Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0139
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0139, 1382 aa
1>>>pF1KSDA0139 1382 - 1382 aa - 1382 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.3232+/-0.000625; mu= -17.6128+/- 0.039
mean_var=782.4102+/-163.830, 0's: 0 Z-trim(118.8): 183 B-trim: 297 in 1/54
Lambda= 0.045852
statistics sampled from 31861 (32046) to 31861 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.376), width: 16
Scan time: 12.510
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003741 (OMIM: 602039) eukaryotic translation in (1382) 9408 639.8 4.2e-182
NP_009044 (OMIM: 190370) trichohyalin [Homo sapien (1943) 642 60.1 1.9e-07
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XP_005266369 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1564) 531 52.6 2.7e-05
NP_001317496 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 531 52.6 2.8e-05
NP_001317495 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 531 52.6 2.8e-05
NP_001317494 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 531 52.6 2.8e-05
XP_005266367 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 531 52.6 2.8e-05
XP_016875969 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 531 52.6 2.8e-05
XP_016875968 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 531 52.6 2.8e-05
NP_001070256 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 531 52.6 2.8e-05
XP_016875966 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 531 52.6 2.8e-05
XP_016875967 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 531 52.6 2.8e-05
NP_001317493 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 531 52.6 2.8e-05
XP_005266364 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1696) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266360 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_016875964 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266361 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266358 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266363 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_016875965 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266359 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
XP_005266362 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1697) 518 51.8 5.1e-05
>>NP_003741 (OMIM: 602039) eukaryotic translation initia (1382 aa)
initn: 9408 init1: 9408 opt: 9408 Z-score: 3390.3 bits: 639.8 E(85289): 4.2e-182
Smith-Waterman score: 9408; 100.0% identity (100.0% similar) in 1382 aa overlap (1-1382:1-1382)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPAYFQRPENALKRANEFLEVGKKQPALDVLYDVMKSKKHRTWQKIHEPIMLKYLELCVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPAYFQRPENALKRANEFLEVGKKQPALDVLYDVMKSKKHRTWQKIHEPIMLKYLELCVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LRKSHLAKEGLYQYKNICQQVNIKSLEDVVRAYLKMAEEKTEAAKEESQQMVLDIEDLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LRKSHLAKEGLYQYKNICQQVNIKSLEDVVRAYLKMAEEKTEAAKEESQQMVLDIEDLDN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IQTPESVLLSAVSGEDTQDRTDRLLLTPWVKFLWESYRQCLDLLRNNSRVERLYHDIAQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IQTPESVLLSAVSGEDTQDRTDRLLLTPWVKFLWESYRQCLDLLRNNSRVERLYHDIAQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AFKFCLQYTRKAEFRKLCDNLRMHLSQIQRHHNQSTAINLNNPESQSMHLETRLVQLDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AFKFCLQYTRKAEFRKLCDNLRMHLSQIQRHHNQSTAINLNNPESQSMHLETRLVQLDSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ISMELWQEAFKAVEDIHGLFSLSKKPPKPQLMANYYNKVSTVFWKSGNALFHASTLHRLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ISMELWQEAFKAVEDIHGLFSLSKKPPKPQLMANYYNKVSTVFWKSGNALFHASTLHRLY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HLSREMRKNLTQDEMQRMSTRVLLATLSIPITPERTDIARLLDMDGIIVEKQRRLATLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLSREMRKNLTQDEMQRMSTRVLLATLSIPITPERTDIARLLDMDGIIVEKQRRLATLLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LQAPPTRIGLINDMVRFNVLQYVVPEVKDLYNWLEVEFNPLKLCERVTKVLNWVREQPEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQAPPTRIGLINDMVRFNVLQYVVPEVKDLYNWLEVEFNPLKLCERVTKVLNWVREQPEK
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pF1KSD EPELQQYVPQLQNNTILRLLQQVSQIYQSIEFSRLTSLVPFVDAFQLERAIVDAARHCDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EPELQQYVPQLQNNTILRLLQQVSQIYQSIEFSRLTSLVPFVDAFQLERAIVDAARHCDL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVRIDHTSRTLSFGSDLNYATREDAPIGPHLQSMPSEQIRNQLTAMSSVLAKALEVIKPA
