095+/-13.549, 0's: 0 Z-trim(101.9): 29  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.155636
 statistics sampled from 6684 (6695) to 6684 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.206), width:  16
 Scan time:  3.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8396.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11          (1073) 7071 1597.5       0
CCDS55790.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11         (1066) 6995 1580.5       0
CCDS110.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1           (1173)  738 175.6 5.8e-43
CCDS41245.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1         (1302)  738 175.6 6.4e-43


>>CCDS8396.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11               (1073 aa)
 initn: 7071 init1: 7071 opt: 7071  Z-score: 8570.4  bits: 1597.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7071; 99.9% identity (99.9% similar) in 1073 aa overlap (1-1073:1-1073)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MTDQENNNNISSNPFAALFGSLADAKQFAAIQKEQLKQQSDELPASPDDSDNSVSESLDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MTDQENNNNISSNPFAALFGSLADAKQFAAIQKEQLKQQSDELPASPDDSDNSVSESLDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD FDYSVAEISRSFRSQQEICEQLNINHMIQRIFLITLDNSDPSLKSGNGIPSRCVYLEEMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FDYSVAEISRSFRSQQEICEQLNINHMIQRIFLITLDNSDPSLKSGNGIPSRCVYLEEMA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD VELEDQDWLDMSNVEQALFARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VELEDQDWLDMSNVEQALFARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FQRAKEEITKVPENLLPFAVQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS83 FQRAKEEITKVPENLLPFAVQCRNLTVSNTRTVLLTPEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD REYMNKIYFEDVTEFLEEVIEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIKDLELCQILLYAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 REYMNKIYFEDVTEFLEEVIEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIKDLELCQILLYAY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LDILLYFTRQKDMAKVFVEYIQPKDPTNGQMYQKTLLGVILSISCLLKTPGVVENHGYFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LDILLYFTRQKDMAKVFVEYIQPKDPTNGQMYQKTLLGVILSISCLLKTPGVVENHGYFL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NPSRSSPQEIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 NPSRSSPQEIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD TKIWANQMPEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTYCALKELNDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TKIWANQMPEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTYCALKELNDE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD ERKIKNVHMRGLDKETCLIPAVQEPKFPQNYNLVTENLALTEYTLYLGFHRLHDQMVKIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ERKIKNVHMRGLDKETCLIPAVQEPKFPQNYNLVTENLALTEYTLYLGFHRLHDQMVKIN
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD QNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLREQFERLMTIYLSTKTAMTEPQMLQNCLNLQVSMAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLREQFERLMTIYLSTKTAMTEPQMLQNCLNLQVSMAV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD LLVQLAIGNEGSQPIELTFPLPDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLRRFADDILETSADS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LLVQLAIGNEGSQPIELTFPLPDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLRRFADDILETSADS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD LEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVSSVFHRKRVFCNFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVSSVFHRKRVFCNFQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD YAPQLAEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTDTYRESIKDLADYAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YAPQLAEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTDTYRESIKDLADYAS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKIKIQQIEKDRGEWDSLTPEARREKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKIKIQQIEKDRGEWDSLTPEARREKE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD AGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERIISMLNYFLQHLVGPKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERIISMLNYFLQHLVGPKM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD GALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRSYSPTLFAQTVRVLKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRSYSPTLFAQTVRVLKK
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD INKPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIMSTLMCDPVVLPSSRVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 INKPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIMSTLMCDPVVLPSSRVT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070   
pF1KSD VDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAERKQQKEQLE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAERKQQKEQLE
             1030      1040      1050      1060      1070   

>>CCDS55790.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11              (1066 aa)
 initn: 5474 init1: 5474 opt: 6995  Z-score: 8478.2  bits: 1580.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6995; 99.2% identity (99.3% similar) in 1073 aa overlap (1-1073:1-1066)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MTDQENNNNISSNPFAALFGSLADAKQFAAIQKEQLKQQSDELPASPDDSDNSVSESLDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MTDQENNNNISSNPFAALFGSLADAKQFAAIQKEQLKQQSDELPASPDDSDNSVSESLDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD FDYSVAEISRSFRSQQEICEQLNINHMIQRIFLITLDNSDPSLKSGNGIPSRCVYLEEMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FDYSVAEISRSFRSQQEICEQLNINHMIQRIFLITLDNSDPSLKSGNGIPSRCVYLEEMA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD VELEDQDWLDMSNVEQALFARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VELEDQDWLDMSNVEQALFARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FQRAKEEITKVPENLLPFAVQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS55 FQRAKEEITKVPENLLPFAVQCRNLTVSNTRTVLLTPEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD REYMNKIYFEDVTEFLEEVIEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIKDLELCQILLYAY
              .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 -------HFEDVTEFLEEVIEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIKDLELCQILLYAY
                     250       260       270       280       290   

