FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0126, 1073 aa 1>>>pF1KSDA0126 1073 - 1073 aa - 1073 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8086+/-0.00114; mu= 19.2239+/- 0.069 mean_var=67.9095+/-13.549, 0's: 0 Z-trim(101.9): 29 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.155636 statistics sampled from 6684 (6695) to 6684 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16 Scan time: 3.270 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8396.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11 (1073) 7071 1597.5 0 CCDS55790.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11 (1066) 6995 1580.5 0 CCDS110.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1 (1173) 738 175.6 5.8e-43 CCDS41245.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1 (1302) 738 175.6 6.4e-43 >>CCDS8396.1 UBE4A gene_id:9354|Hs108|chr11 (1073 aa) initn: 7071 init1: 7071 opt: 7071 Z-score: 8570.4 bits: 1597.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7071; 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27.4% identity (58.9% similar) in 932 aa overlap (170-1066:294-1169) 140 150 160 170 180 190 pF1KSD ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA : .. :: ::.:. : :.:. : CCDS11 GASSLSSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA 270 280 290 300 310 320 200 210 220 230 240 250 pF1KSD VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV : . .:: :. .. : :. : .:. .. .. . :..:. CCDS11 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPY----GFIQEL 330 340 350 360 370 260 270 280 290 300 310 pF1KSD IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA ... :::: : ...::... : : : . . :.: .. : . . . CCDS11 VRTTHQDEEV--FKQIFIPILQGLALAAKECSLDSDYFKYPLMALGELCETKFGKTHPVC 380 390 400 410 420 430 320 330 340 350 360 pF1KSD KVF--VEYIQPKD--PTNGQMYQK-TLLGVILSISCLLKTP-GVVENHGYFLNPSRSSPQ .. .. ::. : :. :. . ::...:.: . . :::. :: .:. . . CCDS11 NLVASLRLWLPKSLSPGCGRELQRLSYLGAFFSFSVFAEDDVKVVEK--YFSGPA-ITLE 440 450 460 470 480 490 370 380 390 400 410 420 pF1KSD EIKVQEANIHQFMAQFHEKIYQMLKNLLQLSPETKHCILSWLGNCLHANAGRTKIWANQM . .: ...... .......:...: :. ::.. ::... ..:: .... ... CCDS11 NTRVVSQSLQHYLELGRQELFKILHSIL-LNGETREAALSYMAAVVNANMKKAQMQTDD- 500 510 520 530 540 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PEIFFQMYASDAFFLNLGAALLKLCQPFCKPRSSRLLTFNPTY-----CALKELNDEERK .. ..:.:.::. .: .: . .: : .::: : . ::: : CCDS11 -----RLVSTDGFMLNFLWVLQQLSTKI------KLETVDPTYIFHPRCRITLPNDETR- 550 560 570 580 590 490 500 510 520 530 pF1KSD IKNVHMRGL-DKETCLI---PAVQEPKFPQNYNLVT---ENLA-LTEYTLYLGFHRLHDQ :. :. . : : : : .::::: . ..: ..:. : :. : . CCDS11 -VNATMEDVNDWLTELYGDQPPFSEPKFPTECFFLTLHAHHLSILPSCRRYIRRLRAIRE 600 610 620 630 640 650 540 550 560 570 580 pF1KSD MVKINQNLHRLQVAWRDAQQSSSPAADNLRE-------QFERLMTIYLSTKTAMTEPQML . . ..:. . :.: :: : :: :...:. . ... . ..: CCDS11 