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pF1KSD HILQEKEEQHQLAVTAYLKNSRKEHQRILARRQTIEERKERLESLNIQREKEELEQREAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HILQEKEEQHQLAVTAYLKNSRKEHQRILARRQTIEERKERLESLNIQREKEELEQREAE
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pF1KSD LQKVRKAEEERLRQEAKEREKERILQEHEQIKKKTVRERLEQIKKTELGAKAFKDIDIED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQKVRKAEEERLRQEAKEREKERILQEHEQIKKKTVRERLEQIKKTELGAKAFKDIDIED
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pF1KSD LEELDPDFIMAKQVEQLEKEKKELQERLKNQEKKIDYFERAKRLEEIPLIKSAYEEQRIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LEELDPDFIMAKQVEQLEKEKKELQERLKNQEKKIDYFERAKRLEEIPLIKSAYEEQRIK
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pF1KSD DMDLWEQQEEERITTMQLEREKALEHKNRMSRMLEDRDLFVMRLKAARQSVYEEKLKQFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DMDLWEQQEEERITTMQLEREKALEHKNRMSRMLEDRDLFVMRLKAARQSVYEEKLKQFE
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pF1KSD ERLAEERHNRLEERKRQRKEERRITYYREKEEEEQRRAEEQMLKEREERERAERAKREEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ERLAEERHNRLEERKRQRKEERRITYYREKEEEEQRRAEEQMLKEREERERAERAKREEE
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pF1KSD LREYQERVKKLEEVERKKRQRELEIEERERRREEERRLGDSSLSRKDSRWGDRDSEGTWR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GMDDDRGPRRGPEEDRFSRRGADDDRPSWRNTDDDRPPRRIADEDRGNWRHADDDRPPRR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RGMDDDRGPRRGMDDDRGPRRGMDDDRGPRRGLDDDRGPWRNADDDRIPRRGAEDDRGPW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RNMDDDRLSRRADDDRFPRRGDDSRPGPWRPLVKPGGWREKEKAREESWGPPRESRPSEE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 REWDREKERDRDNQDREENDKDPERERDRERDVDREDRFRRPRDEGGWRRGPAEESSSWR
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pF1KSD DSSRRDDRDRDDRRRERDDRRDLRERRDLRDDRDRRGPPLRSEREEVSSWRRADDRKDDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DSSRRDDRDRDDRRRERDDRRDLRERRDLRDDRDRRGPPLRSEREEVSSWRRADDRKDDR
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pF1KSD VEERDPPRRVPPPALSRDRERDRDREREGEKEKASWRAEKDRESLRRTKNETDEDGWTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VEERDPPRRVPPPALSRDRERDRDREREGEKEKASWRAEKDRESLRRTKNETDEDGWTTV
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD RR
::
NP_003 RR
>>NP_009044 (OMIM: 190370) trichohyalin [Homo sapiens] (1943 aa)
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Smith-Waterman score: 698; 23.8% identity (60.1% similar) in 843 aa overlap (538-1353:255-1054)
510 520 530 540 550 560
pF1KSD GPHLQSMPSEQIRNQLTAMSSVLAKALEVIKPAHILQEKEEQHQLAVTAYLKNSRK-EHQ
: . :::.: :.: . .. :: :.:
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pF1KSD RILARRQTIEERKERLESLNIQREKEELEQREAELQKVRKAEEERLRQEAKEREKERILQ
.. .:: :....::. . :.:.: :.:: :. :. ..:: :.. .::..... .
NP_009 ELRRERQEEEQQQQRLRREQQLRRKQEEERREQ--QEERREQQER-REQQEERREQQLRR
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pF1KSD EHEQIKKKTVRERLEQIKKTELGAKAFKDIDIEDLEELDPDFIMAKQVEQLEKEKKELQE
:.:. ... .:.. :. .. . . .. :. . . .. .:... .. ..: :
NP_009 EQEERREQQLRREQEEERREQQLRREQEEERREQQLRREQQLRREQQLRREQQLRREQQL
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pF1KSD RLKNQEKKIDYFERAKRLEEIPLIKSAYEEQRIKDMDLWEQQEEERITTMQLEREKALEH
: ..: .. . ..: ..:.. .. ::.: ... ....:.:. : ::. :..
NP_009 RREQQLRREQQLRREQQLRREQQLRREQEEER-HEQKHEQERREQRLKREQEERRDWLKR
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pF1KSD KNRMSRMLEDRDLFVMRLKAARQSVYEEKLKQFEERLAEERHNRLEERKRQRKEERRITY
... : ..: ..:: .. .:. ..::. .:...: :.. :...::::
NP_009 EEETERHEQERRK--QQLKRDQEEERRERWLKLEEEERREQQERREQQLRREQEERREQR
470 480 490 500 510
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pF1KSD YREKEEEE---QR-RAEEQMLKEREERERAERAKREEELREYQERVKKLEEVERKKRQRE
...:::: :: :.:.:. .:.::: : . ::::: : ::: .. . :...:. .
NP_009 LKRQEEEERLQQRLRSEQQLRREQEER-REQLLKREEEKRLEQERREQRLKREQEERRDQ
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pF1KSD LEIEERERR-----REEERRLGDSSLSRKDSRWGDRDSEGTWRKGPEADSEWRRGPPEKE
: .:.::: ::.:.:: .. :.:.. . ... . : : : :: :
NP_009 LLKREEERRQQRLKREQEERL-EQRLKREEVERLEQEERREQRLKREEPEEERRQQLLKS
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pF1KSD WRRGEGRDEDRSHRRDEERPRRLGDDEDREPSLRPDDDRVPRRGMDDDRGPRRGPEEDRF
.. : :... ....:.: .:: .:..: : ..:. :. .. : . . ::..