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LDILLYFTRQKDMAKVFVEYIQPKDPTNGQMYQKTLLGVILSISCLLKTPGVVENHGYFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LDILLYFTRQKDMAKVFVEYIQPKDPTNGQMYQKTLLGVILSISCLLKTPGVVENHGYFL
           300       310       320       330       340       350   

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NPSRSSPQEIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NPSRSSPQEIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGR
           360       370       380       390       400       410   

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD TKIWANQMPEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTYCALKELNDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TKIWANQMPEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTYCALKELNDE
           420       430       440       450       460       470   

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD ERKIKNVHMRGLDKETCLIPAVQEPKFPQNYNLVTENLALTEYTLYLGFHRLHDQMVKIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ERKIKNVHMRGLDKETCLIPAVQEPKFPQNYNLVTENLALTEYTLYLGFHRLHDQMVKIN
           480       490       500       510       520       530   

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD QNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLREQFERLMTIYLSTKTAMTEPQMLQNCLNLQVSMAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLREQFERLMTIYLSTKTAMTEPQMLQNCLNLQVSMAV
           540       550       560       570       580       590   

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD LLVQLAIGNEGSQPIELTFPLPDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLRRFADDILETSADS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LLVQLAIGNEGSQPIELTFPLPDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLRRFADDILETSADS
           600       610       620       630       640       650   

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD LEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVSSVFHRKRVFCNFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVSSVFHRKRVFCNFQ
           660       670       680       690       700       710   

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD YAPQLAEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTDTYRESIKDLADYAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YAPQLAEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTDTYRESIKDLADYAS
           720       730       740       750       760       770   

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKIKIQQIEKDRGEWDSLTPEARREKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKIKIQQIEKDRGEWDSLTPEARREKE
           780       790       800       810       820       830   

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD AGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERIISMLNYFLQHLVGPKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERIISMLNYFLQHLVGPKM
           840       850       860       870       880       890   

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD GALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRSYSPTLFAQTVRVLKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRSYSPTLFAQTVRVLKK
           900       910       920       930       940       950   

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD INKPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIMSTLMCDPVVLPSSRVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 INKPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIMSTLMCDPVVLPSSRVT
           960       970       980       990      1000      1010   

             1030      1040      1050      1060      1070   
pF1KSD VDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAERKQQKEQLE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAERKQQKEQLE
          1020      1030      1040      1050      1060      

>>CCDS110.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1                (1173 aa)
 initn: 610 init1: 326 opt: 738  Z-score: 884.7  bits: 175.6 E(32554): 5.8e-43
Smith-Waterman score: 1058; 27.4% identity (58.9% similar) in 932 aa overlap (170-1066:294-1169)

     140       150       160       170       180       190         
pF1KSD ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA
                                     :  .. ::  ::.:.  :  :.:.     :
CCDS11 GASSLSSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA
           270       280       290       300       310       320   

     200       210       220       230       240       250         
pF1KSD VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV
       :   .  .:: :.  ..    : :.   :  .:.  ..        .. .     :..:.
CCDS11 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPY----GFIQEL
              330       340       350       360       370          

     260       270       280           290       300        310    
pF1KSD IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA
       ...   ::::  : ...::... :    :    : .  .  :.:  ..    : . . . 
CCDS11 VRTTHQDEEV--FKQIFIPILQGLALAAKECSLDSDYFKYPLMALGELCETKFGKTHPVC
        380         390       400       410       420       430    

            320         330        340       350        360        
pF1KSD KVF--VEYIQPKD--PTNGQMYQK-TLLGVILSISCLLKTP-GVVENHGYFLNPSRSSPQ
       ..   ..   ::.  :  :.  :. . ::...:.: . .    :::.  :: .:.  . .
CCDS11 NLVASLRLWLPKSLSPGCGRELQRLSYLGAFFSFSVFAEDDVKVVEK--YFSGPA-ITLE
          440       450       460       470       480          490 