LNRTVEDLKNNESQWKD-----SPLATRHREMLKRCKTQLKKLVRCKACADAGLLDESFL 660 670 680 690 700 710 590 600 610 620 630 640 pF1KSD QNCLNLQVSMAVLLVQLAIGNEGSQPIELTFPL-PDGYSSLAYVPEFFADNLGDFLIFLR . :::. ::.:: . ..:.:: : . .: .:::.......::.:. CCDS11 RRCLNFYG----LLIQLLLRILDPAYPDITLPLNSDVPKVFAALPEFYVEDVAEFLFFIV 720 730 740 750 760 650 660 670 680 690 700 pF1KSD RFADDILETSADSLEHVLHFITIFTGSIERMKNPHLRAKLAEVLEAVMPHLDQTPNPLVS ... . : . .. :.... . . ..::.: :::.::. . : .. : .. CCDS11 QYSPQALYEPCT--QDIVMFLVVMLCNQNYIRNPYLVAKLVEVMFMTNPAVQ----PRTQ 770 780 790 800 810 820 710 720 730 740 750 760 pF1KSD SVFHRKRVFCNFQYAPQL-AEALIKVFVDIEFTGDPHQFEQKFNYRRPMYPILRYMWGTD . :. .. : . .: . .:.: ..:.: :: .: .::. : . :.. .: CCDS11 KFFE---MIENHPLSTKLLVPSLMKFYTDVEHTGATSEFYDKFTIRYHISTIFKSLW--- 830 840 850 860 870 770 780 790 800 810 820 pF1KSD TYRESIKDLADYASKNLEAMNPPLFLRFLNLLMNDAIFLLDEAIQYLSKI-KIQQIEKDR ...: ... : . :.:..:.:.::. :::::... :..: ..:. :.. CCDS11 ------QNIAHHGTFMEEFNSGKQFVRYINMLINDTTFLLDESLESLKRIHEVQEEMKNK 880 890 900 910 920 830 840 850 860 870 880 pF1KSD GEWDSLTPEARREKEAGLQMFGQLARFHNIMSNETIGTLAFLTSEIKSLFVHPFLAERII .::.: . .. ... : . ...: . ...::. . .::..... :..: :. :. CCDS11 EQWDQLPRDQQQARQSQLAQDERVSRSYLALATETVDMFHILTKQVQKPFLRPELGPRLA 930 940 950 960 970 980 890 900 910 920 930 940 pF1KSD SMLNYFLQHLVGPKMGALKVKDFSEFDFKPQQLVSDICTIYLNLGDEENFCATVPKDGRS .:::. ::.: ::: :::.. .. :.:..:.... :::.: : : .. : :: CCDS11 AMLNFNLQQLCGPKCRDLKVENPEKYGFEPKKLLDQLTDIYLQL-DCARFAKAIADDQRS 990 1000 1010 1020 1030 1040 950 960 970 980 990 1000 pF1KSD YSPTLFAQTVRVLKKIN-KPGNMIMAFSNLAERIKSLADLQQQEEETYADACDEFLDPIM :: :: ... ..: . : : :. :::... .. . . : :.:: ::: ::.: CCDS11 YSKELFEEVISKMRKAGIKSTIAIEKFKLLAEKVEEIVAKNARAEIDYSDAPDEFRDPLM 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KSD STLMCDPVVLPSSRVTVDRSTIARHLLSDQTDPFNRSPLTMDQIRPNTELKEKIQRWLAE .::: ::: :::. . .::: : ::::.. ::::::. :: ....: ::::.:: :. : CCDS11 DTLMTDPVRLPSGTI-MDRSIILRHLLNSPTDPFNRQTLTESMLEPVPELKEQIQAWMRE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1070 pF1KSD RKQQKEQLE .. CCDS11 KQNSDH 1170 >>CCDS41245.1 UBE4B gene_id:10277|Hs108|chr1 (1302 aa) initn: 610 init1: 326 opt: 738 Z-score: 884.0 bits: 175.6 E(32554): 6.4e-43 Smith-Waterman score: 1058; 27.4% identity (58.9% similar) in 932 aa overlap (170-1066:423-1298) 140 150 160 170 180 190 pF1KSD ARLLLQDPGNHLINMTSSTTLNLSADRDAGERHIFCYLYSCFQRAKEEITKVPENLLPFA : .. :: ::.:. : :.:. : CCDS41 SLRISPSLGASGGASNWDSYSDHFTIETCKETDMLNYLIECFDRVGIEEKKAPKMCSQPA 400 410 420 430 440 450 200 210 220 230 240 250 pF1KSD VQCRNLTVSNTRTVLLTLEIYVDQNIHEQLVDLMLEAIQGAREYMNKIYFEDVTEFLEEV : . .:: :. .. : :. : .:. .. .. . :..:. CCDS41 V---SQLLSNIRSQCISHTALVLQGSLTQPRSLQQPSFLVPYMLCRNLPY----GFIQEL 460 470 480 490 500 260 270 280 290 300 310 pF1KSD IEALILDEEVRTFPEVMIPVFDILLGRIK----DLELCQILLYAYLDIL-LYFTRQKDMA ... :::: : ...::... : : : . . :.: .. : . . . 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