NP_009 EEQEERRQQQLRREQQERREQRLKREEEEE-RL---EQRLKREHEEERREQELAEEEQEQ
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pF1KSD SRRGADDDRPSWR---NTDDDRPPRRIADEDR---GNWRHADDDRPPRRGLDEDRGSWRT
.:. . :.:. ... : .. .. : :. :. .... :: :.. .:.
NP_009 ARERIKSRIPKWQWQLESEADARQSKVYSRPRKQEGQRRRQEQEEKRRR--RESELQWQ-
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pF1KSD ADEDRGPRRGMDDDRGPRRGGADDERSSWRNADDDRGPRRGLDDDRGPRRGMDDD--RGP
.:.:. :. ..... :: : .:. . .. :. :. : : : . . :.
NP_009 -EEERAHRQQQEEEQ--RR----DFTWQWQAEEKSERGRQRLSA-RPPLREQRERQLRAE
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pF1KSD RRGMDDDRG-PRRGMDDDRGPRRGLDDDRGPWRNADDDRIPRRGAEDDRGPWRNMDDDRL
.: . ..: :.. ..: .: . . . . ... :. :.. . ....:.
NP_009 ERQQREQRFLPEEEEKEQRRRQRREREKELQFLEEEEQLQRRERAQQLQEEEDGLQEDQE
810 820 830 840 850 860
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pF1KSD SRRADDDRFPRRG----DDSRPGPWRPLVKPGGWREKEKAREESWGPPRESRPSEEREWD
::....: .. .. : . : . .:. . ... .: ::::
NP_009 RRRSQEQRRDQKWRWQLEEERKRRRHTLYAKPALQEQLRKEQQLLQEEEEELQREEREKR
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD REKERDRDNQDREENDKDPER----ERDRERDVDREDRFRRPRDEGGWRRGPAEESSSWR
:..:..:. ...:. ... :. ::...: .:: ..:. . . ::. .
NP_009 RRQEQERQYREEEQLQQEEEQLLREEREKRRRQERERQYRKDK-----KLQQKEEQLLGE
930 940 950 960 970
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pF1KSD DSSRRDDRDRDDRRRERDDRRDLRERRDLRDDRDRRGPPLRSEREEVSSWRRADDRKDDR
. .: ..:. . ::... .. .:.. ::..:..: .:.: :.: .::.
NP_009 EPEKRRRQEREKKYREEEELQQ-EEEQLLREEREKR------RRQE---WERQYRKKDEL
980 990 1000 1010 1020
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD VEERDPPRRVPPPALSRDRERDRDREREGEKEKASWRAEKDRESLRRTKNETDEDGWTTV
.:.. : :...: ..:::. ..:.
NP_009 QQEEEQLLREE-----REKRRLQERERQYREEEELQQEEEQLLGEERETRRRQELERQYR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD RR
NP_009 KEEELQQEEEQLLREEPEKRRRQERERQCREEEELQQEEEQLLREEREKRRRQELERQYR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
>--
initn: 435 init1: 157 opt: 498 Z-score: 203.2 bits: 50.5 E(85289): 0.00014
Smith-Waterman score: 559; 26.0% identity (59.0% similar) in 791 aa overlap (562-1324:1058-1745)
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KALEVIKPAHILQEKEEQHQLAVTAYLKNSRKEHQRILARRQTIEERKERLESLNIQREK
..:.: . .:.: .:...:: :..
NP_009 QEEEQLLREEREKRRLQERERQYREEEELQQEEEQLLGEERET--RRRQELERQ--YRKE
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pF1KSD EELEQREAELQKVRKAEEERLRQEAKE--REKERILQEHEQIKKKTVRERLEQIKKTELG
:::.:.: .: .:. :.: ::: .. ::.:.. ::.::. .::. :. .. ::
NP_009 EELQQEEEQL--LREEPEKRRRQERERQCREEEELQQEEEQL----LREEREKRRRQELE
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pF1KSD AKAFKDIDIEDLEEL----DPDFIMAKQVEQLEKEKKELQ---ERLKNQEKKIDYFERAK
. .. .... :: .:. ...:. .:..::: :.: .:.. :: .
NP_009 RQYREEEEVQQEEEQLLREEPEKRRRQELERQYREEEELQQEEEQLLREEQEKRRQERER
1140 1150 1160 1170 1180 1190
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pF1KSD RLEEIPLIKSAYEEQRIKDMDL-----WEQQEEERITTMQLEREKALEHKNRMSRMLEDR
. .: .. ..:: .: : : : : :. .... .. ..:.. :.:::
NP_009 QYREEEELQRQKRKQRYRDEDQRSDLKW-QWEPEKENAVRDNKVYCKGRENEQFRQLEDS
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:. :. :::.:: : .:. :: . ... : :.. : .:
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.::. :..:.. : ..:. ..: ....: :. .: :. ::.. :. .
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. ..:. .. : :.. :. : :. :.:.. . : ..:: :. .
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. :.: ..:.. :. . :. :.... :: ..:: .: .: :: :.
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: . : .. .. :. :. : .:. .::... :...::. ...:.
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