      370       380       390       400       410       420        
pF1KSD EIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGRTKIWANQM
       . .:   ......   .......:...: :. ::..  ::...  ..::  .... ... 
CCDS11 NTRVVSQSLQHYLELGRQELFKILHSIL-LNGETREAALSYMAAVVNANMKKAQMQTDD-
             500       510        520       530       540          

      430       440       450       460       470            480   
pF1KSD PEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTY-----CALKELNDEERK
            .. ..:.:.::.  .: .:   .      .: : .:::     : .   ::: : 
CCDS11 -----RLVSTDGFMLNFLWVLQQLSTKI------KLETVDPTYIFHPRCRITLPNDETR-
          550       560       570             580       590        

           490           500       510           520       530     
pF1KSD IKNVHMRGL-DKETCLI---PAVQEPKFPQNYNLVT---ENLA-LTEYTLYLGFHRLHDQ
         :. :. . :  : :    :  .::::: .  ..:   ..:. :     :.   :   .
CCDS11 -VNATMEDVNDWLTELYGDQPPFSEPKFPTECFFLTLHAHHLSILPSCRRYIRRLRAIRE
        600       610       620       630       640       650      

         540       550       560              570       580        
pF1KSD MVKINQNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLRE-------QFERLMTIYLSTKTAMTEPQML
       . .  ..:.  .  :.:     :: :   ::       :...:.     . ... . ..:
CCDS11 LNRTVEDLKNNESQWKD-----SPLATRHREMLKRCKTQLKKLVRCKACADAGLLDESFL
        660       670            680       690       700       710 

      590       600       610       620        630       640       
pF1KSD QNCLNLQVSMAVLLVQLAIGNEGSQPIELTFPL-PDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLR
       . :::.      ::.:: .        ..:.::  :  . .: .:::.......::.:. 
CCDS11 RRCLNFYG----LLIQLLLRILDPAYPDITLPLNSDVPKVFAALPEFYVEDVAEFLFFIV
                 720       730       740       750       760       

       650       660       670       680       690       700       
pF1KSD RFADDILETSADSLEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVS
       ... . :       . .. :....  . . ..::.: :::.::.  . : ..    : ..
CCDS11 QYSPQALYEPCT--QDIVMFLVVMLCNQNYIRNPYLVAKLVEVMFMTNPAVQ----PRTQ
       770         780       790       800       810           820 

       710       720        730       740       750       760      
pF1KSD SVFHRKRVFCNFQYAPQL-AEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTD
       . :.   .. :   . .: . .:.: ..:.: ::   .: .::. :  .  :.. .:   
CCDS11 KFFE---MIENHPLSTKLLVPSLMKFYTDVEHTGATSEFYDKFTIRYHISTIFKSLW---
                830       840       850       860       870        

        770       780       790       800       810        820     
pF1KSD TYRESIKDLADYASKNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKI-KIQQIEKDR
             ...: ...   :  .   :.:..:.:.::. :::::... :..: ..:.  :..
CCDS11 ------QNIAHHGTFMEEFNSGKQFVRYINMLINDTTFLLDESLESLKRIHEVQEEMKNK
               880       890       900       910       920         

         830       840       850       860       870       880     
pF1KSD GEWDSLTPEARREKEAGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERII
        .::.:  . .. ... : .  ...: .  ...::.  . .::..... :..: :. :. 
CCDS11 EQWDQLPRDQQQARQSQLAQDERVSRSYLALATETVDMFHILTKQVQKPFLRPELGPRLA
     930       940       950       960       970       980         

         890       900       910       920       930       940     
pF1KSD SMLNYFLQHLVGPKMGALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRS
       .:::. ::.: :::   :::..  .. :.:..:....  :::.: :   :  ..  : ::
CCDS11 AMLNFNLQQLCGPKCRDLKVENPEKYGFEPKKLLDQLTDIYLQL-DCARFAKAIADDQRS
     990      1000      1010      1020      1030       1040        

         950       960        970       980       990      1000    
pF1KSD YSPTLFAQTVRVLKKIN-KPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIM
       ::  :: ...  ..: . :    :  :. :::... ..  . . :  :.:: ::: ::.:
CCDS11 YSKELFEEVISKMRKAGIKSTIAIEKFKLLAEKVEEIVAKNARAEIDYSDAPDEFRDPLM
     1050      1060      1070      1080      1090      1100        

         1010      1020      1030      1040      1050      1060    
pF1KSD STLMCDPVVLPSSRVTVDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAE
       .::: ::: :::. . .::: : ::::.. ::::::. :: ....:  ::::.:: :. :
CCDS11 DTLMTDPVRLPSGTI-MDRSIILRHLLNSPTDPFNRQTLTESMLEPVPELKEQIQAWMRE
     1110      1120       1130      1140      1150      1160       

         1070   
pF1KSD RKQQKEQLE
       ..       
CCDS11 KQNSDH   
      1170      

>>CCDS41245.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1              (1302 aa)
 initn: 610 init1: 326 opt: 738  Z-score: 884.0  bits: 175.6 E(32554): 6.4e-43
Smith-Waterman score: 1058; 27.4% identity (58.9% similar) in 932 aa overlap (170-1066:423-1298)

     140       150       160       170       180       190         
pF1KSD ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA
                                     :  .. ::  ::.:.  :  :.:.     :
CCDS41 SLRISPSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA
            400       410       420       430       440       450  

     200       210       220       230       240       250         
pF1KSD VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV
       :   .  .:: :.  ..    : :.   :  .:.  ..        .. .     :..:.
CCDS41 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPY----GFIQEL
               460       470       480       490           500     

     260       270       280           290       300        310    
pF1KSD IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA
       ...   ::::  : ...::... :    :    : .  .  :.:  ..    : . . . 
CCDS41 VRTTHQDEEV--FKQIFIPILQGLALAAKECSLDSDYFKYPLMALGELCETKFGKTHPVC
         510         520       530       540       550       560   

            320         330        340       350        360        
pF1KSD KVF--VEYIQPKD--PTNGQMYQK-TLLGVILSISCLLKTP-GVVENHGYFLNPSRSSPQ
       ..   ..   ::.  :  :.  :. . ::...:.: . .    :::.  :: .:.  . .
CCDS41 NLVASLRLWLPKSLSPGCGRELQRLSYLGAFFSFSVFAEDDVKVVEK--YFSGPA-ITLE
           570       580       590       600       610          620

      370       380       390       400       410       420        
pF1KSD EIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGRTKIWANQM
       . .:   ......   .......:...: :. ::..  ::...  ..::  .... ... 
CCDS41 NTRVVSQSLQHYLELGRQELFKILHSIL-LNGETREAALSYMAAVVNANMKKAQMQTDD-
              630       640        650       660       670         

      430       440       450       460       470            480   
pF1KSD PEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTY-----CALKELNDEERK
            .. ..:.:.::.  .: .:   .      .: : .:::     : .   ::: : 
CCDS41 -----RLVSTDGFMLNFLWVLQQLSTKI------KLETVDPTYIFHPRCRITLPNDETR-
           680       690       700             710       720       

           490           500       510           520       530     
pF1KSD IKNVHMRGL-DKETCLI---PAVQEPKFPQNYNLVT---ENLA-LTEYTLYLGFHRLHDQ
         :. :. . :  : :    :  .::::: .  ..:   ..:. :     :.   :   .
CCDS41 -VNATMEDVNDWLTELYGDQPPFSEPKFPTECFFLTLHAHHLSILPSCRRYIRRLRAIRE
         730       740       750       760       770       780     

         540       550       560              570       580        
pF1KSD MVKINQNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLRE-------QFERLMTIYLSTKTAMTEPQML
       . .  ..:.  .  :.:     :: :   ::       :...:.     . ... . ..:
CCDS41 LNRTVEDLKNNESQWKD-----SPLATRHREMLKRCKTQLKKLVRCKACADAGLLDESFL
         790       800            810       820       830       840

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pF1KSD QNCLNLQVSMAVLLVQLAIGNEGSQPIELTFPL-PDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLR
       . :::.      ::.:: .        ..:.::  :  . .: .:::.......::.:. 
CCDS41 RRCLNFYG----LLIQLLLRILDPAYPDITLPLNSDVPKVFAALPEFYVEDVAEFLFFIV
                  850       860       870       880       890      

       650       660       670       680       690       700       
pF1KSD RFADDILETSADSLEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVS
       ... . :       . .. :....  . . ..::.: :::.::.  . : ..    : ..
CCDS41 QYSPQALYEPCT--QDIVMFLVVMLCNQNYIRNPYLVAKLVEVMFMTNPAVQ----PRTQ
        900         910       920       930       940           950

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